商部尚书载振奏请改革官制，将各部院官制及满蒙汉八旗官制逐一改正，并请将诸堂官兼差旧例，统行革除。
中日全权大臣举行第七次会议，续商新奉铁路、吉长铁路、大营铁路问题，议定鸭绿江采木问题，商谈中韩陆路通商问题。
11月30日。清廷蠲缓直隶开州、武清、满城等被水旱州县本年粮赋。
湖广总督张之洞在武昌主持召开湖北、湖南、广东3省绅商代表会议，筹划自办粤汉铁路。
中日全权大臣举行第八次会议，开始讨论中国提出的增款，关于撤兵及护路兵问题，争论激烈。
本月。任景丰拍摄中国第一部影片《定军山》设在北京琉璃厂土地祠的丰泰照相馆从德国商人在东交民巷开设的祁罗孚洋行购得法国木壳手摇摄影机1架及胶片14卷，开始拍摄影片。丰泰照相馆的创办人是任景丰，青年时代曾在日本学过照相技术，1892年，他在北京开设的丰泰照相馆是当时绝无仅有的一家，生意极为兴隆。他有感于当时在中国放映的都是外国影片，而且片源缺乏，于是便萌生了摄制中国影片的念头。丰泰照相馆是在其院中的露天广场上拍摄第一部影片的，内容是由中国著名京剧演员谭鑫培主演的《定军山》中“请缨”、“舞刀”、“交锋”等场面。摄影师是该照相馆技师刘仲任，前后拍了三天时间，拍成本片。这是中国最早的一部戏曲片，也是中国人自己拍摄的第一部影片。
12月
12月1日。中德在北京签订《会定青岛设关征税修改办法》。参加签订人员，中方为总税务司赫德，德方是德国驻京大臣穆默。1899年4月17日中德曾签订《青岛设关征税办法》，本次签订的条约是对《青岛设关征税办法》的重要修改。1898年，德国利用山东巨野教案向清政府强租胶州湾之后，便想参照香港的自由港制度，把胶州湾租借地发展成为德国在远东的商业根据地，以更有利于对中国的经济掠夺。因此，在《青岛设关征税办法》中，把整个租借地都划为自由港的范围，规定由海路运进青岛口岸的贷物均不征进口税，若贷物由胶州湾租借地赴中国内地，则由青岛海关征收进口税。中国内地土货运至青岛亦照此办理。德国原以为这样可以大大促进租借地内工商业的发展，但效果并不理想。原因之一是中国商人不愿进入租借地内购买货物而惹麻烦；第二个原因是走私现象严重，影响了正常贸易。20世纪初，列强纷纷与清政府进行修约谈判，德国趁机要求对原《青岛设关征税办法》进行修订。修订后的办法从保护租借地殖民当局的利益和租借地工业出发，规定了大量货物的免税和租借地内工业产品出口的优惠待遇。无税区的划定和海关税款二成交殖民当局的规定，则一方面使自由港制度趋向完善，另一方面使殖民当局得以用中国的税款扩大殖民建设。全文共8条。修改办法实施后，青岛港的贸易得到迅速发展，成为北方各港口中仅次于天津的第二大港，但青岛贸易明显地具有帝国主义与殖民地半殖民地贸易的特点，如洋货进口多于土货出口，进口的洋货是工业品，而出口的土货多是原料或半成品等。
中国留日学生总会干事长杨度及全体留日学生向出使日本大臣杨枢呈送《学生公禀》，反对日本《取缔留学生规则》。
12月2日。新疆巡抚潘效苏奏准新疆以屯牧养兵丁之办法，寓兵于农，可节省大量兵饷。
因上月《日韩保护协约》签订，日本强行“统监”朝鲜，清廷于本日将驻朝公使曾广铨撤回。后改设总领事，驻汉城，节制清驻朝各分口领事，原设驻汉城总领事裁撤。
中日全权大臣举行第九次会议，续议撤兵及护路兵问题，无结果，又议日兵占用中国公私产业问题，议定约款一条。
12月3日。东京弘文学院等校中国留学生代表在留学生会馆筹商对策，决定次日赴驻日公使馆请愿。后来留学生反对取缔规则即以各校代表作为领导集体，逐渐扩充至10余校，形成留日各校学生代表联合会，以胡瑛、韩汝庚、宋教仁、田桐、秋瑾、吴玉章等为负责人。
