1912年中华民国成立之初，政府更迭像走马灯。熊希龄先任南京临时政府顾问，3月至7月又在北京政府唐绍仪、陆徵祥两届内阁中任财政总长。
1913年7月，在袁世凯总统的首肯和议员的支持下，熊希龄出任国务总理。他曾有言在先：张謇、梁启超、汪大燮等同时入阁，要组成“第一流经验与第一流人才内阁”来扭转时局。但是，熊希龄内阁却难产了。袁世凯坚持由自己的心腹掌管财政、交通、外交等重要部门，只剩下农商、司法和教育三个闲差。熊希龄只好请梁启超出任司法总长，张謇任农商总长，汪大燮或杨度任教育总长。但是，梁启超以不能掌财政便不入阁，张謇、汪大燮等又因梁启超不出山而不就职。他反诘梁说：“公等均不出，熊内阁势将流产或纯以官僚组织之，此时你们将持何等态度？”梁启超自然不愿意看到熊希龄内阁流产。袁世凯也稍作让步，即财政总长由熊希龄兼任。9月，熊希龄内阁才告组成。
熊希龄很想为国家、人民竭智尽忠，干一番事业。他与梁启超等制定了关于内政、外交、军事、财政、实业、交通、司法、教育等详细规划的《大政方针宣言》。然而，这些计划与袁世凯蓄谋推行的地主买办联合专制意图是冰火不相容的。袁世凯统对熊希龄时时、事事掣肘，欲迫其就范。袁世凯不是不赏识熊希龄的才干，而是要将他变成自己的鹰犬。熊希龄向来志向高远秉性耿直，当然不肯沦为他人的爪牙。
于是袁世凯使出了最后的杀手锏——伪造“热河行宫盗宝案”，嫁祸于熊希龄。11月初的一天，熊希龄应邀准时到总统办公室议事。刚刚到达，袁世凯即说有外宾约见，请熊希龄退到内室稍候。内室的桌子上放着打开的《热河行宫盗宝案》卷宗，行文中含沙射影将国宝失窃与熊希龄联系在一起。显然这是袁世凯特意安排的。突如其来的盗宝案使熊希龄恐惧、冤屈、迷茫……如坠入万丈深渊，头昏目眩，不能自已。恰在这时，袁世凯与外宾告辞返回，并立刻拿出解散国民党和取消国民党籍议员的大总统令，以迅雷不及掩耳之势迫使熊希龄同意。这一切都是袁世凯事前精心策划的，图谋排除异己，打击能与北洋派抗衡的国民党。1914年1月，袁世凯又解散国会，撕下了主张共和的假面具，国体由内阁责任制改为总统制，袁世凯称心如意了。
国家总理被诬陷盗窃国家文物实属中外罕见。原来1912年底熊希龄被任命为热河督统，发现过去避暑山庄的国宝保管欠妥，曾对这些金、银、珠宝、玉器、字画等一一登记造册，妥为安放、保管。当时有个别自恃建国有功强行索要无法拒绝者，他已详细记录在案。袁世凯借题发挥造谣中伤，大小报纸授命纷纷登载，聒噪一时。熊希龄只好出面为自己辩护，为保全人格，又不便大肆声张，处境十分难堪。但是，诬陷之辞是经不起辩驳的。“盗宝案”搞了几个月不得不草草收场。
1914年2月，熊希龄辞去总理职务，任职仅5个多月。
1914年3月，熊希龄被委任为煤油督办。正当他组织专家对甘肃、四川等地的油田进行考察，制定开发方案的同时，袁世凯却在紧锣密鼓地阴谋恢复帝制。这使熊希龄彻底看清了袁世凯的真实面目。
为了不卷入复辟帝制的逆流，熊希龄决计离开北京。1915年8月，他以母亲有病为名请假，获袁世凯批准。熊希龄遑遑如漏网之鱼，立即启程返湘。3个月的假期未到，袁世凯就电报催他返京，回电却是要求续假。袁世凯视熊希龄为登基的重要人物，不能不来捧场。袁世凯一面继续电催熊希龄回京，一面另打主意。
当时，袁世凯筹划将总统府改为新华宫，并申令“永禁太监”，改由12名女官管理内廷，上设女官长1人。女官长人选甚严，要求名门淑媛，德望昭昭。熊希龄夫人朱其慧以妇德、妇言、妇容、妇功四者具备，法度容止，可教六宫当选。她明知这是袁世凯的笼络和控制手段，也不敢得罪，只好答应。袁世凯在诏书中写到：“……洪宪开基，更新涤旧，罢黜宫妃采女，永禁内监供奉，特设女官，掌理宫政，领以女官长，冠冕宫闱。兹特任中卿前内阁总理熊希龄贤配命妇朱氏，为宫中女官长，仪同特任，位视宫内大臣，赞襄后德，掌领宫规。”
诏书送到湖南寓所的熊希龄手中，他大呼上当，深感袁世凯狡黠诡谲非一般人可比。夫人在京实沦为人质，熊希龄不能坐视，于1916年1月中旬返京。袁世凯马上授予他中卿，加上卿衔。一些趋炎附势之人纷纷登门恭贺“一门双贵”。但熊希龄知道自己在虎口之中，只能虚与委蛇，再待时机离开了。
