16世纪里，在西班牙的皇帝们看来，西班牙帝国面临的问题中最重要的肯定是那些打不完的战争。整个16世纪和17世纪上半叶，西班牙一直在打仗，不是在陆地上打，就是在海上打。查理五世一生几乎都是在马背上度过，他的继承人菲利普二世也差不多。这期间在陆地上打的战争，有1494-1559年的意大利战争，战争双方是西班牙与法国；与德国新教诸侯的战争，从16世纪30年代打到1555年；16世纪下半叶，主要是镇压尼德兰的革命，实际上也是天主教皇帝与尼德兰新教徒的战争，与此同时，西班牙还介入法国内战，但最后被赶出了法国。到17世纪上半叶，更有席卷欧洲许多国家的三十年战争。
这些战争与帝国本身的弱点，即与客观条件有密切关系。西班牙帝国从一开始就有两个弱点。一个是通过继承关系获得了许多领土，但这些领土太过分散，实际上各地之间从来没有结合成一个真正统一的国家，而且一些地区内部存在着民族独立的要求；另一个是，它由此继承了领导西欧各国反抗奥斯曼帝国向西扩张的责任。这两个问题纠缠在一起，使帝国疲于奔命，但又吃力不讨好。当然，这里所说的“客观条件”是相对的，因为皇帝的主观追求也掺和其中而难解难分。
（一）与法国和土耳其人的战争
我们在讲述西班牙帝国兴起时讲到过它与法国的战争，这场战争是它称霸欧洲的标志，但这场战争中也暴露了它的许多问题。到了16世纪30年代，它与法国的战争及它与奥斯曼帝国（即通常讲的土耳其帝国）的战争开始纠缠在一起，使西班牙付出了极大的代价。
1.反历史潮流的全球王朝理想
法国人1525年在巴威亚战败后，马上开始寻找新的力量，准备与查理五世长期抗衡。第二年，法国国王法兰西斯一世就与威尼斯、教皇克莱芒七世（1523-1534）、佛罗伦萨、米兰等组成同盟，这些政治力量都害怕查理五世帝国过度膨胀，威胁它们的生存。到30年代，法国还与奥斯曼帝国签订了“特惠条约”，同时鼓动北非的伊斯兰势力劫掠西班牙的海岸和商船。法国与奥斯曼的结盟令基督教世界大为震惊，被指责为“邪恶的联盟”、“百合花和新月的渎圣的结合”等等。
实际上这种结合反映了近代初期的一种新变化：民族利益开始高于宗教利益。当宗教与民族利益一致的时候，这些统治者都是虔诚的教徒，利用宗教来巩固自己的统治；当不一致的时候，则以民族利益为重，也就是以自己的统治稳定为重。当然，作为一个基督教的国家，法国在支持土耳其人方面并没有走得太远，但这种结合强有力地抑制了西班牙帝国的扩张，消耗了它的国力。另外，通过与奥斯曼结盟法国获得了在地中海东部贸易的权利，加强了地中海航线与大西洋航线的竞争。
在这种情况下，查理五世是否可以不与奥斯曼帝国打仗呢？似乎不太容易，与奥斯曼的战争一定程度上是不可避免的。查理五世继承了太多的领土，也继承了太多的“责任”。作为哈布斯堡王朝的继承人，他必须承担起阻挡奥斯曼帝国向西扩张的重任，哈布斯堡王朝本身就是15世纪里由于领导欧洲人抗击奥斯曼向西扩张的必要性而强大起来的。但如果查理五世对这种责任与他的能力有个正确的估计，事情可能会好一些，可惜他可能很少考虑这样的问题。当时的历史潮流是民族国家的形成，而他的帝国则是一个超民族的帝国。当他走上帝位时只有19岁，正是风华正茂、踌躇满志的时候。他总觉得他能办成他想办的事情。他就任后，有人曾这样恭维和吹捧他：“既然上帝给予您极大的恩泽，使您升居基督教世界所有的国王和所有的君主之上，使您的威势如此之大，以致迄今只有您的前任查理大帝才有这样大的威势，因此，您现在正在通向全球王朝的道路上，即将把基督教世界集合在惟一的一个牧羊人之下。”对这些话，查理五世并不怀疑，全球王朝的理想就是他的梦想。这种带有宗教狂热的梦想演变为他一系列的内外政策。
