3.天文历算学院
该学院僧人以从事天文历算研究为主。设干巴（师傅）1人，负责本扎仓宗教、司法、财政等所有事务。出任形式与其他札仓的法台一样，表面上都要通过尚书楼的申报，僧纲的批准。
干巴之下设聂尔哇4人，其产生、任期、职责均与其他札仓的聂尔哇相同。
4.法舞学院
该学院以学习各种流派的宗教舞蹈及乐器演奏为主。下设与“干巴”、“法台”职权大小相同的“朝仁”（教习法舞传承者）1人。其出任形式与同级僧职相似，但无一定任期。朝仁之下又设聂尔哇4人，职责与其他札仓的聂尔哇雷同。
另外，在此面要重复一笔，僧官下设尚书，法台下设尚书楼。前者藏文的含意是“办事员”，后者是“头目印”。
尚书是尚书楼的办事员，尚书楼则是具体的办事机构。其性质相当于秘书处或文书房，是执行僧官和法台有关人事任免及其他决定的实施机关；是联接政务（僧官衙门）和教务（总法台）的中立单位，一班人马同时服务于两个体系。
四、宗教节曰和佛事活动
农历正月全寺举行“毛兰木”发愿大法会。
正月14日，跳法舞，是学习拉萨南杰札仓法舞的传统风格。
正月15日晚，献酥油花。
正月16日，跳法舞，沿袭后藏扎什伦布法舞风格。同日由密宗续部学院《铁坛城》经），送“施食，举行镇魔驱法会（当地俗称打张格尔）。
农历2月，各札仓举行春季法会一月。显宗哲学院的辩理初级4个班的僧众进行背经考试。密宗续部学院念镇魔驱邪经，作护法神施食。
农历3月，各札仓举行春季中期法会15天。
农历4月，各札仓分别举行大法会1月。其中居巴札仓作彩粉坛场，举行自入集密佛坛城仪轨。同时进行密宗辩经考试，优胜者可考取“噶居巴”学位。期间还举行隆重的晒佛活动，四路八乡来观看，朝拜者不下万余。
农历5月，在大经堂举行加持嘛呢丸法会7天。各札仓举行夏季中期法会半月。
农历6月，在大经堂举行“毛兰木”发愿大法会7天，同时举行财宝佛法舞和晒佛活动，各札仓念经15天。
农历7月，各札仓举行秋季大法会1月，密宗续部学院诵念并举行胜乐自在佛仪轨。
农历8月，札仓举行秋季中期法会20天，居巴札仓诵念并举行自入怖畏金刚坛城仪轨。
农历9月，显宗哲学院举行弥勒“毛兰木”法会，居巴札仓进行开光大法会50天。
农历10月25日，是藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴圆寂纪念日，跳新旧法舞，进行5天纪念活动。
农历11月，各札仓分别举行冬季大法会一月。
农历12月29日，跳法舞，打施食，镇魔驱邪(俗称打索车）。
五、各学院的学制
1.密宗续部学院
分八个班级，其基本分法是以“生满”或“近圆戒”的修习次第来分的。每3年升一级。前3年内主要学习佛教的基础知识及声韵、绘制彩色坛城等。到期考试合格者，可升到上下“知尕”班学习。上完8个班级，若获得“俄仁巴”(精通密集者，密乘格西）的学位者，可晋升为禅定寺所属各寺院的法台，但必须是该寺居巴札仓毕业取得“俄仁巴”学位的僧人。
2.闻思学院
闻思学院的学制据学习内容，分为11个年级。
一年级：辩白红色班。
二年级：综合初、中、高级班。
三年级：辩理初级下班。
四年级：辩理初级上班。
五年级：《般若经》一班。
六年级：《般若经》二班。
七年级：“第四品”。
八年级纪要”班。
九年级：中观论班。
十年级：戒律班。
十一年级：俱舍论班。
