但不管是教育需要，还是驿马司的宣传需要，或者是整顿财政时，都必须要解决一个问题，那就是印刷术。
虽然这时候已经有活字印刷术，但所用的多数都采用雕版，这里有活字本身的一些局限性的原因，包括字符大小，活字印模的制作等，而雕版技术相对成熟很多，如果用凹版雕版印刷，印模制作已经相当容易，只需按着反写在铜板上的字用刻刀刻出细线就可以，但这种印刷方式若是将留白处印染则非常耗墨，它的成本就要比凸版高，若是留白处不印染，则要顺着凹糟上墨，再将凹糟边上的留墨擦掉，只留下凹糟内的油墨复印到纸上，这样的方式势必降低印刷速度。
因此不管是活字还是雕版都无法满足大量课本，还有每十日一期的《驿报》的印刷，万历看中的是较为经济又可以实现的平板印刷术。
平板印刷术的技术并不难实现，只是长久以来人们没有明白其原理而已。
平板印刷术应用的是水与油脂不相混合的原理，先在板上用含有很高油脂的印纹墨描划出要印刷的图样文字，等印纹墨干燥后，用水将整个版面湿润，描有印纹墨的地方因为带有油脂而排斥水，而空白处因为没有油脂而积有水份，这时再将油墨涂抹到板上，带有水份的空白处则不会上墨，而原先带有油脂的描绘部份则沾染了墨水，最后只需将纸覆其上就完成了印刷工序。
印纹墨的制作方法也很简单，只需将墨水的油脂比例增加就可制得，不需要任何后世的技术就能完成。一分皂角（古人用的洗涤用品，皂荚树湿豆科乔木，每到深秋，树上长着一串串长长的豆荚，叫做皂荚，也叫皂角，比现代工业生产的肥皂要更加安全与环保，宋代庄季裕的《鸡肋篇》中有介绍）、四分水、五分腊或加入一些动物油、再倒入适当的颜料（颜料是为便以书写时看的清描绘的痕迹，可以是任何颜色，与性能无关），放在锅中熬煮搅拌，皂角可以使得腊与动物油能充分的与水溶合，将其煮至七分就可变成油状的粘稠液体。这样的制作方法也是古代制作墨棒的方法，只是含油脂比例不同，油脂含量越高就越容易冻洁成块，再在油墨中加入适当的生石灰（干燥剂）等就可以了。
万历在电脑的帮助下终于在汉经厂里制出第一台平版印刷机。印刷机为长方桌型的木质框架在木质框架水平中部设一工作平台，平台中间放置印版，称为印台。印台由一平板和四件夹块构成，将印版放在平板上，再用夹块将其夹紧，这样可以使得印刷机放置不同大小的印版。夹块要比印版稍高出一些，原先已经裁切好大小的纸张只要放入槽中就可以，而不用人工的对齐，少了工时又便于正反两面印刷。再在左右两块夹块各设一槽，左边放水，右边放印墨。在平台上方框架的前后两侧木板上各挖空两道长槽，在对应的长槽间置一个木棒，在木棒中间连着一个用棉纱布制成的刷子，刷子朝下的一面直接浸在放有水与印墨的槽中，放水的称为水刷，放墨的称为墨刷。再在夹合纱布的木板上设一糟固定住一个铁块，使刷子具有一定向下的压力。然后在框架右侧上方设一类似台灯那样可以头尾转动的机械臂，机械臂末端设一木板，使木板从右侧向内翻是，刚好压在印版上，这就叫压板，压板的大小可因印版大小更换。再在机械臂与框架相连处，向着外侧设一倾斜挡板，使压板回收时可以依靠挡板布而不会直接翻到地上，提高了操作的便利。
工人只需站在印刷机一侧，用手握住长出框架的两根连着水刷与墨刷的木棒，将水刷左往右托则在中间的印版上抹水，再拉回去则可以使版面上的水份更加均匀，而上墨则是将墨刷从右向左托拉，但因为油墨较为粘稠，因此上墨的刷子上放的铁块要重一些，加大压力使油墨更容易均匀的依附在印版上。接下来就是把纸在印版上摆好，将压板放到纸上稍微用力压一下，就可在纸与印版接触的这一面印出成品。