2.出征北非
毫无所得在查理五世看来，与奥斯曼打仗是镇压异端的一部分，是他义不容辞的责任。这时的奥斯曼帝国正成为当时世界上最强大的国家之一，控制了地中海东部和除突尼斯以外的北非，并不断向中欧和南欧进犯。对于奥斯曼帝国的这种发展态势，德意志的许多诸侯甚至教皇都持容忍态度。
但查理五世不能容忍，因为哈布斯堡王朝在中欧的地盘、在意大利的领地都受到了严重威胁，奥斯曼帝国在北非的力量还经常骚扰伊比利亚半岛的海岸。特别是，查理五世让神圣罗马帝国的光环照得晕头转向，他想像制止法国扩张那样，打败奥斯曼帝国史上最伟大的苏丹苏莱曼大帝（1520-1566）。当然，他知道这需要寻找机会。
不久，机会来了。1534年，突尼斯哈夫斯王朝发生王位继承权之争，海盗巴巴洛萨·赫尔丁乘机攻入突尼斯城，废黜了苏丹穆莱·哈桑，统治了这个国家。这位海盗长着乱蓬蓬的头发和红色的胡子，人称“红胡子”。哈桑派遣一名使臣向查理五世称臣，表示要永远做他的附庸。
1535年查理五世在巴塞罗那聚集了300艘战船，他自己亲自登上一艘飘扬着80面金色帆布旗帜的豪华大船，驶向突尼斯海岸。30000将士在迦太基废墟附近登陆，红胡子逃往阿尔及尔。哈桑恢复了王位，作为报答，他向查理称臣纳贡，并释放了20000基督教徒的奴隶。查理高奏凯歌，经意大利南部的巴勒莫、墨西拿等地而归，到处受到热烈的欢迎。入城时，他的一些燕尾旗上写着“从旭日东升直到夕阳西下”，大概也就是日不落帝国的意思。因为这时的西班牙帝国横跨地球上好几个洲。
这次胜利使查理五世冲昏了头脑，他决定前往阿尔及尔讨伐。1541年他集中了260艘战船，浩浩荡荡向阿尔及尔海岸驶来。但一阵可怕的暴风雨向船队袭来，查理损失了114条战船。舰队好不容易在离阿尔及尔20公里的地方登陆，这里连着下了几个小时的倾盆大雨，帝国的士兵被浇得晕头转向，两脚陷在泥浆中，而阿拉伯人则像胡蜂般地包围过来。
帝国的残余士兵好不容易才退回到他们的军舰所停靠的地方。查理五世垂头丧气地回到了欧洲。这时，奥斯曼帝国处于巅峰状态。欧洲各国都采取了守势，查理也一时无计可施。
3.消耗极大的勒班陀大捷
查理五世败退回国后，他的帝国与奥斯曼帝国在地中海上仍不断发生冲突。1565年，奥斯曼帝国的海军围攻马尔他岛，守卫该岛的圣约翰骑士团拼死抵抗，一直坚守到援军前来，迫使土耳其人撤退。
1571年，土耳其人占领了塞浦路斯，基督教世界感到安全受到极大威胁。菲利普二世与教皇庇护五世、威尼斯共和国结成联盟，组成了一支强大的海上远征军，由菲利普的弟弟（查理五世的私生子）唐·胡安率领，讨伐奥斯曼的海军。
1571年10月7日，两支舰队在希腊西部的勒班陀海湾相遇，从而发生了历史上最大的海战之一--勒班陀海战。
