罗桑丹贝坚赞，从小拜嘉样彭措为师，勤奋好学，在佛教理论诸方面的修习上达到了很高的造诣，对格鲁派在本地区的发展做出了较大的贡献。在他的努力下，卓尼禅定寺在西藏和内地的影响越来越大。卓尼土司由于其政教合一制度的性质决定，历来重视掌握内地和西藏政教关系的平衡。以土司衙门和卓尼禅定寺为中心的政教集团，为他的土司统治创造了双重条件。政治上需要当朝统治者支持时，以土司的身份直接求取封职厚禄；宗教上要配合政治的发展时，则由卓尼禅定寺的堪布（僧官）、名僧作为他的代言人，沟通中央和西藏政教界的关系，使自己长期处于不败之地。
十三代土司杨昭（索南钦佩）
杨昭是杨冲霄之子，其生卒年月不详。据《洮州厅志》载：“1741年科中武举，未及承袭而卒。”一般说来未及承袭者不应列入土司谱系之内。但是在《安多政教史》中仍将杨昭列人土司之列，并有这样的记载嘉样闹布（杨冲霄）之子，即土司索南钦佩(杨昭）。”虽然只是片言只语，说明他就是土司的事实继承人。另外，卓尼杨土司的世袭自康熙赐“子孙后代都可获土司头衔。”之后，只要土司指挥佥事的大印没有收回，说明杨昭就是土司大印的直接继承人。
十四代土司杨声（丹松次仁）
杨昭去世，留下了3个年幼的孩子和遗孀尕藏华毛。长子杨声袭父职，管理政务；次子索南道旦作为博峪二房的继承人；三子阿旺克增加措出家在卓尼禅定寺为僧，20岁受近圆戒，并任本寺僧官。
杨声，生于1744年正月15日。杨声过早的失去父亲，这期间卓尼土司的政教事务均由他的祖母仁钦华宗代理。据《洮州厅志》载杨声年幼，暂请以祖母李氏护印，于乾隆十九年承袭，管理土务至乾隆二十五年，昭子杨声仍袭前职。”李氏即仁钦华宗，她是一位杰出的女性，不仅能绣誉满藏区的唐卡佛像，而且还具有调动千军万马的将才。传说她在江河暴涨，过渡困难的6月天率兵攻打迭州（今甘南迭部），运筹帷幄，指挥若定，一举取胜。在当地群众的心目中，将她领兵攻打迭州事件与宋代杨家将中的穆桂英大战洪州相提并论。
土司杨声在祖母仁钦华宗的影响下，继承了信仰佛法的家风，继刊印《甘珠尔》之后，准备再刻一部《丹珠尔》。因《甘珠尔》是藏译佛经，《丹珠尔》属佛的弟子和学者们的佛学论着。再刊印一部《丹珠尔》即可集佛学的大成，也可以圆满他的慈善事业，对弘扬佛法无疑有很大益处。
十五代土司杨宗业（丹增仁钦青嘉）
杨宗业是十四代土司杨声的长子，生卒年不详。据《洮洲厅志》记载声子杨宗业于1780年承袭，因河州之乱以功奉赏给三品顶戴花翎，领受兵部号纸。后于1784年以剿石峰堡功赏大缎二匹，宗业弟杨宗基于1814年承袭并兼摄禅定寺世袭僧纲。”这段记载基本上概述了杨宗业一生的事迹，但为什么到后来土司职位由他的弟弟杨宗基承袭，这在历任土司的承袭中则没有先例。究其原因，是杨宗业因病早卒。由原在寺院的弟弟罗桑仁钦丹增，俗名为钦嘉久美道尔吉，汉名杨宗基料理政务。
十五代土司杨宗业的一生，据一些史料所反映的情况分析没有多大的建树。由于时代、环境及统治阶级的需要，可以说他的一生是受人调遣，戎马征战，重于武功的一生。
在杨宗业承袭土司职务的第二年，即1781年，爆发了苏四十三等领导的反清回民大起义。是年3月，苏四十三和韩二哥为义军首领，从循化出发，于“3月21日二更时围困河州城……将州城占据。”之后，“星夜兼程，于3月25日……由间道抵兰州。”义军势卩破竹，各地响应，但立即遭到清军的残酷镇压。然义军“拼命相持”，官兵“间遇折伤，殊形气馁”。在官兵节节败退的情况下，“飞咨四川督臣文缓，令其速饬屯练降番1000名，阿拉善兵700名，保安4屯土兵及迭部番兵”协同剿叛，将少数民族作为统治阶级的盾牌，使其相互残杀。在这种情况下土司宗业也出于无奈，故迭部番兵参与了这次事件。