这一台印刷机可由一人操作也可由两人操作，主要看印版的大小决定，如印刷八份书页大小的《驿报》则要由两个人操作，印书时也多采用这样的尺寸，一次就可印制八页，比活字版或雕版的印刷速度都要高出许多。八页大小也已经是这种机械的最大尺寸了，再大就会使印品边缘着墨不均。
但这种印刷方法仍然无法满足货币印制的需要，因为单从印刷质量上来说，用雕版也能实现，因此就无法保证货币印刷所需的别人无法仿制的技术上的特殊性。而发行纸币是万历整个财政制度中最为重要的一环，并且通过纸币的发行可以确立金本位的财政体系，改变现在的金银比值，使得外国人无法从中获利。
另外，一边忙着学院的事，一边忙着印刷机，这两个月来万历还着做了两件突发的事，第一件就是在十一月初八，冬至时参加了祭天大典。祭祀是作为帝王所必须要完成的一个任务，万历不管多么无心参与其中，但依然必须要保留下冬至祭天与立春祭地两个最为重要的仪式。所不同的是，自己口中的念出的祭文不再是原来那种感谢上苍和为帝王自身表功，由翰林院高手们堆砌出来的美丽词表，而是把祭祀做为一个国策发布的场合，这一次自己在祭文中着重提及“反腐倡廉，整顿吏制”的主张，也为这两个多月来在朝廷里刮起的反贪风暴定了性，那就是我并非是一个滥杀的皇帝，只是那些人该杀而已。同时，让通政院的驿马司将这份国策祭文做为试验在全国各地公布。
第二件事则是山东等地发生瘟疫的事情，这一次于三个月前开始在山东一带发生的疫情，是被称为大头瘟的传染性疾病，等当地官府反应过来并上报朝廷时，已有一万多人被夺去了性命。这当中有官员渎职的问题，也有缺少应急机制的问题，这也是要专门成立一个灾害防治司的原因。在古代不管发生什么样的疫情，它的危害性要远远大于后世，后世发生过的在全球都引起恐慌的“非典”，同样也是一种无法完全治愈的传染病，可在全球数个国家漫延数月也不过才夺去几千人的性命而已，可在古代任何一种瘟疫都会使得数万甚至是数十万人死亡，这就不仅仅是医学水平落后所造成的，更多的是人的意识问题造成的。如果一早就能发现并拿出处理方式，将染病的人隔离起来，疫情将会得到控制，不至于漫延开来。
大头瘟在此时是一种比较常见的疫情，通过接触传染，属于急性传染病，初时会有伤害症状，随后面部会出现红肿，并伴有巨烈的疼痛。按中医的说法是因为季节温度变化在人体内引发风热时毒所致，西医将之名为颜面丹毒，或者流行性腮腺炎，实际上这一疾病主要是因为营养不良、人体免疫力下降引起的，因此在后世这一疾病已经很少发生。做为一名医生，万历每当听到到“病”这一个字，出于职业本能，总会心里特别留意，到了这世上做了几个月的皇帝，这种本能反应一旦发生，就可以用澎湃二字形容，这也是他热衷于办医学院的原因。当然，他也没忘了利用这份“热情”为自己身上涂上一层金光，当了一回“神棍”，除了让吏部将疫情最为严重的充州府知府革职查办外，还说是仙人托梦，告诉自己二方，一为内服的柴胡石膏汤可去病，二为外敷的三黄二香散可减面部肿痛，这二方都是后人的研究出来的有效药方，万历从电脑里抄出来的。同时，由灾害防治司疫情官署派人召集了一批医生带上大量所需药材赶往当地，并且万历还跟他们嘱咐了一些后世的应急处理方式，并责成他们到了当地要总结经验，回来后要拿出一套有效的应急方案并在全国推广，建立灾情防治机制。另外，还让现在还没被工部接收，暂时还挂在内务府下的织工局加紧生产
