装上火车的文物目的地是陕西西安，接洽的地点还没有定妥，行政院和故宫议定后发电给西安行营主任蒋鼎文先生，请他帮忙接收。蒋鼎文先生仗义，文物的接洽他是一力承担了，就连文物在陕西储存所需费用，他也用所在行营的名义垫付了。这批文物最终落定在陇海线的末尾小镇宝鸡，那里地处偏僻，城内有两座庙，一座关公庙，一座城隍庙，腾出来正好做故宫文物的储存点，文物先后又运了两批，两座庙被装得满满的。
文物虽在宝鸡安了家，可庙并不是库房，悠闲的日子能过多久呢？故宫在宝鸡的负责人同行营的人员商量，决议在宝鸡附近仿照陕西人住的窑洞，开凿几个山洞，存放文物。议文很快得到了中央和故宫方面的同意。于是一边是募集工人，一边是地形勘测，所有的工作都由行营负责。几天之后四个宽敞的窑洞挖成了，行营催着把文物搬进去。故宫的负责人前去勘察，发现洞里相当潮湿。一个当地的老人看过后说：“凡是在这里挖洞不论是住人还是存储货物，一定要选好地形再挖。第一，只要横土不要顺土。第二，不可以一气呵成，要分段分层，一点点地挖，挖一块让他干一块。你们这洞挖得太快放不了东西的。”按照老人的说法，这四个洞基本存在两个风险，一个是由于是顺土，导致洞顶的土一点点掉下来，最后会形成一个深卧的坟墓；二是洞内潮湿会导致文物腐烂变质。这样鸡肋的洞负责人不敢把文物放进去，只好做一个实验，把一个装满旧报纸和杂志的木箱子放在里面。几天之后过去检查，箱子上生了一层薄薄的毛，掀开盖子，发现报纸上的字已经染成一片，杂志也厚得张不开页了。如果这样强行把文物搬进去，肯定会导致文物受损，没办法故宫和行营只好徒劳一场了。
（二）
宝鸡开凿出的若干洞窟还没发挥作用呢，国民政府行政院下达命令，文物迁往汉中。这一段没有铁路，只能用汽车运。那志良、吴玉璋还有行营的副官贾屏九先到汉中去接洽，在汉中得到了汉中区的专员张笃伦的帮助。按着张笃伦的提议把县府对面的文庙调用成文物库房，如果装不下的话，再到褒县找几个祠堂用。最后定文庙和褒县的马家祠堂、范家祠堂、太庙作为库房。本来需要三百多辆汽车才能运完，战乱的时候上哪去弄这么多的汽车？西安行营便把文物运输列入军运之中，随着军车方便运出去。从民国二十七年（1938年）3月22日，一直到民国二十七年（1938年）4月10日，前后24天总算运完了。
汉中人杰地灵，是陕西省数一数二的富庶地，文物在那里稳妥，也好彼此沾一沾仙气。可事与愿违，上面又有命令下达，文物即刻迁往四川成都。马院长也过来指示，随后赶去成都接洽。这次运送文物的目的地是成都东门的大悲寺，四川公路局和新绥公司担任运送。存在汉中文庙的文物到民国二十八年3月运送完成，之后的工作是续运褒县祠堂的文物。马院长、李济理事和那志良先生受理事会的委托要视察四川到褒县这一段路程，坐着小汽车去的，中途还可挤出闲情雅致背一背《长恨歌》。绵阳城刚过道路忽然泥泞起来，车子摇摆不定，随时有翻车的危险，真是此恨绵绵无绝期了。几位先生也觉得不安，也不去背诗了，都打起精神，可仍是不行，幸好赶上运送文物的回程卡车，一路搭乘去了褒县。人刚到褒县，马院长就接到行政院的紧急命令，重庆被日本人的飞机轰炸，限三个星期内重庆文物运抵40里外。民国二十八年5月底之前，成都文物全部运离。于是几个人披星戴月地装了三卡车文物一路赶回成都，因为事态的原因，褒县的文物运得最艰辛。
马院长回院以后安排文物的进一步迁运工作，原本文物的迁运是不能大手大脚的，可现在日本人节节进逼没办法，于是决定将成都的文物迁运到峨眉的大佛寺和武庙，限时5月底以前完成。为了运送的方便在成都和峨眉之间又选了一处中转站，中转站设在彭山县城的一个学校及一座庙内。这时故宫文物的运输路线北起汉中、褒县，南至四川峨眉，场面浩大，中间一共有六个办事处，由驻蓉办事处作为总监管，院里作为总指挥，行政院作保障。峨眉素有“天下秀”的美誉，古已驰名中外。现在七千多箱故宫文物搬运至此，景美宝重，无形中增加了峨眉的分量，文物终于有了喘息的时间。文物迁到峨眉后直至抗战胜利未曾变动过。
那志良回忆：“汉中到成都有五百多公里，全靠汽车运输。途中有五个渡口，没有桥梁，必须用木船载汽车过河。汽车上船后，用人力把木船向上游拉一段路程，再放了绳索，任其顺流而下，借水势拢到对岸。”在所有人的计算下，这一段路途不过是每车两天的时间便可以了，可是这一运竟是整整的十个月。一路上真是艰险重重，找不到车，找到了又没有汽油，进入四川之后蜀道的困难让那些自认为是老鸟的司机也会吓出尿来。于是途中频频翻车，幸而未有伤亡事故。至于沿途吃、住的困难更是不在话下，有黑米饭、馊馒头已经是盛宴。旅馆里蛇虫鼠蚁层出不穷，厕所设在露天，方便的时候很尴尬，男人们还可以，女人们却羞于此举了。好不容易抵达成都之后，重庆被炸，成都也不安全，文物再次迁往150公里外的峨眉，最后终于在峨眉安定下来，还成立了故宫博物院峨眉办事处。
