事实上，自打西原借款滚滚东来，外界总是质疑这里面是否有猫腻，中国人的利益、中国的权益是否在秘密交易被出卖。钱来得太容易，按以往的经验，包括人生的日常经验，怎么都让人放心不下。早在西原借款成立之初，中日合办汇业银行的动议，就被报界质疑为出卖中国财权，指名道姓，批曹汝霖与陆宗舆，说他们为一己之私，出卖主权。1793000万的吉林森林抵押借款，不仅吉林人感觉到自己的家园被卖，请愿要求“政府为吉留一线生路”，而且一些报人也忧虑，借款成立之后，“不出数年，向之树木参天浓荫蔽日者，皆将一变而为牛山之濯濯”。因此，此借款等于是拿30000万来换3000万。显然，这种质疑，让段祺瑞大为光火，当时报纸的标题是：“段合肥又大发怒。”尽管脾气大的段祺瑞很恼火，但这种质疑却并没有止息的意思。1918年5月25日，即在次年五四游行差不多整整1年前，北京大学和北京高等师范、工业专科学校等2000余学生，听闻中日签订密约之后，出于对政府卖国之担忧，齐聚新华门总统府示威请愿。据次日的报道，在示威请愿过程中，也有一个名叫张传琦的学生，慷慨演说，当场断指，“血凝讲坛，为状至惨，呼声雷动”。而且在游行请愿中，学生也强调，切莫让外人笑话，五分钟热血。当时的总统冯国璋还出来接见了学生代表，“词色和蔼”地解释了为什么这个中日条约要秘密签订，主要因为是军事条约，为了保密起见。整个过程，几乎像是五四运动的一次预演。所有过程，竟然跟五四那天的游行，高度相似。
显然，总统冯国璋出面的解释，并没有真的打消国人的疑虑。据当时的报纸记载，同年6月8日，留日学生代表9人，来到段祺瑞所居住的北京府学胡同，当面请愿。段祺瑞接见了留学生代表，双方谈了三个问题。第一，中日共同防敌密约的内容，是否会对中国构成威胁，日本能否借出兵，行假途灭虢之实。第二，密约既然没有伤害中国的主权，为什么不能公开。第三，留学生代表也表达了对于西原借款的忧虑。留学生们特别强调，他们游学日本多年，“深悉彼国上下，对于吾国咸抱并吞之野心。所谓维持东亚平和，保全支那领土，以及中日亲善种种美名，不过并吞之代名词而已。大隈取强压政策，寺内用笼络手段，异趣同归。此次藉词共同出兵，实则项庄舞剑，意在沛公”。但是，段祺瑞回答说，当年签订二十一条的时候，他是最激烈的反对者，现在断无卖国之理。而且，他认为他不会为人所欺，现在跟日本友善，是因为“日本寺内内阁，颇推诚相与”。最后，双方不欢而散，留学生代表留下请愿书离去。
显然，尽管段祺瑞固执己见，反复解释，但国人的疑虑，不仅没有消散，反而日见加深。这样的疑虑，不仅学生有，一些军人也有。早在1917年10月7日，日本驻华武官斋藤，致函时任陆军部次长的徐树铮，因中国以矿砂易日本军械，要求对中日两国枪械口径实行统一，并声称这一意见，得到了段祺瑞的同意。这个消息，经当时的英文版的《京报》披露之后，引起舆论大哗。显然，这个消息，触动了人们有关二十一条的神经。随后，日本驻华公使林权助虽然特意出面加以否认，甚至高调地要求中国政府取缔英文版《京报》，但日本军部是否有此意思，真是很难说。按情理来讲，日本的军方，野心都要大一点，而且表现得比较露骨。长期以来，日本的军部跟政府的立场不一，也是人所共知的事实，由日本政府方面出面解释，依然难以让人放心。耐人寻味的是，消息刚刚传出，江苏督军李纯，河南督军赵倜，就来电质问，说何以政府会答应统一军械这种二十一条第五号的内容，宣称：“吾人对于中此等问题，岂忍坐视，且为保持内阁威信，亦不可三请中央明白宣布，以释群疑。”徐树铮赶紧解释，断无此事。但能否真正释疑，却很难说。当时为陕西中级军官的胡景翼在日记中写道：
《申报》载，日本将以友谊劝吾国息止内讧。此固不免，然从今以后主权尽失，万事受人干涉，即破坏亦不能自由也。吾国人其猛省！中国之罪魁为袁世凯，其次则段祺瑞督军团也。圣人复起，不易吾言矣。
