一般而言，在京六部四品以上的官员、监察御史、皇帝近侍官员、太医院医官、钦天监官员以及王府官员，他们的升迁黜陟由皇帝亲自裁夺；六部五品以下的官员每三年由本部正官写出评语，送监察御史考核，再由户部复考；布政司四品以上、按察司和盐运司五品以上的官员，每三年由都察院考核，再送吏部复考，最后由皇帝裁夺；盐马、茶马、盐运、盐课提举司、军职首领官由布政司考核，送按察司复考；在京军职文官由监察御史考核；布政司和按察司的首领官、属官由本衙门正官考核，送都察院再考，最后由吏部复考。所有官员，均按照“称职者升，平常者复职，不称职者降”的原则升降任免。
所谓考察，主要侧重于官员的素质品行方面，而且其对象仅限于官员，不包括吏员。考察大抵包括御史台和按察司官员不定期外出巡视考察和地方官定期进京接受考察两种办法。地方官进京朝觐考察又称为外察，洪武初年规定府、州、县主官每年一次进京朝觐，称作“大计”，洪武十八年（1385年）以后改为三年一朝。其办法是，地主官限于朝觐之年的十二月二十五日到京，次年正旦朝觐皇帝，朝毕之后由吏部会同都察院进行考察，然后奏请皇帝定夺。
这种考察十分严格，绝不允许敷衍了事走过场，以洪武十八年为例，该年对全国四千一百一十七名地方官进行考察，称职者四百三十五人，不称职者四百七十一人，平常者两千八百九十七人，贪污者一百七十一人，（门内加榻半边）茸者一百四十三人。对于称职者，朱元璋在赐宴时令其坐着吃，平常者有宴无座站着吃，不称职者站在门口看着别人吃，贪污者交司法机构问罪，（门内加榻半边）茸者削职为民。此外，对于那些廉洁奉公的称职者，朱元璋除了予以嘉奖升迁外，还令将其善举书于家乡的旌善亭，使其光耀门楣；不称职且有劣迹者，除贬职之外，另将其劣迹书于家乡的申明亭，使其家族蒙羞。
朱元璋对官员的考察，不仅依赖政府相关部门，而且还发动士民百姓参与。在这方面，他曾颁布一条法规：自布政司到府、州、县的官吏，如非出自朝廷号令而私自巧立名目，取财害民；或者为政清廉，抚民有方的，允许境内耆民士人联名赴京状奏，以作为相关官吏升降赏罚的参考。另外，他还规定：凡有耆民赴京面奏事务者，虽无文引，所在关津把隘去处问清缘由后，即应放行，毋得阻挡！同时，对于那些因微疵细过而被捕入狱的官吏，倘若百姓能够自发地出面为其申诉，列举他们的政绩，朱元璋会下令将其释放，复其原职，甚至越级提拔。
自古以来，多是帝王令官吏监管百姓、治理百姓，称之“牧民”。到了朱元璋时代，世道一下子变了，皇帝反过来请百姓监视官吏，评论官吏。为保证这些办法的实施，朱元璋在具有法律效力的御制《大诰》中三令五申，指出：“今后布政司、府州县在役之吏、在闲之吏、城市乡村老奸巨滑顽民，专一起灭词讼，教唆陷人，通同官吏害及州里之间者，许城市乡村贤良方正豪杰之士，有能为民除害者，会议城市乡村，将老奸巨滑及在役之吏、在闲之吏绑缚赴京，罪除民患难，以安良民。敢有邀截阻挡者，枭令！”又说：“曩者所任之官，皆是不才无籍之徒，一到任后，即与吏员、皂隶、不才耆宿及一切顽恶泼皮，夤缘作弊，害我良民多矣。似此无籍之徒，其贪何厌，其恶何已？若不禁止，民何以堪！此诰一出，尔高年有德耆民及年壮豪杰者，助朕安尔良民。若靠有司辨民曲直，十九年来未见其人。今后所在有司官吏：若将刑名以是为非，以非为是，被冤枉者告及四邻，旁入公门，将刑房该吏拿付京来；若和买诸物，不还价钱，将礼房该吏拿来；若赋役不均，差贫卖富，将户房该吏拿来；若举保人才，扰害于民，将吏房该吏拿来；若勾补逃军力士，卖放正身，拿解同姓名者，邻里众证明白，助被害之家将兵房该吏拿来；若造作科敛，起解轮班人匠卖放，将工房该吏拿来。若民从朕命，着实为之，不一年之间，贪官污吏尽化为贤矣！为何？以其良民自辨是非，奸邪难以横出，由是逼成有司以为好官。其正官、首领官及一切人等，敢有阻挡者，其家族诛！”
