刘坤一办事风格和他的同僚张之洞截然不同。张之洞诡计多端，是一个典型的机会主义者，出身望族，学问深且多才，担任湖广总督，总是见风使舵，变化多端。一开始，改革之风吹得旺盛，张之洞是改革派坚定的支持者。就在六个月前，他还向皇帝引荐了几位进步人士（其中包括他的门生杨锐），就在戊戌政变的风暴来临前，他还被光绪皇帝诏到北京作为军机处大臣，支持皇帝的改革政策。
然而，慈禧太后刚刚声称自己支持保守派，再加上皇帝当时还没有成功拉拢到袁世凯和他的军队，张之洞见势，立马致电慈禧太后，热情洋溢，支持政变，建议太后严惩那些改革者。他的这些建议都只是些表面直言而已，并无多大意义。因为即便没有他的这席话，慈禧太后一旦开始插手某事，不达目的是不会善罢甘休的。
八月十一日，慈禧太后将荣禄召到北京帮助她彻底扑灭改革之火。之前刑部刚刚上奏，请求任命皇家委员会，会审康有为同党。慈禧回复，令他们与军机处协作，严厉审问这些囚徒。同时，慈禧太后还下令捉拿张荫桓？，注释：① 张荫桓代表中国赴伦敦参加英国维多利亚女王在位六十年庆典，被任为高级圣迈克尔和乔治勋爵士，流放新疆后被处死，端亲王曾在义和团运动爆发之际下令将其处决。另一位改革者名叫徐致靖，在同一道诏书中被判终身监禁于刑部大牢，1900年被联军释放，但是他却径直走到太原府将自己上交朝廷，不愿接受外国人的释放。这件事非常典型，充分显示了中国官员的心态和对大清君主圣谕的尊崇。并将他关至刑部大牢。张荫桓曾是皇帝信任的参谋和朋友，但在慈禧看来，此人“臭名昭著”。
这份诏书还不失时机地赞扬太后的仁慈大度，称太后不会打击报复，还称尽管太后深知许多著名学者和官员已被改革者牵连腐化，也仅仅只将那些主要谋事者绳之以法，其余人等概不追究。
接着，荣禄建议慈禧太后以皇帝的名义下发一道圣谕，说明她发动戊戌政变的合情合理，以此使保守派安心享受自己的地位和权力。这道圣谕充分表现了慈禧太后老练的政治手腕。圣谕中，皇帝承认改革变法手段不对，坦诚由于自己的担忧恐惧，错误地将变法运动中所有罪责全部都归在了“我们的臣工未能有效地执行变法政令”一说。诏书一下，保住了每个人的颜面。
下面圣谕有着永恒的意义，这些观点至今仍然能够让我们受益，不久的将来满族在面临君主立宪的问题时，此诏书必定还会大有作用。下面为圣谕的摘选部分：
朝廷振兴庶务，一切新政，原为当此时局，冀为国家图富强，为吾民筹生计。并非好为变法，弃旧如遗，此朕不得已之苦衷，当为天下臣民所共谅。乃体察近日民情，颇觉惶惑，总缘有司奉行不善，未能仰体朕意，以致无识之徒，妄为揣测，议论纷腾。即如裁并官缺一事，本为淘汰冗员，而外间不察，遂有以大更制度为请者，举此类推，将以讹传讹。伊于胡底，若不开诚宣示，诚恐胥动浮言，民气因之不靖，殊失朕力图自强之本意。所有现行新政中裁撤之詹事府等衙门，原议将应办之事，分别归并，以省繁冗，现在详察情形，此减彼增，转多周折，不若悉仍其旧，著将詹事府、通政司、大理寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺等衙门，照常设立，毋庸裁并，其各省应行裁并局所冗员，仍著各督抚认真裁汰。至开办时务官报，及准令士民上书，原以寓明目达聪之用。惟现在朝廷广开言路，内外臣工条陈时政者，言苟可采，无不立见施行。而疏章竞进，辄多摭饰浮词，雷同附和。甚至语多荒诞，殊多庞杂。