朱棣被周新这番话驳得无话可说，越发恼怒，拍案呵斥道：“纵使许应先有扰民之举，也非你地方官吏能够随便缉拿的，为什么不上奏朝廷，却突然下手缉拿朕亲派的使臣？”
周新抬起头来，两眼射出了两道犀利的光芒，望着朱棣说：“臣记得陛下曾有明论，按察使司行事与都察院同，臣奉旨擒拿奸恶，有何不可？王子犯法与庶民同罪，难道许应先一个小小千户竟能凌驾于堂堂王法之上吗？”
朱棣自登基以来，虽然也见过几位敢于进谏的直臣，却从来没有遇到过像今天这样敢顶撞自己的臣子，不由得怒火中烧，大声吼道：“放肆！你一个小小的提刑按察使，竟然如此无法无天，连朕的钦差官员也敢缉拿，如果各地官员都效法你，朕的政令如何施行？天下岂不要大乱了？就凭这一条，朕也要将你问成反叛之罪！”
这时，周新早将生死置之度外，大声抗争道：“锦衣卫官员假借万岁名义，四处行凶作恶，无故查抄良民，毒打无辜，诬陷忠臣，早被天下臣民所指斥，若不及时绳之以法，要大明刑律何用？况且这种劣迹如果不及时扫荡，将来锦衣卫使者出京，必将更加肆无忌惮，早晚要激起民变，那时恐怕真要天下大乱了！”
几句忠言，掷地有声，朱棣竟然无言可辩，只得把语调压得更加阴沉严厉地说：“周新，你当廷顶撞朕，论罪当诛，但朕念你平日有不畏权贵的美称，不加罪于你。你暂且回监仔细想想，如果知罪呢，就上一道谢罪本章，朕自会从轻发落；如果死不认罪，朕也有处置你的办法。下殿去吧！”说罢一挥手，早有护卫旗校，给周新上了刑具，押往狱中去了。
这样处置了周新，朱棣也觉得草率。一天，朱棣降旨把有关周新的案卷全部调到手边。里面有浙江总督和布政使的奏疏，有刑部力保周新的本章，还有浙江省百姓士绅上的万民折，都要求保护直臣，严惩恶吏。据他派到民间刺探消息的内侍报告，杭州的一些老百姓，已经自发组织了一个请愿团，两天前进了京，正在吏部、刑部等处为营救周新奔走。这一切都使他感到为难。
按说周新一案应发到刑部，由刑部、都察院、大理寺三大法司会审，但是他非常担心刑部会替周新说话。何况只要官司移到刑部，许应先作为被告人，就要被拘捕审讯。在三大法司那森严的大堂上，如果许应先泄露了自己缉查朱允炆的隐私，那自己的颜面往哪里摆？所以朱棣下决心不让刑部插手审理。
但是此案又绝不能发往自己最信任的锦衣卫诏狱，因为这一案与锦衣卫相牵连，如果由锦衣卫审理，难免要受到言官的指责。
朱棣最痛恨的是周新放跑了他一心要抓的朱允炆，虽然这是纪纲凭空给周新安上的罪名，但朱棣却深信不疑。自他登基以来，对那些忠于朱允炆的臣子，已经进行了大规模的杀戮，但他唯恐还有漏掉的，所以只要听说谁与朱允炆有牵连，他是定斩不饶的。纪纲正是抓住了朱棣的这个心理特点，因而一告便准。但朱棣绝没想到一个小小按察使竟会惊动这么多朝臣来替他说话，现在如果贸然杀掉周新，说不定会引起一场轩然大波，因此他几次提起朱笔又都轻轻地放下了。朱棣左右权衡一时拿不定主意，就站起来在殿内来回踱步。
朱棣忽然也动了恻隐之心，他想起周新二十余年忠正廉洁，倒也值得可怜，不如顺乎人心，将他放出官复原职罢了。这时他突然记起，上次审讯时，曾嘱咐周新写一道谢罪本章，不知他是否交上来了。如果谢罪本章已经送上来，正好顺水推舟，赦他出去。于是，他喊道：“内侍！”
立即有两名司礼监秉笔太监走进殿来候旨。朱棣问：“周新的奏章可曾送进来？”
太监小心翼翼地回答：“已经送进来了。”
朱棣不满地说：“为什么不随周新案卷一齐呈报？”
太监回禀道：“臣看周新的奏章，以为内中多有忌讳，没敢呈送。”