基督教的舰队一开始就占了上风，成功地把敌人关在湾内。这时双方都看清了各有多少船只。奥斯曼帝国有230艘，基督教方面有208艘。这是一场真正的杀人之战，在混战中，双方都有大量伤亡，海水都被染红了，但最终基督教的舰队战胜了伊斯兰的舰队。奥斯曼方面只有30艘帆桨战船得以逃脱，其他的全被击沉或掳获。这场大战，奥斯曼方面据说死伤30000多人，被俘3000人，15000个苦役得到解放。西班牙联军方面损失帆桨战船16艘，8000人被杀，21000人受伤。
这次海战打破了奥斯曼帝国不可战胜的神话，对鼓舞欧洲各国抗击奥斯曼的扩张有重要作用。但西班牙的损失也不少，由于未能迅速扩大这次大捷的战果，所以奥斯曼方面虽然失败了，元气仍未受太大影响。这次战争的意义是阻止了奥斯曼人的扩张，双方的力量在地中海上达成了某种平衡。自此以后，无论奥斯曼或西班牙都再也无法进行这样大规模的海上作战了。值得提一下的是，西班牙的伟大作家塞万提斯也是勒班陀海战的一员普通士兵，他在这次战斗中受了伤。
（二）德国宗教改革
查理五世继承了太多的领土和矛盾。德国的分裂、各邦的冲突及德意志人的民族感开始上升就是这些矛盾的一部分。从近代民族形成的角度看，查理五世帝国的出现本身就是反历史的，因为这是一个超民族的帝国，所以查理皇帝没有能力解决这种问题。
1.查理五世的理想破产
1517年，马丁·路德发起了宗教改革。从一个角度看，这场改革反映了德意志人民要求民族统一的愿望。
当然，这时期德意志统一的条件并未真正成熟，宗教改革的结果一方面是导致了一场相当广泛的农民起义，另一方面是德国的政治力量分成了两大阵营：天主教派诸侯和新教诸侯。为了争夺土地和财产，两大派诸侯争得不可开交。查理五世自视为罗马教皇最强有力的后盾，决心维持罗马教会的统一。但这时他正与法国国王法兰西斯一世打得不可开交，心有余而力不足，未能有效地支持德国的天主教派诸侯。1531年，德国的新教诸侯组成了士马尔卡登同盟，反对查理五世和天主教诸侯。但直到1546年，查理五世才有机会从意大利战争中抽身，率兵来到德国，于次年打败了新教诸侯的同盟。
但欧洲的政治特点不像古代中国，诸侯割据后总是向大一统的帝国过渡。自加洛林帝国崩溃后，它从来不允许一个特别强大的政治力量的出现。查理五世的朋友也不能忍受欧洲出现一个超级大国。前面讲到，1494年法国侵略意大利，欧洲许多国家或政治势力都团结起来反对法国；但当查理五世庞大的帝国开始形成，而法国则在与这个帝国的较量中失利后，英国和米兰等意大利的城市，甚至包括教皇又都纷纷站到法国这边反对查理五世。教皇为什么反对热烈主张建立天主教帝国的查理五世？教皇不是反对查理五世维护天主教的努力，而是不能容忍一个过分强大的皇帝，因为那样的话，皇帝就会成为教皇的主子。
正是出于这样的考虑，教皇竟加入了法国人、土耳其人和德国新教诸侯组成的同盟。1552年，查理战败。此后两大派举行了谈判。1555年，双方签订《奥格斯堡和约》，确定了“教随国定”的原则。所谓“教随国定”，就是一个国家或一个邦的国君（诸侯）信奉什么宗教，这个国家或邦的百姓也信什么宗教。这里还谈不上什么人民的宗教信仰自由，但天主教大一统的局面不存在了，西欧教会的分裂以法律的形式确定下来，查理五世的理想最终破产了。
2.把帝国分成两个
