面对美国政治制度中的各种掣肘，罗斯福极力想保持对行政部门的控制。他采用在一个机构中建立互相制约的权力中心的办法，使每个官员都更需要白宫的支持；总统实际上成为每个官员必需的盟友和伙伴。他减少了官僚机构自我扩张的倾向；他防止了任何联合起来反对他的企图。实际上，他把“分而治之”的老办法略加修改，为己所用。
罗斯福之所以采取这种方法，与其个性密不可分。他随便授权，致使官员们发现大家在权限上互相牵扯，纠缠不清。尽管罗斯福当众表示不赞成公开争吵，但实际上是袖手旁观，有时甚至还表示欣赏。他认为官官相斗一较短长也不无好处。
不少人批评罗斯福的行政方式，但是这种做法也并非完全错误。罗斯福一再无视行政管理上的这一条根本准则，即首长必须统筹调配他属下的人员和机构，他必须“事事把关”。就罗斯福所面临的形势来说，他蔑视那些老一套的教条是有道理的。譬如说，过分强调严密组织、责任系统和有效控制，就会窒息他所喜爱的那种生气勃勃、生动活泼的局面。他那种含糊不清的授权办法常常能考验人的主动性、能力和想象力，而其效果则远超过按常规办事所达到的结果。独特的是，罗斯福自己负起医治由于他的行政方法而造成的痛苦和创伤的责任。
罗斯福厌恶抽象的组织，他是从人的角度来看待行政管理的。他的善于体察人们的细微的差异和复杂性，甚至使他堪称行政管理的天才。他对别人工作了解入微，给人留下深刻印象：遇到困难的时候，他就及时予以支持，使人振奋。但是他却不是那种对人甜言蜜语、轻易奉承的阿谀者。他的一个政治助手从未得到过他对她的工作的褒奖，但她却能感觉到“一种热情的、经常的、持续的支持，感到他喜欢我，对我的想法有信心，而且有时对我的行为举止和我本人一样觉得满有趣味”。罗斯福之所以采取这种敢于放手的领导方式，原因之一是，这可以使那种陈旧得发霉的政府机关恢复生机，激发思路。
罗斯福曾经不止一次地把个性和观点不同的人放在一个办公室，或者让他们同做一件事。他把一些重要任务交给莫利，后来又交给威尔斯，这些任务实际上是属于赫尔的职责。他让休·约翰逊同总顾问唐纳德·里奇伯格在全国复兴总署中平分秋色。他给国防部长哈利·伍德林任命了一位老是同他的上司作对的助理部长。他让伊克斯和霍普金斯两人共管公共工程；让伊克斯和华莱士两人管理资源保护和电力；让法利和他手下其他一些官僚去管授予官职以及其他政治职能等问题。罗斯福采取这种做法非常符合他的个性。他不喜欢完全信赖某一个人。他喜欢自己是注意的中心、行动的中心，这套制度使他处于伸向四面八方的行动的焦点。他善于扮演各种各样的角色，这使他能够在最有利的情况下，分别同形形色色的人打交道。他的行政方法使他在政治事务方面消息灵通。因为他那些争吵不休的助手很快就会向他提供了各方面的情况。
在罗斯福看来，这是个权力问题，不是狭隘的效率问题。他的办法跟斯大林的办法很相似。一个研究斯大林方法的人曾说，他采用这种重叠授权的办法，是为了防止指挥部内任何一个单独的环节作出重大决定，而不受到国家官僚政治的其他部门的干预，这样在上层就把问题暴露出来。就最关心的是权力这点而言，罗斯福同斯大林一样是个政治行政长官，尽管他们的目的毫不相同。
虽然罗斯福从来没有把行政上高度个人集权的这种办法以某种形式固定下来，而且的确也不重视对行政问题作抽象的论述，但他或许是充分意识到他应该采用一些办法来保持对他的机构的控制。他采取非正统的行政方法，肯定不是由于对正统方法的无知。他在海军和担任州长时期的经验使他对基本的管理问题有充分的了解。他向国会提出的行政机构改组的建议就是根据老规矩拟出来的。他要求对拨款的具体项目有否决权也是一样，但他未得到这项授权。他的许多下属渐渐地尊重他的办法，尽管这些办法曾使他们感到为难。1939年担任预算局局长的哈罗德·史密斯发现总统是位反复无常的行政长官。但是几年之后，当他进一步看清楚罗斯福的工作范围和状况以后，史密斯对罗伯特·舍伍德说，罗斯福也许是历史上最伟大的行政天才之一。史密斯的结论是：“他确实是个行政管理方面的艺术家。”
好的领导不但能激发人们的思想和活力，而且能使他们在建设性方面协调一致。对于罗斯福容忍他的助手之间无休止的紧张和摩擦的问题的评价，主要是看这种内部互相间的攻击，其主要作用当然是破坏性的而不会是建设性的。在机构改革问题上，伊克斯要把林业部门从华莱士手里夺过来的神经战正是浪费精力而毫无益处的实例。总统本人也承认他在执行新政上摇摆不定。假如像人们所说的那样，检验效率的唯一真正尺度是生存，那么罗斯福的经济衰退，1939年持续增长的失业，1939年总统复兴提案的削弱就提出了一个严重的问题：他这个行政领导是否合格。罗斯福的做法必然引起他僚属的不快和困惑。伊克斯有一次不禁脱口而出：“你这个人很了不起，但是在我认识的人中，你也是最难共事的。”“因为我有时太苛刻了？”罗斯福问道。“不，你并不苛刻。但即使对那些忠实于你而你也完全相信其忠实的人们，你说话也不坦率。你对自己手里的牌把得很严……”伊克斯继续说，如果总统信任他的顾问，他们的建议会使他不犯错误。罗斯福愉快地接受这个批评——但他并没有改变他的方法。
又有一次，民主党的政治家们敦促罗斯福任命“民主党全国委员会”的一位委员为联邦法官，而司法部却支持一位政府检察官。双方争得不可开交，于是总统把两方面的代表召到白宫。双方各陈己见。“我告诉你们，我打算怎么办，”罗斯福说，“这两个人我都不要。”他说出了他的人选。“你们听说过此人吗？”双方都没有听说过。“那好，”总统继续说道，“他的父亲是个很杰出的人，有一次这老头坐在他的游艇上，一个巨浪把他冲下海去，接着又一个巨浪，把他冲回船上。这人真了不起！”他的客人所得到的解释就是这些。而事后证明罗斯福的任命是非常正确的。
