据《卓尼寺概况》一文记载，噶吉承袭土司，兼摄卓尼寺法台时，全寺僧人已达3800名。按当时卓尼寺的发展速度和规模分析，容纳这样多的僧人是不可能的。即使在卓尼土司的统治范围扩大到迭部、舟曲等地时，依民国26年（1937年）卓尼设治局的调查全境有10，618户，人口约在50，000人以上，估计全境户口在20，000户，僧俗民众约在100，000人左右。”其中的僧人包括卓尼寺属100余寺的僧人在内。
而在噶吉在位期间，黑番四旗还不属卓尼管辖，迭部境内苯教仍在盛行。洮州境内的各寺院初立门户，正在发展和寻找政治上的依靠。所以仅卓尼一寺就有3800僧人的说法是令人难以置信的。西藏三大寺院之一格鲁派的首寺甘丹寺，在其鼎盛时期，在寺僧人的数量才达到3300余人。
事实上当时的卓尼寺没有那么多的僧人。那么为什么说噶吉时卓尼寺僧人数量达到3800呢？从整个卫藏、康、安多地区看这一问题的实质，格鲁派正处在发展的高峰，在卓尼地区也是如此，除建立上述的一些中小寺院外，各种不同的修行地几乎遍布卓尼。噶吉为了巩固他在政教界的地位，正如《如意宝鬉》所载使出渊博的才智”来削弱政敌和教敌的势力。这一点在卓尼土司的历史上是很突出的。可征服的就用武力，鞭长莫及者或用武力效果不佳者则用联姻的手段，建立纵横交错的社会网络。如同昝土司建立甥舅关系，昝与圆城寺僧正侯显家族传为昝侯一姓，而卓逊土司跟圆城寺又是施主关系，从而形成了三足鼎立的稳定格局。三者虽说没有并行发展，但互相利用。至于其他地方势力，也逐渐归入噶吉的管辖。
宗教方面，噶吉以虔诚为楷模，以布施为手段，虽说没有借权力的威慑，但依其在当地的势力及影响，其他寺院为了发展自己，也积极寻求和投靠政治、宗教方面的靠山。这样，卓尼境内的大小寺院纷纷归卓尼寺管理，他们的法台只有卓尼寺有权任命或委派，各寺的寺籍均受卓尼寺管理。因此，鸣吉时卓尼寺有僧人3800多名，是反映了卓尼境内各佛教寺院的一个综合数目，说明土司政权在政教合一的制度下得到了进一步的强化。制度的强化，必然要加强意识形态方面的高度统一。在以藏族为主体民族的卓尼地区，佛教从外延上得到了发展，在内涵上加强了土司政权的控制。因藏民族以信仰佛教为主，掌握了教权，就等于控制了教民；控制了教民，自然会壮大和加强族权、教权和政权。
五代土司旺秀（杨洪)
旺秀是噶吉的长子。《洮州厅志》记载哈节（噶吉）子旺秀于正德年间承袭，调京引见后赐姓杨，更名洪。”《安多政教史》和卓尼版丹珠尔纲目《如意宝鬉》有相同的记载噶吉生有二子，长子旺秀，管理政务。”但是这三种资料都没有明确记载其出生年月和承袭的时间。
然而从当时发生的一些历史事件的纪年上推断，可将他的承袭年代缩小到更小的范围之内。
“旺秀于藏历第九甲子（壬申年）八月初八去京朝见正德皇帝”
与《洮州厅志》载“正德间承袭”相对照，正德间，其最大时限可从正德元年（1506年）至嘉靖元年（1522年），共16年。旺秀去京朝见明武宗的时间是藏历第九甲子（壬申年），即正德三年（1508年）。可以说这时的他是以土司的身份去觐见皇帝，进贡方物，呈奏地方事务和民情的。查阅《明实录》，只有“正德三年八月庚寅(1508年9月19日）陕西番僧禄竹班丹等人贡方物、马匹，给赏彩缎有差。”由此看来，旺秀与禄竹班丹是同行而略载罢了。这样，旺秀的袭职年代可缩小到正德元年一正德三年之内，时差只有一两年。