（三）
故宫的南京朝天宫库房，受到日本人战火的进逼，不得已大量转移文物，前面所述是前期运出去的80铁皮箱和旱路运输情况。还有水路运输的情况需要交代。
南京朝天宫库房的文物数量庞大，除了故宫自己的文物，还有其他图书馆、博物院的文物，加上故宫南迁时帮着颐和园等处运出的文物，一共有一万多箱。水路运输的优点是，危险少，而且船的容量一般比火车的容量大，可以一次性运出大量文物，免得往复的过程中生出变数来。只是船不是我们的，要在外国人那里借，外国的船商非常看重利益，而且胆小怕事，害怕日本人打入南京后受到牵连，所以去租船他们就推三阻四的。
租用轮船的事，都是杭立武一个人包办了，而且杭先生给了船商们很多担保。先生回忆说：“第二条船装好之后，他们不叫我下船，一直到船开出一段距离之后，才用小船把我送到岸上来。”船商们害怕运送文物出现事故，所以每有开船必要杭立武随船，哪怕实在不行，也要随船一段距离才能离船。轮船运出去的文物在外形上显得整齐一些，因为船舱的舱门很小，大一点的箱子没办法搬上去，工人只拣小巧的拿。这时候南京的外防线已经近乎瓦崩，一场史无前例的大屠杀也终是要上演了。轮船前后运出去三批文物，一批是最起先的80铁皮箱，另两批分别是李光第、牛德明先生押运的。
轮船运出去的文物抵达汉口不久，南京已经沦陷，汉口也随时有被轰炸的危险。此时国民党政府迁往重庆，为确保安全，存汉口的文物不得不仓促运往宜昌，目的地四川。溯江而上的轮船在民国二十七年（1938年）3月到了宜昌。宜昌之上江水下落很多，没办法行驶大型的轮船，只能挨到夏季水涨船轻了才可以。一直到了六七月间雨量充沛，每船装着一两千箱的文物终于又开始启程了，到秋天全部运到了重庆。
故宫在重庆设立了故宫博物院总办事处，院长在这里办公。运抵重庆的文物有9369箱，多为字画。仓库要找隐蔽性好的、结实的，最终文物存放点有三处。第一处是川康洋行二楼仓库，那是当时很好的建筑。第二处是吉时洋行仓库，位于南岸王家沱。第三处在南岸狮子山的安达森洋行仓库，这个仓库是瑞典人的，不但高大而且结实。故宫在重庆共租了4个仓库，存放了近四千箱文物。不久后，日军开始空袭重庆。据安达森洋行当年的工人回忆，每当日机来轰炸时，安达森就叫工人把瑞典国旗在门口的旗杆上升起来，以求安全。其实日军未必看得见这面小小的国旗，但幸运的是，藏于安达森洋行的这批文物毫发无损。又不久，行政院急令，所有存重庆的文物必须要在5月底以前全部运离。这批文物仍要走水路，定在乐山为大本营，为的是将来战争胜利了回京方便。乐山并没有适宜的地方，只好到乡下去找，要运输方便所以库房不能距离乐山太远。欧阳道达科长负责到乡下寻找库房，在当地人的大力协助下，奋力急寻，终于不失众望，找到了七个祠堂。接到有了库房的消息后，轮船沿江一路上来，却在宜宾卡住了，这个万里长江第一城的宜宾，虽地势优越，又是文化名城，可长江至此分成两路，一路金沙江，一路岷江。这两条江都行不了大船，文物只好暂时卸下。
因为文物卸在此处，所以宜宾就成了临时的中转站。民国二十七年（1938年）5月23日文物完整地运抵宜宾。接下来从宜宾到乐山的运输由中国联运社负责。宜宾到乐山之间的水路，每年只有6、7、8月才能行船，其他月份江水枯缩得厉害无法行船。中国联运社负责这段文物的运送，但实际上运送文物的船是民生轮船公司的。每有轮船公司轮船经过却不装文物只运旅客。一直到8月中旬，文物还有数千箱没有运出。宜宾是江边重城，日本人很可能仿照着炸泸州的办法，在城内丢燃烧弹，一旦文物失了火损失不可挽回，所以必须尽快运出去。7月中旬，那志良被派往宜宾办理转运的工作，接事以后，发现中国联运社和民生公司毫不负责。于是找来双方的负责人，问明情况，虽然对于运送文物他们是举双手赞成的，只是顾忌到的是每人几元的旅费，所以怠慢了。联运社和轮船公司认为9月15日之前船能照旧行驶，如果还不稳妥，可保证在8月末把文物全数运出去。于是按照那志良的意思双方签署了一份协议书，载明了截运的期限，一式四份并通过了上级的批准，每方各执一份。
