蒙古民族的先人们本来信奉萨满教，和那时生活在西伯利亚、蒙古高原的其他游牧民族别无二致。随着铁木真的黄金家族所率领的蒙古铁骑披靡所向、攻城拔寨所至，不同的宗教对原本如同白纸一张的蒙古人不断浸淫、渗透，在蒙古人征服各色人等土地的同时，不同的宗教也进入了征服者的灵魂。
1206年春在斡难河畔的忽里勒台大会上，铁木真正式被尊称为“成吉思汗”。历史学家洪钧先生认为：所谓“成”，大也；所谓“吉思”，最大也，他认为“成吉思汗”的意思就是“天子之义”；也有人说，“成吉思汗”在是蒙古语里“强大、坚强”的意思，其整体意思就是“强盛伟大的帝王”，比如《史集》的作者拉什特和《（多桑）蒙古史》的作者多桑就持这种观点。
无论怎样，不少人都赞成敬献这一称号者，是当时蒙古民族中德高望重并深得铁木真信任的蒙力克老人的第四子、萨满巫师阔阔出。我们直到：作为世界上最为原始的宗教，萨满教相信，天是主宰一切的最高神，人的一切都由天来安排，蒙古人把铁木真和他的黄金家族都视作“长生天”的代表，把他们的号令当作上天的意志。帝国早期的领袖也确是虔诚的萨满教徒，他们都坚定地认为，自己征服世界、统治世界合乎上天的旨意。铁木真在每次出征之前，都要在自己的大帐中自行封闭—“与腾格里（天神）对话”，在每次征战胜利后，铁木真也都要按照萨满教的仪轨，来到山顶上与天对话。
固然，关于成吉思汗这个尊称的来历，古今中外的说法虽各不相同，但共性却是这个尊称中，既体现了蒙古等游牧民族对至高无上、神圣无比领袖的尊崇，也包涵了游牧民把原始崇拜的天神寄托于现实中的铁木真的美好愿望，还与中国传统中的“天子”、大皇帝等称谓一脉相承。
铁木真在称汗后，将萨满定为国教，还委托了总教主，他和他的四个儿子术赤、察合台、窝阔台、拖雷，无疑都是萨满教的信徒，不过，而这四兄弟的夫人则都是虔诚的景教徒，后边再作说明。
正是萨满教的这种以天为最、“替天行道”、无比虔诚地把领袖铁木真家族当作天意代表的信仰与文化，使得蒙古族人民比历史上任何一个民族都显得团结和有纪律性，这样的一种宗教意志，实际上已经在当时转化为蒙古铁骑不断进攻、不断前进、甚至是疯狂杀戮的理论基础和意识形态了。在黄金家族扩张时期，多数蒙古人也的确信仰萨满教，他们声称遵循“长生天”的意愿，以区区几十万部众起家，击败了一个个比自己强大许多的民族和国家，迅速建立了庞大的帝国；在征伐战争和内战基本结束以后，蒙古人随着定居地点巨大变化带来的宗教文化上的变化与偏差，在总体上使得黄金家族统治的有效性、稳定性和长期性大打折扣。
黄金家族作为统治阶级，其宗教信仰的变迁还要从帝国的实际分裂说起。以元宪宗蒙哥（铁木真之孙，铁木真四子拖雷长子）汗为界，在其执政的1251年——1259年间，继承权之争导致的内部不睦已经昭然若揭了，在他去世以后，帝国实际裂变的时代到来了，逐步演化为：继承了帝国主体、表面上作为宗主国的元朝，占据今哈萨克草原、高加索、保加利亚、伏尔加河及第聂伯河流域的藩属国钦察汗国（术赤系），占据河中地区和萨马尔罕等地的藩属国察合台汗国，占据波斯、亚美尼亚、叙利亚、小亚细亚、伊拉克、呼罗珊、阿塞拜疆等地的旭烈兀伊儿汗国（旭烈兀和忽必烈、蒙哥均为铁木真之孙，拖雷之子），随之，各实体的宗教信仰亦发生了深刻变化。
正如前文讲过的那样，由于最高领袖铁木真及其传承者的个人好恶，往往会把一些部落、民族或种族变为他们的宠臣，甚至代代呵护，如畏兀儿人、契丹人、突厥人、亚美尼亚人，也会把一些部落、民族或种族推向永世不得翻身式的境地，例如钦察人（几乎被蒙古人灭种）、党项人。反过来说，这些被宠幸的族群，自然而然地就在不经意间把自己的宗教信仰灌输给了在宗教领域还比较幼稚的蒙古人。