旺秀时，卓尼土司的势力范围已有了很大的发展，他的部分家眷和主要的办事机构已经从雷马沟移居到今卓尼县城。他不仅继承了父亲的据地统治，在统领境内所有藏民的基础上，还收容了明洪武初到洮州地区屯军、屯田的一些汉民，并将他们开拓的部分土地收为“兵马田”。他不仅从政治、经济、宗教等方面控制了藏族，同时还控制了一部分溆于溃散的营田汉民，其余的屯军屯民被底古族土司昝诚（于正德十二年授世袭副千户）和卓逊土司（副千户中马守边)杨寿等收容。这样他们不只增加了百姓，而且增加了土地。在商品经济不发达和生产力落后的条件下，作为封建庄园经济，土地是发展的基础。土地越多，土地的租佃税越髙，越能从经济上壮大和夯实他们的政治基础。于是在洮州地区（今临潭、卓尼）形成了大小杨家两个政教合一的封建世袭集团。
另据文献记载，旺秀有一个弟弟从小为僧，后来做了卓尼寺的堪布，在他的管理下寺院有了更快的发展。这时的旺秀在政治上已是洮州地区大部分藏族的首领，宗教方面借卓尼寺的影响，是本地区独一无二的虔诚施主，经济上的积累也很雄厚。但是，这些仍然满足不了他的愿望。作为杨氏家族在政教方面的世袭统治，要得到发展和巩固还需要一个保证，这个保证就是明王朝的赐封。15世纪初，明朝在西藏封了三大法王（大宝法王、大乘法王和大慈法王），在王以下，在藏族地区还封有大国师、国师、禅师等僧职官员，这些名号都是根据受封人所属教派实力的大小以及他们个人地位的髙低，而分别赐封的。此外，还有一些地方的上层僧侣和土官头人直接到京，请求朝廷任命官职。明朝也都分别予以安置，使他们成为中央政权的直属官员。这时在安多地区的青海、甘肃的天祝、洮、岷等藏族地区出现了很多直接受朝廷赐封的地方官和土司。
据王朝礼部礼官言，至成化八年，仅“洮岷诸卫送各族番人赴京多至四千二百余人，应赏彩币人二表里，帛如之，钞二十九万八千有奇，马直尚在其外……”旺秀为了壮大自己的声势，于是也在1508年（正德三年）八月初八带了很多地方特产去京朝见明武宗朱厚照。准见后，武宗高兴地说若在藏汉之界护政传法，为本朝的兴盛，谋有益之事业，善哉，赐姓为杨，更名为洪，要一如既往，善用智慧护汉藏黎民。”同时赏赐了很多贵重的东西。受到皇帝物质上的赏赐和荣誉上的封号，旺秀达到了炫耀其政治地位的目的。有了这张王牌就可以威镇属民，牵制各地方势力的互相吞并。
且将下属的地方武装也纳入了边疆兵备之列，反映出君臣的从属关系，形成了在政治、经济、宗教、军事上具有一定自治权力的地方政治实体。
旺秀自京返回以后，在多坝拉路村住了一段时间。在这段时间内，他用多年的积蓄，购置了《金刚杵》、《禅定王》、《八千颂》等佛经，潜心于佛教理论的修养研习，特别重视对《白伞盖母经》、《般若经刚要》的修习，并向寺院奉献了很多供养和布施。
六代土司杨臻
杨臻是旺秀之子。自旺秀朝见武宗皇帝赐姓为杨，更名杨洪之后，历代土司之名都冠以杨姓，凡属杨土司的藏民百姓一般都愿取姓为杨。
杨臻于1538年袭职护政.《明实录》载嘉靖十七年三月甲申（1538年4月9日）……陕西博峪（疑今卓尼博峪）等族番人阿鹅等……各朝贡，诏各给赏如例。”翻遍实录，嘉靖十七年间有关卓尼的记载仅此一条，但更能说明杨臻就是于是年是月领诏承袭的。
