哈布斯堡皇室的权势，在腓特烈三世之子马克西米连一世(Maximilian I)统治期间(1493年-1519年)，通过皇室联姻，得以进一步增强。
马西米连本人，于1477年8月18日迎娶勃艮地公爵独女玛利(Mary of Burgundy)。这段姻缘，将属于勃艮第公国的，自法国南部至荷兰、比利时的领地通通并入哈布斯堡皇室领地。
马西米连的儿子美男子菲利浦(Philip the Handsome)，于1496年，迎娶西班牙女王储胡安娜，开创了西班牙哈布斯堡王朝。不过，菲利浦将母亲勃艮地公爵的领地也带入西班牙王室，种下了西班牙与法兰西冲突的火种。
马西米连的孙子，日后的神圣罗马皇帝费迪南一世(Ferdinand I)于1521年5月25日 迎娶了波希米亚郡主安妮(Anne of Bohemia)，次年，费迪南的妹妹玛利亚郡主(Maria of Austria)嫁与匈牙利兼波希米亚国王路易二世(Louis II of Hungary & Bohemia)，这两段婚姻为日后奥地利吞并波希米亚和奥匈合组二元帝国埋下伏线。
马西米连的儿孙，多与外国王族通婚，哈布斯堡王朝在欧洲的影响，大大增强。
马西米连精心安排的政治婚姻，使他的孙子查理五世(西班牙称卡洛斯一世)成为欧洲的霸主。
1506年，查理的父亲美男子菲利浦英年早逝，查理便继承了勃艮地公爵一职，成为了尼德兰(今日的荷兰和比利时)的统治者。
1516年，查理的外祖父，阿拉贡国王费迪南二世病逝，查理因此成为了西班牙国王卡洛斯一世。自此，西班牙全国、意大利南部的西西里岛、萨丁岛、那不勒斯王国以及西班牙在美洲的殖民地都成了哈布斯堡王朝的管治领域。
1519年，查理的祖父，神圣罗马皇帝马西米连一世病逝，查理继承帝位成为查理五世，并承继了家族对奥地利和阿尔萨斯的管治。
此时，查理五世成了统治最多领土的欧洲君主，不过仍然不断出征，如对付基督新教徒以及颚图曼帝国的入侵。因此，查理五世所统治国家的内政，多由他的代理人处理，在西班牙的代理人是他的儿子菲利浦王子，而在奥地利是他的弟弟费迪南大公。
虽然，哈布斯堡皇朝的领地面积已冠全欧，但皇朝为扩张而进行的征战一直继续。
1526年8月29日，匈牙利兼波西米亚国王路易二世与颚图曼土耳其苏丹"奇迹王"苏莱曼一世，在匈牙利首都布达佩斯附近的摩哈赤激战，史称第一次摩哈赤战役。土耳其军战胜匈牙利军，路易不幸战死沙场。
但颚图曼帝国并无长期占领匈牙利，反而在9月时撤军。此时，神圣罗马皇帝查理五世的弟弟，奥地利大公费迪南以路易的姐夫身分继承匈牙利和波西米亚国王。虽然在匈牙利出现了争位者，但很快便被平定。自此，匈牙利、波西米亚和摩拉维亚一直在哈布斯堡皇朝的管治之下，直至1918年。而西里西亚(今日波兰南部)也暂时成为哈布斯堡皇朝的领地。
1556年，查理五世自觉年老，因此决定将西班牙王位和奥地利大公分别让与他的两位代理人，并让他们各自的子孙世袭他们自己的王位，不得互传。自此，哈布斯堡王朝正式分为奥地利分支和西班牙分支，查理五世时期一人统领王朝领地的局面也不再出现。
1556年，查理五世将奥地利大公之位让与其弟匈牙利及波希米亚国王斐迪南一世，并立费迪南为神圣罗马帝位的继承人。但根据查理的遗嘱，费迪南及其子裔丧失了继承为西班牙国王的权利。此举使费迪南成为了奥地利哈布斯堡皇朝的首位君主。
自此，奥地利哈布斯堡皇朝统治奥地利，匈牙利及波希米亚直至1740年，历10代君主，这二百多年亦是欧洲历史上战争最多的时期。
1504年卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉(Isabella of Castile)病逝。由于，她与阿拉贡国王费迪南二世(Ferdinand II of Aragon)所生的儿子都不幸夭折，在伊莎贝拉身故以后，女王储胡安娜(Joanna the Mad)继承卡斯蒂利亚王位。神圣罗马皇帝马西米连一世的儿子菲利浦以胡安娜的王夫的身分，和岳父费迪南一起监国。
1516年，费迪南病逝后，胡安娜和菲利浦的儿子，勃艮地公爵查理(西班牙语名：卡洛斯；德语名：卡尔)继承西班牙(卡斯蒂利亚和阿拉贡)王位，是为卡洛斯一世，其后于1556年将西班牙王位让与其子菲利浦二世(Philip II)，并废除了菲利浦及其后裔继承奥地利爵位的权利，正式揭开了西班牙哈布斯堡王朝的序页。
1700年，西班牙国王卡洛斯二世的去世，结束了哈布斯堡家族对西班牙历5代的统治。在宫廷权贵的压力下，他把王位传给了他的姑母，菲利浦三世之女玛丽亚-特蕾莎与法王路易十四的孙子安茹公爵菲利普，对此强烈不满的哈布斯堡奥地利分支与英国结盟，与法国开战，史称西班牙王位继承战争，最终西班牙波旁王朝将西属尼德兰、那不勒斯王国、撒丁岛、西西里岛以及其他一部分意大利领地归还奥地利，以换取奥地利承认波旁王室的西班牙王位继承权。
1740年10月20日，神圣罗马帝国皇帝卡尔六世去世。卡尔和他的兄长都没有男性后裔，因此他的长女玛丽亚-特里萨继承了他奥地利大公、波希米亚和匈牙利的王位。而他的女婿洛林公爵弗朗茨于1745年9月13日，当选神圣罗马皇帝。此后，弗朗茨皇帝将妻子的姓氏加在自己姓氏的前面，他们的后裔都采用“哈布斯堡-洛林”的姓氏。