江苏清江浦（今淮阴县）开设官盐局，私盐贩生计被夺，数百人进城抗议。
中日全权大臣举行第十次会议，讨论撤兵及铁路相关问题。
12月4日。清廷命庆亲王奕选派宗室出洋学习武备。
直隶设立法律学堂仕学速成馆，清廷命各省仿办。
中日全权大臣举行第11次会议，议毕中国所提的增款，续议日方所提的增款。
中国留日学生抗议日本《取缔中国留学生规则》。《取缔规则》颁布之初，留日学生群起力争，未有结果，于是留日学生决定罢课抗议。本日，弘文学院学生罢课，为联合其他学校学生一起罢课，弘文学院学生将该校已停课实情函告他校，接着经纬学堂、早稻田大学、大成学校、法政大学等相继停课。为防止因激愤而干出有损国家尊严和触犯日本法律的过头行为，不给日本以口实，学生制订了要求共同遵守的《自治规则》。规则规定：对于日本个人不宜有恶意；在住宿处要保持安静；停课期内不宜进入公园、饭馆、商场；因事外出，不准胡闹。罢课风潮很快波及所有留日学生。6日，东京各校门口出现纠察队，纠察队员手持短刀等器械，维持罢课秩序，阻止学生上课。不久，纠察队发表《纠察学生自治规约》：（一）不论开会议事或普通谈论，不得喧嚷；（二）每日派员前往各寄宿舍各旅馆纠察；（三）各处设置秘密探视员，如经探视员发觉违规时，轻者示以忠告，重者则将其姓名报知同乡会或总会馆。本日，中国留日女学生宣布罢课，推秋瑾为总代表；留日各校学生代表推举胡瑛、韩汝庚等为总代表，赴驻日公使馆请愿，次日再往。12月5日，留日学生数百人在东京富士见楼集会，商讨反对《取缔规则》对策，会上通过声明《东京留学生对文部省取缔规则之驳议》。12月10日，数千中国留日学生在东京留学生会馆集会，胡瑛主持，决议一致回国。12月13日，东京留日学生200余人首批集体退学回国。至20日回国学生逾千人。
12月5日。中日全权大臣举行第12次会议，讨论关于撤兵后地方治安问题，续议吉长铁路问题，无结果。
12月6日。清廷任命延杰为热河都统，铁良为户部尚书，松寿为兵部尚书，柯逢时为户部右侍郎，仍督办各省膏捐事宜。
驻京德、法等国公使就中日交涉会议事，分别会晤庆亲王奕勖，要求与日本利益均沾。
中日全权大臣举行第13次会议，续议吉长铁路、奉新铁路问题，次议撤兵问题，无结果，议定剿匪、商埠租界2款。
清廷设立学部。清廷在设立学部的谕旨中说：“前经降旨停止科举，亟应振兴学务，广育人才。现在各省学堂，已次第兴办，必须有总汇之区，以资董率而专责成。着即设立学部，荣庆着调补学部尚书，学部左侍郎着熙瑛补授，翰林院编修严修，着以三品京堂候补，署理学部右侍郎。国子监即古之成均，本系大学，所有该监事务，着即归并学部，其余未尽事宜，着该尚书等即行妥议具奏。该部创设伊始，兴学育才，责成綦重，务当悉心考核，加意培养，期于敦祟正学，造就通才，用副朝廷建学化民成俗之至意。”学部一级共设官11人，除尚书、左右侍郎外，还有左右丞，左右参议各1人，参事官4人。学部下设五司12科：一为总务司，负责总务事宜，下辖机要、案牍、审定3科；二为专门司，主管文学、政治、学术、音乐等专门学堂事宜，下辖专门政务、专门庶务2科：三为普通司，分管普通教育与师范教育，下辖师范教育、中学教育、小学教育3科；四为实业司，管理实业学堂，下辖实业教务、实业庶务2科；五为会计司，掌管教育经费及校舍发展建设事宜，下辖度支、建筑2科。每司设郎中1人总理司务，每科设员外郎1人，主事2人，办理科务。学部成立后，各省设立提学使司，府、州、县则设立劝学所，表明近代中国开始有了统一的教育管理机构，从中央到地方的各级教育行政机关渐趋完善，对振兴近代教育事业有着十分重要的意义。
