1874年2月2日，福西特也背着清朝政府与阿古柏签订了一个严重破坏中国主权、而对英国十分有利的所谓《英国与喀什噶尔条约》十二条。根据这个条约，英国不仅取得了与沙俄同等的权力，而且取得了沙俄想要得到而一直没有得到的一系列特权。比如阿古柏给予英国在南疆通商，派驻使节，设立领事，并享有领事裁判权以及贸易方面的最惠国待遇，等等。条约不仅规定，英货只纳2.5%的进口税，而且，从印度喜马拉雅山入口的英货免税。英国人可随意进入阿古柏占领的任何地方，并“享有当地臣民或最惠国公民所享有的商业方面的一切特权和便利”。英国从印度进入南疆的货物不受开包检查，英国政府可以于新疆任命一个外交代表和派驻一名商务专员，英国人有在南疆购买和出售土地、房屋、仓库的权利。英国国王正式承认阿古柏政权为“合法的独立王国”。阿古柏为哲德沙尔的独立国王，并且承担了迫使清政府批准他在哲德沙尔独立的义务。
俄国得悉英阿签订条约，要求依照该约取得派驻使节、领事等权，但被阿古柏拒绝。而且，当时很多档案材料证明，阿古柏与英国缔结商约之后，“终止了一切对俄贸易”。英国还指使其附庸土耳其苏丹向阿古柏提供军事、政治顾问。土耳其苏丹阿布杜艾则孜于1874年第二次给阿古柏发下的一道命令中，答应阿古柏，在他死后，王位由自己的儿子世袭。阿古柏悬挂与土耳其“同一颜色、同一形式的国旗”。阿古柏成了附庸的附庸。
总之，种种迹象表明，南疆已成为英国的势力范围。1874年11月，英国驻华公使威妥玛派参赞梅辉立到天津会见直隶总督李鸿章，建议中国把伊犁让给俄国，把天山南麓给阿古柏，以期缓和英俄的矛盾，并卵翼阿古柏政权。
可见，英俄两国当时正在肢解着我国的神圣领土新疆，并企图迫使清政府承认英俄对新疆的瓜分。这正如两头巨兽，北极熊由北而南，约翰牛由南而北，正在撕裂着美丽的天山南北，新疆处于严重的危机之中，清军仅保持哈密、巴里坤至吉木萨尔一线，西北边防岌岌可危。当时饱受阿古柏血腥统治的新疆人民，凡有一两人会面的地方就传说着汉族人要来的消息。“喀什伽师地方有个农民在犁地撒种子时，有人问他：‘喂！朋友，请问你在种什么？’那个农民回答说：‘还要种什么？种的是赫太依（指汉人）。’”问话的人微笑着高兴地走了。还有一些人翻山越岭，长途跋涉，到北京向清政府呈报情况，像阿木都热依木和苏甫尔隔两人，在北京住了两年半后，随同西征大军回到了喀什。
驱逐侵略者，收复新疆，成了全国人民共同的呼声，也是清政府中某些具有爱国思想的官员最关心的问题。而要驱逐侵略势力，收复故土，既须粉碎阿古柏匪帮，又要同英、俄作坚决的斗争。
海防、塞防大讨论
同治十年（1871年）七月，左宗棠在得悉俄国派兵侵占伊犁的消息后，一面速派徐占彪抵肃州以替乌鲁木齐提督成禄出关，一面致函刘锦棠（当时刘正请假在湖南），左宗棠在信中说：“俄人侵占黑龙江，北地形势日迫，兹复窥吾西陲，蓄谋既久，发机又速，不能不急为之备。阁下假期将满，希即挑募数千，于九月率以西行，是为至要。”左宗棠还说他“本拟收复河湟后，即乞病还湘，今既有此变，西顾正殷，断难遽萌退志，当与此虏周旋”。左宗棠的职责主要是镇压陕甘回民起义，而且他此时已年届六十，又有多种疾病缠身，他完全可以在陇事平定后告休回籍。再则，清朝自乾隆以来派往新疆主管军政的伊犁将军、乌鲁木齐都统等向以满族贵族等旗员充任。阿古柏和俄国军队先后入侵新疆后，清政府依然把规复新疆的希望寄托在伊犁将军荣全、乌鲁木齐都统景濂、提督成禄身上，而像左宗棠这样的汉族地方要员是难以得到督办新疆军务的职位的。然外国侵略势力在新疆构成的严重局势，又使左宗棠逐步坚定了收复新疆的信念，进而又向清政府筹议出关大略，敦促清廷立排浮议，制订用兵新疆以保卫领土主权的决策。
