文物则由美国邮轮蓝浦拉号代为运输，英国的军舰分段护运。民国二十五年（1936年）4月9日由伦敦乔治五世港开出，到欧洲伊比利亚半岛南端的港口时出了点小意外。这个港口叫作直布罗陀，是大西洋同地中海的交通要道，南对非洲摩洛哥的丹吉尔市，此港是文物回国的必经之路。蓝浦拉号晚间船停在港内，夜里起了风，风很大，船被吹得渐渐靠了岸，第二天清晨，发现已经搁浅了，无法开动，于是请求海军帮忙才拖到深海当中去。随船的法国记者，特为此事撰写了一篇新闻，其中把搁浅大肆地渲染成一起人为事件。报道传回国内，举国上下一片哗然，大家都很担心这批国宝的安危，直到有船上的电报来，报之一切平安，大家才算放心。
文物回国是5月的光景，17日到港，在上海卸船，下船后运到南京的考试院，准备展览。展览设在考试院的明志路，民国二十六年（1937年）6月1日开展，持续了三个星期。展后文物运回上海，入库保存。这批文物回到上海后，并没有各归其位，而是作为一批特别的文物，单独存放起来。
文物南迁到上海，是稳妥的权宜之策，早在文物南迁尚在争议当中时，国民政府就已经决定文物要存储在南京，只是苦于没有库房，恰恰是上海有合适的地方，于是只好将文物暂时迁往上海。现在南京的库房已经开始大兴土木了。民国二十二年（1933年），故宫博物院理事会提到要在南京建分院设库房的事，原则上通过。民国二十三年（1934年）4月理事会改选，旧事重提讨论在沪文物的处理办法，决定南京建库房。民国二十三年（1934年）12月，故宫第四次常务理事会，由王世杰理事提议，划南京朝天宫归故宫博物院，建朝天宫仓库。
南京朝天宫建地面积“一百三十八亩二分九厘二毫”，气势恢弘，足见当年建造者的用心。同样毋庸置疑的是南京朝天宫从没有在宫殿二字上输给北平故宫，这似乎也是划分它给博物院的初始条件了。朝天宫外表壮丽，又依山做势。民国二十四年（1935年）理事会正式决议，定内政部部长、教育部部长、理事罗家伦、理事李济，故宫博物院院长马衡为工程委员会委员，负责朝天宫库房建设。
库房的选址按照存储文物一贯的要求，从安全和环境两个方面考虑，确定了在朝天宫的明伦堂背后建，展览室则是朝天宫的崇圣殿和大成殿一带。库房是民国著名的设计师童寯的作品，钢筋混凝土建筑，琉璃构建，对称结构，一共三层，每层一个库房。库房的窗子不多，大约六七寸见方的大小，也只是最上面的一层有。库房内的温度和湿度用空调来调节，这个库房在当时是非常先进的。每层库房都要空出来一块地方，作为故宫的办公室，办公室不与库房相通。库房靠着小山建造，山里面挖了一个洞，与第一层的库房相通，贵重的文物放在里面，可防止空袭，民国二十五年（1936年）3月间库房正式开工，到8月间竣工。
文物转运南京
民国二十五年（1936年）故宫驻上海办事处，开始筹备文物运往南京的事。南京的朝天宫，拨给故宫博物院及修建文物仓库，早在民国二十四年7月就已定下来了。从民国二十二年到民国二十五年，故宫文物从一个让人睁不开眼睛的尾冬，走到风意飒飒的初秋，已经是三年的光阴，岁月荏苒如梭如魔，文物也该有个家了，不能再奔波劳苦受尽磨难了。
文物从上海迁往南京，走的不是来时的路，改坐火车。从时间上考虑船需要逆流而上费时费力。文物首先用汽车从上海库房（天主堂街库房和英租界四川路库房）运到火车站，到南京后再由汽车运到库房。南京方面的诸多问题，包括接收、运输、点查、入库等，由原北平故宫方面的人解决，上海则由上海办事处的人解决。文物于民国二十五年（1936年）12月8日正式起运，起运当日遇到了接洽车辆、工人、警卫、付印表格之类的许多麻烦事。
