这时，僖宗君臣首先得面对如何解决中央财政来源的问题。在镇压黄巢起义过程中，又成长壮大了一批节度使，加重了藩镇割据的局面，中央朝廷控制的地区越来越小，国库收入只有京畿、同华、凤翔等数州的租税。可是僖宗和田令孜等人不思改革，依然过着奢侈腐化的生活。中央财政入不敷出，田令孜看中了河中解县、安邑两大盐池。盐税是一笔十分巨大的收入，如果能控制两大盐池，中央就能解决很大一部分财政问题。可是这两大盐池均在河中节度使王重荣的治下，是他的心腹之地，绝对不会出让的。在田令孜派出使臣说服无效的情况下，他挑拨王处存、李克用与王重荣的矛盾（王、李二人都是在镇压黄巢起义中成长壮大的节度使，势力较大）。可是他们二人看透了田令孜的手段，没有上田令孜的当，与王重荣刀兵相见。田令孜没有达到自己的目的，就准备使用武力强行夺取。这时僖宗仔细考虑了双方的力量对比，不同意中央出兵。但是田令孜一意孤行，冒然矫诏发兵，派朱玫和李昌符组织一支三万人的军队攻打王重荣，李克用与王重荣联合与中央作战。光启元年（885）十二月十三日，两军决战，朱玫、李昌符大败，李克用趁机进逼长安。二十五日夜，田令孜得到消息，连夜带着唐僖宗西奔凤翔。长安又遭到了王、李军队的一次大洗劫，此时的李克用与王重荣认为唐僖宗还有保留的必要，联名上表要求清君侧，诛杀田令孜，表明自己没有造反之心，僖宗对田令孜的专权已有所觉察，打算重新起用与王、李二人关系密切的杨复恭为枢密使，因此，断然拒绝了田令孜再次逃往成都的要求。田令孜觉得势头不对，决定冒险劫持僖宗到成都。
当天夜里，田令孜引着义子王建等人闯进行宫，谎称有外兵犯驾，劫持僖宗连夜向宝鸡奔去。这次出逃十分秘密，朝廷百官没有得到任何消息，他们看到僖宗又一次逃走，对皇帝已经失去了信心，因此几乎没有人追随僖宗，而是静观其变，有的甚至依附于逼走皇帝的王重荣。僖宗到了宝鸡，得知真相后十分生气，再也不向西走。就在这时，朱玫和李昌符见田令孜并不能采取有效的方法来制止王、李的军队，很后悔当时错料形势，成了田令孜的工具，又怕王重荣、李克用复仇，因此转而和王、李和好。朝中的高级官吏更不想让皇帝再次离开关中，他们也与朱玫和李昌符联合，打算把僖宗抢回来。得知消息后，僖宗不辨情况，非常害怕，赶紧安排好断后军队离开宝鸡。为了更快的逃离，僖宗和田令孜选择了连云道，这是通往秦岭的最险峻的道路之一，它全程430里，其中有三分之一是悬崖绝壁旁的木栈桥，桥下是咆哮的急流。田令孜得知已有几支小分队抄路赶到前边正在放火烧阁道后，十分害怕，命令神策军将领王建为清道斩斫使，率五百精兵，手执长柄大刀开道，杀死行动迟缓的军民，清理道路。
有了这样一群清道夫，僖宗才加快了脚步。山南西道节度使石君涉也协助朱玫等人拦截皇帝的去路，他堵塞了通过山脉的主要关口，焚烧了皇帝可能安歇的驿站，迫使唐僖宗和卫士们不得不选择很少有人走的道路通过山脉。这一群人历尽千辛万苦，好不容易到达兴元，僖宗此时已经看透田令孜打算把他劫持到四川的阴谋，不管田令孜使用什么手段也不动身西走。可是僖宗也不能退回长安，处于进退两难的境地。此时僖宗身边的所有大臣均把矛头对准了田令孜，田令孜无奈，被迫交出权力，到四川当监军去了。田令孜的势力到此时才被削弱，后来唐昭宗（在唐僖宗第一次逃亡时，被田令孜用鞭子抽打的寿王李杰）继位后为报前仇，派遣西川节度使王建彻底消灭了田令孜。