左宗棠于同治十一年（1872年）十月至十一月间，连续在家信中谈及他的想法。他指出：“俄罗斯乘我内患未平，代复伊犁。朝廷所遣带兵大员均无实心办事之意，早被俄人识破，此事又须从新布置。我以衰朽之躯，不能生出玉门。唯不将关内肃清，筹布出关大略，遽抽身退休，此心何以自处？”“我年逾六十，积劳之后，衰态日增。……断不能生出玉门矣，唯西陲之事不能不预筹大概。关内关外用兵虽有次第，然谋篇布局须一气为之。以大局论，关内肃清，总督应移驻肃州，调度军食以规乌鲁木齐。乌鲁克复，总督应进驻巴里坤以规伊犁。使我如四十许时，尚可为国宣劳，一了此局，今老矣，无能为矣。不久当拜疏陈明病状，乞朝廷速觅替人。如一时不得其人，或先择可者作帮办；或留衰躯在此作帮办，俟布置周妥，任用得人，乃放令归，亦无不可。此时不求退，则恐误国事，急于求退，不顾后患，于义有所不可，于心亦有难安也。”左宗棠以新疆军务的“局外人”，能对谋略规复新疆考虑得如此周密，这正是其甘于以“边荒艰巨为己任”的体现。接着，左宗棠于十二月上奏，奏请清廷派新的陕甘总督并钦差大臣以收复新疆。他说：“关外局势，以区区之愚揣之，实非从内预为布置，从新预为调度不可”，“何敢自惜残生，置身事外”。他建议派贤能之人接任陕甘总督篆务的理由是“精力心思迥不如前，设有疏误，边城安危必更烦朝廷异日之擘画，问心何以自安！”显然，左宗棠并非知难而退，他的上奏目的从根本上讲是强调对收复新疆必须“从内预为布置，从新预为调度”。他对荣全等人的所作所为是不满意的。他试想说服清廷派陕甘总督去谋略新疆的用意已是不言自明。清代官场上欲进先退的例子是屡见不鲜的，对左宗棠的做法亦可以如是观。
西部边陲出现危机的消息传到北京，朝中一片大乱。清政府命署理伊犁将军荣全赴伊犁与俄方交涉，荣全要求俄方归还伊犁，俄方不但置之不理，反而提出重划中俄边界和赔偿损失等无理要求，使荣全在谈判交涉中失败而归。景濂、成禄都按兵不动，待机观望。特别是成禄自同治四年新疆人民起义后不久就窜至甘肃高台逃避战事，他“屡奉谕旨，敕令出关”，却直至同治十一年仍“尚无出关确耗”。此时，阿古柏已窃据乌鲁木齐两年，俄国侵占伊犁一年。成禄不仅在高台“截留省粮，为数甚巨”，瞒报营数，其“实数不过五六营”却自称十二营，以多领军饷，而且“久驻高台，蓄养戏班，相为娱宴”，“并遣人赴都接取第三妾来高台”，把“荒边远塞，竟视为安乐行窝”，甚至“虚报胜仗”，可谓“谬率乖张”。因此，左宗棠在同治十一年上奏说：“如成禄者，此时迁延不进，固失事机；即令勉强出关，终难期其振作有力，克当一路”，建议将成禄撤职。
因当时我国东部海防也正吃紧，便出现了要塞防还是要海防的争论，以李鸿章为代表的一些重臣主张放弃新疆，把西征之饷作为东南海防之用。此时的左宗棠已年近花甲，但他凭借高度的民族责任感，毅然站了出来，反对放弃新疆。
左宗棠对西北边疆的关注，可追溯到他的青年时代。1833年，年仅22岁的左宗棠第一次到北京参加会试，写成组诗《燕台杂感》，就谈及对新疆的“置省、开屯、时务”等规划。1871年，沙俄用武力侵占伊犁时，左宗棠正在陕甘总督任上，他敏锐地察觉到沙俄的扩张已进一步升级，表示“西顾正殷，断难遽萌退志，当与此虏周旋”。