各级隔3年举行一次辩经考试，主要讲述宗喀巴弟子克珠杰(第一世班禅）弘扬佛法的学说及个人的见解。优胜者获“噶热巴”学位，并可晋升为各属寺的法台。其中第一名可以任居巴札仓的领经喇嘛，3年后，升迁为参尼札仓的法台。满3年，才出任居巴札仓的法台，9年才有资格出任总法台。
然而，假如说一个僧人从7岁出家，在参尼札仓学习，并修完全部11门功课，需33年时间，再任领经、法台等，辗转12年，到圆满毕业，最小年龄不下50岁。
另外，禅定寺不仅重视在本地区、本民族内部弘扬佛教、扩大教区，发展教民，而且非常重视与外地、其他民族建立宗教联系。
六、卓尼名僧
卓尼禅定寺为了弘扬佛教和自身的发展，先后培养了众多的僧人和学者，他们的佛事活动曾经对西藏和蒙古地区产生过深刻的影响。像岔道赤哇“策满林”，在第十世达赖喇嘛圆寂以后，成为左右西藏政教大权的头面人物。这些名僧的成长、成名的社会条件、政治土壤与禅定寺的培养以及杨土司在全藏区的影响是分不开的。
曾任西藏三大寺院之一的甘丹寺赤哇的卓尼籍名僧学者有：
1.第二十九任甘丹赤哇波萨哇·曲聂札巴
1545年出生于今卓尼县大族乡波沙村，故称波沙哇曲聂札巴。曲聂札巴从小到拉萨拜师求经，获得了渊博的知识，于1607年出任甘丹寺第29任赤哇，时年62岁。主持甘丹寺七、八年，于1614年去世。终年69岁。
2.第四十五任甘丹赤哇嘉木样粗臣达尔吉
“粗臣达尔吉，出生于卓尼锁藏。”因而也叫锁藏·粗臣达尔吉。长大后出家为僧，接着前往拉萨先后在色拉寺居曼巴、居多巴札仓学经，获得了广博的知识。开始担任色拉寺居曼札仓和宗吉等寺的经师。因第43任甘丹赤哇罗智嘉措去内地朝贡等原因，曾于1632年、1649年两次兼理甘丹赤哇之职。后来与拉藏汗、甘丹洪台吉等不和，去投清廷。后又重返西藏，当时甘丹寺在任赤哇已是第44任罗桑嘉措。得知五世班禅罗桑益希将要受具足戒，粗臣达尔吉又出任甘丹“夏则”札仓的堪布。在此期间，他曾到内地讲经传教，之后又返拉萨。于1685年任甘丹寺第四十五任赤哇。
第四十六任甘丹寺赤哇金巴嘉借，任职仅3年。在这种情况下，1695年，卓尼肖桑哇粗臣达尔吉又再次出任了几年的甘丹寺法台，并兼六世达赖喇嘛仓央嘉措的经师。在粗臣达尔的培养和推荐下，第四十七任甘丹寺赤哇仍由卓尼人罗桑钦佩担任，但其事迹及任职年月不见历史记载。
3.第四十九任甘丹赤哇罗桑达尔吉
罗桑达尔吉，1654年生于今卓尼县阿子滩村，故称阿子塘哇罗桑达尔吉。罗桑达尔吉和卓尼杨土司同属一宗，是第一任专职堪布（僧官)仁钦龙布守护卓尼寺西侧兄弟的后代。他的后代又分为三个支系，即阿子塘、卓洛僧纲、卓逊小杨土司（明嘉靖间以功授世袭副千户）。阿子塘哇罗桑达尔吉的同辈堂兄弟、“杨世杰(着洛寺第八代僧纲，1701年承袭）的堂兄杨世芳（卓逊第五代副总千户，1697年承袭），就是住在卓逊的卓逊土司。”
阿子塘哇罗桑达尔吉，从小喜欢模仿僧人，见了经文爱不释手，念念有词。出家后在卓尼寺学习了一段时间，去西藏到甘丹寺拜吉仲仁波钦等修习经文，并在色拉居曼巴、居多巴（上下续部学院）札仓通过思闻学习，造诣很深。“1708年晋升为甘丹寺第49任赤哇。”
传说他修法的功力也不浅，老来时已能腾空起飞，往来无阻。随着年龄的增长，他急于想总结自己的一生，写一本传记精要。班禅仁波钦为了度化他，劝他不要忙于那些世俗的事务。
一次班禅大师使出法力，变化出许多宏大的王宫殿堂，手捧弥勒龙树的果实，在空中从东向西走来，并显出十一面观音等梦幻般的仙境。班禅仁波钦以身示法，表现出法力无边。示意罗桑达尔吉不要满足于现状。并说“年龄不小了，应当坚持不懈地解悟佛的教诲”。