形势变得对查理五世越来越不利了。新教开始在他的领地尼德兰传播，至于一直觊觎西班牙海外财富的英国则在16世纪30年代全面推行了宗教改革，英国正变成西班牙的危险敌人，而他与法国的战争还没有正式结束。查理五世戎马一生，最终对这种任务过分艰巨的皇帝生涯失去兴趣。就在签订《奥格斯堡和约》这一年，他把他的帝国一分为二，把德国及神圣罗马帝国的皇位传给自己的弟弟斐迪南一世，次年他又把西班牙的王位传给自己的儿子菲利普二世（1556-1598）。这时的查理五世毕竟已有了相当丰富的政治经验。他的退位与他对皇帝职位的厌倦有关，但也与他的政治敏感有关，他认为应该在他生前退下来，以便减少他死后因接班问题引起的震荡。这里还包含着他对当时形势的估计：帝国太大了，一个人是无法管好的；必须放弃德意志，才有可能办好西班牙的事情。他战斗了一生，最终对这个庞大帝国存在的可能性提出了怀疑。
菲利普二世决定把他的大本营放在西班牙。这对西班牙是福音还是祸害？查理五世虽然是西班牙的国王，但他几乎未曾在这个国家好好呆过，西班牙人迫切希望皇帝归来，但菲利普二世住在西班牙本土能解决西班牙的问题吗？
（三）尼德兰革命
尼德兰，意为“低地”，所以这一地区的国家有时又叫“低地国家”，包括现在的比利时、卢森堡、荷兰和法国北部的部分地区。中世纪时这里曾经是欧洲最发达的地区，工商业一直很繁荣，特别以生产呢绒闻名于世。到16世纪上半叶，17个省区中约有300个城市，被称为多城市的国家。在北部各省中，荷兰与西兰最为发达，毛织业、造船业和航海业都达到了很高的水平，中心城市是荷兰的阿姆斯特丹，这里早已出现了有一定规模的、集中的资本主义手工工场。在南方各省则以佛兰德和不拉奔为主，这里也早已出现了资本主义性质的手工工场，中心城市是安特卫普。安特卫普在16世纪的大部分时间里是当时世界上最重要的商业中心之一，大量商品运到这里来，又通过这个港口运往西班牙和世界上其他地方。城内欧洲各国的商行和代理店约有千家以上，每日往来的外国商人有5000-6000人，港口内同时可停泊大小舰只2000多艘，长年里帆樯林立，船来船往，热闹非凡。
1.西班牙在尼德兰的血腥统治
就是这么一个当时欧洲极为发达的地方，却处在西班牙的残暴统治之下。当然，这里的繁荣有一部分也是西班牙给它带来的，因为处在西班牙的统治下，它可以比较方便地享受西班牙拥有的广阔市场。但16世纪正是西班牙大量花费钱财的时候，在美洲真正为她提供金山银山之前，尼德兰是西班牙扩张的钱库。16世纪中后期，西班牙从美洲得到的收入已经达到令人难以相信的时候，尼德兰继续承受着西班牙的勒索，因为查理五世和继位的菲利普二世不断从事开疆拓土，不断地从事维护庞大的天主教帝国的战争，他们的花费大大高于国库的收入。16世纪中，西班牙的国库收入约有一半仍来自尼德兰。为了保证尼德兰接受西班牙的统治，保证尼德兰人不受新教这个瘟神的影响，查理五世在尼德兰任命总督，设立财政院和枢密院，加强搜括和思想控制，残酷迫害新教徒。
作为当时欧洲最发达的地区之一，尼德兰的许多商人和手工业者接受了新教，特别是接受了新教中的加尔文宗。这是很正常的。但对于把维护天主教一统天下作为自己义不容辞的责任的查理五世来说，这是十恶不赦的滔天罪行。他不但在尼德兰设立宗教裁判所，还于1550年颁布敕令，宣布不仅要全面镇压新教徒，连藏匿、帮助异端的人也与异端同罪，人们称之为“血腥敕令”。
菲利普二世上台后，面临着财政危机和宗教危机。
