同年5月至8月，马仲英率部三围河州，给国民军和刘郁芬在甘肃的统治造成危机。其间5月下旬，凉州二十七师师长马廷贤正从大河家庄往河州八坊搬家，以事有可为，乃掘其家地窖藏银38万，并抄了驻河州的马廷勷部下、团长马全钦的家，只因马全钦在马仲英发动事变时在宁河(今和政县)买家集阻击了马仲英部。
河州事态的发生，引起了刘郁芬的惊恐，为了能及时制止事态扩大，刘郁芬主张“剿抚兼施，恩威并用”。当河州第一次被围时，刘迅速调集人马准备救援。马麒和时在河州的马廷勷来电，称愿负责围剿变兵，刘深恐有诈，婉言谢绝。这表明，刘未用清代左宗棠惯用的“以回制回”的策略，而是要用自己的部队前去弹压。他命马麒驻防西宁不动，不得擅自“派兵”，以免发生“误会”；命马廷勷回凉州防守。刘郁芬一面派兵围剿，一面拉拢一些回族上层人士，分化瓦解马仲英的部下。刘委任第二十五师师长戴靖宇为“剿匪总司令”，马国栋为副司令，率二十五师分两路进攻，南路由戴亲自指挥，东路由副师长李松昆指挥。两路并进，直向河州。马仲英部迎战失利，败退河州西乡。5月23日河州解围。之后，刘郁芬打算乘战胜之威，和平改编马部。赵席聘被调离，以驻平凉的副师长陈毓耀升任河州镇守使，由有影响的回族地方绅士喇世俊、马国栋等参加的战地政治委员会在河州进行安抚。新任河州镇守使陈毓耀派回族阿訇赴西乡，面见马廷贤，示喇世俊之函，劝他接受改编。马廷贤佯装答应，刘郁芬派来河州主持善后的总部参谋长俞培嘉以为大功指日可成，松懈警惕；又因粮饷困难，国民军开始陆续撤离河州。马仲英乘机迅速扩展部众，一度曾达到二万余人。6月27日，马仲英、马廷贤再围河州，另派一支人马经河州东北谋攻兰州。刘郁芬于军情紧迫中，连第二军政学校的学员都调入前线，参加战斗，同时电饬平凉方面张允荣所率三个旅到兰州增援。援军一部夺回了距兰州六七十里的牛心山，形势才暂缓和。然而攻兰之马仲英部撤退后改渡洮河而西，对国民军援河州部队形成包围；还有一部分进攻临洮，马仲英军声威大振。在此形势下，刘郁芬急调赵席聘部、十一师佟麟阁部、二十五师李松昆部由东、南两路大举增援河州。任赵为“河州剿匪总司令”，佟为副司令。
7月14日，国民军再解河州之围。
二次河州之围被解之后，马仲英向西川井沟一带退去。
赵席聘以胜利者姿态入城，报复心理达到疯狂程度，亲自在城上指挥。炮击八坊，又纵令民团出城放火，使这个号称“小北京”的繁盛城区化为焦土，寺字拱北、市肆庐舍、财富古迹尽行被毁，一场延烧8天的大火造成千万回族群众无家可归的惨象，汉回仇杀此后更加严重了。
二度解围河州后，刘郁芬再图招抚，派兰州回族上层人士阿訇前往劝导。但因八坊被烧，河州回民群情激愤达到顶点，马仲英势力又空前发展，招抚无效。8月，当刘郁芬为解除马仲英的威胁，向马仲英发动进攻时，马仲英反而发动了大规模的反击，以数万之众第三次包围河州城。刘郁芬急调吉鸿昌三十师、二十五师刘兆祥旅增援，打退了马仲英的进攻，8月18日再次解河州之围。为了保证河州的交通供给线，刘又令佟麟阁、刘兆祥击败了土桥的马仲英部。国民军驻军大梁家、莲花堡，以维护兰州、河州间的交通。从此，河州战事具呈胶着状态。