12月7日。出洋考察政治大臣戴鸿慈、端方自北京启程，取道天津，于16日抵达上海，准备赴美、德、俄、意、奥等国考察政治。
闽广农工路矿大臣张振勋呈请商部转奏，请修筑广东至厦门铁路以保路权，先筑由广州至黄埔一段，并请将黄埔开为商埠，以为香港屯运之利权，本日均经清廷允准。
东京反对罢课学生发起维持留学界同志会。
12月8日。清廷免缓山东青城等94州县被水旱粮租。
陈天华为抗议日本歧视中国留日学生而自杀。同盟会会员陈天华因反对日本《取缔规则》在日本东京南面大森海湾投海自杀，年仅30岁。清末资产阶级革命派宣传家陈天华，原名显宿，字星台，又字过庭，别号思黄，湖南新化人，1875年出生。15岁入蒙塾，1896年随父迁新化县城，后得族人帮助，入新化资江书院读书，旋又考入新化求实学堂。1903年初，由求实学堂资送日本留学，入东京弘文学院师范科。他爱国心强烈，4月写血书抗议沙俄侵占我国东三省，积极参加拒俄义勇军，在本部任办事员，后回国策动武装起义。作《猛回头》、《警世钟》等书，宣传革命思想，主张反对帝国主义，推翻清政府，建立民主共和国，影响很大。1904年2月，同黄兴、宋教仁等在长沙创立华兴会，参与策划长沙起义，事泄逃亡日本。1905年在东京与宋教仁等创办《二十世纪之支那》，参加组建中国同盟会，被推举为会章起草员。《民报》创刊后任撰述员。11月，日本文部省颁布《取缔规则》，陈天华愤不能平，决定以死警醒国人，遂投海自杀。留下《绝命书》万余言，还给留日学生总会一封信，要求坚持斗争。有《陈天华集》。
英国驻沪副领事德为门大闹会审公廨。广东籍官眷黎黄氏带15名婢女、百余件行李返粤途经上海，工部局巡捕房以“拐骗人口”的罪名将黎黄氏等在码头拘捕，送往会审公廨。中国谳员关炯之、金绍成与英国陪审员副领事德为门受理此事。关炯之认为判为拐骗罪证据不足，拟判押公廨女所候讯。德为门认为此案应由捕头带回巡捕房查核，关炯之认为，《洋泾浜设官会审章程》中没有关于女犯押于西牢的规定，且又未经道台批准，因此拒绝由捕房带回关押。德为门竟蛮横地说什么他本人不知有上海道，只遵守领事之命。关炯之也针锋相对地说他本人也不知有英领事，并令廨役将黎黄氏带下。德为门喝令巡捕与廨役争夺人犯，巡捕大打出手，廨役被伤，并将人犯强行带走，押赴西牢。事后，上海各界反应强烈，社会团体和新闻媒介纷纷抗议。上海道袁树勋也根据约章，向英国总领事提出抗议。在中国官民严正交涉和强大压力下，巡捕房将黎黄氏等送至广肇公所。但民众认为黎黄氏等无辜受辱，而德为门大闹会审公廨又无惩处下文，极为愤怒。当时抵制美货运动还在继续，两股潮流汇合，形成声势浩大的示威运动。为避免事态扩大，上海地方当局委派虞洽卿、朱葆三等人与英方交涉，几经抗争达成协议：以后女犯一律由会审公廨收押，德为门调至镇江；工部局成立华人咨询委员会，以便使工部局了解华人对于一切重要事情的意见，此事才逐渐平息下来。
12月9日。商部奏派上海道袁树勋为沿海渔业监督，并任商部头等顾问官。
中日全权大臣举行第14次会议，讨论营口及旅、烟海线问题。
12月10日。中日全权大臣举行第15次会议，双方对未决之事各提出让步办法。
12月11日。孙中山与西贡侨商协议成立广东募捐总局，以“中华民务兴利公司”的名义发行千元票面债券2000张（每券实收250元，革命成功后，还足本利1000元），拟向南洋富有华侨募捐，筹集革命经费。
出洋考察政治大臣载泽、尚其享、李盛铎自北京启程，准备赴日、英、比、法等考察政治。
12月12日。中日全权大臣举行第16次会议，续议未决各问题。
