要说这危害皇帝性命的事，在明朝这也不是第一次，嘉靖二十一年世宗皇帝就差一点被一宫婢给活活掐死。但万历也没有说错，像昨夜一样领着人拿着刀枪冲进宫来的，还真是第一次。但不管是何种形式，这样的事势必都会带来一些改变，这样的改变往往容易被人接受，不过，并不代表就不会有人反对。
明朝的文官反对皇帝的作法，其实也不见得猛如虎、凶如狼，看的是皇帝如何处制。世宗沉迷修道，贻误国事，官员们是反对之声四起。嘉靖十八年九月，世宗欲让太子监国，以便自己能潜心修道，太仆寺卿杨最上疏反对。世宗大怒：别人想当皇帝那叫造反，可自己是让自己儿子来当，说好了可是叫做退位让贤啊，再说，你们不是一直说我修道不对，不配为君父吗？那干脆这个皇帝我不当了，不也随了你们的意吗？这也来反对，那岂不是有心找碴？
于是，杨最被拉到东厂拷打至死。
嘉靖二十年正月，御史杨爵上疏让世宗不要修道，世宗看了再次大怒，做皇帝的有点个人爱好不算过份吧？不练也练了这么多年了，你现在还跑出来说三道四，岂不是自找麻烦？既然这样那就成全你吧，于是杨爵被拉到东厂“长系”，也就相当于判了个无期徒刑。以后人的历史眼光去看待嘉靖修道也确实是错的，文官们的反对是在理的，可就是在理，官员们还是不敢再拿修道说事了，就连后来海瑞抬棺进谏时，也只是用隐喻的方式而不敢明着提修道误国。
嘉靖用的是强硬的手段，将文官们给压制住了，可历史上的万历采用的是一种消极对抗，助长了言官们的气焰，以致使后来东林党人跳到了历史前台，你不是不管吗？那我就可着劲的说，把话说开了，说大了，名声也就传出去了，这就是“清流”的想法。
要说“清流”是奸的，倒也说不上，顶多就是空谈误国或者追逐私名，正是他们四处奔走，呼喊口号，才使得万历的无为被突显了出来。在史书的评述上，嘉靖的名声要好于万历，可真论起功绩、能力，万历绝不差于嘉靖。嘉靖平定倭患还有胡宗宪与戚继光可用，可万历三大征时，若不是万历一人支撑，统筹应付，那结局就不是现在这样了。这种名声的差异有两个人所背负的历史责任不同的影响外，还有就是出在万历的无为之上，当到处批评声四起，不无能也被说的无能了，所有的功绩也就被淹盖了，当到处都是“清流”涌动而自己却无视待之，那么浊的只能是自己。
史书上暴君要比昏君更能得到厚载一笔，秦始皇被骂为暴君的同时，谁也不会忘记他统一天下的千秋功绩，甚至在很多人看来，若不是他的“暴”，根本就不可能平定六国。帝王者不用或乱用手中权柄可谓之昏，而过度使用则是暴，暴君名声虽臭却能流传千古，而昏君名声也臭却被淹没在历史洪流之中。
对于现在的这个万历来说，他所选择的路就是一个从昏君到暴君，最后再变成名君的过程。现在的形式可看成是一枚炸弹，这大明朝的官场吏制就是炸弹的外壳，之前万历自行其事，使的朝内人心惶惶，又怂怂欲动，这些就是不断往手雷里填入的火yao，在大家还没找着方向的时候，突然借着冯保造反这一引线点燃了火yao，从而将官场吏制瞬时间炸响。
但这种瞬时加到官员身上的高压，绝不是长久之计，必须借着这个机会完善制度，以制度的方式将自己的集权延续下去。
明代的开国皇帝朱元璋是一个多疑的人，正是他的多疑，才在明时制定了一套算是完善的官员监督体系。除督察院及东西二厂外，还有一个六科廊房和一个通政司，六科廊房派出给事中到各部监督，将各部情事上报于皇上，从而让皇上能了解各部实情。通政司的行政职能与六科廊房多有交叉重复，做的也是下情上达的工作，只是通政司不派人常驻各部。利用职能的重复性，皇上就可以通过个部门上传的两份情报进行对比，加以判断真伪。
但随着后来内阁的权力越来越大，各监督部门的作用也就下降了，六科廊房因是派驻性质，早就被同流合污了，而通政司及督察院到了严嵩手中，也从原来的还有些作用变成彻底的腐败，最终成为文官集团内部斗争和功击皇帝的一种工具，唯一还能信任的就是东厂这种建立在各部之外的情报机构，也就难怪明朝皇帝要重用阉党。
造成这一现象的主要原因，就在于权力分配上的失衡，在内阁六部权力加大的同时，监督机构的权力却没有跟着加强，甚至内阁六部还有管理监督机构人事的权力，这就使得监督机构更加的依附其上，从而丧失了监督能力。
在万历设想中，东厂依然要保留，名称也不更改，东厂这两个字对于官员来说已经是烙在心口的印记，单就这两个字就是一种监督。但功能职责上要加以区分，南镇抚司将做为专门对外的情报机构，北镇抚司则是对内的情报搜集，这两个部门都将只有监督权而不具有司法权力。在前面一段时期内，依然不让东厂受文官的监督，以免被侵蚀，也为了自己便于暗中做些上不了台面的事，有王德坐镇应该可以度过这一时期，等到吏制上了正轨后，再一起并入整套监督系统之内。
另外，将督察院的地位提高，使其能独立于内阁之外，直属于皇帝，将海瑞赐为二品就是出于这一考虑（明时六部及督察院主官的品级只有三品），同时，也只有海瑞这样与文官集团没有多少关系，又执拗清廉的人，才能做到将督察院独立划割出来，这也是万历用他的原因。再将督察院的人事任免权从吏部分开，除去督御史及左右正副御史由皇帝亲自可从其它部门抽调任免外，督察院其余的人事安排，人员皆要出自督察院内部，由督察院自己负责，其它部门的人员要想进入督察院任职必须通过考核，十三道正副御史的任免，需呈报皇帝批准。同时，任何任免都要交由吏部备案，吏部若是对任免有异意，可直接向皇帝提出，并付于各部对督察院的监督权，督察院同样不具有司法审判的权力，它的职责就像是后世的纪律委员会，司法权力仍然归刑部负责，以此形成政纪分离又互为监督的情况。
