北元在经历了达延汗（1480年—1517年在位）的中兴时代以后，后世又逐步陷入了汗权日益衰微的局面，到十七世纪初期时，蒙古人已经分裂为三大各自相对独立的区域，即漠北以喀尔喀部为主的蒙古人、漠南蒙古人和漠西以瓦剌为主的也就是厄鲁特蒙古人等，察合台、钦察、伊儿汗国的黄金家族的后裔们在人种、宗教、文化乃至民族属性上已经基本“去蒙古化”了。
漠北蒙古人在信仰藏传佛教数百年以后，军事能力已经严重“退化”，和漠南蒙古人的关系已是貌合神离，逐渐形成了车臣汗部、土谢图汗部和札萨克图汗部等三大部；漠南蒙古实为黄金家族成员们的“大本营”，在表面上依然是漠北、漠西和漠南全部蒙古（北元）人民的宗主，但是汗权的直接号令也主要集中在察哈尔部了，漠南蒙古还有科尔沁部、内喀尔喀部、土默特部、鄂尔多斯部等实体，在后金出现以后纷纷被满族人用各种手段先后降服了；漠西蒙古人则出现了四大部，即辉特部、土尔扈特部、杜尔伯特部和和硕特部，他们相对而言，对阿尔泰以西以南方向更有征服的欲望，后来演变派生的准葛尔部逐渐控制了今中国新疆和中亚的大部地区，最终为后金转化的清朝所灭亡。
女真人被铁木真率领蒙古人灭亡400年后，在著名领袖爱新觉罗努尔哈赤的带领下，于十七世纪初期迅速崛起了。他们就像蒙古人起初那样，长期战略目标必然是“庞然大物”般的汉地，但战术目标只能是“柿子先拣软的捏”——就象现代举办的足球赛一样，要获得“出线权”，女真人就必须在已经衰败了的北元蒙古人身上先“全取三分”。所以对蒙古人用心、用计、用兵甚多，也的确很快就取得了成果。
与此同时，明朝的统治也已经江河日下了，吏治腐败、民不聊生，于是在一个阶段内，形成了蒙古（北元）、大明和后金三个政权的鼎立之势。
但这个时期无疑是短暂的，自1606年努尔哈赤称汗到1634年蒙古北元政权的灭亡不过28年时间。其间，已经积重难返的明朝并没有完全意识到后金满族人的巨大危险和威胁，依旧采取了汉族封建王朝传统的“以夷制夷”的策略，以为和“宿敌”蒙古人交好甚至结成了表面上的联盟就足以对付虎视眈眈的女真人了。
努尔哈赤、皇太极何等精明！他们看到蒙古人如此不堪一击、局势瞬息万变，便立刻调整思路，加快采用各种手段对黄金家族成员进行分化和瓦解，并且取得了很好的效果。满族人通过武力威胁、儿女结亲、物质诱惑、封官许愿等手段，先是把相对独立于黄金家族所在的察哈尔部的大部落科尔沁部“变成了自己人”，这样力量对比就向着对后金有利的局面发展了；接着，利用后金对明朝和北元联军在乌尔浒作战胜利的余威，努尔哈赤相继收服了蒙古内喀尔喀五部，并于1619年（北元林丹汗十六年、后金太祖天命四年、明神宗万历四十七年）成功实施了满蒙“会盟”，使得自己左右无忧，可以专心对明朝用兵了。
林丹汗在关键的时候确实也犯下了致命错误，他居然派兵和努尔哈赤一起进攻本来态度尚有犹豫不定的内喀尔喀部，虽然致使后者于1627年（北元林丹汗二十四年、后金太宗天聪元年、明熹宗天启七年）被消灭，但其实是蒙古人更加离心离德了，北元的实力被林丹汗自己大大削弱了。
后金太宗皇太极决心先行歼灭黄金家族势力，在剪除侧翼的威胁后再图消灭明朝而统一中国。1632年（北元林丹汗二十九年、后金太宗天聪六年、明思宗崇祯五年），他率领军队以及降服了的蒙古各部的联军，以五万精锐骑兵突袭驻扎在宣府（今中国河北省张家口市宣化区）的林丹汗，后者措手不及、匆忙迎战而大败，不得已逃向河套南部的鄂尔多斯部，此后，皇太极对林丹汗原来的根据地察哈尔部一带进行了反复征讨，使得林丹汗无法卷土重来，只好游弋于青藏高原和河套一带，恢复了蒙古人原始的抢掠生活。1634年（后金太宗天聪八年、明思宗崇祯七年），林丹汗在大草滩郁郁而终。自此，黄金家族在中国彻底画上了句号。
1635年（后金太宗天聪九年、明思宗崇祯八年），铁木真成吉思汗的第二十三世孙、林丹汗之子额哲，在后金悍将多尔衮的打击下投降，并且把蒙元帝国的传国玉玺呈献给了皇太极，后者作为奖赏和羁縻，将一位满族宗室公主嫁与额哲。以后，蒙古人逐渐被后金改造为与满族一致的“八旗”制，满（族）蒙（族）结合，共图消灭明朝、统一中国的大计，这是后话，不提。
