对于制兵的松懈与无用，左宗棠已看的非常清楚：“国家养兵二百余年，岁糜帑藏，此次军兴，未能收制兵之效者，由于饷薄而额多。夫兵在精不在多。兵之能战不能战，视夫练之精否；兵之能练不能练，视夫饷之足否。若饿乏之卒，自顾不遑，不得不听其别营生业，心志因之而纷，精力因之而懈，技能因之而生，兵与将两不相习，无论不能驱以御敌，即训练亦难按时入操。名为制兵，实与惰民无异，徒为地方之蠹而已。各省戎政废弛，弊虽不一，而其要皆由于额多，不能勤督精练。初以费饷无几，可得多兵之用。不知兵不练，与无兵同；练不精，与不练同。虽名为节饷，实则并此薄费而亦觉虚糜。”升允、长庚修，安维峻纂：《甘肃新通志》，中国西北文献丛书（第一辑·23卷），兰州古籍书店影印，1990年，四十一卷，第30页。为此，左宗棠一直提倡“减兵增饷”的政策，并把他在闽浙总督任上整理两省军事的经验，用在改革甘肃兵制、恢复制兵上面。应该说，减兵增饷是左宗棠改革甘肃军制的途径，恢复制兵是目标。
2．恢复制兵的措施
如前所述，甘肃的制兵系统已经在回民起义的冲击下崩溃了，因此裁汰无用冗兵，加强甘肃地方武备，就成了左宗棠整顿甘肃军事的中心工作。
首先，左宗棠对甘肃的军制现状作了认真的分析与研究。他指出：“甘肃为材武著名之邦，其风气刚劲，习苦耐劳，并非他省制兵可比。乃此次回乱，列郡沦没，本地无一枝劲旅，杀贼立功，而哗噪之事数见。额兵之数，非不足也，原定饷章本薄，加以层层剥削，马兵差堪自给，步守各兵未免过苦，难得其力。甘肃赋少兵多，军食资他省，饷源稍绌，动滋事端，惰兵骄骑，由来已久。非亟议更张，望其转弱为强，不得也。久留勇，则费不支；全裁兵，则患无备；仍循旧制，则难期起色；另议加饷，则无款可筹；亟宜援照闽浙成案，量减可裁之兵，以节饷糈；即以所裁之兵饷，加之所留之兵。庶兵力较纾，可责其勤练；将弁各予津贴，革除虚冒、应差、挂名、辞全诸弊，庶帑项无增，军政可期精实。”《甘肃新通志》，四十一卷，第30页。由上面这段话可以看出，左宗棠决定在甘肃推行“减兵增饷”的政策，除了意在援引他在闽浙总督任上治理地方军务的成功经验外，还受两个重要因素的影响：一是西北粮运艰阻，“因为不易足食，也就不能足兵”。“减兵增饷”的主张，无疑是“最为经济”省事的办法《左文襄公在西北》，第122页。二是当时西北还有大批勇营，必先遣散，才有军费来恢复制兵；甘肃兵事虽已结束，还需有相当可靠的勇营来震慑地方，一时不能全部遣散。为了节省饷银，作为过渡性的办法，只能先把勇营缩编为防营，改照坐饷支给。
其次，努力做好裁营与遣散工作。所谓“减兵增饷”，重点在减兵，而裁减遣散营勇、防营，又是一项十分复杂艰巨的工作。正如秦翰才所说：“做一个统帅，不但要会练兵，还要会裁兵。第一，先要统帅襟怀坦白，功成身退，没有拥兵自重或借兵发财的心。这在文襄公和他的直系的几个统帅，都是不成问题的。其次，其时军中欠饷太多，一旦遣散，必须发清，再要发给路费，绝不是空口白话，一纸命令就可遣散；没有钱，便不可裁。平日筹款养兵，还很竭蹶；临时筹款裁兵，同样困难。”《左文襄公在西北》，第122页。对于裁兵，左宗棠付出了艰辛的努力。穆图善曾报告甘军有一百四十营之多，左宗棠认为绝不满半数，坚决要求清理。梅开泰主动先把其所率十营勇丁改为五营，接着敖天印也改十营为五营。左宗棠还命令周开锡到秦州一带，把陇南各驻军分别清点，进行淘汰与归并，不想范铭所率的黑头勇公然反叛，造成了很大的振荡。此事解决后，左宗棠在奏稿中写道：“臣维陇事之坏，在于从前饷事艰绌异常，募勇征兵，日增一日，不能立营制，定饷章，惟幸目前无事，是非之不明，威令之不行也久矣。故逆回而外，土匪横行，溃兵迭起。今欲转弱为强，去冗杂而求精实，开办之始，成效未著，议论必多。然臣不敢因此而有所挠，惟慎以图之。”《左宗棠全集·奏稿》（四），第504页。左宗棠顶住舆论的压力，“把贪污的军官，分别开革和诛杀了几人”。还毫不客气地要求穆图善，“除去还算得力的马队，把步队完全遣散”《左文襄公在西北》，第75页。