尼德兰对他来说太重要了，他干脆双管齐下，一方面变本加厉地盘剥尼德兰，另一方面更残酷地镇压这里的新教徒。大概是为了给尼德兰人一点颜色看，他同时还从经济上打击这里的工商业，如取消尼德兰商人直接与西班牙殖民地通商的特权，提高尼德兰商人在西班牙收购羊毛的税（西班牙一直是尼德兰纺织业的一个重要的羊毛供应国）。尼德兰的羊毛输入由此大大减少，许多手工工场倒闭，大量工人失业。更有甚者，菲利普二世还拒绝偿付国债，尼德兰的银行家蒙受了巨大的损失。他就这样把尼德兰逼上了起义的道路。
2.荷兰获得独立
16世纪60年代初，尼德兰到处都出现了群众性的暴动。不过，上层阶级还对来自西班牙的统治者怀有一线希望，发起了请愿运动。1565年，尼德兰那些已经与资产阶级有许多联系的贵族组成了“贵族同盟”。次年4月，大贵族的代表人物埃格蒙伯爵带领一批显贵向西班牙驻尼德兰的总督提交请愿书，提出了缓和血腥法令等要求。
请愿中，每个显贵都捧着一个讨饭碗，提着一只乞食袋。
这就是著名的“乞丐造反”。几乎与此同时，尼德兰的一些大城市爆发了大规模的革命斗争，称为“破坏圣像运动”。不久后，运动波及12个省，参加者达数万人。他们捣毁教堂和寺庙约5500余所，焚烧债券和地契，没收教会财产。整个运动明显带有反天主教会和反西班牙统治的性质。
菲利普二世丝毫没有让步的意思。他写信给教皇说：“我宁愿失去100条生命，也不愿使宗教受到一点损害，只要我抓着异端分子，我不想统治他们。”1567年，他派阿尔发公爵统领18000大军到达尼德兰。阿尔发建立了特别法庭（称之为“除暴委员会”），大肆镇压异端。他有一句话比皇帝说的还令人恐怖：“宁可通过战争为上帝和国王保住一个贫穷的甚至毁坏了的王国，也不愿为魔鬼及其仆从即异端分子保持一个完整无缺的王国。”他处决了1800个新教徒，也有人说被他处死的约有8000人。处决“异端”时，他丝毫不考虑这些人的身份，连本来对西班牙的统治还心存幻想的上层阶级也不放过，埃格蒙伯爵，还有荷恩大将和安特卫普市的市长斯特拉连等显贵的代表人物都被送上了绞刑架，这就把整个尼德兰逼上了梁山。
另一个显贵的代表人物奥兰治的威廉逃往德国新教流行的拿骚，才得以保住性命。他很快成为反抗西班牙统治的领袖。这场反抗斗争，我们的历史书习惯上称之为尼德兰资产阶级革命。此后直到该世纪末，菲利普二世不断派大军到尼德兰镇压革命军，1584年他还派人刺死了奥兰治的威廉，但这一切都无济于事。革命中心最后转移到尼德兰的北部，这里于1581年成立了联省共和国（即荷兰共和国）。共和国以荷兰的阿姆斯特丹为中心，革命军越战越勇。
16世纪80年代，菲利普二世不仅花大力气镇压尼德兰的革命，还趁法国发生两大教派内战及王位继承出现危机之际，向法国派出干涉军，支持法国的天主教派，企图扶持天主教派继承法国王位。西班牙军队曾一度占领巴黎，但到1598年，即菲利普二世去世的这一年，进入法国的干涉军彻底失败了。西班牙政府终于发现已无力再向尼德兰增兵，联省共和国慢慢得到了巩固。1608年菲利普三世与联省共和国签订了12年停战协定，实际上是正式承认了荷兰的独立地位。不过尼德兰的南部因种种原因仍留在西班牙的阵营内（主要是这儿的上层阶级与西班牙有更多的经济联系），这就是后来的比利时。
（四）与英国的战争
1.英国与西班牙关系不断恶化
15世纪末教皇为西班牙和葡萄牙划分世界势力范围，英国从未真正承认过。这意味着，英国也准备向外扩张，而这种扩张肯定要与伊比利亚半岛上的帝国发生冲突。到16世纪中，英国与西班牙的矛盾开始尖锐起来。