嗣后凡有言责之员，自当各抒谠论，以达民隐，而宣国是。其余不应奏事人员，概不准擅递封章，以符定制。时务官报，无裨治体，徒惑人心，并著即行裁撤。大学堂为培植人才之地，除京师及各省会业已次第兴办外，其余各府州县议设之小学堂，著该地方官斟酌情形，听民自便。其各省祠庙，不在祀典者，苟非淫祠，著一仍其旧，毋庸改为学堂。致于民情不便，此外业经议行及现在交议各事，如通商惠工，重农育才，以及修武备、浚利源，实系有关国计民生者，即当切实次第举行。其无裨时政而有碍治体者，均毋庸置议。著六部及总理各国事务衙门详加核议，拟实奏明，分别办理。方今时事艰难，一切兴革事宜，总须斟酌尽善，期于毫无流弊。朕执两用中，不存成见，尔大小臣工等，务当善体朕心，共矢公忠，实事求是，以副朝廷励精图治不厌求详之至意。
那个时候，荣禄已经被提升为军机大臣，并获得了北方军队及军部的最高领导权，成为整个帝国中权高位重的官员，并且其位高权重是大清王朝满族统治历史上绝无仅有的。此前逃亡热河期间，他对慈禧太后忠心耿耿，这一次，他再一次以行动证明了自己的忠心，也获得了应有的奖赏。
很自然，荣禄在戊戌政变中扮演的角色、所起的作用，会让他受到众人，特别是外国民众的指责。但是，从中国官员的角度出发看待这个问题，荣禄支持太后，对抗皇帝，仅仅是他的职责所在。
作为一个政治家，荣禄一直谦逊有礼，明智可信。随后，义和拳运动爆发，国内外媒体的指责朝他扑面而来，毫无疑问，这一部分源于康有为及其追随者散布的流言，另一部分则是源于外国公使的偏见（此时就已经产生），以及人们对事情真相的无知。之后的事实表明，荣禄所做的一切努力都是为了镇压义和拳这场狂热的民间运动，避免慈禧太后作出什么愚蠢的举动而酿成大错。
在胆小、无知、残忍的满族权贵中，荣禄的远见卓识以及勇气与众不同，脱颖而出。慈禧统治大清王朝长达半个世纪之久，唯一能在政治管理能力以及不偏不倚的爱国情怀上和荣禄相媲美的大臣也只有曾国藩而已（之前已经就他的生平做过简要的描述）。至此之后，直到1903年去世，荣禄一直服侍在慈禧太后的左右，是慈禧最信任的、最有成就的参谋助手，由此看来，慈禧选择重用荣禄，实在是一个正确的选择。
1900年间，慈禧太后因为义和拳运动的喧嚣暴动，心烦意乱，被期望误导，在加上自己的迷信思想，以及各位亲信在耳边叫嚷，接受了端亲王及其亲信的建议，暂时削弱了荣禄的势力和影响，下一章节中对此将有详细描述。但是根据《景善日记》记载，慈禧太后最终都会向荣禄寻求帮助、建议和安慰，在最后生死攸关的时刻，慈禧太后总是倚赖荣禄，而荣禄也从来没有令她失望过。慈禧太后渐渐意识到，荣禄提供的建议往往是非常合理的，自己有时却会忽略、弃之不用。
尽管近代中国历史中总是存在着诸多不定因素，但是非常确定的是：荣禄应该受到国人及外国人更高的尊敬。在两宫西逃期间，荣禄对围绕在他周围的诽谤之言丝毫不知情，护送两宫太后安全回到京城，他却受到外国使官冷冰冰的待遇，那个时候他被深深地伤害了，他的正义感受到了凌辱。之后，直到死，他也经常对自己最亲密的友人说，尽管他不会后悔对义和拳运动采取敌对的态度及镇压行动，但是却不明白自己为那些外国人做了这么多，他们为什么如此忘恩负义呢？他不理解也不会原谅他们。他还曾经说道，自己之所以做出那样的决定，并非是向着外国人，而是忠于太后和大清满族王朝。但既然他的所为恰好符合了外国人在中国的利益，他理应受到他们的尊崇和赞赏。