鉴于新疆问题的严重性，总理衙门于同治十二年（1873年）初向左宗棠询问有关情况。左宗棠在写给总理衙门的复函中，首先指出俄国侵占伊犁带来的严重后果，他说：
俄人久踞伊犁之意，情见乎词。尊处持正论折之，实足关其口而夺其气。唯自古盛衰强弱之分，在理而亦在势。以现在情形言之，中国兵威且未能加于已定复叛之回，更何能禁俄人之不乘机窃踞。
左宗棠旋又对荣全、景濂等关外所用清军的情况进行了分析，认为俄国“狡然思启，必将不夺不厌，恐非笔舌所能争也。荣侯深入无继，景都护兵力本单，后路诸军久成迁延之役。兵数虽增，仍多缺额。且冗杂如常，并无斗志。望其克复要地，速赴戎机，实无把握，并虑徒增扰累，以后更无从着手”。于是，左宗棠提出了收复新疆的应办事宜和用兵方略，他指出：
宗棠所以有从内布置、从新筹度之请也，就兵事而言，欲杜俄人狡谋，必先定回部；欲收伊犁，必先克乌鲁木齐。如果乌城克复，我武维扬，兴屯政以为持久之谋，抚诸戎俾安其耕牧之旧，即不遽索伊犁，而已隐然不可犯矣。乌城形势既固，然后明示以伊犁我之疆索，尺寸不可让人。遣使奉国书与其国主，明定要约，酬资犒劳，令彼有词可转。彼如知难而退，我又何求？即奸谋不戢，先肇兵端，主客、劳逸之势攸分，我固立于不败之地。俄虽国大兵强，难与角力，然苟相安无事，固宜度外置之。至理喻势禁皆穷，自有不得已而用兵之日，如果整齐队伍，严明纪律，精求枪炮，统以能将，岂必不能转弱为强，制此劳师袭远之寇乎！……要之，目前要务不在预筹处置俄人之方，而在精择出关之将，不在先索伊犁，而在急取乌鲁木齐。
1874年，日本入侵台湾，海防告警。1875年，就在左宗棠平定陕甘，准备用兵新疆时，朝廷爆发了一场关于海防、塞防的大辩论。对此，清廷内部疑虑重重，意见纷纷，举棋不定。与此同时，英、俄两国也在伺机进行分裂我国领土的活动，以达到瓜分新疆的目的。英国以阿古柏的保护人身份进行所谓居间调停。英国驻华公使竭力劝说清政府不要出兵，应承认阿古柏政权使新疆南部成为自己的势力范围，并用以阻挡沙俄势力向南发展。沙俄如果遇不到什么阻力，就一定会从它已经占领的伊犁出发，进而占领新疆北部。
朝廷中议论海防、塞防之争的大臣大多认为，自清高宗乾隆帝平定新疆后，每年驻防要花军费数百万两，实在是一个无底洞，现在又要竭尽全力供给西征军，可以说是一种失策，应该按照英国人的议论，允许阿古柏独立成为中国的藩属，这样可以停止西征，集中全力筹办海防。李鸿章全力主张这一点。李鸿章借口“海防、西征，力难兼顾”，认为“新疆不复，于肢体之元气无伤”，而海疆不防，则心腹之患就会愈益严重，要求停止西征，“即匀作海防之饷”。在李鸿章的带头鼓噪下，“边疆无用”论、“得不偿失”论甚嚣尘上。刑部尚书崇实上奏，居然说新疆即使收复，也“万里穷荒，何益于事”。这一派人名义上力主“海防”，实则是以李鸿章为首的淮军官僚借此打击左宗棠，以扩大本集团的势力。
1875年4月，左宗棠上了一道约5000字的奏折，力排众议，详细论述了收复新疆的必要性。他首先肯定了应“东则海防，西则塞防，二者并重”，然后分析了当时形势，进而反驳说：“陕甘新近平定，不乘此时机及时收回过去国家失去的土地，而把它割弃让其另外建立一个国家，这是自找麻烦。万一阿古柏政权不能守住新疆，不是西被英国人并吞，就是北被俄国人收入版图。这等于是坐在家里把国土送给别人，把边关要地丢失。边防兵员不可减少，军饷应照常开支。否则不但无益于海防，而且会挫伤国威，造成祸乱。”
