1260年始于阿里不哥和忽必烈的汗位之争，是绵延近半个世纪黄金家族内斗的先声。前者以幼子身份和经营帝国首都哈拉和林的条件，准备先以幼子身份监国，而后通过忽里勒台大会形式把自己推上大汗宝座。但是，“卧榻之侧，岂容他人鼾睡”，忽必烈赶在阿里不哥前边，提前一个月在开平府召集忽里勒台大会称汗。面对势力强大的忽必烈集团，阿里不哥曾经对原来的宿敌——领有中亚的察合台系和窝阔台系寄予很大期待。
但是，察合台系阿鲁忽对阿里不哥“变节”后迅速向忽必烈表示了臣服之意，不仅让阿里不哥大大伤了面子，最重要的是没有了中亚富庶地区的经济、财政和军事支持，阿里不哥很难与拥有汉地财富的忽必烈一争高下的。阿里不哥不敢怠慢，先行和忽必烈脱离军事接触，然后领军直接杀向中亚，经过激烈战斗，迫使阿鲁忽逃亡到今天中国新疆南部。
在阿鲁忽地盘上过冬的阿里不哥一行，不幸遇到了少有的恶劣天气和粮草不足的情况，军心很快涣散，建制也混乱了，阿里不哥无奈只好考虑与阿鲁忽议和。这时候，察合台系领原首领、已故哈喇旭烈兀的寡妻斡尔哈纳，以蒙古人固有的亲情关系为由，来找阿里不哥理论自己当年权力被阿里不哥武断剥夺一事，正好给了阿里不哥一个比较体面的台阶，于是，他安排斡尔哈纳和自己非常信任的官员麻剌忽。牙剌瓦赤前往南疆与阿鲁忽谈双方议和的事情。
戏剧性的一幕出现了。
前面介绍过，斡尔哈纳美丽而聪明，阿鲁忽则是察合台后代中比较英武的王子，两人虽然有废彼立己的旧怨，但是在特殊情况下的相会，四目相视，顿生爱情的火花——两人相爱了。和阿里不哥议和的事情早已抛到九天云外，卿卿我我、儿女情长成为阿鲁忽和斡尔哈纳再次相逢的主旋律。
干柴遇烈火后的平静没有持续多久，两人就紧锣密鼓地用心经营察合台系的地盘了。同样被阿里不哥派来的麻剌忽。牙剌瓦赤是一位标准的“职业经理人”，同样被美丽的斡尔哈纳女士和英俊的阿鲁忽的炙热爱情所感染，欣然忘却了阿里不哥委以的重任，屁颠儿屁颠儿地做起了察合台系领地的“财政大臣”了，他的贤能发挥得淋漓尽致，为察合台系征集了大量的赋税，从而帮助阿鲁忽和斡尔哈纳重新组建了一支比较强大的军队。
同样处于比较郁闷状态的窝阔台系主人海都，眼光虽然比较长远，但是在1263年左右的时候，他尚没有实力与堂叔叔忽必烈和阿里不哥进行“平等对话”。“柿子先拣软的捏”，海都在窝阔台系和察合台系关系上走出了危险的一步，领军攻打阿鲁忽，但是被兵强马壮的察合台系打败了。
这时已经灰溜溜的从中亚回撤的阿里不哥，在失去了中亚资源的支持后，不得不暂时向忽必烈求和，察合台汗国获得了难得的短暂积蓄力量的时机。1266年（元世祖至元三年、南宋度宗咸淳二年），阿鲁忽去世，察合台汗国开始了一个新的时期。