对于遣散勇丁，按当时的统计，每裁一营兵，各种费用加起来需要四万多两银子。如果几十营合起来裁撤遣散，就不是一个小数目了。发了积欠军饷和遣散费，还要提防勇丁们领到钱以后，在驻地或邻近的地方吃喝嫖赌，顺手把钱花光，以至流落他乡，成为游勇或匪盗。左宗棠采取的办法是把各勇夫从遣散地点到本籍的路程，分做几段，每过一段，在指定的机构领取一部分的钱。这样，大概可以确保士兵回归原籍，而到家还有钱可以谋生。另外，为避免同时遣散的大批勇夫沿路骚扰，又把他们分做几个小组，每隔几天，遣发一小组，分批行走，减少他们聚众滋事的机会。
再次，在当地召募勇丁，为以后恢复制兵预作准备。左宗棠在用兵陕甘的后几年，在甘肃募集当地勇丁，用湘军的制度来编制，也用湘军的方法来训练，打仗时和湘军比肩作战。左宗棠的基本用意，就是准备在这些士兵中挑选制兵，比如，刘松山曾命董福祥在甘肃本籍人中招募三营，分别由董福祥、张俊和李双梁各带一营，这就是“董字三营”。他们“随同老湘军平定甘肃，平定新疆，对于文襄公完成西征使命，实有重大助力”《左文襄公在西北》，第49页。这算是用湘军编练的方法训练勇丁的一个例子。后来，在固原归降的回民中又编练三营，也仿照湘军营制，叫做“旌善营。”“旌善营”还不断得到扩大，在西宁时，又增加由归降的陕西回民骑兵组成的马队五营。这一支骑兵，作战时非常得力。左宗棠奉命从哈密进京，还带走了一部分。在收复新疆后，左宗棠允许出关的勇营，内中强壮可用之人，愿意留在新疆的，拨给荒地，教他们屯垦。当时金运昌的卓胜军中，就有许多人弃甲应征。左宗棠的用意，就是准备将来新疆恢复制兵时，在这些人中挑选士兵。
第四，恢复制兵的几项原则。其一，根据甘肃实际，左宗棠确定了恢复制兵的总额。甘肃与新疆两省承平时的饷额统共是每年三百多万两，左宗棠主张就依照这一饷额去确定恢复制兵的总额。制兵的饷项，约为勇丁的一半。那就是一营勇丁，招募一营半的制兵。其二，减骑增步。由于马队开支较大，所以左宗棠主张只保留少量的马队，使骑兵和步兵构成三比七的比例。这样，大概减少一分马粮，可以维持步兵战守兵各一名。减去骑兵而保留步兵，这原是西汉时赵充国在湟中平羌时的成规，可资借鉴。其三，取消换防兵，缩减开支。新疆制兵中有一部分军队是从甘肃制兵中按期调驻的，叫做换防兵。这一制度由于关内外交通艰阻，实行起来劳师伤财，所以左宗棠主张加以取消。其四，减甘增新。左宗棠认为，甘肃与新疆的防务，只要新疆巩固了，甘肃就可保平安，没有问题。剩下的蒙古、青海、西藏的防务，就容易加强。因此，左宗棠主张减少甘肃的制兵，把省下的饷粮，供给新疆支配。左宗棠还提议从光绪五年起，清政府每年拨足协饷五百万两，并以三年为期限，由他给甘肃与新疆两省训练制兵，挑选精壮的士兵和有经验的军官留任，逐渐裁去防营，最终恢复制兵。三年之后，便可改照平时每年三百万两之数拨给。左宗棠认为这样做，“各省每年可省二百万两的协饷，甘新两省也有精练的制兵可用”。清政府采纳了左宗棠的建议，只是最初三年，“每年五百万两的协饷，不能拨足，仍是前空后欠”《左文襄公在西北》，第123页。，不能尽如其愿。
虽然如此，左宗棠对甘肃军制的改革仍然取得了一些成果。甘肃原有的制兵，包括新疆换防兵九千名在内，计马步战守兵共五万五六千名。在左宗棠减兵增饷的政策执行以后，约保留了三分之一，共计一万七千名。每年节省六七十万两饷银补贴新疆。这件事由左宗棠委托给帮办甘肃新疆善后的杨昌浚处理。杨昌浚曾在浙江办过整军事宜，很有经验。新疆则在左宗棠离任后，由刘锦棠负责办理，仍按左宗棠的预计，定兵员为二万一千名。“只是由勇营改成防营，已非制兵旧规”。陕西大概从四万二三千名减到二万四五千名。
此外，陕甘军制中还有一些很奇特的现象，值得一书。甘肃很早以前已于陕西分省，但陕西提督仍驻在甘肃的固原，还节制着甘肃的河州镇总兵。左宗棠打算把河州镇划归驻防在甘州的甘肃提督节制，而把宁夏镇划归陕西提督节制。再就是各省军政，按制应归总督主持，而陕甘的军政，却由于前任陕甘总督乐斌厌恶兵事，索性把兵权让给了陕西巡抚，于是甘肃境内陕西提督辖下的标兵，陕甘总督却不能调动，如要调动，先要知会陕西巡抚，左宗棠认为这是极不合理的事，曾说应恢复旧制。但是这两个合理的调整，最终并未实现。