左宗棠的主张得到了军机大臣、总理各国事务大臣文祥的支持，他认为必须刻不容缓地进行新疆战役。文祥为左宗棠争辩说：“倘西寇数年不剿，养成强大，无论破关而入，陕甘内地皆震；即驶入北路，蒙古诸部落皆将叩关内涉，则京师之肩背坏。”文祥相信，左宗棠的军队在甘肃受过战争考验，能在新疆打胜仗。
面对左宗棠力主收复新疆的建议，慈禧太后心里没底，询问左宗棠：“需时几何？”左宗棠的答复是：“剿抚兼施，一。了百了，得五年时间。”慈禧太后对左宗棠的“一了百了”四字十分欣赏，对左宗棠敢于承担责任的勇气尤为赏识，清廷最终决定收复新疆。而征战新疆的重任，自然也就落在了胆识、魄力和信心过人的左宗棠身上。
战事艰难筹粮款
清廷出于自身安全的考虑，才最终下定决心，把新疆军事托付给左宗棠。1875年2月，清朝政府任命左宗棠为“钦差大臣，督办关外剿匪事宜”，授予他筹兵、筹饷和指挥军队的全权。
尽管清廷给予左宗棠的职权是负责从关内筹解粮饷以达古城，但左宗棠仍为谋略新疆积极献计献策。
新疆战事的物质准备，要难于陕甘之战千百倍。出关作战，战线长达数千里，沿途要跋涉沙漠，翻越天山，军粮的筹集和运输都相当困难。左宗棠把主要精力放在了筹粮、筹饷、筹转运之上，尤其重视节兵裕饷。
左宗棠认为景濂“以科布多、乌里雅苏台采粮一石，运至古城需银十余两，劳费多，停止之”，而“奏请出关粮料，应由关内接济”的做法是不妥的。其实，从关内运粮至哈密，每石“已费银十一两有奇”，再“由哈密至巴里坤、古城又千余里，均责关内转挽接济，是西师永无见贼之日矣”。因此，左宗棠对景濂只派前锋抵古城，按兵不动，且留主力于肃州、安西，“观望不敢继进”的所作所为是不满意的。左宗棠上奏陈述了他对出关之师粮饷转运和设立粮台的看法。他说：“军行粮随，移台之举自不容已。……西疆地形，以天山为界，划分南、北两路，哈密全部介居其中：由哈密北行，迤而西，历巴里坤、古城、乌鲁木齐各城，达伊犁，为北路，准部旧地也；由哈密西行，历辟展、吐鲁番、库车、阿克苏各城，达喀什噶尔，为南路，皆回部错居之地。”因此，景濂进军北路，不宜在肃州设粮台，而应在科布多、乌里雅苏台设粮台以供支北路之军。他认为“应顶为筹措，厚其储峙，备支应续进之军”。左宗棠的这一建议未被清廷采纳，他只能“实力筹办，力任其难”。
1874年，张曜率先头部队进驻哈密，就依左宗棠之令关外屯田。张曜军兴修水利，屯垦戍边，每年收军粮几万石。
粮食是有了，接下来的问题就是运输了。对于关边万里、地形复杂、交通不便的西北地区来说，长途运输是件非常麻烦的事情。从甘肃武威至酒泉900里，酒泉至嘉峪关玉门360里，玉门至安西又是200里，再到哈密，一共3000来里。光是安西至哈密的十一站路，千里之遥，全是戈壁，一无粮，二无安居之民，三无可使用的骡马，四无可用的车辆。军粮要费大力气从远地运到酒泉屯足，然后再费更大的力气从更远的地区转输供应。西出阳关，不仅无故人，而且无故道。人粮、驼粮、马粮的沿途消耗是所运粮的两倍。一石粮运到哈密，要耗去两石粮。左宗棠向当地老乡打听，虚心向长途跋涉的商人求教，终于找到了到归化、包头以及宁夏的一些地方去购粮，然后用骆驼运送，走北路，跨草原，直接运往巴里坤。为了辗转运送粮食和军火，左宗棠曾一次雇用了5000辆大车、29000峰骆驼和5500头驴骡。