当罗桑达尔吉活到70岁时，身染重疾，预言自己最多能活到84岁，提前让位于亲传弟子罗桑雅佩，于1737年逝世。终年83岁。
4.岔道尔赤哇阿旺粗臣和江白粗臣嘉措
第十二任藏王及摄政甘丹喜热图诺门汗——策墨林即岔道尔赤哇阿旺粗臣，于1721年出生于今甘肃甘南卓尼县洮砚乡达勿村。出家后曾在王旗乡岔道寺（闫家寺）学经，故称岔道赤哇。阿旺粗臣未去西藏之前，在卓尼寺学经。1772年首次进京，到雍和宫讲经传法。
1776年2月，驻藏大臣恒秀等奏：“第穆呼图克图于本年正月20日涅盘。”奉旨：“赏银1000两作后事，并命将御用之松石数珠1串，赏挂其塔上。其第穆呼图克图印务，命雍和宫额尔德尼诺门汗阿旺楚尔提木（阿旺粗臣）前往署理。”因“1777年4月15日。由第六世班禅额尔德尼传授格隆大戒（给第八世达赖喇嘛降白嘉措）。是年为高宗升退，钦派额尔德尼诺门汗堪布阿旺粗臣等来藏。赉到敕书御赐物，并赏给色拉、赉绷（哲蚌）、噶勒丹三大寺熬茶银1000两、大小哈达各1000。”
阿旺粗臣继任西藏摄政王后，紧接着于“1778年任甘丹寺第61任赤哇。”他除协理西藏政教事务外，据驻藏大臣博清额等奏言，于1783年，“额尔德尼诺门汗阿旺楚尔提木在色拉寺傍，独立捐资，建一小寺，恭祝万寿，恳思赏给寺名。”
1784年9月，阿旺粗臣、济隆呼图克图等请驻藏大臣博清额向乾隆皇帝转奏巴克所特地方扎萨克嘛嘛阿旺达尔济病故，办理巴克所特地方一切事务，并无专管之人，恳请仍照旧放一扎萨克喇嘛……一事。”同年11月，谕京城现有之额木齐喇嘛，俱系本处学习者，前年由藏派来乌木杂特喇嘛，亦不甚好。将此旨着寄信博清额、庆麟、阿旺楚勒[尔]提木……”责成他们从前后藏“所有乌木杂特、额木齐及朱鲁海齐喇嘛内挑选年幼精壮，曾经出痘之好乌木杂特嚷嘛2名，额木齐喇嘛1名，朱鲁海齐嘛嘛1名，照例办理送至京城。其章嘉呼图克图所寄阿旺楚勒提木夷信，着一并发往。”
1786年，岔道尔赤哇阿旺粗臣再次去京。1790年8月，噶勒丹(噶丹)锡呼图（喜热图）禅师阿旺粗臣受遣再次到西藏帮同达赖喇嘛办事。”从此以后阿旺粗臣的权力更大了，凡事须由他酌定，加盖其亲用铃记后，“再用达赖喇嘛印信。如有需用驻藏大臣印信处，亦令一体印用发行。如办理地方事务的官职有所缺额，须经挑选举荐。嗣后噶伦等保送之人，先令驻藏大臣与噶勒丹锡呼图 师共同酌定，再送达赖喇嘛验放。”至于“噶勒丹锡呼图禅师座次，谒见达赖喇嘛仪注，俱照从前驻藏时行。”
1791年5月，谕据保泰等奏：‘噶勒丹锡呼图萨玛第巴克什，在藏患病圆寂’等语。萨玛第巴克什曾经深学释典，而两次派往西藏，帮同达赖喇嘛办事，俱能诚心妥协办理。今闻圆寂，朕心深为悯恻。令雍和宫及各大寺院，亦俱一体念诵经典矣。”
5.二世策墨林阿旺江白粗臣加措
阿旺粗臣圆寂后，他的转世灵童，大法台诺门汗阿旺江白粗臣加措，于1792年出生于卓尼城内。按呼图克图的规程、礼仪被认定为大法台阿旺粗臣的转世化身。后被送到西藏色拉寺居曼札仓学习经文，获该札仓首席“拉仁巴”学位，接着又取得居巴札仓“领经”的职位。从此他的地位不断升迁。
在英国和廓尔喀战争期间，“九世达赖喇嘛隆朵嘉措于1815年2月21日在布达拉宫暴亡，只活了11岁。达赖圆寂后，嘉庆帝下令一面寻访转世灵童，一面由掌办商上事务的第穆呼图克图摄政，1818年第穆呼图克图逝世。”1819年6月谕布达蹲商上事务，着阿旺札木巴勒楚勒齐木（阿旺江白粗臣加措）接办。”九世达赖喇嘛隆朵嘉措去世以后，访得三个转世灵童，谁是真正的转世灵童则难以定夺。