朱棣把脸一沉说：“大胆，还不速速取来！”
那名太监有些慌乱地叩了一个头，赶紧把周新的奏折取来交给了朱棣。朱棣展开奏折，见折子中的蝇头小楷写得端端正正，字迹苍劲有力，不知道的人绝不会相信这是一个遍身棒伤的人写的，不觉点了点头。但他看到奏折中的内容时，却越看越生气。原来周新在折中没有一句谢罪的话，反而建议削减锦衣卫官员到京师以外各省去缉查案件。这分明要断皇帝的耳目，减弱皇权。朱棣不能忍耐了，他把周新的奏折狠狠地摔在了地上，提起朱笔，刷刷地写下了“以逆臣罪名，立即处斩周新”的上谕。此后，六部言官中那些刚正之臣纷纷上本为周新鸣冤。这些奏本一概被朱棣留中不发。
几天以后，北京城西四牌楼刑场人山人海，周新从囚车上下来，整了整衣冠，然后向西北皇城方向恭恭敬敬地叩了三个头，又向南方叩了三个头，说道：“老母在上，儿臣在此尽忠了！”拜罢，仰天长叹道：“天哪！苍天！你回答我，为什么做直臣是这样难？这是为什么呀？为什么？”然后周新厉声高呼：“周新生为直臣，死为直鬼！”
朱棣冤杀周新后，上至都察院，下至六部言官纷纷为周新鸣冤，扰得他一个多月不得安宁。最后，朱棣授意锦衣卫指挥使纪纲出面，以锦衣卫的名义发了一道文告，称谁要是再替周新喊冤，就与周新同等论罪，才将这场风波压了下去。
从此以后，明代十余位皇帝都依靠锦衣卫镇压朝廷大臣，全是受了朱棣杀周新一案的影响。明朝官场中因此形成了一种风气，即锦衣卫官员可以凌驾于六部九卿之上。这就造成了正统、天顺年间锦衣卫都指挥使门达、逯果专权，嘉靖时期锦衣卫百户王邦奇肆意诬陷忠良的大冤狱。
常言道，多行不义必自毙，也是该纪纲垮台，锦衣卫不知怎的与宫中的宦官们闹起了矛盾。一日，福海向永乐皇帝奏道：“启奏万岁，锦衣卫指挥使纪纲多年来，多行不义，以不实之词诬陷忠良。靖难功臣薛禄因买一女道士为妾与纪纲顶撞，被纪纲用铁锤打裂头骨而死；廉吏周新因缉捕了纪纲爪牙许应先，被诬陷致死；万岁下诏选妃，纪纲把最美的女子留为己用；更为甚者，纪纲竟私养亡命，造刀甲弓弩无数，图谋不轨。此人罪大恶极，不杀不足以平民愤，不杀不足以正国法，请陛下明察！”
永乐皇帝鉴于异己已除，而纪纲与天下结怨非常深，决定治纪纲的罪，以平民愤，就下令将纪纲逮捕入狱。永乐皇帝下的诏书是这样写的：
奉天承运，皇帝诏曰：朕遵守太祖留下来的祖制，设立锦衣卫以缉捕罪恶，保天下平安，锦衣卫指挥使纪纲却违背圣意，有负皇恩，不遵守王法，作威作福，诬陷忠良，骚扰百姓，作恶多端，私养亡命之徒，造了许多刀甲弓弩，阴谋反叛。为正朝纲，为树正义，将纪纲等奸恶缉拿归案，以正王法。钦此！
永乐十四年（1416年）七月，陷害周新、作恶多端的恶犬纪纲最终受到了惩罚。朱棣命给事、御史在朝廷上弹劾纪纲，交由都察院依法治罪。经逐条核实确有这些罪状，当天就在集市将纪纲处以分裂肢体之刑，他的家属不论老少全部发配戍边，并开列他的罪状公布于天下。其党羽许应先、庄敬、袁江、王谦、李春、庞瑛等也都被杀或流放，广大臣民总算出了一口恶气。
后来，朱棣深深地为冤杀周新自责，他曾问身边的侍臣道：“周新是哪里人啊？”
内侍回答说：“南海人。”
朱棣叹息道：“岭外竟有这样的人，枉杀他了啊！”
后来朱棣对姚广孝声称他梦中见到周新穿着红衣服站在太阳下，说：“臣周新已经成了神，专为陛下惩治奸贪之吏。”
一日早朝，永乐皇帝端坐于宝座之上。大臣朝拜之后，姚广孝出班奏道：“启奏万岁，奸恶纪纲，作恶多端，造罪天下，陛下圣明，顺从民意，将纪纲正法以谢天下，万众颂扬。臣以为，周新乃一代良吏，难得的直臣，对陛下忠心耿耿，不幸遭纪纲诬陷而死，如今一切大白于天下，周新的沉冤也该昭雪，以显皇上的圣明！”