深得铁木真信任的中书令耶律楚材，是一位汉化程度很深而种族性质与蒙古族、汉族同源的契丹人。他是一名虔诚的佛教徒，利用铁木真的宠幸和自己对窝阔台即位的帮助，使得他有机会和能力劝阻铁木真珍惜民力、力戒杀戮，也利用自己在大汗身边近侍的优势，用自己渊博的佛、儒、道宗教理论影响了当时很多的蒙古人。
铁木真青年时代和克烈部密不可分，这个部落民众的景教信仰无疑给他留下了深刻印象。在他启动统一蒙古各部的进程中，也是和克烈部一样都是景教徒的汪古部，又冒着巨大危险（实际上后来的确遭到了铁木真敌人的毁灭性打击报复），背叛了当时很强盛的乃蛮人，而投向了铁木真。因而，在铁木真挥师西进的时候，蒙古人对基督教徒的保护在许多史书中都有记载，其父亲般的慈爱与保护，与蒙古人对其它人的屠杀相比，简直无法让人相信是同一个征服者所为。
畏兀儿人对黄金家族信仰方面的影响也具有代表意义。他们那时普遍信奉佛教和景教，今天，我们在畏兀儿人的旧地如吐鲁番、哈密乃至巴尔喀什湖、伊塞克湖流域，仍可看到大量佛教遗迹，就是很好的实物证明。畏兀儿人因为在黄金家族开始扩张时基本没有抵抗而迅速降服，一下子得到了蒙古人的高度信任，同时畏兀儿人又具有比较高的整体文化素质，因而长期被蒙古人任用为官，连其文字也被蒙古人使用多年，于是，在言谈举止、谈笑风生间，畏兀儿人就把佛家的教义和文化输入蒙古骑兵的心中了。当时的畏兀儿人，被欧洲人称作是黄金家族“文明的教师”和“优秀的文书”。
多数人对蒙古人的印象似乎更多地停留在金戈铁马和不知疲倦的厮杀，其实，在黄金家族开始扩张和西征的初期的宗教政策是相当成功的，在某种程度上并不亚于他们的军事力量。他们并没有把自己的萨满教强加于人，而是根据征服目标的具体情况随时调整宗教政策，以适应军事斗争的需要。在十三世纪初期，蒙古人已经基本统一了蒙古本部各部族，这时候铁木真面对的是天山一带的畏兀儿人，当了解到他们主要信奉佛教和景教后，铁木真派出了汉族高僧和汪古部的景教徒作为使者劝降，结果双方一拍即合。
建都在中亚巴拉沙衮的西辽王朝当时也不是一块好啃的骨头，从辽被金灭、野律大石率汉、契丹等民族西进后历经几十年，以汉族政治文化体系为本，朝廷以佛教为主，依靠训练有素的契丹、突厥、乃蛮兵士，团结当地以穆斯林为主的各族群众，已经建立了比较稳固的统治。为了尽快歼灭西辽政权，知己知彼的铁木真仍然有效利用了宗教信仰，他在进兵前，派出各类使者前往西辽地区，这些人中有带着信函直接威胁其统治者并进行离间的，更多的是游说当地主要的穆斯林大阿訇，意思是蒙古人保护和尊敬伊斯兰教，而西辽皇帝却是“异教徒”云云。很快，西辽就在内忧外患中灭亡了。
蒙古人歼灭曾控制中亚、西亚的强国花剌子模并进行了残酷大屠杀的消息，也传到了相距不远的欧洲，尽管出于宗教的对立，那里强大的基督教势力并没有什么“心痛的感觉”，但是他们对突然间出现的这支无坚不摧的军队抱有深深的疑虑。铁木真、术赤、贵由、旭烈兀等人通过和基督教教厅以及欧洲一些国家的外交往来，敏锐地感受到了这一点，同时对花剌子模、巴格达哈利发家族等的灭绝式屠杀已经在广大穆斯林世界引起了愤怒，这对于人口数量居绝对劣势的蒙古统治阶级可不是什么好事。
于是，蒙古人非常友好地不断向基督教势力释出善意，不仅如此，他们还坚决保护处在众多伊斯兰教徒“汪洋大海”中的亚美尼亚人，因为这个笃信基督教的古老民族不仅占据着高加索极其重要的战略地位，经常得到来自欧洲的支援，而且拥有一支由很强战斗力的职业化军队。蒙古人和亚美尼亚人的联盟达成了并且延续了很长时间，这样的结果是黄金家族分别建立的藩属国钦察汗国和旭烈兀汗国的侧翼和接合部变得非常安全，并且可以专心致志地应对来自东方察合台汗国以及本土反抗者，从而消除了西方欧洲的威胁，避免了腹背受敌的危险。