已经不仅是质疑了，干脆就判定了段祺瑞的卖国。在北洋派内部，这样疑虑，出于利益的纷争，往往更加彰显，因此，北洋派分裂的迹象，到了1918年底，更加明显。此前，冯玉祥的反叛行为，虽然在压力之下得到了暂时的“解决”，但冯玉祥的呼吁，此时又得到了更大更响亮的呼应。这次轮到了常胜将军吴佩孚，而且吴佩孚的呼吁，得到了同在湖南前线的冯玉祥的暗中配合，声音越来越大。
1918年8月7日，吴佩孚第一次通电呼吁和平。21日，吴佩孚再次发表通电，呼吁和平，说：“溯自我国因法律问题，引起内争，全国纷纭，已逾一载，长此以往，分崩之端，即在目前。”又认为，“况年来外交紧急，国债繁兴，险象环生，无一非内争所致。”而且对新的国会选举，也委婉地表示了看法，认为国家不统一，不会有真正的民意，贸然选举，只会促进国家的分裂。相比起公开通电的委婉客气，此前同年8月7日吴佩孚给江苏督军李纯的电报中，则差不多等于破口大骂了。他骂现在的国家政策是“宵小奸谋”，骂安福国会是“金钱运动，排斥异己，援引同类，被选议员半皆恶劣”，骂政府跟日本签订密约，丧权辱国，还骂政府“以借款杀同胞”，任人唯亲，赏罚倒置。吴佩孚发表通电，作为他的主公，曹锟不能不有个态度，接二连三给北京发电虚张声势，不痛不痒地骂吴佩孚“不明师理”，“受人愚哄”，要吴佩孚“自醒悟，除浮言，勿渝以前之宗旨，恪守服从之义务”。当然吴佩孚不会就此收手，干脆耍刁放赖，索性要求将所部回撤，请湘督张敬尧另行派人接替防务。段祺瑞被逼得没办法，只好屈尊再一次给一个小师长去电，一边吓唬人，要吴佩孚“恪遵军人应尽服从之天职”，不要反对政府的政令，“干犯纲纪”，一边又缓和口气，摆出老师的身份说：“尔从吾有年，教育或有未周，余当自责，嗣后勿再妄谈政治也。”
段祺瑞当过北洋系统几乎所有军校的总监校长，对于出身北洋陆军速成学堂的吴佩孚，当然可以摆老师架子，可惜，当年的校长，对这个北洋的后起之秀既没教过什么，也不曾赏识，毕业后到他麾下公干之时，根本得不到提拔重用，师弟之间，毫无情义可言。此时端出老师的身份来，多少有点晚。因此，吴佩孚接到段祺瑞这种以亲昵口气的训斥电报，不仅没有感到一丝的亲切，反而火气上涌，接着一个通电回过去，以诤臣自命，引经据典，逐条对段的电文进行驳斥，大概又是桂林才子张其锽的手笔。
这样的质疑和指责，不仅仅是来自于段祺瑞政府的敌人，孙中山的军政府和西南军阀，而来自学界和报界，甚至还来自跟北京政府没有敌意的军界人士，甚至来自于北洋团体内部，所有的质疑，构成了一个完整的逻辑链条——段政府是不是跟日本有什么交易，所以日本人才肯把大笔的钱借给他们，而段政府拿了钱，又来打内战，为了更好地推行武力统一政策，组织了安福俱乐部，操纵选举，组成了自己御用的国会，武力统一，一方面消灭了作为敌人的西南军阀和孙中山势力，一方面削弱了异己，同时编练自己的嫡系武装参战军，最后是皖系一统天下。这个质疑的逻辑链中，最关键的就是中日关系。人们怀疑，段政府是不是跟日本有私下的秘密交易，出卖了山东，暗中答应了二十一条中连袁世凯都没有答应的第五号的有关条款？事实上，1918年的中日间有关针对俄国事变的军事密约，已经令疑云布满了天空，而接下来巴黎和会上披露出来的中日有关胶济铁路的换文，无论当局者是怎样想的，当时的具体操办者的意图是什么，但对于质疑者而言，这种换文已经是证实了他们的怀疑，段政府这期间所作所为，从西原借款到武力统一，从安福国会到编练参战军，都被打了深深的卖国印记。
五四的大游行，仅仅是这些质疑一个积蓄很久的爆发。之所以在这个时候爆发，不只是因为中日密约“东窗事发”，而是因为巴黎和会，在国人眼里事关重大，如果作为战胜国的中国在和会上外交失败，把山东拱手让人，那么，中国的腹地就失去了，中国也就真的要亡了。
学生与军警