该如何惩罚那些改革者，慈禧太后和荣禄商谈了很久。荣禄认为此事关乎满族王朝的荣誉，主张采取强硬措施，打击镇压。刑部严厉审讯了六名囚犯，其中荣禄主要详细询问了康有为当时阴谋杀害太后一事。在康有为住处搜到的文件已经摆明了阴谋的细节，证据确凿，军机处建议将六人判处死刑，称铁证如山，他们确实犯有预谋杀害太后的叛国罪，应该立即将他们处决，不宜延迟。
老佛爷赞成军机处的建议，也想早些终结这场危机。因此，同月十三日，六名改革变法者被处决。刑场之上，他们视死如归，大义凛然，城外的行刑之地被民众围得水泄不通。据说，杨锐家中，搜出一些皇帝亲自寄给他的书信，在这些信中，皇帝谴责并抨击慈禧太后的恶行。其中还有一封杨锐写的奏折，目的在于弹劾慈禧太后，称她与多位朝廷高官，其中包括荣禄，有着违背道德的不正当关系。这份文件已经由皇帝用朱笔做了批注。奏折中还引用了很多当时广东流行的民间歌谣，唱的正是之前所述的慈禧太后的邪恶罪行，并警告皇帝，如若满族统治完结，罪魁祸首莫过于慈禧太后。奏折还称当初商王朝灭亡（公元前12世纪），就是因为商纣王迷恋宠妃妲己，他们酒池肉林的荒诞生活在历史上也有记载，杨锐称慈禧在颐和园的酒色放荡生活和妲己在宫中酒池肉林的生活并无什么差异。支持慈禧太后采取镇压措施的人称，慈禧太后本人看了这封奏折，认出那朱批正是光绪皇帝的笔记，可见皇帝是支持这些反叛之言的，太后报复心急切，决定一次剪断光绪皇帝和改革派的联系。
那道下令处决改革变法领导者的诏书是慈禧在荣禄的帮助下亲自草拟的。但是，讽刺的是，这道诏书是以光绪皇帝的名义发布的。诏书全部用红笔书写，以此显示它的重要性与权威，因为用红笔书写的诏书往往是由君主亲自书写。诏书强调了将改革引进至国家管理系统之必要，后称朝廷孜孜图治，力求变法自强，但是皇帝感觉到自己在处理政事上日益困难，心情焦虑不安，而康有为和他的追随者，乘变法之际，隐行其乱法之谋，包藏祸心，潜图不轨。幸经察觉，朝廷立破其奸谋。诏书接着说：
又闻该乱党私立保国会，言保中国，不保大清，其悖逆情形，实堪发指。朕恭奉慈闱，力崇孝治，此中外臣民之所共知。康有为学术乖僻，其平日著作，无非离经叛道，非圣无法之言。前因其素讲时务，令在总理各国事务衙门章京上行走，旋令赴上海办官报局，乃竟逗留辇下，构煽阴谋，若非仰赖祖宗默佑，洞烛其先，其事何堪设想。康有为实为叛逆之首，现已在逃，著各直省督抚，一体严密查拿，极刑惩治。
诏令接着判处康有为同僚梁启超死罪。梁启超乃是一个颇具盛名的学者，在戊戌政变爆发时，他逃到了日本，后在日本编辑了一份极富威望的报纸。接下来，比较重要的人物就数军机处的三位章京了，在刑部大牢中，他们等待着朝廷最终的审判。诏令又说道，在军机大臣看来，若再延误处决这些人等，很有可能会导致暴动。因此，对六位变法人士，朝廷省去了进一步的司法仪式，下令立即将他们斩首示众。
处置完了康有为的追随者和同谋，诏令中再一次强调，康有为作为逆贼首领实在罪大恶极，诏书如是说：
俾众咸知，我朝以礼教立国，如康有为之大逆不道，人神所共愤，即为覆载所不容？，鹰鹯之逐，人有同心，至被其诱惑，甘心附从者，党类尚繁，朝廷亦皆查悉，朕心存宽大，业经明降谕旨，概不深究株连。嗣后大小臣工，务当以康有为为炯戒，力扶名教，共济时艰。所有一切自强新政。胥关国计民生。不特已行者即应实力奉行。即尚未兴办者。亦当次第推广于以挽回积习渐臻上理。朕实有厚望焉。将此通谕知之。
