西藏正式纳入中国版图始自蒙元，是黄金家族对中国统一事业的巨大贡献，如果说阔端王子和班智达的“凉州会盟”使帝国统治延伸到西藏地区的话，那么为巩固这一成果，并为迄今为止西藏再也没有离开中国做出巨大贡献的当属忽必烈和八思巴。
在“凉州会盟”以后，班智达按照与阔端的约定，向吐蕃僧、俗势力发布了名为《萨迦班智达致蕃人书》的公开信，代表帝国要求僧俗百姓都要承认自己是帝国的臣民；要求各地清查户籍和人口，清量土地账册，并向朝廷委派的官员报告，即关于民政和行政事务由帝国派来的官员进行管理；有关宗教和寺庙的事务由萨迦派进行管理。
公开信发表以后，长期承受分裂和战火之苦的吐蕃人民莫不欢喜鼓舞，各界人士纷纷表示愿意按照公开信的内容行事，这就使吐蕃有史以来首次初步成为中原王朝的领土。在蒙古军正式进入吐蕃境内后，在广大百姓的支持下，多达纳波迅速“摆平”了吐蕃各教派和地区，据《续藏史鉴》载：“东至工布（今中国西藏自治区工布江达县），西至尼泊尔，南至门（即门达旺，旧称门隅，现在中国西藏自治区错那县），削平诸酋寨，莫不臣服”。
我们知道，当时跟随班智达活佛前往凉州的还有他年仅十一岁的侄子八思巴，后者后来成为忽必烈的“国师”，并为蒙古人创制了文字。久蓄大志的忽必烈还是王子的时候，就敏锐地发现西藏对于未来统一中国的重要性和无可替代的战略地位，他于1252年出征云南时，刻意交好藏东吐蕃人首领和宗教领袖，获得了他们对蒙古人的效忠；接着他又在班智达去世后，派专人去凉州敦请萨迦派新“掌门人”——班智达的侄子八思巴进行会晤，为表示对八思巴及藏传佛教的尊重，忽必烈还携家眷一同皈依藏传佛教，此举深深打动了八思巴，后者对此非常感动，欣然留侍忽必烈左右，表示乐意为忽必烈掌控吐蕃人和统一中国效命。
元世祖忽必烈即位后，对西藏地区这块新近纳入帝国疆域的土地给予了高度重视：1260年刚刚在上都称帝，就立刻册封八思巴为国师并赐予玉印，同年就派出以达门为首的一批官员到吐蕃再一次清查户口和设立驿站，当时从内地到西藏共设立了27个驿站，其任务就是供往来官员和运送公文的信使居住、换乘马匹、获得给养，后来在这些驿站基础上又专门设立了兵站，以保持帝国的统治和护卫边陲的需要。随着帝国封建中央集权统治的不断加强，中央政府逐渐取消了在西凉王阔端时代形成的对吐蕃的权力，而以朝廷的管理为主，并通过长期驻军来加强对吐蕃的管理和控制。这样，中央政府在吐蕃全境推行了统一的地方行政建制，即所谓的“郡县土番之地”：整体上由中央政府宣政院管辖，在其内部分为吐蕃宣慰司、朵甘思宣慰司和乌思藏宣慰司等行政机构，以下还有具体层级的政权机构。
忽必烈册封八思巴为国师（后又因八思巴创制新蒙古文字而封其为“帝师”）为有元一代“国师”制度之始，此后，历代元帝都遵循此制，尽管在后期，藏传佛教的僧徒倚仗皇室宠幸为所欲为，但是不能抹杀忽必烈重用八思巴为国家统一、为西藏纳入中国版图所做出的不可磨灭的贡献，尤为重要的是，忽必烈和八思巴之间，不仅代表了宗教意义上的“布施”关系，而且确定了以后历朝历代西藏地方与内地中央政府在政治上的从属与上下级关系：曾经多次见过世祖的意大利人马可波罗在其著名的游记中，明确提到了“吐蕃省”，清楚地表明了自忽必烈开始，西藏地区就成为中国领土不可分割的一部分的历史事实。