他继位的这段时间正是明王朝日趋衰败之日。自正统以后，国势日衰，屯政、马政、茶法和边备均有废弛，以“诸番”为中心的各族人民反抗明王朝腐朽统治的斗争在本地和邻近地区此起彼伏，洮州卫的土司们成了明王朝的忠实扞卫者。明王朝为加紧镇压各族人民的反抗运动，曾在成化、弘治、正德年间三度设洮岷兵备道。嘉靖十二年十二月甲申（1533年1月5日），裁革洮州守备，复设洮岷参将。“自临潭旧城堡南峪古石崖起，中经达加、甘布塔、官洛、恶藏、土桥、边古壕至八角山顶石墩，接连河州，与着名的土门关等至今遗存的边墙，闇门和24关就是这时期修筑的”。
据万历十四年七月癸丑（1536年9月3日）兵部题：“……洮岷各道创修过垣、隘口、水洞、堤岸146处，提摆石子砌头等城垣共2487丈，城堡楼台167座，……实在屯田294603顷零。”在这条漫长的防线上，仅卓尼土司长年设兵把守的闍门有达加、甘布塔、关洛、土桥闇门等。除此，还有关、隘、墩，为明王朝设下了一条重兵防线。尽管如此，土司杨臻还是看到了明王朝的没落，他为了留有后路，保存自己，袭职后就开始了修筑卓尼围城的工程。
另外，在明王朝日趋衰败的形势下，青海“蒙古土默特部领袖俺答汗是成吉思汗第十七世孙，明朝中叶，他有三万多兵马，势力很强，屡次在北方和明朝对抗。”从表面看俺答汗的势力对卓尼地区没有直接的威胁，但卓尼东接藏汉边界，西邻青海，一旦明王朝与俺答汗之间发生冲突，则战火必然波及近邻。从长计议，杨臻为了抵御俺答汗深人卓尼以及征服其他异己势力，防止土默特部东进洮州，吞并自己，积极联合周边藏族中具有一定实力和名望的土官头人，与他们立盟发誓，结成盟友，组成一个在政治、经济、军事等方面共存亡的同盟军。这样，在卓尼地区形成了一支互相依存、共同防御的集团力量，为明王朝在西北地区少动干戈，防止土默特部南下中原，稳定西北局势，立下了不少功绩。于是，杨臻在1551年3月10日跟他的盟友们一起去京受到了明世宗的召见。在座谈之间，皇帝高兴地问道指挥千司，你意图依朋友或何人来做事业的施主？”问话虽然很简短，但寓意非常深刻，非常微妙。世宗的用意可能是想在言谈中洞悉杨臻的政治倾向。表面上是问他今后的发展是否依靠同来的朋友还是其他，其实质则是卓尼西邻青海，靠俺答汗也是一种可能。因当时在整个西藏地区，由于各教派的斗争，格鲁派有依靠俺答汗消除噶玛噶举的动机。当然，聪明机智的杨臻在明世宗面前说靠朋友或其他势力是不可能的，必然是说托皇恩，皇帝就是他事业的施主。召见结束后，“按各自的意愿、贡献和实力分别封为百户等，封杨臻为世袭指挥佥事，赐印一颗。在杨臻一行离京返回时又赐了很多珍贵的东西，同时下达了镇治蒙古，防守汉藏边塞的有关圣旨。”
杨臻回到卓尼后，按皇帝的旨意来治理地方，加强了对西部蒙古的防范措施，以先辈的执政、持家规范发展政教合一事业，力求百姓乐业，地方安宁。但是，兴起于青海的顺义王俺答汗于万历六年（公元1578年）“以迎见活佛为名，意图西抢，因教以作善戒杀，阻其西掠，劝之回巢”。西掠未成，东抢仍然不停。俺答虏部丙兔又与火力赤等部为歹，于“万历八年七月内……纠众越河掠番，混掳汉人头畜，伤死男女六名……”丙兔作乱，势逼莽刺塘(藏语意为镜子滩，今甘南碌曲县尕海一带），威胁洮岷。而“洮岷环住番族，向听土官杨臻约束，自俺答迎佛西海，致诸酋恋牧河西近复蚁聚莽剌，渐逼洮河，将为内患……诏（令）集兵防备。”至是，抚臣李汶上洮河守御十事修筑险隘以固边防；驱逐黠虏以抒边患；散还原戍以济急塞；联络战守以在观望；慎防要堡以固疆围，收处生番以明哨探；优抚土官以作士气；久任兵备以便责成；补给缺饷以资兵食。”于是杨臻又积极投身于阻止丙兔虏部与己争夺洮西牧场的防务之中。