虽然如此诸多保护百姓的法令，但是，官欺百姓，百姓怕官，则是数千年的传统，积习难改。为了能够真正保证百姓的切身利益，给他们撑腰，朱元璋命令各布政司、府、州、县各衙门，将各自所有工作人员的姓名和政府对百姓应征收的皇粮税赋，统统张榜公布于众。若政府对百姓有公务差遣，必须事前将名单写于唤民牌，然后由吏员、皂隶持牌下乡，按名差遣。对于那些额外科敛摊派、擅自下乡扰民的官吏，允许百姓将其捉拿赴京，由皇帝裁夺。据《大诰》记载，嘉定县民郭玄二等人，持《大诰》赴京状告本县首领弓兵杨凤春等人害民，遭到巡检何添观留难，又被弓兵马德旺索要钱财。事情最终捅到朱元璋那里，除杨凤春被斩首正法之外，索要钱财的马德旺也被砍头示众，无端留难的何添观则被砍掉双脚，带枷示众。
读到这里，细心的读者会发现，朱元璋的御制《大诰》中的许多条款和案例，处处以吏说事。之所以如此，乃是因为吏在元明时代是一个非常特殊的阶层。
笔者在第十章中曾经讲过，吏区别于有品级的政府官员，是各级衙门从事文秘书办以及其他具体性工作的事务人员，这个群体介于官与民之间，是国家诸多政策措施的直接执行者和经办人，亦即“天下诸司所用走卒”。正因为如此，在利益的诱惑和权力的蛊惑之下，许多吏员贪赃枉法、乱政虐民，为害百姓，这是元朝亡国的一个重要原因。朱元璋对使用吏的利弊洞若观火，他曾感叹地说：“天下诸司所用走卒不可无者，特簿书亦无可无者。然良家子弟一受是役，鲜有不为民害者！”由此可知他对吏这个阶层的无奈和厌恶。
在朱元璋看来，“吏”这个行当是口染缸，无论什么人跳进去都很难逃脱被染色的宿命。既然这个行当天生劣根，不可造就，索性就给它涂以鲜明标记，为大家提前示警。他采取的办法是在：政治上打压，在制度上防范，在地位上作贱。他规定，吏与娼优堕民一样，不得参加科举考试，不得与官宦之家通婚，其服饰不但不能使用丝绸材料，而且必须着黑色，与衙门服役的皂隶相同，因而又称皂吏。优伶娼家也只能着皂衣，无非他们头上多了一条绿巾，吏与这些人同等对待，可见他们社会地位之卑贱。此外，朱元璋还明确鼓励主管官员像对待奴仆一样驾驭和管制属下的吏员。洪武十九年（1386年）六月，苏州知府王观将奸邪府吏钱英杖死，朱元璋得到报告，遣使赐美酒嘉奖，诏书中称赞王观“秉公心，行正道，颇得驾下之方。如此，政令必行，奸邪斯远，境内隶清，民安有日矣”。朱元璋对待典吏极度厌恶的态度，由此可见一斑。
最后再来说说朱元璋对待官吏违法犯罪的态度。世人盛传朱元璋对待犯罪官吏的处罚手段极其残暴，这个问题要一分为二地去看待。朱元璋洞察人情世故入微，一般而言，对待官吏的公务性错误，他的处罚较轻，而对待贪赃枉法犯罪，他的处罚则极其严厉。洪武六年朱元璋对御史台主官说的一番话颇能代表他的心声：“古人言：‘礼义以待君子，刑戮加于小人。’盖君子有犯，或出于过误，可以情恕；小人之心奸诡百端，无所不至，若有犯，当按法去之，不尔，则遗民患。君子过，误责之以礼义，则自知愧悚，必思改为；彼小人者，不识廉耻，终无忌惮，所以不得不去之也。故朕于廉能之官，虽或有过，常加宥免，若贪虐之徒，虽小罪，亦不赦也。”
朱元璋是这么说的，也是这么做的。举个例子，洪武二十七年（1394年），浙江右布政使杨允、左参政罗钟、右参政李文华、以及湖州府知府王祯、归安县丞高彬等人以事被捕，因为他们犯的不是贪赃枉法之罪，朱元璋将他们全部赦免，官复原职。
另一方面，对于贪污害民官吏，则绝不轻饶。朱元璋对这类罪犯，除了施以笞、杖、徒、流、死五刑以外，对罪行严重者，他还往往法外用刑，对其施以黥刺、劓鼻、挑筋、剁指、断手、刖足、剜膝、刷洗、称竿、抽肠、阉割、凌迟等等酷刑。如此严刑峻法仍不能吓阻一些贪婪之徒，朱元璋无奈又气愤地感叹道：“本欲除贪赃官吏，奈何朝杀而夕犯！”于是，更加苛刻法令，规定：受赃四十贯即处流放，受赃一百贯即处绞罪，受赃六十两枭首示众并剥皮实草。当时，全国各府州县及卫所衙门左首的土地庙均被人们称作剥皮庙或皮场庙，贪官被押到此处斩首剥皮，脑袋被悬于长竿之上，皮囊则被塞实稻草，摆放在官衙大堂公座之侧，用以震慑继任官员，情形着实恐怖！
