伦理是一种文化最直接、最集中的表现。它与一个民族的价值观念和生活习俗关联最为紧密。当两种性质和倾向完全不同的文化接触时，最先受到冲击的便是伦理观念与它的物化表现——生活方式。传教士初到中国，他们受到士大夫的欢迎并据以在中国立定脚跟的，不是他们的基督教教义，而是其伦理学著作和数学知识。利玛窦就曾坦言，他之所以获得了极大的荣誉，首先是因为他写了宣讲西方伦理格言的小册子《交友论》。《天主实义》之所以获得好评，很大程度上是由于其中对世俗生活的鄙弃。但《交友论》之类的书在华美的言词中所表达的只是一些笼统的内容和空泛的放言高论，一俟接触到伦理上的许多具体问题，两者在表面的相似掩盖下的不同便表现出来。
1.人性人性是个极易引起歧解的概念。《天主实义》以“人之所以异于禽兽”来定义人性或人的本质：
凡人之所以异于禽兽，无大乎灵才也。灵才者，能辨是非，别真伪，而难欺之以理之所无。禽兽之愚，虽有知觉运动，差同于人，而不能明达先后内外之理。缘此，其心但图饮啄，与夫得时匹配，孳生厥类云耳。人则超拔万类，内禀神灵，外睹物理；察其末而知其本，视其固然而知其所以然。（《天主实义》上卷，《利玛窦中文著译集》第9页）
这是说，动物是凭本能行动，其需要不外乎食饮与求偶。人的特异处在人具有“灵才”，这个灵才的本质表现是能推理，故其所知所求，万倍于禽兽。利玛窦在解释他的《物宗类图》时，把人归于“有知觉”之“能伦理者”。与利玛窦辩论的中国人据“人为万物之灵”的古训认为人性与鸟兽之性的区别在于，鸟兽性偏，人得其正。虽鸟兽亦有灵，但其灵微渺，人则灵性广大。利玛窦则认为，大小偏正不足以作为别类的根据，只能分别同类中的差等。如人有智愚正邪，其灵有大小偏正，但不碍其为人。只有具有惟一性、此物具而他物不具者，才能作为别类的根据。依据这一点，利玛窦把能推理作为人性的根本点，作为人与他物区别的根本标志：
人也者，以其前推明其后，以其显验其隐，以其既晓及其所未晓也。故曰：能推论理者，立人于本类而别其体于他物，乃所谓人性也。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第73页）《灵言蠡勺》在论证亚尼玛的作用时也把能推理而知作为人的特性：
凡推通（通过推理而知）者，独人类为然，禽兽不能推通。天神至灵，天上天下，物物皆能通极至尽，不待时刻，无有先后，皆属直通。人则以此推彼，渐次迨及。人之推知，如积时累日，先后序至。天神之直知，如无穷之时，无始无终。故天神称为灵者，人称为推灵者。（《灵言蠡勺》上卷，第17页）
这里是说，天主和神对万物的知是一种直觉的知，当下即知，无所不知，无有时间空间的限制。人对万物的知是推理的知，是由此及彼，有时空限制的。利玛窦根据人能推论进而认为，人之为人还在于他有自由意志：
明于类者，视各类之行动，熟察其本情，而审其志之所及，则知鸟兽者有鬼神为之暗诱而引之以行上主之命，出于不得不然而莫知其然，非有自主之意。吾人类则能自立主张，而事为之际，皆用其所本有之灵志也。（《天主实义》上卷，《利玛窦中文著译集》第39页）
禽兽没有自由意志，只有本能欲望。禽兽的行为皆受其本能的引导，故不得不然而不能追究其所以然。人的行为受意志主宰，人的自由意志是其行为的前提。人的行为之所以有道德价值是因为人据以行为的意志是自由的。利玛窦说：
凡世物既有其意，又有能纵止其意者，然后有德有慝，有善有恶焉。意者心之发也。金石草木，无心则无意。……惟人则不然，行事在外，理心在内，是非当否，尝能知觉，兼能纵止。虽有兽心之欲，若能理心为主，兽心岂能违我主心之命。故吾发意从理，即为德行。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第59~60页）
这里意实际上有两个方面的意思，一是意念，一是意志。意念只表示行动指向，意志则控制其指向使其遵守已立的规则。后者即利玛窦所说的“能纵止其意者”。只有既有意念，又有意志，善恶才能发生。既有意念又有意志的，惟人而然。利玛窦也把这一点作为人之所以为人的一个规定。动机立意越高，则效果的价值越大。
在性之善恶问题上，利玛窦与中士的争论最多也最具哲学意味。他对性的定义是：“性也者非他，乃各物类之本体耳。”（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第72页）他对善恶的定义是：“可爱可欲谓善，可恶可疾谓恶也。”（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第73页）所谓本体，即在自己之中而非包含或依赖于他物者。根据这一点，利玛窦指出，中士推崇的仁义礼智不能算是人性。他的理由是，人天生有的，只是天主赋予的具有记忆、推理、爱的能力的亚尼玛。具有推理能力的心本身是一块白板，仁义礼智是被推论出来的。此外，按照自立和依赖之说，仁义礼智是理，理属依赖一类，非自立者，所以仁义礼智非本体，非本体的东西不能称之为性。