七代土司杨葵明
杨葵明是杨臻之子。《洮州厅志》载杨葵明于万历间承袭。”至于生年和具体的袭职时间则不详。但是，可以肯定一点，杨葵明是在1584年后的某一年才袭职。
因《明实录》万历十二年六月乙丑（1584年7月17日）条载t“陕西洮、岷环住番族，向听土官杨臻约束”，说明当时杨臻还未歇职。
杨葵明从小拜名师学习，掌握了汉藏两种文字，在学有所成之后，承袭了父亲杨臻的指挥佥事之职。他对治理地方，守护茶马，保卫边塞，弘扬佛法，很有见地。依照王法、佛法和地方习惯行使千司职权，严厉打击下属职员的贪赃枉法行为，保护、劝导百姓安分守己，发展生产。
葵明袭职之际，已是明万历年间，虽说其父也曾去京朝见过皇帝，但那是从明世宗到神宗万历之世，中间经过了穆宗，相隔22年。为了给明神宗加深印象，求得更高的封赐，他深深懂得进京朝贡的好处。
于是，葵明于1581年着手准备去京朝见皇帝。他先在当地营造声势，然后请祧老、纳浪、朝窝、岗梢、日岔、申札、多坝、迭当、垂巴等什尕(相当于部落）的有识之士到卓尼寺商议进京事宜。这些地方大部分在洮河南岸一线，壤接迭部、碌曲等地，与洮州卫地一水之隔。这里森林茂密，人们的性格剽焊骁勇，受汉文化及佛教影响没有洮河北岸的藏族那样深，长期以来时叛时服。葵明请他们，当然有其个人的目的。
葵明一行于1582年去京朝见皇帝。经过疏通各种渠道，终于被神宗皇帝召见。皇帝听了杨葵明对地方土务的禀奏，非常高兴，讲了很多勉励他的话，并设宴款待，同时授葵明官衣、官帽及佥事大印。神宗皇帝高度赞扬他在守边、安民方面的功绩，鼓励他继续为明王朝效力。最后皇帝又说那些林中生番归属于你。”这是针对随土司进京的洮河南岸纳浪等地还没有完全归化的那部分人而言的。与葵明同行者也受宠若惊，没想到杨土司竟会受到一朝皇帝如此的器重。他们聆听了皇帝的口谕，也见到皇帝对土司的重视，清楚了土司在当地的分量。
从实质上看，不知土司当时是否有意，借皇帝的赏赐，让那些、随行者看到自己的实力，达到自然归顺的目的。但这对于防止丙兔东侵，在战略上起到了很大的作用。“甘肃一镇，乃洮河藩篱。自东虏丙兔遗流窃住西海，每渡河而南，住牧莽刺川一带，逼近洮河疆境，垂涎番族，睥睨内地，是以洮河昔年止于防番，今又防虏矣。当召土着以补所撤之数……”此时，洮河沿岸的垂巴等部归顺葵明，洮河通境胜于重兵布防，牢不可摧。
经过这次进京朝贡，卓尼土司的声誉大振。然而他并没有满足，更加注意自身的修养，对慈善事业有了更高的积极性。
八代土司杨国龙
杨国龙是杨葵明的长子。卓尼版丹珠尔纲目《如意宝鬉》、《洮州厅志》载于天启年间承袭父职0其弟杨国峰，照例入寺为僧。”
由于明政权的衰败、黑暗，天启时，全国各地的反明农民大起义风起云涌。崇祯以后，政治统治更加腐朽。“土地髙度集中，剥削日益残重，陕甘地区连年灾荒，在陕北首先掀起了高迎祥、李自成为首的农民大起义。1637年李自成进攻四川，后沿白水江，由洮州西入“番”与官军转战千里，又越大雪山（临夏太子山），在河州西川与洪承畴大战，义军受挫，折回洮州，攻羊撤关，然后过临潭，东进岷州、西和、礼县山中，转战甘、宁、陕，牵制明军，进攻北京。”义军人“番”主要是为了避开官军，在明军势力薄弱的地区进行周旋，虽说对“番部”地方势力没有直接的冲击，但作为长期受明王朝保护的封建地主经济，必然受到义军“均平”思想的动摇和打击。