尽管诏书称“朕心存宽大”，且慈禧口口声声称，对六个领导者之外的其他人等不再追究其责，但慈禧太后一想到这些人密谋加害自己，怒火就很难平息。紧接着，她又发布了一道诏令，判处张荫桓流放新疆，理由模棱两可。他被流放的真正原因是曾经指责慈禧太后生活奢侈无度，再加上英国公使竟然插手此事，替他求情，慈禧对他更是恨之入骨。
在另一封诏令中，之前建议的天津之行被取消。荣禄担心慈禧太后会在天津之行中遇到性命危险，于是急切恳请太后取消这次出行。但是，慈禧受注释：① 1904年，慈禧太后七十大寿，慈禧下诏大赦天下，包括那些1989年参与变法的维新党派，但是逃亡中的康有为、梁启超和因其他罪行逃亡在外的孙中山三人不包含在内。女性特有的好奇心驱使，非常期待能够到天津这个条约口岸看看，再加上在北京呆久了，也想要出去散散心，改变一下之前的生活状态。但最终她还是听从了荣禄的建议，与此同时，军事重组正在大张旗鼓地进行当中，兵士训练很是辛苦，慈禧也想借这个机会去犒劳一下直隶军团的兵士。
荣禄离开天津来到京城，裕禄被任命为直隶总督。裕禄顽固无知，却颇受慈禧太后青睐和信任。与诸多满族高官相比，裕禄无知无能，在后来天津及附近地区爆发的义和拳运动中应该承担很大的责任。在这场危机中，朝廷普遍不信任汉人，老佛爷觉得有必要派一个满族总督坐镇直隶省，以防止革命者组织任何形式的反叛运动。
如此一来，京城中唯一没有受到惩罚，且曾经公开和改革者有牵连的高官就只有礼部尚书李端棻了。李端荣等了几日，发现朝廷所发的几封诏书中丝毫没有提及到自己，他亲自上奏称自己犯下了严重罪行？，应该受到应有的惩处。
这封奏折本身就是一份极其有趣的文件，因为它展现了中国政府内部的鲜明特征。李端棻首先承认了自己的罪行，感念圣恩，竟没有受到惩罚，但是于自己而言，良心不安，恳请太后降旨处罚，给予那些胆敢保荐匪人的官员以儆尤。
慈禧对这封奏折的批复也同样有趣，和往常一样，这封诏书还是以光绪皇帝的名义发布的。诏书内容如下：
谕内阁，李端棻奏，滥保匪人，自请惩治一摺。该尚书受恩深重，竟将大逆不道之康有为等，滥行保荐，并于召对时，一再面陈。今据事后检举，实属有意取巧，未便以寻常滥保之例，稍从末减，礼部尚书李端棻著即行革职，发往新疆，交地方官严加管束，以示惩儆？。注释：① 即引荐康有为及其他几位改革者到朝廷任职。②1904年慈禧下诏大赦天下，李端棻从新疆返回京城。
这整段插曲，从李端棻的上奏到慈禧太后的批复就像是一场猫鼠游戏。
这时，反对派采取的血腥暴力措施令南方民众大为不满，他们于是组成各种保皇组织，继续支持光绪皇帝。他们在上海的外国租界地出版报纸，每日不断撰文发表，谴责慈禧太后和荣禄，言辞甚是犀利，而荣禄更是成为了众矢之的。
这些文章的作者，很显然受到了逃亡中改革者的鼓动，声称北京发生的一切明显具有反汉性质。另一方面，各地还掀起了轰轰烈烈的排外运动。此时，如果大清王朝继续如此下去，后果不堪设想。一位名叫会章的满族御史大人上奏慈禧，言及此时的危机，因此她才开始注意这种危险局势。会章所写奏折语言非常平实。
首先，他在奏折中恭喜慈禧太后采取果断行动，镇压了康有为等人的叛变，称此大大提高了老佛爷的威望，之后他又提到了大清朝南方的政治局势，其所奏内容如下：