利玛窦虽然主张性善，但他所谓性善指人的推理能力常精明不爽，他说：“本性自善，此亦无碍于称之为善。盖其能推论理，则良能常存，可以认本病而复治疗之。”（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第73页）这里实际上只涉及理性的形式，未涉及理性的内容。中士对于善恶的定义则完全看意志和行为的道德内涵，因此他们更倾向于主张“出善乃善，出恶乃恶”，即看意志和行为的动机是善还是恶。西士“可爱可欲谓善，可恶可疾谓恶”的定义有太多的主观色彩，可爱者只是情感上的喜好，焉能保证喜好者皆为善，厌恶者皆为恶？即使“可爱可欲谓善”指客观物之值得爱值得欲这种性质，但谁定此物为值得爱？遵从前解易沦为感情的奴隶，遵从后解则完全强调其本来的性质，抹杀了人参与的必要性。只有出于善良意志的方可谓善，出于不善的意志的方谓之恶。这个定义欲克服西士感情色彩太重和完全任物之自身这种弊病，强调动机在善恶评价中的决定作用。
中士的另一个疑问是，利玛窦以人能推理为性，如果把这种天赋的能力定为善，那么恶从何处来？利玛窦的回答是，性即能推理的能力，它是中性的，它能行善也能行恶。恶非实物，恶乃无善之谓。就如死是生的丧失一般。这个定义意在强调善对于恶的统御和行善的主动性、必要性，这个定义排除了无善无恶的可能性，把善与恶的对立以空前的严峻性提了出来：不行善就是恶！同时强调，人性只是推理的能力，它本身没有善恶的内容，非如儒家所谓“性本善”。善是行为的结果。善是“成善”，利玛窦说：
苟世人者生而不能不为善，从何处可称成善乎？天下无无意为善而可以为善也！吾能无强我为善而自往为之，方可谓为善之君子。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第74页）
这个解释强调的是两个方面：善必须是意志自由的，必须是主动的、积极的、纯出于善的动机的行为；善必须行而后成。利玛窦反复申明，行善是德行之功加于本善之性体（精明不爽失的理性能力）之上而后成。中士对传教士的动机论并无疑义，他们所反对的是，西方人所谓性体并无仁义礼智的内容。他们诘问道：“性本必有德，无德何为善？所谓君子，亦复其初也。”（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》
第74页）利玛窦回答说，如果善是复其初，那么必然假定人之初皆性善，这样就会导致“人生而皆圣人”的结论。同时如果天生是善，就降低了后天行善的意义。利玛窦进而指出，即使性指人天赋的道德意识的萌芽，性与德也必须有区别，性是天赋的，德是习成的。因此，一为性善，一为德善。利玛窦说：
固须认二善之品矣：性之善为良善，德之善为习善。夫良善者，天主原化性命之德，而我无功焉。我所谓功，止在自习积德之善也。孩提之童爱亲，鸟兽亦爱之。常人不论仁与不仁，乍见孺子将入于井即皆怵惕，此皆良善耳。鸟兽与不仁者，何德之有乎？见义而即行之，乃为德耳。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第74页）
这里利玛窦的意思已经很明白了，他所谓性善指人天生的能推理的能力，他所谓德善指人后天积累德行而成。他始终强调后天为善的重要性，他不承认“仁义礼智根于心”，他反对宋明理学普遍认可的以仁义礼智为性之本具的说法，当然他更反对王阳明的“满街都是圣人”，尽管这句话只强调人皆具有成圣的潜在资质。这里宗教教理上的原因是，承认人人皆天赋有仁义礼智，就是消解了人的原罪，就会降低耶稣替人赎罪的必要性。遵从“复其初”的修养途径，修养方法变得极其简单，这就无形中降低了《圣经》及诸先知所言的重要性。但中士仍然担心不承认仁义礼智根于心，不遵从复其初的修养方法，会导致人争骛外在的利益，而不在本心上做功夫。
从以上的争论看，在何者为人性或说人的本质是什么这个问题上，传教士与中国人观念上的差别和冲突是明显的。传教士强调的是人的理性，人的自由意志，后天道德行为在完成理想人格中的重要性。而中国人强调的是人的先天本有的道德意识，理想人格的完成必是在天赋道德意识基础之上对它的回复与扩充。传教士的理论渊源是亚里士多德的人性说：人是有理性的动物，人类的理性灵魂是最高的。而中士的理论显然根据宋明理学的“性即理”、“仁义礼智根于心”，人的天赋道德意识是区别于他类的本质特征。强调自由意志，强调是非善恶的判断标准在于动机，这是基督教道德论的主流，也是宋明理学占统治地位的思想。所以中、西士在这一点上基本认同。至于对道德实践中先后天的不同侧重，是与对人性的定义相关的。中士以人的道德性为重点，故强调先天；西士以人的自然性（理性）为重点，故强调后天。中士侧重人的道德行为的自我完成，道德的目的在完善人自身。传教士侧重上帝在人的道德人格完成中的决定作用，强调人的道德行为本身的意义在于完成对于上帝的义务。这些不同，决定于中西方不同的思想文化渊源。这些不同在我们今天讨论这些问题时还常常提到。
