1284年（元世祖至元二十一年），术赤系和拖雷系旧有的良好关系恢复了，钦察汗脱脱蒙哥将先前协助海都与蒙元对抗中俘获的忽必烈之子那木罕亲王送回，并上书表示臣服于蒙元帝国中央政府，海都看到征服了全部汉地的忽必烈无比强盛，决定暂避锋芒，也上书请求臣服。
都哇确实是海都不可多得的好帮手，在某些方面，更是一位非常鄙夷忽必烈的坚定人物，尽管他决没有海都统领全帝国的伟大理想，但在意识形态上，都哇是忽必烈的“天敌”。1284年（元世祖至元二十一年）他在海都表面臣服忽必烈的同时，曾独自组织了一支多达12万人的大军向东进攻。战事持续了将近两年，由于都哇准备得比较充分，一度把忽必烈的部队打得大败。直到1286年（元世祖至元二十三年），蒙元帝国的名将伯颜终于依靠绝对优势的军力才战胜了都哇，10月，忽必烈下诏在今新疆设立了别失八里元帅府，并派兵屯田，以防备察合台汗国不断“东窥”的企图。
看到在天山南北的战线上都很难讨到便宜，1289年（元世祖至元二十六年）趁蒙元主力部队在对东北地区的黄金家族造反者进行全力追讨的时候，都哇追随着海都把进击忽必烈的战线伸向了北线，即从阿尔泰山以北向东进发，意图在越过杭爱山这座“天堑”后，兵锋直指哈拉和林——尽管蒙元帝国的首都早已被忽必烈从哈拉和林迁到了北京，但在察合台和窝阔台两系诸王的心中，哈拉和林是黄金家族永远的家族标志和权威图腾。
在蒙古高原的黄金家族腹地，他们遇到了不少具有共同游牧生活方式和传统意识形态的“知音”，如蒙元哈拉和林宣慰使怯伯等人，因而在初期的攻势中“里应外合”起了很大作用，都哇和海都进展比较顺利，还一举击败了忽必烈的一个孙子甘麻剌率领的蒙元军队。
已经74岁高龄的忽必烈不敢怠慢，带领大军分别从今天中国的北京、甘肃、新疆、内蒙古等地出发，赴哈拉和林御驾亲征，察合台与窝阔台的联军听说忽必烈御驾亲征的消息，不敢与其精锐作战，仓皇逃回了中亚。
这次战争虽然胜利了，但是对于自感来日无多、早已厌倦了金戈铁马生活的忽必烈打击很大，他看到了不甘心汗（皇）位传至拖雷系的察合台汗国与窝阔台系依然拥有强大的进攻能力，而且动辄就卷土重来，从南、北两线对蒙元的腹地进行威胁，于是，忽必烈调回了先前指挥中亚作战、但较多采取守势的老将伯颜，委派雄心勃勃、意气风发的孙子铁木尔为主帅，并由年轻而战功卓著的玉昔铁木尔将军辅佐，他们从阿尔泰山一线攻击并占领了察合台系和窝阔台系的主要根据地叶尼塞河流域，同时令黄金家族忠实的同盟者、汪古部首领阔里吉斯（基督教的一支景教教徒），自阴山以北往西对察合台汗国方向进行战略攻击策应。
忽必烈以80高龄于1294年（元世祖至元三十一年）逝世以后，都哇汗和海都依然没有放弃恢复黄金家族旧有格局的愿望，但是他们的对手是更加具有进攻意识的忽必烈之孙、元成宗铁木尔。不无遗憾的是1299年阔里吉斯不慎兵败，被对手俘虏，并于9月间被都哇汗处死，这加深了蒙元对察合台汗国都哇汗和窝阔台系首领海都的仇视。
无论怎样，尽管经过长达数十年叛乱后的海都王子雄心依在，但是毕竟英雄迟暮，面对帝国中央以汉地为后盾的强大战略储备和动员能力，面对忽必烈“老骥伏枥”般的英武，窝阔台系、察合台系发动的叛乱，在经历了元廷大军的一次次重创以后，越发感到力不从心——海都和窝阔台系溃败之势已不可避免。
