在宪宗亲自领军征服南宋的战争中，忽必烈悄悄地在中原金朝故地积累着自己的力量，他一边按照蒙哥的统一部署加紧从华中对江南进行攻击，一边在名臣姚枢、刘秉忠、许衡、张经等人的悉心辅佐下，对已征服的汉地百姓按照中国传统的农耕文明方式进行治理，从而储备了大量人才、军备和钱粮。
要想人不知，除非己莫为。忽必烈的行动不能不引起别人的关注。我们知道，黄金家族从始祖铁木真开始就崇尚以武力征服别的民族，在铁木真死后，各系人马为了获得大汗（皇帝）宝座和掌握中央政府大权进行了各种斗争，在靠实力特别是靠武力夺取政权的年代里，蒙哥也是仰仗父亲拖雷留下的军事实力，在同样雄踞一方的拔都支持下才得以承继大位的，因而他对于实力二字自然有着与众不同的深刻理解，因而耳边时常听到别人对忽必烈拥兵自重的议论。
作为一母同胞，蒙哥对几位弟弟的认识很深刻：幼弟阿里不哥从小深得父母宠爱，骄溺有余而腹中空空；旭烈兀热情豪爽热衷征战，似乎更热衷于；惟有忽必烈这个弟弟自幼苦读汉族诗书、城府颇深，最让蒙哥忌惮并且放心不下。
忽必烈在邢台、河南、京兆等地声势浩大且颇具成效地实行汉法，以及命令刘秉忠建设开平府（即后来的上都）等事件，隧成为蒙哥、忽必烈兄弟二人产生矛盾的导火索。其实，就以后者所建的开平府而言，无论从哪个角度看，城市规模和繁华程度上看，都不能和中原的任何一座城市相比，最多就是一个可以长期居住的小城镇而已。
但是开平府这座城池的修建，不仅是忽必烈“汉化”及其将蒙古人游牧生活改造为汉地农耕生活方式的重大改变，而且鉴于开平府居于漠北蒙古本部和漠南中原之间的优越地理位置，使得忽必烈对南北两方面的情况进行通盘考量和掌握，战略局面大为改观。但是这个完全由蒙古人口控制的城市，极大颠覆了当时王公、贵族中的保守势力的心理和心态，因为定居生活方式改变了铁木真以来逐水而居的游牧生活方式，而生活方式改变的同时必然也要触及到一批守旧派的利益。于是众口铄金，这些保守势力通过各种渠道和方式不断在蒙哥及其亲信面前“聒噪”，逐渐让蒙哥对忽必烈失去了信任，甚至认为这位弟弟“居心叵测”，至少也是“心怀不轨”。
历史事实的确如此。忽必烈正是由于采用“汉法”，极大地增强了自己的实力，为蒙哥去世后获取天下、统一中国、建立元朝奠定了雄厚的基础，当然这是后话。
忽必烈没有执行蒙哥和黄金家族一贯的屠杀百姓和单纯劫掠物质财富的做法，反而听取了汉族谋士的建议，在金朝故地的河南设立经略使，统筹安排汉族百姓安居生活和实施屯田，还建立了规模巨大的粮食储备仓库，并且在各州县设立专职官员监察朝廷委派的蒙古官员施政中的不当行为，久而久之，汉地粮秣财富多数进入了忽必烈的口袋，而从帝都哈拉和林派出的燕京行省达鲁花赤倒没事可做了，这一点让蒙哥大为震怒。
蒙哥面对积极实施汉法的忽必烈，对这位久有大志的皇弟，心怀巨大疑虑和恐惧，于是他率先发难，准备下令以预防和惩治经济犯罪为名，目的是借机对忽必烈在汉地的一些做法和其骨干人员进行进行打击，以便削弱忽必烈，加强自己对帝国的特别是汉地的控制力，这个事件史称“蒙哥理算”。
好在担任蒙哥近臣的耶律楚材之子耶律铸，及时将消息通报了忽必烈。起先，忽必烈认为自己已经羽翼丰满，加上他对盘踞在蒙哥身边的保守落后分子的不满，看到兄长这次磨刀霍霍，大有不达目的不罢休的架势，也不甘示弱，连夜调集嫡系大将，准备以武力进行反制和抗衡。在冷静下来以后，忽必烈又紧急召集自己一向言听计从的汉族谋士们的意见，姚枢等人帮助他客观分析了当时各方的形势，认为蒙哥依然拥有无上的权威和军力，公然的对抗或者继续我行我素都不是正确的选项，当务之急是应该赶快消除他的顾虑和恼怒，全力以赴首先灭亡南宋，待时机到来时再图大事。
聪明的忽必烈欣然听从，并且主动前往屯兵于六盘山的蒙哥大帐“负荆请罪”。未到六盘山，忽必烈就见到了蒙哥，自幼感情甚笃的兄弟二人把酒换盏、一释前嫌——抱定虔诚解释、说明和请罪姿态的忽必烈，以雄辩的事实和数据，向蒙哥详细阐述了用汉法治理国家的种种好处，以及爱惜民力的“王道思想”对蒙古人征服战争的巨大作用，并一再保证自己决无反蒙哥之意，希望继续作为“马前卒”为兄长和帝国效力。
我们看到，在忽必烈征服吐蕃和大理等地的作战中，已经充分显示了他的优秀军事素养特别是收服民心的才能，反观蒙哥，由于曾经长期在西征军中作战，却对中原的战法不甚了了，所以在理算之前，原本打算命忽必烈继续率领蒙古和汉族军阀组成的联军消灭南宋军队。但是巨大的疑虑和恐惧，使得蒙哥尽管在表面上原谅了这位皇弟，然而还是于1257年剥夺了忽必烈统帅征宋东路军的统帅资格，同时派出亲信大臣阿难答儿、刘太平等人前往中原，分别就任陕西行省丞相和参政知事，以“钩考钱物”（即清理财务、清理算账）名义，下令裁撤忽必烈在中原地区所设立的所有政治机构，从而夺回汉地的军政实权；蒙哥还宣布亲征南宋，兼任西路军“司令”，这样，忽必烈原先掌握的军队，就不得不归于宪宗蒙哥汗旗下了，这也在冥冥之中注定了蒙哥在日后钓鱼城之战中折戟巴蜀的悲剧性命运。
忽必烈对以上针对自己的具体措施，采取了非常灵活和大力退让的策略，他交出了陕西、河南、邢州等汉地的实际控制权，撤出了在各地设置的藩府人员，裁撤了自己设置的安抚、经略、宣抚三司等政府部门及其下设机构。表面上看，忽必烈在全面妥协和退让，似乎完全没有还手之力，然而，这种战术性的收缩是为了实现战略性的前进——忽必烈更加坚定了夺权皇（汗）权的决心。
为了让这位皇弟不至于“无事生非”，宪宗蒙哥汗还命令忽必烈主持一场宗教大辩论，就帝国实施何种宗教政策或者倾向于哪种宗教，召集孔教（儒家）、道教和佛教等方面的代表人物进行面对面的公开论辩。