2.伦常中国是一个重伦常的国度，中国学术思想中，政治哲学和伦理哲学的遗产最为丰富。当天主教这样一个将宗教伦常关系放在世俗伦常关系之上的文化传统进入中国并欲以此归化中国的入教者时，它同中国人的冲突是势不可免的。在伦常上的冲突首先表现在对孝的解释上。利玛窦对中士说：
吾今为子定孝之说。欲定孝之说，先定父子之说。凡人在宇内，有三父：一谓天主，二谓国君，三谓家君也。逆三父之旨者，为不孝子矣。天下有道，三父之旨无相悖，盖下父者命己子奉事上父者也。而为子者顺乎一即兼孝三焉。天下无道，三父之令相反，则下父不顺其上父，而私子以奉己，弗顾其上。其为子者听其上命，虽犯其下者不害其为孝也。若从下者逆其上者，固大为不孝者也。国主与我相为君臣，家君与我相为父子，若使比乎天主之公父乎，世人虽君臣父子，平为兄弟耳焉。此伦不可不明矣。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第91页）
三父实为一父，这就是天主；对天主的孝，是为大孝。在天主面前，人人平等。世俗的一切伦常都要服从“奉事上父”这一大伦。
传教士的这一最高原则显然与中国人的伦理观念相去甚远。中士对此不无疑问，他们以孟子的“不孝有三，无后为大”为诘。利玛窦的回答是，“不孝有三，无后为大”这句话很可能是上古时因人少而设的奖励生育的训条，已不适用于今日广土众民的形势。这句话不见于孔子《论语》，恐怕是孟子的误传，或是解释舜不告而娶的托词。孔子所称道的伯夷、叔齐和“殷之三仁”之一的比干皆无后。故孟子之言与孔子相悖。如以无后为大不孝，则应以生子为急务，而这实在是“诱人被色累”。利玛窦的这一辩解间接回答了中士对传教士终身不娶的诘问。
中士认为，孝的一个重要内容是子孙的蕃续，这不仅有世俗的意义：为一家一姓延续香火，而且有宇宙论的意义，它符合宇宙万物不息的生意：“夫生类自有之情宜难尽绝，上帝之性生生为本，祖考百千其世，传之及我，可即断绝乎？”（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第87页）此上帝即天的代名词，生生是天道的本质，传教士不婚娶，是违背万物生生不息之意。利玛窦则不同意万物以生生为意的说法。他认为，生生即死死，生死为同一事物的两面，天既是生生者，也是死死者。他反驳道：
生生者上帝，死死者谁乎？二者本一，非由二心。未开天地，千万世以前，上帝无生一生者，生生之性何在乎？人心之卑瞑，莫测尊极之心，矧云咎之哉？且人以上帝之心为心，非但以传生为意，亦有隙生之理。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第87页）
利玛窦的这一说法，否定了儒家的天地之大德曰生的原则，把天地看做天主所生的自然界。自然界是生和死的统一。这里中士与西士的一个不同是，中士眼中的天是伦理形态、境界形态的天，天是儒者精神境界和志趣怀抱的象征物。传教士眼中的天是自然之天，是天主为人生出的赖以生存的环境。天地的一切皆是自然的，如有灵异，也是天主的启示。人投射到天地万物之上的人的精神怀抱是后加的，不是本有的。
传教士否定了生生是天地本义，所以他们认为，传教士的不婚娶虽不合世俗所谓孝，却符合一心奉事天主这一大孝，此大孝之人不失为贤哲。利玛窦说：
有志于救世者，深悲当世之事，制为敝会规则。绝色不娶，缓于生子，急于生道，以拯斯世堕溺者为意，其意不更公乎？（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第87页）
学道之士，平生远游异乡，辅君匡国，教化兆民，为忠信而不顾产子，此随前论乃大不孝也。然于国家兆民乃有大功焉，则舆论称为大贤。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第91页）
中士对于以奉事天主为大伦而弃天地君亲师之说尤为不慊于心。当时名僧袾宏曾托名钟始声著《天学初征》和《天学再征》，对《天主实义》中的论点逐条加以辩驳。他曾就此申论说：
人之生也，天覆之，地载之，日月照临之；父生之，母育之，国君统治之，鬼神昭鉴保护之。顾不知感其恩德，独推恩于漠无见闻之天主，谓之大父大君。既谓之大父大君，则必以吾父吾君为小父小君矣，岂不至无孝至无忠哉！（《天学初征》，《天主教东传文献续编》第940~941页）
这里指出孝的对象有二，一是社会生活中的君与父，二是自然界的尊长天地日月鬼神。完全没有一个超越的，无所不包并君临万物的至上神。当时另一名反对天主教的官吏陈侯光也就此辩驳，他的论说与钟始声相似：