河州事变之时，凉州亦起事端。凉州镇守使马廷勷本无反冯之心，但刘郁芬却认为马廷勷是马仲英的后台。6月中旬，冯玉祥下令免去马廷勷凉州镇守使职，调任总司令部顾问。国民军旅长刘志远联络警察及镇守署人员数十人于6月30日突然袭击镇守使署，马廷勷仓惶出逃永昌皇城滩。继而国民军派往凉州的两旅之众赶到。国民军在搜索马廷勷在凉州的居所时，获得以往马与张作霖、吴佩孚来往信函，及金、银、衣物等。马廷勷在皇城滩集结散部2000余人，退驻青海大通。马麟暗接马廷勷到西宁。在马麟的鼓动、支持下，马廷勷于7月20日从皇城滩反攻凉州，时凉州城防司令韩风章仅有守城军警数百人，无力抵抗。22日，马廷勷破城而入，在凉州城大肆屠杀，追索自己出逃时失去的财宝。凡操直、鲁、豫口音和穿白衬衫以及留长发者，均视为国民军的人，任意杀害，死伤达3000多人。马廷勷在攻下凉州后，气势极盛，进兵古浪，进而进攻平番(今永登县)，威胁省城兰州。刘郁芬急调冯安邦旅阻击，双方相持于南大通一月有余。
当马廷勷组织兵力，绕道至冯安邦军背后，欲施行两面夹击时，1928年9月，冯玉祥派孙连仲率领的大部队赶到，与冯旅合兵反攻，马廷勷部不支节节溃退。9月30日，孙部高树勋师，魏凤楼师入凉州城，马廷勷见大势已去，难以支持，遂退到河州家乡。国民军以冯玉祥名义发布讨檄文，历数马与吴佩孚、张作霖“勾结”，“不受省令，破坏省政统一”，“暗与指挥河州之乱”等罪证；申言“已派大军十万，伸罚讨伐，务期生擒该逆”；宣布对所有协从“一概罔治”，“其有明白大义即时自拔来归者，官复原职，身家财产妥予保护”。《甘肃文史资料选辑》第24辑，第32、33页。
此后，在对待凉州事变问题上，和平招抚的呼声日益上升。这是因为刘郁芬亲赴西安向冯玉祥请示对策，冯为保持陕甘后方基地，不愿出现后院起火的局面，希望甘肃政局尽快稳定。同时，甘肃回汉各派人士均竭力主张和平解决，一些地方绅士表示愿为和平招抚出力。刘郁芬10月初回到兰州后，任命马鸿宾回甘调停河凉事变。马鸿宾只身由陕返甘，调解事变，与马仲英、马廷贤谈判。马仲英等知为缓兵之计，拒绝接受国民军所提条件。马鸿宾又赴青海享堂会晤马麒、马廷勷，亦未奏效。调解工作拖延四、五十天，毫无结果。
和龚、胡迅雪：《马鸿宾传》，华文出版社，1997年，第19~29页。
马仲英又出击国民军，大军云集的国民军遂决定再战。11月29日，刘郁芬下达总攻击令。国民军6万余人出动，发起进攻。
刘郁芬亲赴河州城以北的北塬督战，当天下午，国民军占领城外的香台塬、井沟等地。30日下午，西川的第一道防线已被突破。12月1日，韩家集又被国民军占领。3日，马仲英、马廷贤、马廷勷的部队已呈全线崩溃之势，开始退出河州。马廷勷奔西宁去见马麒，马麒恐获罪于国民军，令其入藏区暂避。
马仲英、马廷贤则率部经洮岷攻天水，为吉鸿昌驱走。河凉事变虽被镇压，但马仲英西去新疆，仍在新疆活动达10年之久。
这说明，西北地区民间的反冯势力在崛起，各地方实力派已不再像五原誓师后的一段时期内，鼎力支持冯玉祥。这意味着冯玉祥虽有依托陕、甘为基地开展反蒋活动之意，但这一基地已十分不稳，在内外交困的情况下，只能空叹“西望长安”。
1929年2月，新设青海省又发生了回族将领反叛冯玉祥委任的省主席孙连仲的一系列事件，这都说明冯玉祥欲在西北再立足已是十分困难了。
导演“雷马事变”
冯玉祥在韩、石倒戈后，一度在华阴下野，潜心读书。但戎马一生的将才，怎能耐得住山野隐居的寂寞，更何况冯尚拥有数十万大军，足以称得上反蒋势力中的佼佼者。1929年底和1930年冯又联合各派进行了两次反蒋战争，特别是第二次反蒋战争即“中原大战”，堪称一场恶战。