这里既有宗教的原因，也有现实经济政治的原因，也有一些偶然因素掺杂其中。
还是在1527年，英国国王亨利八世提出他爱上了王后的一个侍女安妮·博林，要与王后凯瑟琳离婚，理由是她只为他生下一个女儿，但没有儿子，恐怕要产生继承纠纷。当时西欧国王们的婚姻需经教皇批准，这就使这场离婚变得非常困难，因为凯瑟琳王后是查理五世的姨母，教皇在是否允许离婚的问题上必须考虑皇帝的态度。这成为英国摆脱罗马教皇控制的一个重要动机。
从1529年开始，亨利八世就准备实行宗教改革。
1533年坎特伯雷大主教克兰默在伦敦附近的一个修道院主持审理了国王的离婚案件，在王后拒绝出庭的情况下，他判决亨利八世与凯瑟琳的婚姻无效。几天后他又宣布亨利八世与安妮的秘密婚姻有效，接着举行加冕礼，安妮加冕为王后。教皇宣布把亨利八世开除出教。亨利八世一点也不惊慌，1534年他自称为英国最高的宗教领袖，在全国推行宗教改革。通过30年代和40年代的一系列努力，英国变成了一个新教的国家。
但宗教改革是一个长期的斗争过程。亨利八世去世后，由他的儿子爱德华六世继承王位。但爱德华六世无子，当他于1553年也去世时，又出现了继承问题。国内的天主教势力依然不可小看，亨利八世与凯瑟琳所生的女儿玛丽登上了王位。玛丽是个虔诚的天主教徒，她承认罗马教皇权威，大肆镇压新教徒，被称为“血腥的玛丽”。她还与西班牙的菲利普二世结婚。当她于1558年去世时，整个伦敦响起了欢庆的钟声。玛丽的同父异母的妹妹（亨利八世与安妮所生）即位，称伊丽莎白一世。
因教皇不承认这桩婚事，也不承认她有继承王位的权利，所以她必须通过巩固宗教改革的成果来巩固自己的王位。这意味着，英国与西班牙的关系将进一步恶化。鉴于西班牙与天主教势力对她的敌视，也为了满足英国正在形成中的资产阶级向海外发展的要求，伊丽莎白一世采取了一系列打击西班牙的政策。
当然，此时英国人还没有力量从正面向强大的西班牙帝国挑战。他们的措施是不断蚕食西班牙的海外利益，这成为两国斗争的一个焦点。英国的大海盗约翰·霍金斯、德雷克在欧洲、美洲和非洲之间走私，同时抢劫西班牙的运输船，特别是运送金银的船只。英国女王伊丽莎白一世向这些海盗船入股，从这些海盗的活动中获得一份属于她自己的收入（没有人知道她到底从中得到过多少收入）。西班牙加大了打击走私和抢劫的力度，但英国这些著名的海盗非但没有收敛，而且变本加厉地打击西班牙的垄断。1577年冬德雷克在英国政府的默许下，穿过麦哲伦海峡，驾驶着他的金鹿号在美洲西海岸抢劫了大量西班牙人待运的金银。这时的西班牙人还不敢使用麦哲伦海峡来运送物资，美洲西海岸的物资通常是用船只沿太平洋海岸运到巴拿马地峡，然后用骡驮过地峡，再把它们装进地峡大西洋一侧的西班牙船只上。所以，太平洋岸边的西班牙人根本没有设防，从未想到身边会冒出英国海盗。
不过，德雷克得手后也不敢再往回行驶，因为他知道西班牙人会迅速把被抢的消息传到大西洋那一边。他索性一不作二不休，驾着金鹿号横穿太平洋，再穿过印度洋，于16世纪80年9月回到英国普利茅斯港。德雷克成了第一个领导一条船完整地绕地球一周的人。据说他大概带回来价值50万英镑的掠夺物。不久后，伊丽莎白女王亲临他的金鹿号，授予他骑士称号。