即便采用如此严酷的打击手段，贪官污吏仍未绝迹。朱元璋恼恨之余，干脆下令：“今后犯赃者，不分轻重皆诛之！”这位开国帝王，一言九鼎，说到做到，分别于洪武八年（1375年）和洪武十八年（1385年）对贪官污吏进行大规模集中清洗，两案被杀官吏及连坐家属竟达七、八万人之多，这就是历史上有名的“空印案”和“郭桓案”。
空印案的原委是这样的：明朝建国之后，国家实行月报制度，各地府州县必须户口、钱粮、军需、讼狱等数据逐月呈报给上级政府。洪武六年（1373年）年改为季报和岁报。此外，各府州县年终还须派计吏到京城向户部呈报当地政府的户口和收支帐目。只有当各地政府呈报的帐目数字与各布政司提供的帐目数字完全相符时，户部审核才能通过，否则，报帐计吏呈递的表册将会被驳回重造，然后盖上各自政府的大印。由于各地政府距京师动辄数千里之遥，若报帐计吏返回当地用印，往往会耗费月余甚至数月时间，错过报帐日期。为避免出现这种麻烦，报帐计吏赴京时都带上预先盖好官印的空白表册，以备不时之需。这种做法固然不合法，但是作为权宜之计，也不有悖情理，因为这种加盖官印的空白表册，除了向户部报帐之外，再无其它用途，所以，上至户部官员，下至地方长官、报帐计吏，早已习惯成自然，并未觉得有何不妥之处。洪武八年（1375年），朱元璋闻听此事，认为这些官吏以空白印纸在京城闭门造车，不仅尸位素餐，而且有欺君之嫌，顿时龙颜震怒，下令将户部尚书周肃、各布政司、按察司主官数十人以及各府州县主官和掌印吏全部处死，报帐计吏等涉案吏员杖打一百，发配边疆充军。
前文刚刚讲过，明初全国共有一千多个府州县，按每地至少处死两名官吏计算，此案应有不下三千官吏被杀。更令人震惊的是，被杀官吏中有一半人乃是各布政司、府、州、县的一把手！皇帝以一件小事为由，如此大幅面、高规格地斩杀作为自己统治鹰犬的臣属，这种做法，古今中外，闻所未闻！
再来说说郭桓案。该案原本是一桩普通的贪污舞弊案件：洪武十八年（1385年）三月，御史余敏、丁举向皇帝举报户部右侍郎郭桓、胡益等人串通北平布政司、按察司官吏李或（或加两画）、赵全德等人营私舞弊，侵盗官粮。朱元璋获奏大怒，命令将人犯收监下狱，采用刨根问底的追赃办法，严刑审讯，牵扯出刑部尚书王惠迪、礼部尚书赵瑁、工部侍郎麦至德、兵部侍郎王志等朝廷要员。上述人犯的供词又牵扯到各布政司的官吏，布政司的人犯又供出各府州县的官吏，府州县的人犯供出当地富民地主……如此枝蔓相牵，入狱被杀者达数万人。按照《明史·刑法志》的说法，六部自侍郎以下的官吏皆处死，牵连地方官吏、富民数万人，中产之家大抵皆破。借用朱元璋的话来说：“郭桓赃罪发露，天下诸司尽皆赃罪，系狱者数万，尽皆拟罪！”足见此案牵连范围之广。
这些人被杀其实也不算冤枉，据当年十月朱元璋的御制《大诰》所记录，此案人犯所贪污的钱粮，就算最保守估计，折合精粮也有二千四百余万石，其中，仅追回的赃粮就达七百万石！如此巨大的贪污数字，难怪朱元璋震怒异常。然而，斩杀数万人，打击幅面毕竟太广，许多官僚、地主于恐慌不满之余，转而控告负责办案审讯的御史和法官，并指责朝廷实行“一刀切”主义，玉石不分。朱元璋一来担心众怒难犯，引发新的矛盾；二来由于此案过于庞大，办案审讯人员确有疏漏错误之处。于是，下令将右审刑官吴庸等人处以磔刑，以期平息众怨。
以上是“空印案”和“郭桓案”的大致概况。客观地分析，这两起案件放在中国的绝大多数朝代来看，都称不上是什么令人发指的要案，值得国家的最高决策者如此痛下杀手。空印案，定罪依据不足，将各级行政长官不分贤愚一概诛杀，确实会令一些人感到冤枉。郭桓案看起来涉案数额巨大，但这个数字是全国所有贪官污吏多年来累计作案的结果，具体在个人身上，肯定会有不少人数额不大，他们因此被杀，着实有些冤枉。以朱元璋的精明和清醒，他不可能不明白这个道理，之所以将两起案件人为放大，对贪官污吏地主富人白刃相见，大概是缘自他骨子里的仇官、仇富、仇贪、仇庸等情结，是一种恨铁不成钢心理的具体表露。回过头来看，读者会发现，这两起大案正是他那句九鼎之言——“今后犯赃者，不分轻重皆诛之”的充分实践。
