他肯定马尔库赛对科学技术的意识形态批判，但同时指出马尔库塞对合理化以及以合理化为核心的意识形态的理解的局限性：马尔库塞没有注意到“劳动”和“交往”的根本区别。哈贝马斯认为劳动和交往是晚期资本主义社会中人的行为的两种不同类型，他把劳动或目的合理的行为理解为工具的行为或合理的选择这两方面的结合，它建立在经验知识和分析知识的基础之上；另一方面，他把交往行为理解为一种以符号为媒介的相互作用，这种相互作用是按照必须遵循的有效的规范来进行的，这些规范决定相互之间的行为期待，并且至少被两个行为主体所理解和承认。它的有效性奠基于理解各种意图的主观性之间的关系，并通过对义务的普遍认可而得到保障。劳动的合理化意味着生产力的提高、技术力量的扩张和人的物化的加深。交往的合理化则意味着人的解放、个体化和非统治形式的交往的扩张。但晚期工业社会中，劳动的合理性却引起交往的不合理化，社会批判的目标就是要揭示这种不合理化交往的性质和来源，并寻求合理的自由的交往。
可以说，哈贝马斯已经向前走了一大步，他已经以识到“劳动的合理性”导致“交往的不合理性”的事实。但是他把“交往的合理性”与“劳动的合理性”从根本上置于不同的基础，违背了历史唯物主义的基本原则，从而不能把交往的不合理性进一步归诸劳动的不合理性，不能在劳动中发现其不合理性，并从劳动的不合理性中找到交往不合理性的根源，从而使他的社会批判只能成为马克思所说的“纯粹的批判”。
可以说，社会批判理论一方面近视地充满留恋地躺在科学技术给发达工业社会营造的舒舒服服的小安乐窝里，一方面又分明地意识到一种极其深刻的不安和危险，但由于对安乐窝的依恋而来的近视妨碍了他们发现真正的危险和不安的来源，由于没有发现真正危险的根源，终于使他们的社会批判堕落成为一种“矫情”。
如果科学技术一方面片面地给发达工业社会营造了一个舒舒服服的小安乐窝，那么，科学技术另一方面也同时更全面地稳固地把整个大自然变成一个浑身溃烂、流着恶臭、令人不堪的病体。稍稍睁开眼睛，就会发现西方世界的小安乐窝本质上是建立在对大自然的总体的掠夺、浪费和糟蹋之上的，它一方面贪婪豪阔地消耗着大自然有限的富源，另一方面又粗鲁地把它本身制造的恶臭的垃圾通过各种渠道散布到整个世界。现在。整个世界的环境问题正在空前地突显出来，具体详细地列举其病症甚至都已经没有必要了，尤其是广大的不发达国家，庞大的人口、短缺的资源，再加上发达工业社会的剥削，人与自然的关系已经脆弱紧张到了极点。而大自然固有的统一性现在比以往任何时候都更强烈地表现出来，可持续发展问题其实就是全面和总体的生存危机的一个委婉说法。在这种全面的危机面前，传统的政治国家的界限已经失去了固有的意义。西方世界的小安乐窝在世界环境的倾巢之势下必难保其完卵。这样一来，不仅说明传统的马克思主义者对资本为代表的私有财产的批判是不彻底的，因为无论资本主义的生产还是社会主义的生产都共同参与了对自然的犯罪，而且社会批判理论由之出发的科学技术的合理性就直接地走向其反面。现在问题的关键不在于科学技术的合理性，而在于它的不合理性，在于对科学技术本身展开全面的批判，在于对现代以科学技术为灵魂的“工厂生产”展开全面的批判。
对科学技术的批判，首先在于破除传统理论给它罩上的神圣灵光，把它从中立的避难所里赶出来，统一在实践、物质生产或人与自然的对象性关系的天平里来对它进行审视，回复它的真面目。马克思实践学说最伟大的意义就在于告诉我们，意识任何时候都是对存在的意识，“思想、观念、意识的生产的最初是直接与人们的物质活动，与人们的物质交往，与现实生活的语言交织在一起的，观念、思维、人们的精神交往在这里还是人们物质关系的直接产物”[94]。正是在这个基础上，马克思说“甚至人们头脑中模糊的东西也是他们的可以通过经验来确定的，与物质前提相联系的物质生活过程的必然升华物。”[95]既然甚至模糊的东西都是物质生活的升华物，那么，科学就更直接更确定的也是物质生活的升华物。而且，科学没有独立的历史是很显然的事实，首先，科学总是时代的科学，它表现出很强的时代特征；而且，在现代科学以前，科学还表现出明显的民族特征，中医就是一个最典型的例子。即使是在现代科学一体化似乎很明显的时代，科学多元论的呼声也同时很高涨。
