乾隆一朝，西征南讨，铸就了乾隆帝的“十全武功”。所谓“十全武功”，即两次平定准噶尔、一次平定回部大小和卓之乱、两次征服大小金川，一次镇压台湾林爽文起义，一次征伐缅甸，一次征伐安南（今越南）以及两次抗击廓尔喀（今尼泊尔）。通过这“十全武功”，乾隆帝平定国内叛乱，打击外国入侵，维护国家安定统一，奠定了大一统的国家版图，为后人留下了一个地域广阔的多民族统一国家。但客观地说，其中有些战争几乎没有值得炫耀之处，完全是为了凑数的，例如征伐缅甸一役，清军几乎是全军覆没。
在西南，先后两次爆发了大小金川叛乱。当时的四川地处偏远，边境辽阔，以土司制度管理当地各族百姓。乾隆十一年（1746）大金川土司莎罗奔吞并了小金川。次年，清廷得到了大小金川动乱的消息，立即将云贵总督张广泗调任川陕总督，负责平乱。当地地形险峻，冬天经常大雪封山，清军每前进一步都异常艰难；而大金川的碉堡石城据险而建，十分牢固。而且，莎罗奔的弟弟良尔吉还混入了清军内部做奸细，不断地把军机泄露给乱军一方。因此，张广泗调集3万清军，转战两年，却始终无法平定3 000多人的大金川。
乾隆帝大怒，先以贻误军机罪褫夺了张广泗的官职，并押送京师斩首，同时增兵、增饷，另派大学士傅恒担任经略，统筹战事。傅恒抵达大金川后，查出良尔吉其实是莎罗奔的内奸，遂将其处死。接着，他又果断采取了老将岳钟琪“选锐深入”的作战方略。
乾隆十四年（1749）春，清军在岳钟琪的率领下，水陆并进，把敌人打得溃不成军。随后，清军屡战屡胜，接连不断地攻克敌人的碉卡。然而，乾隆帝认为金川并非大敌，想息武宁边，于是屡屡下诏召傅恒回京。与此同时，在岳钟琪的紧逼下，莎罗奔已无力抗拒，奔到清军大营投降，缴纳军械，解散军队，表示归顺，并表示愿向清廷提供徭役。第一次金川之役至此结束。乾隆二十三年（1758），莎罗奔再次挑起战争，同时驱逐小金川土司。在四川总督开泰与提督岳钟琪的攻打下，莎罗奔不久就引兵撤退了。四年后，年老多病的莎罗奔退位，继任的土司郎卡一上任，便出兵攻打周围的部族。大小金川的反复动乱使乾隆帝认识到必须斩草除根，剿除郎卡，分据大金川，这样才能驾御边夷。
乾隆三十一年（1766），郎卡再次作乱，出兵侵扰丹坝和巴旺。新任四川总督阿尔泰传檄九名当地土司共同出兵围攻大金川。但是，小金川却阳奉阴违，与大金川释仇缔约。清廷出兵本是为了帮助小金川，没想到小金川竟与大金川同流合污，反叛朝廷。于是，乾隆帝以阿尔泰姑息养奸为由，罢免其官职，后来又命人将他押回京师处死。随后继任四川总督的户部侍郎桂林也因为用兵不力、贻误战机而被罢免。
乾隆三十八年（1773）春天，清军遭到大、小金川军队的攻击，官兵轰然溃散，势如决堤，大营也被攻破，清军统帅定西将军温福中枪而死。只有参赞海兰察赶来救援，收纳了散兵1万多人。听到惨败的消息，乾隆帝紧急从各地调拨军队，配备火器，任命阿桂为定西将军，继续组织进攻。十月，阿桂兵分西、南两路，进剿小金川。转战七天后，所向披靡的两路军队会师，小金川全部收复。
乾隆三十九年（1774）正月起，清军开始进攻大金川。大金川壁垒高险，易守难攻。但是，海兰察率领600死士，攀援峭壁，一举攻克了峭壁上的大碉卡。此战一出，大金川各碉寨人心动摇。清军则乘胜追击，越战越勇，到十一月，大金川东北部的敌人被全部歼灭。此后，清军更是捷报频传，大金川的碉堡山寨相继被攻克。乾隆四十一年（1776）正月，在清军的层层围困下，大金川土司率领部众出寨投降。第二次大小金川战争结束。
两次战争，历时30年，清廷耗兵费达7 000万两。乾隆帝决心彻底推行改土归流政策，在大、小金川旧地分别设阿尔古厅和美诺厅（后改名懋功厅），均隶属四川省，此外还分别在其险要地区派兵镇守。从此，这一地区彻底结束了混乱纷争的局面。