英国这些大海盗的行为，实际上是英国与西班牙争夺海外贸易权的斗争，是英国致力于打破西班牙垄断海洋的斗争的一种形式。
英国国内的天主教残余势力则与天主教的卫道士西班牙勾结，阴谋夺取英国王位。16世纪80年代初，菲利普二世与法国天主教贵族吉斯公爵亨利密谋，准备刺杀伊丽莎白一世，并由吉斯公爵亨利率军进攻英国。这一计划由于法国内战（胡格诺战争）重新爆发而作罢，但刺杀英国女王的阴谋仍在进行。这一阴谋表面上的主人公是苏格兰的玛丽。苏格兰的玛丽原是苏格兰女王，1568年被废后逃到英格兰。她是天主教徒，她的祖母是英国亨利八世的父亲亨利七世（1485-1509）的女儿，所以从世系上看，她也有权继承英国王位，是伊丽莎白女王的竞争对手，英国国内外的天主教势力希望用她来取代伊丽莎白一世。
16世纪80年代，欧洲新教与天主教的斗争进入了一个关键时期。各国的新教徒和天主教徒都互相支持和帮助。1584年，尼德兰革命的领导人奥兰治的威廉被刺后，伊丽莎白女王下决心与西班牙决一死战，次年她就与荷兰缔结条约，并派兵到大陆支持荷兰人反击西班牙军队，目的是保护英国与荷兰的传统商业联系。1586年，苏格兰的玛丽批准同党谋刺伊丽莎白女王的亲笔信落到了伊丽莎白女王的大臣手中，下一年，玛丽被斩首。这样，在英国搞“和平演变”的可能性不存在了，菲利普二世只得凭借武装力量来推翻伊丽莎白女王的统治，他开始把战船聚集到西班牙西部海岸各港口，又一场海上大战开始了。
2.无敌舰队的覆灭
1588年春，西班牙组建了一支庞大的舰队，号称“无敌舰队”，气势汹汹向英国驶来。西班牙方面的统帅是西多尼亚公爵，英国方面的统帅是女王的表叔霍华德勋爵，助手有原先的大海盗霍金斯和德雷克。无敌舰队共有战船130艘，2500门大炮和20000名受过登陆作战训练的士兵。当时一位使节说，这是“创世以来海洋上见过的最强大的舰队”。
无敌舰队排成横列队形向英吉利海峡驶来，这样可以集中火力攻击个别敌船。但按计划，它并不急于与英国海军打仗。它必须先到达尼德兰，与那里的西班牙军队会合，然后再入侵英格兰。英国的舰队建设本来比较落后，表面看不是西班牙的对手。但英国的战略战术都非常到位，他们采用了改良的大帆船，放弃了传统的高楼船，其战船快速灵活，又装着远程大炮。这种战船不是像传统海战那样为了能登上敌船作战，而是着眼于击沉敌船。相比较而言，西班牙的传统战船显得笨重不灵活，英国人打了就跑，西班牙人无法追赶。到这年7月28日，英国人派出了6艘火攻船，迫使西班牙人把密集的队形分散。29日，英国人用远程大炮轰击，使西班牙士兵死伤无数。这时从东北吹来一阵暴风雨，又把西班牙舰队吹得七零八落。
无敌舰队失败的大局已定。这时风向转为西南风，往回行驶已经根本不可能了，舰队不得不往北方逃窜，绕过苏格兰、爱尔兰再返回西班牙，损失极其惨重。
无敌舰队的失败并不意味着西班牙和英国争霸的结束，但它意味着西班牙从此失去了海上霸权，而对英国来说，这一仗意味着获得了长达300多年的制海权。
当然，不是说这场战争后，西班牙就一点也不中用了。这么一个庞大的帝国，它的衰落有一个很长的过程。据说，菲利普二世在听到无敌舰队受到重创时，平静地说：“我派舰队是去打英国人的，不是去与暴风雨战斗。”西班牙在欧洲战场上或军事上的衰落要到17世纪中才明显起来。
§§第六章 帝国的衰落