上海文物库房的主任是一个复姓欧阳的先生，文物刚刚起运不久他就大发脾气。文物从库房搬出来，搬运工都是上海茂泰洋行训练有素的工人，每搬出一箱就要有人记下箱子的号码，以防止错乱，可这样很慢。有个故宫学业很精的人，想出个办法来，事先准备下印完号码的单子，每搬过来一箱就找出来相应的单子在上面打个勾，这似乎很行得通，就采纳了。搬箱子的时候工人报号他们找单子，发现找单子的速度比写一张的还要慢，本来很流畅的一个过程，现在一帮工人挤在写单子人的前面，身上背着箱子发牢骚，乱哄哄的，旁边站着的工作人员说：“不行就别找号了。”画号的不敢：“那怎么行？主任知道了怎么办？”旁边的又说：“回去再给他画一份就是了。”欧阳先生得知此事后大发脾气。
一边是装箱一边是卸箱，古今中外无不认可的道理就是卸要比装的快。第一次运出的文物是包括伦敦艺展76箱在内的2962箱，里面有古物馆的2466箱，图书馆的420箱。以后又陆续运了4批，共5批。详细情况罗列如下：古物馆2631箱，图书馆1415箱，文献馆3766箱，前秘书处，5672箱，艺展退回文物7箱，法院另封箱件11箱，古物陈列所5417箱，颐和园640箱，国子监11箱，总计19650箱。其中与南迁时的箱数有出入，文献馆少了7箱。因为两起原因，一是老满文档案8箱被文献馆运回了北平，二是民国二十五年又从北平运回来一箱，所以出现7箱不符的情况。出展的文物是从各个馆中抽调的，所以并没有影响到具体的箱数。以上箱数文物中，最含糊的就是艺展退回来的，这几箱文物是当时被选中参展但是英方最终审定时没有通过的，不好放回原箱，就贴出艺展退回的字样装在一起。这样总体算下来，文物从北平出来，直到由上海迁往南京，前后在箱子的数量上共差了92箱，但事实上这些问题都是文物分装另存的原因，并没有一件丢失或者破损。故宫的工作人员一向是兢兢业业，文物在两次搬运过程中未有丝毫损坏。文物从上海搬出来，遗憾的事情也有一两桩，最为遗憾的就是天主堂街库房楼上的电铃设计在朝天宫没有了，那真是奇妙之所在，还有可类比监察员的假钟，都在故宫人的记忆中留下了深刻的印象。
故宫走上了正轨，各种事务都要以全新的面貌示人。故宫太大，宝贝太多，这么多年下来，以为该整理的整理了，该运走的运走了，其实远不止这些。自清室善后委员会开始，直到如今，故宫里的工作还是翻过一座山望着还有另一座。所以北平的故宫大本营还继续挖掘整理文物，南京朝天宫则继续做他未完的点收工作。
故宫有个北五所，就是老宫女当年埋金子的地方，分别是：敬事房、寿药房、古董房、如意房、四执房。当年古物馆计划把五所整理出来作为他们的仓库，可文物南迁之际，仅把敬事房一间打扫出来了，其他几间由于物品太多无处转移一直保持原貌。现在北平故宫要整理文物，于是想出一个办法来，仿照老百姓分家的模式，纠集了各个馆，是哪家的东西就搬到哪家去，这样用不了几年，几个所里的东西就会被整理出来。而在北平更重要的工作落在以下几方面：
一、充实图书馆，图书馆文献南迁后馆内空空如也，务必要充实起来。
二、收购文物，这也是成立故宫以来一直在做的一件事情。
三、丰富陈列室，文物南迁后陈列室几乎徒有四壁，凡可以“养眼”的东西都被搬走了。
四、文物审查，南迁以后，各种文物审查显得相当困难，现在是故宫力图发展的大好时机，审查的工作当然尤为重要。