苏四十三事变失败之后，接着于1784年又发生了田伍事件，从者数千人。清政府对此大为震惊，在调官军大肆镇压的同时，又采取与平服苏四十三事变相同的手段，勒令各地番兵参与剿抚事件。
1784年5月18日，“令土司杨宗业挑选番兵300名，派都司舒宁阿带领进攻马家堡、东山顶（在甘肃通渭县石峰堡附近）。”土司杨宗业之番兵进攻东山，“不意贼匪自山顶冲压，番兵退走，臣等即督兵迎击救获，贼众方退。”“因贼于5月17日从鹿鹿山后绕出，现在离此（马家堡）70里之乌家坪扎营。5月26日庚辰，付玉、王岱、永安、刚塔、俞金螯、图桑阿奏言，臣等因贼匪占据鹿鹿山，石峰堡山高险峻……臣王岱、刚塔、俞金螯、图桑阿同凉宁二镇苏灵吉兰泰城守尉额尔恒额带固原、甘州、凉州、宁夏官兵并土司杨宗业之番兵即刻起程前往乌家坪一路追剿。”
6月6日，王岱、李侍尧、刚塔、俞金螯、图桑阿、阿尔萨朗奏言：臣等于〔5月〕22、23日在伏羌击剿贼匪，歼毙头目3人……复恐贼人既退上山梁，复欲翻山而遁。随派游击汪启怀、塔哈带马兵400名乘势绕上山梁攻抢贼营，贼即弃营往南窜去；官兵压下将至管子镇，贼知官兵已近，复绕道渡河仍回北山丰社庙山梁上扎营。
臣等即派游击皂王保、伯泰等带兵600名，又派都司舒宁阿、杨土司兵1000名，从北山梁迎往截剿……”
7月12日，上命军机大臣传谕阿桂、福康安“昨据阿桂等奏，5曰黎明督率官兵进堡搜捕，将首逆张阿深……等全数擒获。”历经三个月余的征讨，田伍事件基本平息。
“土司杨宗业随同官军作战尚属出力卓着，赏给大缎二匹以示奖励。”7月22日阿桂、福康安奏言：……土司杨宗业番兵撤回，经由洮岷系与四川屯土兵丁同路，恐途间拥挤滋事，是以先令杨土司兵于13日起程撤回。
杨宗业完成朝廷使命，撤兵旋归卓尼。卓尼地区没有受苏四十三和田伍事件的影响，但此时的他已积劳成疾，不能亲政。根据其弟杨宗基于1814年承袭·的记载推测，其卒年约在1813年。又据《卓尼寺概况》一文记载，“丹松才让的儿子丹增仁钦青嘉摄政，半途夭折，原在寺院的弟弟拉尊洛桑仁钦丹增（杨宗基)继承。”因宗业早卒，无子承袭。然政教之业不得废弛，同时又为了土司族权、教权、政权的高度集中，宗基于嘉庆十九年袭兄职具有特殊的意义。它不比一般的父子相承，也不比一般的生老病死之代替，从侧面反映了宗基在继承土司时间上的紧迫性。说明宗业早卒，对土司政权带来严重影响，出家的僧人也只好从政，唯一的目的就是为了维系杨氏族权的巩固。
十六代土司杨宗基(钦嘉久美道吉）
杨宗基是杨声的次子，杨宗业的弟弟。从小按例入寺，任禅定寺僧纲。取法号为钦嘉久美道吉，俗名拉尊洛桑仁钦丹增。但因土司宗业过早去世，杨宗基则破例于嘉庆十九年承袭兼摄禅定寺世袭僧纲。由僧纲承袭土司职务，这在卓尼杨土司承袭序列中是从未有过的先例。有弱冠袭职的，也有祖母护政的，但这在政教合一的土司制度中不能说明什么更深刻的问题。然而，由按例入寺并任僧纲的次子来补土司之缺，它凸现了政教合一的特殊性。
