1911年（即他们撤离延吉第二年）11月7日凌晨，吴禄贞发动北方起义，组织的赵燕晋联军发兵石家庄，正要“南北夹攻，北京旦夕可下”之时，袁世凯指使其死党周符麟用二万元收买了吴禄贞部下马步周和其他几个军官。7日凌晨，马步周率几名打手闯进他的住所将其枪杀，然后又割下他的首级向主子请功。
噩耗传到延边，白山悲，图们泣！延吉、晖春群众悲恸万分，万人集会，在北山学堂为吴禄贞开追悼会，以志哀思。各界人士敬祭吴公的大量祭文、悼诗、诔词、挽联，倾注了对他的爱载和深情！所编成的《延边哀挽录》，一直流传至今。现各选其一：诔词：“白山峨峨，黑水洋洋；我公之德，山高水长！白水郁郁，黑水汩汩；我公之悲，山摧海泣！”－－垦民尹海盛悼诗：“龙蛇厄运直斯年，顿谢红尘作羽仙。双手运筹知将略，三年遗爱在辽天。入人凶计令人惜，爱国雄心万古传。回忆我公余血泪，怅然泣饮豆江边。”－－朱阳春挽联：“长白山政声宛在，斯民有口皆碑，三年来密布嘉谟，海岛咸钦鄂都护；石家庄血迹未干，我公之死何惨，万里外惊传噩耗，天涯同哭晋中丞！”－－梅颐无数的挽辞，道不尽延边人民对他的缅怀之情及对他为国牺牲的惋惜之情！这些缅怀，表达了延边百姓对他的深深思念与敬仰！
1911年３月17日，上海《时报》头版头条刊登了孙中山大总统的《祭吴禄贞文》。荆山楚水磅礴精英代有伟人振我汉声觥觥吴公盖世之杰雄图不展捐躯殉国昔在东海谈笑相逢倡义江淮建牙大通契阔十年关山万里提兵燕蓟壮心未已滦州大计石庄联军将犁虏廷建不世勋猰貐磨牙蜂虿肆毒人之云亡百身莫赎
泉下同袍惟周与张庶相民军恢复汉疆
邦基始建公目未瞑敬奠椒桂以酹忠魂
孙中山拜诔
当辛亥革命胜利，清廷末代皇帝溥仪退位，南京临时政府成立后，孙中山下令对吴禄贞以陆军大将军例赐恤，并将其遗体安葬在他殉难的石家庄火车站院内。1982年3月墓迁，建于长安公园内。
2005年7月，在吉林省延吉市，吴禄贞塑像揭幕了，吴禄贞的纪念厅开展了。
延吉继河北石家庄之后重建吴禄贞墓，并定为爱国主义教育基地。
湖北云梦吴禄贞纪念园建成，并定为爱国主义教育基地。
延吉戍边楼定为爱国主义教育基地！
一个革命志士的爱国主义精神永远值得我们传承！