黄金家族早期并没有试图通过武力将自己的萨满教信仰强加于所征服的民众，而是采取了非常灵活的策略，目的并非是蒙古人讨好或者真正赞同某一种需要，而是为了得到征服战争的战术利益。但是，初期的成功并不意味着整个帝国具备了长远的宗教政策和战略，后来的事实证明，当宗教作为一种战术而需求不再的时候，黄金家族的自身的宗教信仰和帝国的宗教政策就显得毫无章法了。试想，假如蒙古人从帝国具备了雏形以后，就坚定不移地坚持萨满教，同时集中所征服地域内不同民族、不同宗教的学者专家之聪明智慧，为古老的萨满教赋予不断创新并且能为大多数民族所能接受的意识形态，辅以无与伦比的军力威慑，那么，萨满教这种本来就蕴含着人类对自然对生命伟大而神秘认识的宗教，就很可能为帝国臣民共同认可，无疑会大大加强帝国统治的稳定性。
假如当时蒙古人如果能够抛开狭义的“血统论”和狭隘的少数民族自卑心结，从而把大量信奉儒道释的汉人、契丹人、党项人从汉地带到帝国所有地区的话，用他们的文化和定居文明配合黄金家族治理国家的话，庞大的帝国也绝不会在铁木真去世后不久就陷入实质的分裂状态，更不会在建立中央集权制的元朝以后仅仅100年就分崩离析。
但是，历史毕竟不能假设。
帝国的宗教信仰，随着他们建立了蒙元帝国和三个藩属国，而呈现出大分散、小集中的格局，也就是从整个帝国角度看，没有哪一种宗教是占据绝对主流的，从而显现出大分散的信仰特点；各帝国直辖的汉地等地区及三个藩属国看呢，又相对具有小集中的特色，比如汉地依然是传统的佛教、道教、儒教占据主导地位，而三个藩属国则在不同的历史阶段以某一种宗教作为主导性宗教。
帝国治下的宗教信仰无疑具有地域性较强的特征，这是所统治对象的主要信仰所决定的，尽管有些黄金家族成员曾经力图使被统治者的宗教随自己而变革，但是由于蒙古人在各个汗国和汉地都属于绝对的少数人统治多数人，这样随着历史变迁，最终也不得不融入当地人民之中。
如黄金家族在中亚建立的旭烈兀伊儿汗国，虽然初期延续了铁木真对版图内以亚美尼亚人为代表的基督教徒的好感，并充当其忠实的保护神，甚至一度与遥远的罗马教廷及法兰克、十字军基督徒们打得火热，但伊儿汗王们最终还是因为被包围在人数远远超过基督教徒的穆斯林的汪洋大海中，而逐渐成了典型的伊斯兰教徒，以至于纯正的铁木真—拖雷后裔合赞汗在被穆斯林拥戴者于1295年进入汗国都城大不里士时，他也不得不在拥戴他的穆斯林籍宰相纳兀鲁斯影响下，大肆灭绝当地盛行的基督教，正式开始了伊儿汗国的伊斯兰化进程。
在察合台汗国也有惊人相似的一幕：1348年称汗的东察合台汗国图胡鲁克铁木尔汗在众多被统治的伊斯兰教徒推动下，率领16万蒙古人改变了萨满教和佛教信仰，皈依了伊斯兰教……铁木真的子孙们曾经多次征伐阿富汗，并在当地留下了一些蒙古族士兵驻守。时至今日，在阿富汗人口中居于第三位的民族哈扎拉人，正是当年蒙古人的后代，其外表、生活习俗依然类同蒙古族，但宗教信仰则早已在周边普什图、塔吉克等穆斯林影响下完全伊斯兰化了。
即便同属蒙古一个民族，不同部落群体的宗教信仰原本也很复杂，如早期的蒙古克烈部和蒙古化了的突厥人汪古部，早在铁木真成就霸业之前就已经是虔诚的景教徒了，乃蛮部则是萨满教和佛教的忠实信徒。
缺乏文化支撑的蒙古原始萨满教，在日出而牧、日没而息的蒙昧时代尚可维系，一旦与蒙古所征服地域内比较先进文明所配伍的宗教发生碰撞时，萨满教绝对和蒙古铁骑的锐利凶猛截然相反，简直是不堪一击。的确，在人类生产力水平相对还比较低下的历史长河里，宗教信仰是凝聚人心、铸就团队、保持稳定的基石，萨满教在蒙元帝国初期起到了这样的作用。而当蒙古人离开草原后，那种没有自己的文字和高度文化支持的宗教信仰，就实在无法继续履行宗教的职责了，于是，在蒙古铁骑踩踏之后，对原有信仰的批判，和所统治人民宗教信仰的影响，必然给蒙古人带来巨大的心灵冲击，再坚持传统与改弦更张的痛苦折磨与摇摆中，大而散的宗教信仰对帝国的统治造成的破坏力实在太大、太大了。