杨宗基即位，是在甘肃中部地区的民乱平息之后，整个社会处于相对安定的时期。他作为一个宗教职业者，在政治上没有什么奢求，佛事活动仍然是其承袭土司以来的主要内容。“多次请名僧来寺院传授观音佛的各种灌顶讲经。1820年又请贡塘坚白央在衙门传授了长寿灌顶和修间魔护法神的开许等。第二年听说尊者阿莽班智达·贡曲乎坚赞受洮州土司勒索，行动受到限制，他前去解救，同时向拉卜愣寺施舍了很多财物。为了解决和博峪争夺寺院僧官的纠纷，曾率领下属各寺派出的喇嘛代表去兰州。”除此，可以说他的一生是比较平庸的。杨宗基于1844年去世。
十七代土司杨元(仁钦丹增青嘉陈勒道吉）
杨宗基和夫人德吉卓玛有3个儿子，长子幼年夭折。按“敕禅定寺匾额原例，土司生二子，以一子袭禅师焉。至1814年无人承袭土司，杨宗基兼摄。”后由幼子杨元于1844年承袭。次子贡噶宁布按例任卓尼禅定寺堪布。
杨元出生于1828年，自幼受到良好的教育，他精通藏汉两文，办事精明能干。1850年西藏摄政诺门汗到内地，他曾去送行抵达兰州。自明代中叶以后，乌斯藏僧侣进京，向总督呈报需经洮州衙门的引见。经杨元设法疏通，“允许直接呈报，并得到珊瑚顶戴花翎和印信等赐赏。”
杨元继位之际，正是清政府日趋没落之时，阶级矛盾、民族矛盾日益激化，阶级矛盾的激化给各民族带来一场严重的灾难，将历来和睦共处的各兄弟民族卷入时局的动荡之中。此时土司杨元所属卓尼辖区之东、南、北三面受到动乱的冲击，气氛非常紧张，若干柴烈火，一触即燃。
1864年2月11日，洮回遂起事焉。“马大汉乘乱入……9月，
马大汉将分队犯洮州，随之临夏撒拉族也揭竿而起，对洮有很大的威胁。”
土司指挥佥事杨元，遣番兵于洮狄界之羊撒（今临潭羊沙）寨设防阻击。“同治三年三月癸亥，临洮营都司王勇合土司杨元调买吾刚拭(岔）、多哈(今夏河合作镇、美武乡境内）各族番丁与拉卜楞火力藏番族把守土门关……”并派兵驻扎土门关东北守防，图保洮境。此后，杨元“以剿办循化属撒拉回赏给二品花翎加志勇巴图鲁名号。”但这次由清朝统治阶级挑起的地方民乱，使民族关系复杂化。就洮州而言，也受到动乱的内外冲击，各族人民难免兵火之灾。
1865年6月12日，西乡民团败绩于马场沟，死者700余人。8月，民变虽然波及洮州，破圆城寺（侯家寺），但锋芒还未直接指向卓尼。于是，土司杨元凭洮据险，保存实力。这时洮河北岸的人们纷纷弃家南逃，躲到洮南的土司辖区，受到土司的庇护，也有逃到北山牧区和森林中避难者，造成有家不能还，有田无人耕，洮州境内废墟连片，凄凄惨惨。
是时民团武装尽溃，洮州全陷。卓尼土司杨元只凭洮河据险死守，河北重镇尽失，地方武装又溃逃岷县。在这种情况下实感唇亡齿寒，加之越来越多的难民前来寻求庇护，在经济、生活等方面带来很大的压力，长此以往，坐吃山空，只能束手待毙。在直接威胁到自己利益的情况下，杨元背水出击。
1868年5月，参将范铭，会洮州同知王廷梓，土司杨元收复洮州厅城因收复洮州新旧二城之功，赏给杨元头品顶戴。
洮州虽然收复，但战乱给回、藏、汉各族人民带来的创伤则一时难以医治。土地荒芜，生产力遭到破坏，影响最严重的地方，百姓12年不得入庄安居，因此不安定因素仍然存在。
1872年，河州付先宗率所部由狄道进，“以其半渡洮西修垒……调土司杨元领番勇守隘口，相机防剿。
同年，河州马占鳌率众掀起反清斗争，波及洮州边境，但因洮州各路分兵把守严密，未得深入。同治元年以后，几经战火的洮州始恢复生机。到1874年，弃家奔逃的大部分藏、汉、回众已回庄安居，在荒芜的土地上重振家业，发展生产。杨元因“关内外肃清，保奏应照军劳头等之功加一级。”