经过两次生死逃亡、颠沛流离，僖宗逐渐认清了形势，企图振作起来，重整朝纲。看到朝廷大臣几乎没有追随过来，僖宗感到势单力孤，试图临时拼凑一个流亡政府。他指定随他逃亡的两位官员为宰相，这是僖宗一生仅有的一次积极行动。但是当时最主要的问题，并不是政府的架构，而是粮食问题。汉中盆地人口稀少，没有什么出产，为了解决供需问题，僖宗主动与王重荣联系，任命他为接应粮料使，并且命令他紧急运送十五万斛谷物到兴元。这道命令一方面表明了当时朝廷已经处于绝望的境地，另一方面表明僖宗已基本摆脱了田令孜??控制。王重荣抓住这一时机，再次要求罢免田令孜。
而此时朱玫打算废黜僖宗，拥立另一位皇室子弟，这一行动得到了大多数节度使的支持，新政权的组织在紧锣密鼓之中。但此后的两件事使这一进程发生了决定性的变化。一是田令孜自动放弃在流亡朝廷中的位置大大缓和了局势，新任命的左神策军中尉杨复恭放逐了田令孜的所有党羽；二是朱玫和他的盟友李昌符分裂，李昌符觉察到朱玫企图垄断权力对自己是一种威胁，便开始与流亡朝廷谈判，要求授以高级官职。顷刻之间共同的敌人不存在了，李克用、王重荣等人也见风使舵，都与僖宗妥协，把矛头对准了朱玫。杨复恭传檄各地，号召勤王，很快朱玫就被镇压下去了。获胜的士兵随即放肆起来，在长安到处抢劫和屠杀，长安又一次遭到洗劫。
僖宗就这样被此起彼伏的军阀操纵着，历尽千辛万苦回到凤翔，但并没有马上进驻长安，因为长安已被蹂躏得不成样子，处于无政府状态，必须加以长时间的修复。皇帝处于新近倒戈的凤翔节度使李昌符的“保护”下，李昌符企图得到更大的权力，与想要振作的僖宗产生了矛盾。光启四年（887）六月，李昌符的士兵与皇帝的军队交战，李昌符袭击并企图焚烧皇帝的“行宫”。
在凤翔的街道上，又是一场恶战，李昌符遭到失败，被赶出凤翔，两个月后被杀。这次讨伐的领导者前神策军军官李茂贞，当上了凤翔节度使。僖宗经受不住长期流亡的生活，染上了重病，太医们竭尽全力才稳定住病情，此时长安的修葺也即将竣工，僖宗和大臣们开始考虑还京的安排了。二月七日，唐僖宗病发，渐渐不支，还京日程被迫提前。二月十四日，僖宗一行自凤翔启程，经过七天的奔波，二十一日重返长安，二十二日大赦天下，改元文德。文德元年三月二日，僖宗再次发病，六日驾崩于武德殿，终年二十七岁。这就是僖宗短暂的一生，享尽了荣华富贵又经历了太多挫折，昏聩多半生，当他想进行一些改革的时候，已不能扭转日趋恶化的形势。僖宗被人操纵了一生，既是不幸的，又是幸运的，因为最起码他在复杂的军阀斗争中保存了自己，没有像以后的昭宗、哀宗那样被人杀死。
僖宗的统治时期，是一个发生决定性变化的时代，此时唐朝的每一个地区都逐步走向割据的道路。为了镇压黄巢起义，880年以后尽管在关中、京畿地区出现短暂联合，但是各地节度使也在镇压农民起义中集聚了力量，独立性增强。因此，随着共同敌人的消失，他们开始互相攻击，在你争我夺中凸现出几个更大范围的割据势力，比如宣武节度使朱温、河东节度使李克用、西川节度使王建、凤翔节度使李茂贞等人，他们在各自地区大力发展自己的力量，形成一个个新的政治经济中心，使得朝廷根本无法控制。这是一个具有重大历史意义的事件，因为在唐朝及其以前的秦汉等朝代里，关中地区一直是中国政治的中心，有了僖宗一朝的混乱，从此它再也没有恢复到以前的程度，同时也正是朱温、李可用等人灭亡了唐朝，重建了国家。所以说，是僖宗一朝的****为唐朝找好了掘墓人
僖宗生活的年代是唐王朝各种矛盾空前激化的年代，大唐帝国已经不可避免走向灭亡。因此不管僖宗是否贤明，他也不能扭转不利的局面。很遗憾，相比于好似骄奢天子的父亲懿宗，僖宗的腐败程度不仅没有减少，乾符年间以来的统治反倒黑暗了几分。由此，王仙芝和黄巢起义的原因也就变得非常好解释。僖宗生于深宫，宦官拥立为帝，虽其天资禀赋高超，然并无治国之道，光启之后虽打算励精图治，摆脱宦官，重振唐威，但为时已晚，唐王朝已经支离破碎。
