基于上述原因和需要，军事干涉在具体的运作中就军事力量的使用而言一般是合作行动多于单独行动。但是这种合作和联合国维和机制中集体行动下的合作又不相同，联合国的集体行动已经有了一套较为具体和成熟的机制，或者说已经形成了一整套长期而稳定的合作模式，在军事力量的相互合作之上还有一套较为成熟的政治协商制度，联合国安理会、联合国大会以及国际法院等部门是集体行动的重要仲裁机构，也就是说，联合国的集体行动在其行动之上还有更高一级的行动仲裁部门。但是军事干涉中的合作基本上是基于国家之间的相互需要或信任，军事力量的合作之上并不存在一个独立的仲裁部门，合作在形式和内容上都没有统一的规定性，也缺乏一整套制约的机制。可以说，这种合作是松散的，合作的伙伴可能是不固定的，对于不同的国家和地区发生的事件，由于不同的政治、经济利益和地缘等方面的联系，合作的方式也可能各不相同。
在具体的实践中，合作的局面并不会简单地出现。合作并不意味着和谐，合作需要政策协调，需要通过谈判的过程将各个相互独立的个体或组织的行动变得相互一致起来。基欧汉认为，美国领导人所建立的霸权机制，并非仅仅通过指挥比它更弱小的伙伴来实现，而是一个利益相互协调的过程。任何的谈判和政策协调都是各方权衡利弊的艰难过程。而在冷战后国家之间交往日益频繁的情况下，如果按照“国家间的联系越紧密，主体之间的交易成本就越高”的逻辑，那么过高的交易成本也可能成为合作的重要障碍。因此，合作不仅利弊共存而且并不会轻易达成。
我们先以科索沃战争为例，一方面，科索沃的军事行动凸显了合作的重要性，美国及其北约盟国组成了“联盟力量”，北约的成员国为战争提供的飞机占本国可动用飞机的比例与美国的相同，对于盟国的军事基地、机场和空域等军用设施的使用保证了行动的顺利进行，联盟成员还派遣了地面部队帮助稳定周边国家的局势和开展人道主义救援行动，如果没有合作所形成的“联盟力量”，军事行动可能历时更久。另一方面，合作也暴露了许多问题，美国军队与其北约盟国在军事思想、指挥体制、作战方针上都存在诸多差异和分歧，这些不同造成了作战中相互协调的困难，而各方在武器装备上的差距以及通信和计算机网络系统上存在的不兼容问题也降低了合作的效率，而北约组织内部对采取军事行动必须获得成员国一致同意的原则与各成员国的领导人都试图对军事行动施加影响之间也存在着微妙的矛盾。美国国防部认为，从“联盟力量”行动中可以清楚地看出，美国与盟国军队在作战能力（包括精确打击能力、机动能力，以及指挥、控制和通信能力等）方面存在很多差异，这些差距和作战能力上的不平衡影响了美国与北约盟国一起追逐最佳效果的作战行动。当然，美国及其盟国都能考虑到维护北约政治决策力和军事影响力的重要性，而科索沃的行动又是各方在联盟与合作上有着共同强烈意图的行动，科索沃的局势与联盟各方的多种利益直接息息相关，因此，尽管在合作中存在着一些困难和不足，但各方还是能在行动中维持联盟与合作的状态。这次行动中，合作方之间的相互政策协调对于军事行动来说是具有重要意义的。
在以反恐为旗帜的阿富汗战争中，美国也离不开其他国家的支持与合作，对阿富汗进行狂轰滥炸的依据是那里存在着政府支持下的恐怖主义和恐怖活动的“基地”，而美国的军事力量是无法直接从本土准确地对这些“基地”实施行动的，因此，美国需要“基地”周边国家的支持与合作，需要它们配合反恐提供军事基地、开放领空和陆地。在这次军事行动中，美国开始结交了格鲁吉亚、哈萨克斯坦、塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦等一批新朋友，如果没有这些国家的合作与支持，美国是很难顺利地在阿富汗采取行动的。当然，这些中亚国家之所以愿意为美国的反恐战争提供这些方便，是因为它们需要在主权、独立与领土完整等方面得到美国的支持并从而走出受俄罗斯控制的阴影。可见，阿富汗战争是各方在各有所图的基础上进行合作的，但是双方之间在让度与所得之间的比例是不对称的，中亚国家为合作所付出的代价显然更高。