永乐皇帝当时本是一时之怒，杀了周新，事后心中也觉不安，经姚广孝这么一奏，永乐皇帝便找到了一个台阶，于是说道：“少师所言极是，朕准奏！”
群臣一齐说道：“皇上圣明，吾皇万岁万岁万万岁！”
永乐皇帝又说道：“众卿家听旨：周新，为官忠诚清廉，一代直臣。今纪纲伏诛，周新沉冤当雪，着礼部以礼厚葬，善待其遗孤，并立庙塑像，封忠正刚烈侯，四时享祭香火！”
群臣一齐说道：“吾皇圣明，吾皇万岁万岁万万岁！”
一个月后，一座“忠正刚烈祠”建成了。忠正刚烈祠为一个四合小院，正前是一个门楼，门楼上是永乐皇帝亲书的“忠正刚烈祠”五字，正后为五间大殿，大殿红墙黄瓦，歇山重檐，雕梁画栋。大殿内供奉着周新的画像，画像中周新坐于公案后太师椅上，后有堂画，水波之上，红日磅礴而出，画旁有对联，上联是“持心如水清廉官”，下联是“执法如山刚烈臣”，横批是“正大光明”，周新身着三品官服，神情威武刚毅，栩栩如生，如同平时判案一样。两边廊房之内陈列着各部官员题写的诗文。庭院内植两行松树，东西各树碑一块，东边为“敕修忠正刚烈祠记事牌”，西边为“周按察使功德牌”。
永乐十四年（1416年）九月十六日--忠正刚烈祠建成那天，永乐皇帝亲率百官来祭奠周新。忠正刚烈祠内红毡铺地，香烟缭绕，在乐声之中，永乐皇帝走进祠堂大门，进入正殿。永乐皇帝焚香祭酒之后，高声朗读祭文：
地上的禾苗，有良莠之分，天下的臣子，也分忠奸。那些忠臣，心直性烈，品行端正。因为心直，对君主说话时就无所忌讳；因为性烈，遇到权贵就不会屈服；因为品行端正，见到利诱也不会改变自己的志向。忠正刚烈侯周新，就是这样一个正直的大忠臣。过去，他被奸恶的纪纲诬陷，身陷囹圄，也没有改变直臣的本色。其临刑之时，三次跪拜君主，三次跪拜老母，高声呼叫：“生为直臣，死为直鬼！”他的忠烈真是惊天地、泣鬼神。朕失去这样一位直臣，感到痛心疾首。如今，纪纲一党已经除掉，周新的沉冤也得到了昭雪，作为直臣，他当含笑于九泉了。现在，为他建祠塑身，四时享受祭祀，他已经获得了人臣最大的荣耀，在地下应该欣慰了！呜呼哀哉，请你享用祭品吧！
永乐皇帝读罢祭文之后，又拜了三拜，方与群臣一起离开。周新刚正不阿，执法如山，被纪纲诬陷致死，皇帝亲自致祭，已得殊荣，周新也不枉做了一场直臣直鬼！
周新没有儿子，生前又无积蓄，他死后，他的妻子回到广东南海老家，生活非常困难。广东巡抚杨信民说：“周新当代第一人，怎么能让其夫人终日挨饿呢？”便经常给予救济。周夫人去世时，凡是在广东做官的浙江人都赶来参加葬礼，以此寄托他们对周新夫妇的哀思和敬仰。
周新死后，杭州民众在吴山上的城隍庙里塑了周新的像，一供六百多年，善男信女如云，香火不绝。城隍庙里有副对联：“厉鬼张巡，敢以血身污白日。阎罗包老，原将铁面比黄河。”张巡是唐代镇守睢阳的英雄，包老即宋代著名的清官包拯，在民众心中，周新和他们的地位一样高。
明末大文学家张岱有《吴山城隍庙》诗，简述了周新的一生。诗文内容为：
宣室殷勤问贾生，鬼神情状不能名。
见形白日天颜动，浴血黄泉御座惊。
革伴鸱夷犹有气，身殉豺虎岂无灵。
只愁地下龙逢笑，笑尔奇冤遇圣明。
尚方特地出枫宸，反向西郊斩直臣。
思以鬼言回圣主，还将尸谏退佥人。
血诚无藉丹为色，寒铁应教金铸身。
坐对江潮多冷面，至今冤气未曾伸。
周新老家的广州百姓为纪念他，将周新故居所在的一条街改名为仰忠街，至今还保留着。