忽必烈1279年（至元16年）定都大都北京时，就把他爷爷铁木真确定的国教—萨满教抛开了，他在位34年，对佛教尤其是藏传佛教非常推崇，以至于对他的后世都有极深的影响。因为忽必烈宠爱的国师八思巴来自西藏地区，因而他“爱屋及乌”，对藏传佛教尤其情有独钟。元朝百年历史中，获得历代皇帝册封的来自于藏传佛教的帝师达12名之多，这样也为后来北元时期东蒙古全部和西蒙古大部整体信仰藏传佛教打下了深厚基础。值得一提的是，有赖于蒙古人的笃信，吐蕃在蒙元期间建立的两次神权政权，都是靠了同为藏传佛教徒的蒙古人大力相助。
有元一代的宗教信仰情况大抵若此。忽必烈及其后人统治的地域，从人口构成看，以汉族和汉化了的少数民族为主，汉族的宗教经过隋唐和两宋特别是南宋朱熹等人的积累，已完整形成了儒道释（佛）三教有机统一的信仰格局，北方的金人和契丹人后裔，则以汉传佛教为主、萨满教为辅，西北的党项人以汉传佛教为主，少量人信奉景教，畏兀儿人和党项人的信仰结构几乎一样，汉地西南边陲的吐蕃人以藏传佛教为主，原大理国人则热衷于和东南亚一样的小乘佛教，这些宗教在派别和部分供奉神灵上略有不同。察合台汗国、钦察汗国、伊儿汗国在开始阶段尚有萨满教的残存，后来分别因为汉王的个人喜好或者韩国外交军事斗争需要而对佛教和基督教有过垂青，但后来相继被所统治的穆斯林同化为伊斯兰教了。但总的来说，蒙元帝国属民中数量最多的信徒在还是佛教徒。
景教在世界宗教史上有着很重要的地位。它虽发端于欧洲，但在黄金家族统治世界之前，即已对近东、中亚浸霪颇深。1625年（北元林丹汗二十二年、明熹宗天启五年、清太祖天命十年），在长安府发现的‘大秦景教流行中国碑’，立于781年（唐德宗建中二年），是景教传入中国的最重要历史文物，时至今日仍然完好保存。
景教在中国也被称为“聂思脱里派”，它最初以是基督教一支的面目出现。公元五世纪上半叶，景教的创始人聂思脱里被基督教列为“异端”后遭到流放，其追随者纷纷逃往东方，在叙利亚、美索不达米亚等基督教势力较弱地方传教，没想到意外地受到了当时古波斯国王的信仰和保护，从而得到了很大发展。萨珊朝波斯灭亡后，大批景教徒在波斯无法立足，无奈只好继续东进。这样，景教于中国唐太宗李世民贞观九年（635年）由罗马籍教徒阿罗本传入中国。
在公元7世纪一直到公元13世纪时，景教经过西域畏兀儿人与波斯人的辛勤传教，经过汉地诸朝的关怀以及汉族和蒙古族的密切交往，在西域诸民族中已经形成了一定的势力。蒙古人也有一些景教教徒，尽管信众还远不能和萨满教相提并论，但在一些局部地区已经占据了一定的信仰优势，如在蒙古部落中的如汪古部、克烈部等部落中，景教已经取得了宗教的优势地位，并伴随着上述两部和铁木真家族的世代联姻而深深影响着蒙古统治阶级。
蒙元皇室的宗教信仰和对宗教的认识比较复杂。从单纯的文化包容角度来说，似乎都颇具“百花齐放、百家争鸣”的气度：比如，世祖忽必烈的母亲索鲁忽帖尼出自蒙古克烈部首领家族，是标准的景教教徒，对儿子的影响不可谓不深，忽必烈对以马可波罗为代表的基督徒的热情与信任能够充分反映这一点，1269年，他甚至下诏成立了全国基督教管理机构——崇福司，并给与这些主教以免税和其他种种特权。
忽必烈之后的成宗铁木尔（忽必烈之孙），把自己的女儿爱亚迷失公主嫁给了元朝著名战将、汪古部王子、景教徒阔利吉斯（即西方名：乔治），且关照钟爱有加；就连蒙元皇室的御林军里，竟然有多达三万士兵是东正教或者天主教教徒。