伊拉克战争尽管遭到了俄、法、德等国的公开反对，但是美军还是找到了英国这个忠实的伙伴与之共同采取“伊拉克自由”行动，俄、法、德等国对此次行动的反对除了因为战争没有一个经得起推敲的理由之外，还因为战争触犯了这些国家在伊拉克的既得石油利益。英国愿意与美共同行动，并把这次行动称之为“目的”行动，其目的除了追求石油等方面的物质利益之外，可能还希望通过战争树立美国的忠实追随者以及未来世界领导者之一的形象。美国需要英国的合作除了物质力量上的增强之外，更重要的是它可以由此而脱离国际社会对其独自发动一场侵略战争的责难。可见，不管是合作起来共同采取军事行动，还是合作起来共同反对采取军事行动，都需要足够的理由支撑，具有说服力的理由是合作的重要前提。冷战后军事干涉中的合作关系不同于同盟关系，合作和建立同盟虽然都以存在共同的利益作为前提条件，但是军事同盟除了共同的利益基础外还必须存在共同的威胁或敌人，军事同盟的成员国之间一般还需要具备明确彼此间权利和义务的盟约，或者至少存在某些默契程度较高的非正式安排。军事同盟中盟国的选择还受到许多非军事因素如历史、文化、观念、意识形态等的影响，而国家之间一般只要存在共同利益或共同目标就可以进行合作。我们从美欧之间的联盟关系在冷战期间和冷战结束至今的状况和变化，就可以看到共同威胁的存在对于军事同盟而言的重要意义，苏联的解体和华约的解散使北约失去了实质性的威胁和对手之后，也使美欧之间在军事、政治和经济领域的关系框架不断发生变化，双方之间逐渐出现了利益冲突、观念分歧乃至战略层面的碰撞，英美报刊还纷纷以“大西洋主义的终结”和“进入‘后大西洋主义’时代”来评说美欧关系的走向，美欧之间的联盟关系开始变得脆弱起来，但它们之间在存在共同利益或共同目标的领域依旧可以保持实用主义式的伙伴关系或合作关系。
合作行动是军事干涉的重要方式，也是一种理性的决策选择，在具体的军事行动中究竟是持合作、不合作还是反对合作的立场，关键取决于国家对于自身利益的判断和认识。冷战后的军事干涉一般都是针对具体事件进行的，因此合作也是在具体的利益、需要和目标基础上产生，其方式和内容也因具体利益、需要和目标的不同而不同。甚至可以说，军事干涉中的合作通常都表现为一种松散的合作，既没有条约的依据也不存在完善的机制，合作的伙伴也并不固定，而是随着被干涉对象、条件和形势的转移可以随时更换。或者说，军事干涉是否采取合作的形式更多时候取决于干涉国的主观意志和判断，在其需要合作行动时就采取合作行动，需要独立行动时就采取独立行动。“全球信息时代的美国对外政策，总的来说应当优先选择多边主义，但也不能全部是多边主义。有些时候我们需要单干。”“自愿联盟对战争是有利的，但战争的使命不应该由联盟来决定，而是战争的使命决定了与谁联盟”。也可以说，这种战略思想和决策取向体现了典型的“合作与控制混合”的霸权特征，合作是在利益权衡基础之上的决策选择。
二、单一行动与复合行动
我们已经把军事干涉定义为贯彻干涉者意图的军事行动，进行军事干涉是针对某一事件在其他外交途径无法解决情况下的决策选择。军事干涉的目标不仅仅是取得军事行动的成功，更是为了通过军事行动对被干涉国产生影响，期望改变正在那里出现的政治、经济和社会等方面的状况和态势，而这种改变通常不是仅仅凭借军事行动本身就能做到的。因此，从军事干涉的运作来看，干涉往往远不止采取单一的军事行动本身，而是一种在军事行动之外配套以其他行动和措施的复合行动，在另一个层面上，这种复合行动从干涉者的角度来说还可以起到减少干涉成本、提高干涉综合效应的作用。
军事行动只是一个过程，最终解决问题的运行机制还是要回到谈判桌上去，当然，当谈判过程中涉及不对称冲突中弱势一方的利益时，问题的解决常常会变得异常困难。但是，谈判或是协商的任何艰难都无法改变军事行动的真正指向——对于政治、经济、社会、文化等领域的图谋。如果我们上升到战略的高度来考察军事干涉的运作，那就是国家如何运用自己所掌握的各种力量来实现其利益和目标的问题，军事行动是实现利益和目标的一种有效手段，而政治的、经济的乃至心理等的手段在国家利益和目标的实现过程中也同样十分有效。军事行动需要处理好军事目标与政治目的之间的关系。“国家不会为了战争而战争，而是为了推行政策才进行战争的，军事目标只是达到政治目的的一种手段”，这个观点至今仍是对军事行动政治特性一种很好的表达。