每个时代都有每个时代的科学，科学在不同的时代表现为极其不同的形式，科学的第一种表现形式甚至直接表现为巫术。关于巫术和近代科学的同构性，弗雷泽在《金枝》中首先作了天才的论述，巫术与科学在认识世界的概念上，两者是相似的，二者都认定事件的演替是完全有规律的和肯定的，并且由于这些演变是由不变的规律所决定的，所以它们是可以准确地预见和推算出来的，一切不定的、偶然的、意外的因素均被排除在自然进程之外。巫术是蒙昧时代人们对自然的特殊把握方式，巫师就是那个时代的科学家和专家，巫师的权威是建立在他对自然的某种程度的正确把握和认识的基础之上的，巫术体现了那个时代最高的智慧。正如弗雷泽所说的：就巫术的公务职能曾是最能干的人们走向最高权力的道路之一来说，为把人类从传统的束缚下解放出来，并使人类具有较为开阔的世界观，从而进入较为广阔自由的生活，巫术确实作出了贡献。对于人类的裨益绝不是微不足道的。可以说，巫术是蒙味时代的普遍的智慧之灯。
而且，不止如此，弗雷泽进一步说：科学的概括，或者用一般的说法，自然的法则，只是一些假说，用来说明我们以世界和宇宙这类响亮名词予以夸大了的、思想不断变化的情况。说到底，巫术、宗教和科学都不过是思想的论说，科学取代了在它之前的巫术和宗教，今后它本身也可能被更加圆满的伟说所更替，也许被我们这一代人想象不出的，与记录宇宙这一屏幕上的景象，看待自然界的一切现象的完全不同的方式所代替。也就是说，巫术、宗教和经验科学只是人们在生产发展的不同阶段上对自然法则的不同程度的认识罢了。
如果说，纵横交错的田埂已经意味着人对自然的某种初步的分割，而且这种初步的分割在漫长的岁月里对自然界也造成了不小的伤害，例如由于森林面积的稳步减少引起的土地沙漠化，江河含沙量大增等等，但总的来说，这种分割还是一种只具有相对意义的软弱的分割，自然的统一性（阳光、降水、土壤等等）不仅在生产中表现出决定性的意义，从而使这种生产根本上仍然是一种自然的生产，而且这种生产对自然的伤害一般表现得相当缓慢。有些地方甚至被自然宽容地消解了。
但现代工厂生产却以一种深刻得多的方式实现了人对自然的分割，这种新的生产方式对自然的理解与农业时代完全不同，农业时代的生产主要的是凭藉自然的力量进行的，这种生产受到阳光、温度、降水、土壤等气候和环境因素等自然力量的直接决定性影响，自然对农业生产来说是活的自然。但工业时代的工厂生产却越来越排除自然力量对生产的直接影响，它是在对自然力量进行排除或控制的基础上进行生产的，它不受阳光、温度、降水、土壤等气候和环境因素的直接影响。在这种意义上说，自然对工厂生产来说是死的自然，而工厂和机器等人造的物体才是活的，它们吞噬、消化着自然物，真正的自然物只表现为工厂生产的原材料。在这种工厂生产看来，莽莽苍苍的森林无非是木材，奔流不息的江河无非是航道和电力，覆盖在煤炭和石油上面的大地无非是多余的……这种生产把所有不能为工厂所利用的自然物，把所有不能变为商品的自然物视为废物，同时又把尽可能多的自然物尽快的消耗掉并变成废物。正如马克思所说的：“生产力在其发展的过程中达到这样的阶段，在这个阶段上产生出来的生产力和交往手段在现存关系下只能带来灾难，这种生产力已经不是生产的力量，而是破坏的力量（机器和货币）。”[96]对于这样一种“破坏性”的生产仅仅从私有财产的角度来理解实践证明是远远不够的，不仅仅是资本主义的工厂生产才造成对自然的杀害，社会主义的公有制的工厂生产也至少同样地破坏着大自然，如果不是更加全面和更加有力的破坏的话。
既然传统的农业生产虽然也是在私有制度下进行的，但由于缺乏经验科学的帮手，所以它还可以表现出诗境的田园生活。但现代的农业生产由于传染了工厂生产的科学病毒，它也日渐地消褪其自然的色彩，而日益地表现为直接的工厂生产，从而表现为对自然的直接破坏。所以，对工厂生产的破坏性必定主要是经验科学的结果。