当回族反清斗争在临夏等地展开的同时，罗卜藏丹津在青海等蒙藏地区也掀起反清高潮。清政府当即划定藏族各部落牧地，派遣官员，征收贡赋，禁止茶、粮等必需品输入牧区，以达到控制蒙藏牧民的目的。这又激起了青海和甘南藏蒙人民的不满和反抗，在黄河北岸东西两千里地区与清军展开斗争，屡败清军与陕甘总督那彦成、富呢杨阿、布彦泰等。
1846年4月，陕甘总督布彦泰派兵渡过黄河，进军到循化所属的黑错四沟(今甘南合作），搜索前藏族首领昏卜刚究、素努脱巴等人，黑错地区藏族人民举行了武装起义。
“事件的起因是在1845年夏，黑错四沟藏民以其传统习惯北移放牧，遭到西宁镇总兵部属的袭击；1846春，他们南返原处住牧，又遭到清兵的截击掠夺。藏民群众忍无可忍，便在部酋刚究索南知化的率领下，聚集人马1800余众。起义遭到官军的残酷镇压，所经村舍，悉被焚毁，牲畜财产抢掠一空。起事群众被迫退守山林地带，凭险抵抗，后因粮尽弹绝，弃地远逃。”部分远逃者避居扎尕草原和洮北恰盖一带的森林中。“着逊土司杨国成追捕之被杀，公禀奉剿办命，与照磨唐宝五路土司杨元等抵黑错会督宪差，西宁大臣达公达洪阿至，番民抗拒，接战数次……诛贼昏卜刚究、素努脱巴，乱始平。”对杨元“加奖示以报捐军饷功赏给三品顶戴。
杨元除了处理地方事务之外，平日黎明即起，去经堂顶礼拜佛，晚上则摆上杵铃、供品、颅器等瑜伽法器，向本尊、护法神等敬献朵玛（施食），和弟弟贡嘎宁布共同发展慈善事业。其有生之年广修佛寺，先后在路珠寺建立了上续部扎仓，在恰盖寺建立了因明学院，政教各业得到良好的发展。此时卓尼禅定寺和其所属的27寺正处于全面的鼎盛时期。
十八代土司杨作霖（才旺索南道吉）
杨作霖是杨元的长子，住卓尼城内。其余兄弟3人分别住博峪、洛巴湾、索藏庄园。
作霖生年不详，其人喜作书画，修养较髙。“同治间随父剿抚各属屡立战功，累至头品顶戴花翎，于1880年承袭，领兵部号纸兼护国禅师。”
在杨作霖袭职的前后，全国上下反清斗争风起云涌，甘肃境内各族人民的反清斗争此起彼伏。接苏四十三起事之后，有罗卜藏丹津、田伍以及黑错四沟和舟曲瓜子沟古丹巴为首的与清王朝和地方政府作对的一支支起义力量。
就在杨作霖袭职的1880年4月，辖区舟曲瓜子沟爆发了以古丹巴为首的反清斗争。官军“于四月十六日驰抵西固（舟曲）杀贼桥，连据探报，该番匪屡经官军民番各围，分途拦击，多有伤之……古丹巴自知力穷势孤，已先期逃遁，河州沉镇来函谓，已同各营于十五日进扎该庄，广为招抚等语，是匪党现散，大势已平。”但古丹巴及其骨干尚逃之夭夭。为防止死灰复燃，干戈再起，一面设法缉拿，一面令“杨、马（宕昌马土司）二土司跟踪踩捕，并勒令各番族协力捆献。”
但是杨作霖在平息瓜子沟事件中很不得力，这样无疑引起官军的不满。作为协助统治阶级安抚边疆各族人民工具的土司，一旦失去他的作用和可利用的价值，其地位也将随之而动摇。
据1881年5月25日瓜子沟檄文：“署洮州土司杨作霖少不更事，平时既不能弹压，临事又不能讨贼，且纵土兵骚扰，自应参办以示儆。至此次古丹巴谋逆，系藉活佛为名，非由土司暴敛所致。据禀请改土归流，不为无见。现在剿抚初定，尚须从缓计议，将来或照滨黔例改为土知州，土司统归地方官节制，严无不可。番匪既平，善后账抚，最为要紧，仰即会商谭道龙前署，妥慎筹办，毋稍疏略……帮办杨承批，五月二十五日。”