同时，蒙元朝廷同样对汉地的文化宗教给予了高度支持。太祖铁木真对道教全真派教长邱处机信任有加，以至于在西征中亚获胜后还延请了多位道教名流前往那里布道讲经；深受铁木真和太宗窝阔台信任的耶律楚材则是标准的汉地儒家和佛教徒；宪宗蒙哥的皇家老师基本上都是汉地儒生，世祖忽必烈本人的老师姚枢则是著名的儒学大家，为元朝治理国家提出了很多有影响的建议和方略；忽必烈非常信任的国师吐蕃人八思巴，不仅出色地创制了蒙古文字，而且对元朝把吐蕃纳入版图做出了突出贡献；在追随忽必烈征服南宋的军人和官员中间，有大量来自波斯、阿拉伯的穆斯林信徒，即使到了100多年后的明成祖朱棣时期，著名的下西洋的带队者郑和，即是这拨被泛称为色目人的后裔。
道教则因为蒙古帝国之初，邱处机、李志常等人与铁木真建立了良好的个人关系，而使得道教之全真派一直在元朝的北方占有很重要的地位，史书上也留有忽必烈对道教徒优赏的记载。不过，忽必烈的子孙，更多还是倾向于藏传佛教。元惠宗北撤哈拉和林后的北元诸汗，则成为地道的藏传佛教的拥趸者了。数代帝国皇帝对藏传佛教的过分迷信的娇宠，使得来自吐蕃的少数西蕃僧在有元一代飞扬跋扈，极大地败坏了黄金家族的名声，加深了社会、宗教、民族的矛盾。
蒙元朝廷似乎带有一定的逆反心理来制定宗教政策。比如，以前被汉族和女真分别建立的宋朝、金朝等取缔的各类巫术和秘密会社，到了元朝，却都堂而皇之地“登堂入室”，不仅可以公开布道、允许广为传播，而且，这些诸如白云宗、白莲教的宗教性会社的领导阶层，还被蒙元朝廷册封以各种名号与官职。
问题是蒙元是中央集权国家，大凡这种体制，在起兵之初和诞生伊始应当对宗教兼收并蓄，以满足征服其他民族进程中降低自己成本、分化瓦解对手的联合抵抗、减轻蒙古人的伤亡的目的，铁木真时代确实时这样做的，效果也充分证明了这个政策的前瞻性和有效性。问题是一旦统治走入正轨，就必须根据所管理的人群与传统来调整宗教政策，如此方有可能使宗教成为统治阶级保证长治久安的利器。
遗憾的是：直到被朱元璋赶出北京，元朝的蒙古统治阶级都没有处理好庞大帝国的宗教政策，更没有能够借助宗教的力量固化自己的统治，反而被自身混乱、无序、滞后的宗教政策和宗教价值观所伤害—推翻元朝的农民起义军的骨干与组织者正是元以前被禁止的明教、白莲教等教徒。
在这里，我们无意对某种宗教的优劣进行评判，仅仅是力图揭示元朝迅速灭亡的宗教政策根源。
和忽必烈同为拖雷系，占据波斯、呼罗珊、伊拉克等地的旭烈兀汗国，是宗教文化杂乱的元朝的一个反例，清晰而实用的宗教政策，使旭烈兀占据的伊儿汗国经济社会得以相对稳定发展，统治阶级政权也具有相对稳定性。旭烈兀开国之初，宗教政策与元朝并无二致：鉴于蒙古军力强盛而人口居于少数地位的现实，他们以基督教的保护者自居，与人口较多的亚美尼亚和格鲁吉亚等地的基督徒一起，有效利用当时波斯、叙利亚等处的基督教传统，专注于对穆斯林等所谓“异教徒”的打压；为了支持庞大军备和征伐所需资金和物资，又把从汉地带来的畏吾儿佛教徒任用为各占领区的达鲁花赤，利用他们的管理经验筹集粮秣。在统治的中后期，看到伊斯兰教在中下层百姓中的影响日益增长，他们及时调整宗教政策，转而通过汗及其他蒙古贵族与穆斯林通婚等形式，来加强统治基础。
黄金家族术赤系的钦察汗国，在经历了早期严重的扬基督徒、贬穆斯林后，很快也被突厥和伊斯兰文化迅速同化掉了。
黄金家族窝阔台（察合台）系汗国则相对稳定，在与拖雷系忽必烈争夺蒙古帝国正统的斗争中，基于各种考虑，一直对伊斯兰教情有独钟，仅东察合台汗国一次就有16万蒙古人皈依了伊斯兰教，对于后来与当地为数众多的穆斯林相处提供了宗教文化纽带。