近代经验科学的最根本的方法论信条是实验，可以说，近代自然科学是在实验室中成长和发展起来的。而实验得以进行的先决条件是对自然的僵死的理解，是对自然的分割和标本化理解，只有经过切割和标本化的自然才可以最终放到实验室里来考察，而传统实验里考察的自然总不外乎标本化的片面的僵死的自然。实验室排除大自然的一切偶然的意外的不确定的因素，实验室本身就是自然中的一块飞地，而在实验室里所完成的这种排除无非是自然的死亡。但人在实验室里完成的对这种标本化的自然的操纵立即表现为两个方面的意义：一方面，造成了对自然的虚假的软弱的理解，以为自然不过是实验室里的标本和实验品；另一方面又造成了对人的虚假的强大的理解，好像人可以把整个自然作为实验品加以控制和操纵。实验室里科学家的这两种虚假的理解通过现代工厂生产的形式，被无限放大成了几乎所有人的普遍观念，现代工厂生产首先是在实验室里完成的，工厂生产无非是实验室的实验过程的批量化和扩大化，实验过程则是工厂生产具体而微的预演。
小规模的实验和工厂生产可以追溯到很遥远的历史阶段，但这种实验和生产一直只具有附属的意义，它们被浩瀚无边的自然经济淹没了。只是到了近代以来，基于实验的工厂生产才具有决定性的意义。工厂生产首先像古代的情形一样只是局限在城市及其周围开展，但很快就像瘟疫一样弥漫开来。它不仅在城市到处极快地出现并迅速扩大，而且无情地冲决了传统的产业划分的界限，工厂生产成了一种普照的光，所有的生产都打上了工厂生产的烙印。即使是原来在大自然中进行的农牧业生产也无不表现出工厂生产的性质。农业虽然不得不仍然要在田地里进行，但农业也只是在这一点上才表现出传统的性质，而原来田野的“野性”却早已被工厂生产熏染得无影无踪了，畜牧业和渔业则更加深刻地打上工厂生产的印记。整个世界都好像成了一座工厂，各个行业的不同似乎是车间和工种的不同，如果某个角落的生产还具有自然的性质，那也只是代表落后从而应当被革除的尾巴而已。
所以，现代工厂生产在科学技术的条件下就把原来包含在生产过程中的自然概念实际上的扩大以及人对自然同时的狭隘理解的矛盾发挥到极致。一方面，工厂生产是以人与自然的更加广泛更加深刻的对象性关系为前提的，工厂生产越来越需要在更加广阔的整个大自然的背景下才能得到理解；另一方面，工厂生产又越来越实际地建立在以实验室为基础的对自然的僵化、分割和狭隘的理解的基础上。矛盾的这种尖锐化也同时表现为两个方面的结果：一方面是对自然的更加深刻的伤害，首先，自然被分割成工厂和它以外的自然。当自然被理解为仅仅在其中进行生产的工厂的时候，工厂就与自然本质上外在化了，纯粹自然的因素成为工厂应该排除的对象，工厂本身就表现为非自然的、超自然的。其次，工厂以外的自然物又被纯粹以一种实用主义的态度理解为有用物，理解为工厂生产的原材料。这样整个自然不是被理解为非自然的工厂就是被理解为可以分割的僵死的原材料，工厂成了自然的真正的屠宰厂。另一方面，是对人更深的物化。由于实践、生产任何时候都必定是对象性的活动，所以当工厂本身被理解为非自然、超自然的时候，人的一部分也就被理解为非人和超人，理解为操纵、控制、统治其他人的在人之上的人，理解为“科学家”；而当工厂把它以外的自然都理解为可以分割的僵死的有用物和生产资料的时候，其他的绝大部分人也就同时被理解为仅仅是操纵机器的工作机器和实现利润的消费机器，理解为“科学家”的实验品。因此，就像非自然、超自然的工厂在生产中把它以外的自然物当作僵死的标本化的生产资料进行杀戮一样，现代社会的统治也表现为一种排除个性、消灭人性的物化的、标准化的统治。但它们都有一个共同的模型，它们都来自实验室里科学家对实验品的态度。从这种意义上说，现代社会的统治主要表现为科学技术的统治。
如果说传统科学提供了这种物化统治的模型，那么私有制度就使这种物化的统治表现得变本加厉；或者反过来说也是如此。如果私有财产表现出了一种强烈的把人异化和物化的趋向，那么科学技术就使这种物人、异化加倍地变成现实。私有财产和科学技术对人和自然的双方面的杀害是一对互为表里、相得益彰的孪生兄弟，它们使破碎的更破碎，软弱的更软弱，骄傲的更骄傲，狭隘的更狭隘，贪婪的更贪婪……最后，整个自然都好像成了人的财产，人于是准备提着自己的头发上天了。但人永远都是大地之子，人永远无法摆脱他和自然的感性对象性关系的方式，正如恩格斯所说的：“我们不要过分陶醉于我们对自然界的胜利，对于每一次这样的胜利，自然界都报复了我们。”[97]自然可以宽容地允许独生儿子汲她的乳汁，但却不能容忍儿子的乱伦。