1821年9月，道光皇帝令军机大臣等文干等奏达赖喇嘛之呼毕勒罕，拟请确验签掣一折。”
“达赖喇嘛掌管西方黄教，其呼毕勒罕出世，自必有灵异可征，前据玉麟等奏，前后共得3人，已符入瓶签制之例。着照文干等所奏，将幼孩等3人，令其亲丁师傅等携至前验，文干等会同噶勒丹锡呼图萨玛么巴克什等（即阿旺江白粗臣）确加试验。”“1822年，道光帝命将3个灵童都送到拉萨，在布达拉宫举行金瓶掣签。结果楚臣嘉措被抽定为十世达赖。摄政策满林（即甘丹吉诺门汗——策满林呼图克图阿旺江白粗臣）将达赖灵童先安放在拉萨附近的聂塘寺，敦请七世班禅丹白尼玛给灵童雉发，受沙弥戒，并取了法名。
1823年5月谕文干等奏，请派达赖喇嘛呼毕勒罕之师傅一折，着照所请，准以噶勒丹锡呼图萨玛第巴克什作为达赖呼毕勒罕正师傅，以噶勒丹池巴阿旺念札及荣增班弟达嘉木巴勒错勒齐木嘉木磋二人作为副师傅，俾令传习经典。”
然后选定同年8月初8为达赖喇嘛坐床日，将灵童迎到布达拉，举行了坐床典礼。
186年正月，道光皇帝敕赐噶勒丹锡呼萨玛第巴等喇嘛呼图克图封号。后因理藩院核议惠显等人的禀奏，认为“萨玛第巴克什前曾派充达赖嘛嘛正师傅，并赏给印敕，今复吁恳赏加呼图名号，实属过当。”道光帝于8月复令“请将萨玛第巴克什定为札多尔呼图克图。”
1837年9月1日，楚臣嘉措又在布达拉暴亡，只活了22岁。到逝世为止，十世达赖一直没有亲政。同年摄政王阿旺江白粗臣加措继任第73住噶丹寺赤哇。
自十世达赖嘛圆寂到十一世达赖嘛坐床期间，西藏政教大权及所有商上大事的处理，均掌握在甘丹锡热图诺门汗等手里。甘丹锡热图诺门汗的权力之大，当时在西藏有“一人三伞”的比喻，意为一人独揽噶丹、色拉、哲蚌等寺及西藏政治、宗教、军事等大权。
1842年4月，萨玛第巴克什已安定准噶尔部。“1843年正月初，旨敕云：……刻下达赖喇嘛年甚幼小，更宜认真勤学黄教。并着随侍之人，于饮食起居，一切小心认真。着将此旨传知噶勒丹锡呼图萨玛第巴等，须知达赖喇嘛身体要紧”等语。
1844年，驻藏大臣奏革噶勒丹锡呼图萨玛第巴诺门汗。其人初名阿旺扎木巴勒楚勒齐木，洮州人，先时在京师，以第十世达赖喇嘛圆寂至藏，并受敕封。向例，达赖喇嘛圆寂，以班禅额尔德尼或济咙呼图克图、第穆呼图克图及诺门罕等代理。呼图克图较尊，诺门罕次之。噶勒丹锡呼图萨玛第巴诺门汗，前后代理达赖喇嘛事20余年，跋扈不法。第十世达赖喇嘛圆寂，藏人汹汹，言其咒诅。堪布及众喇嘛群诉于驻藏大臣，事无左验，莫能究也。有不服者，更以抵罪，因之益骄，党羽日众，厚结大臣以自固，至是败窜黑龙江。
同年3月，谕军机大臣等：
据孟保等奏噶勒丹锡呼图萨玛第巴克什，自上7年坐宗喀巴床起，至本年上7年年满谢恩一折。坐宗喀巴床，系西藏向例。
7年更换一次。噶勒丹锡呼困萨玛第巴克什所坐宗喀巴床，由达赖喇嘛照例另选经典上好喇嘛，令其坐床。
惟噶勒丹锡呼图萨玛第巴克什感激朕恩，在藏多年，并管僧俗人等，甚属妥协，于地方诸臻安静，朕深喜悦，仍令伊妥办西藏事务，俟达赖喇嘛经典熟习，能办事务，达赖喇嘛若不用伊时，着驻藏大臣另行具奏请旨。”
这时，驻藏大臣琦善和西藏摄政策满林呼图克图失和。琦善向道光皇帝参奏摄政“贪黩营私，奉旨剥黄，发往黑龙江安置，所有财产查抄变价，赔修藏属各庙宇。”