五四运动的发生，恰好处在这样一个历史阶段。后袁世凯时代的北洋军阀正处于裂变时期，当家的段祺瑞和他的亲信们，志大才疏，自不量力地妄图以武力统一中国，激化了国内包括北洋团体内部的所有矛盾，危机四伏。但比较起来，在后世所谓皖系执政的这个阶段，当政的军人对于当时的代议制政体表现得最为尊重，不仅恢复了民元国会，而且在民元国会因张勋复辟而垮台之后，组织设计了第二次国会选举。固然此番国会选举，遭致诟病颇多，也的确存在着大量的人为操控以及贿选行为，但比起后来的军阀对代议制的无情践踏——曹锟公然贿选，张作霖和冯玉祥扶植段祺瑞搞没有代议机关的执政府，张作霖的军政府，还是要好得多。当时的政府对于民主体制下的基本人权，比如言论、结社和游行集会的自由，还是尊重的。也高度尊重学校的自治，即使是国立大学，也不随意干涉。固然北洋政府的背后站着的是北洋军人，但这些军人却没有用军人的方式来君临天下，控制社会。北京政府如此，各地的军阀也如此，握有实权的军人，是发言权最大的人，但省议会都在运作，可以发出不同的声音。记者批评当道，学生们表达意见，一般不会有军人前去干涉，即便人家骂到了自家头上，最大的惩罚，也无非是查封报馆。这边查了，那边人家再办。出现这种状况的原因，不仅仅是因为当时的军人政权比较弱，北京政府政令不出都门，各省甚至省下面的地方，军人割据，各行其是。其实，即便这些当家军人实力不强，若想压制舆论，干预教育，也是足够用的。就像1926年之后的奉系，控制北京之后，干涉大学，捕杀记者，硬是蛮干，谁也拿他们没办法。
自晚清以来，达尔文的进化论，经过甲午战争的催化，已经成为上流社会的统治性的意识形态。这种意识形态，落实在政体上，往往被解读为民主共和优于君主立宪，君主立宪优于君主专制。从专制到共和，彼此间是沿着进化的路径行进的。袁世凯的帝制，原本无非是力图解决辛亥以来的政体骤变、致变乱相的一种努力，增强因日本提出二十一条导致削弱的自身政权的合法性，但是，在地方势力坐大，积重难返的情势下，反而成了导致自己脆败的由头。因为这种帝制自为的做法，严重违背进化的道理，成为开历史倒车的反动。然而，政治强人袁世凯的挣扎以及脆败，却进一步强化了上流社会进化论的信念，使得即使是些武夫，也不敢对这个被西方证明具有魔力的政体有所轻视，从某种意义上说，此时的当家武人，他们对民主政体尚有幻想。因此，宁可忍受体制对他们的束缚，也不会对体制采取大动作的背离行为。
同时，五四又是一个如此高调占据爱国的道德制高点，如此得人心的政治抗议运动，不仅社会上商人和市民也怀有学生们一样的对于巴黎和会的情感落差，而且因为巴黎和会上的“外交失败”，引发了以往皖系政府亲日政策的所有潜在的危机，各种的不满与冲突，都接着爱国运动迸发出来，北京政府内部，矛盾也开始激化。加上中国社会的传统，学生闹事，往往具有天然合理性，即使无理取闹，社会对他们也有相当的包容性。在帝制时代，每届科考，应试的举子闹事，只要闹得不太过火，都会被优容。在士子与丘八之间，不仅存在着社会地位的悬殊差距，而且有声望方面的天壤之别。士兵天然地就对读书人有敬畏之感，还在晚清时节，士兵们就不大敢轻易进学堂生事，哪怕这个学堂里有革命党需要搜查。进入民国之后，这种军警怕学生的状况，并没有消除。即使有上方的命令，军警在学生面前依然缩手缩脚，怕三怕四。他们尊学生为老爷，说我们是丘八，你们是丘九，比我们大一辈。
在这种情况下，北京政府面对上街的学生和市民，就非常尴尬。一方面，由于五四运动的矛头指向的就是皖系政府，北京学生声讨曹、章、陆，实际上是冲着段祺瑞和安福系来的，到了上海，示威者就直接指名道姓地要段祺瑞、徐树铮下台，毫不留情地将真正的主政者放在了对立面。因此，仅仅出于自保的需要，他们也要将运动平息下去。另一方面，运动高调的爱国道德诉求，以及大得民心的情势，以及大体合法的抗争形式，又使得他们缩手缩脚，无法镇压，一上手，就处于根本丧失话语权的境地，多数禁止学生上街的政府命令，都不得不承认学生爱国热情的正当性，说他们“纯本天良”。既然如此，镇压就谈不上了。随着运动的深入，北洋系的分裂随之日益清晰，地方军阀的分化，越来越多的不满皖系统治的军阀借对学生的声援，表达对皖系的不满，陷于孤家寡人的皖系，只能偃旗息鼓，步步退让。
