张东荪认为将科学的成果拿来作为构造宇宙观和人生观的依据，正是自然主义和唯物论的弊端，唯物论批评唯心论的依据也正在此。他坚持认为，近代的唯心论与古代的唯心论已经不同了。他解释说:“唯心论并不是说一切实体由心所创生，只是说一切秩序由心所构造。……须知近代哲学已将追求一个终极的实体（entity）或实质（substance）为宇宙根源或万有元素的思想抛弃完了。不在一个东西中求一个东西为其，以为这种思想大部分是错误的，非解放不可。所以唯心论的心并不是指实体或实质而言，乃仍不妨指作用（function）。”由此，他认为：“近代唯心派哲学是专从知识作用的一个小孔中穿出去得着一个柳暗花明又一村。所以和批评的自然主义以及唯物论等不相同，因为这些自命为科学的哲学，都是把科学研究所得的结果拿来构成他们的宇宙观。”但由于科学的进步是无限的，其所得出的结果也是发展的，所以，张东荪的结论是：“所以我说科学的哲学不是真正的哲学。真正的哲学即拿科学本身来批评，即从科学所由成的知识而逆探宇宙的根本。”正是从这个意义上，张东荪将唯物论比喻为“近视眼的哲学，”而将唯心论比喻为“远视眼的哲学”。也正因如此，他将坦白地将自己的哲学意见命名为“存疑的唯心论”，而认为自己的“存疑的唯心论”与丁文江所谓“存疑的唯心论”是根本不同的。“因为丁在君先生根据皮耳生，而皮耳生的主张只是依潘莱的批评，名为生理的相对主义，而不是真正的存疑的唯心论，所以丁在君先生亦只是一个生理的相对主义者。”
科学与玄学论战，张东荪初步阐发了自己的哲学见解，特别注重讨论科学与哲学的关系。通过对科学与哲学关系的论述，张东荪划定了科学与哲学各自的范围，阐明了两者不同的性质，旨在说明科学与哲学有着不同的性质和研究范围，科学再发达，也不可能代替和包办哲学，哲学应有其生存和发展的一席之地。不仅如此，他认为科学是有其价值的:“不但不因唯心而诋毁科学，却反而因为唯心乃认科学本身即是一个大理想的实现，且是一个最有价值的精神活动。科学不是描写外界的实在，乃是本于知识所固有的创造性，来改造世界。”这个结论正确与否还可以再讨论，但张东荪依此努力协调科学与哲学的关系，划定了两者的地位，为在科学主义弥漫的时代，为哲学的生存和发展作了有力的论证，其意义是巨大的。从某种意义上说，这场科学与玄学的论战，实际上是要在中国思想文化界摆正科学与哲学关系和地位的争论，张东荪所以参战，并在激烈的论战中不断发表自己的见解，着力论证科学与哲学的关系，固然是他这个当时有“哲学癖”者要“打抱不平”，而实际上也有为中国近现代哲学的生存和发展争取合法地位的意思。如果将张东荪此次参加论战的动机与30年代挑起唯物辩证法论战的动机作一比较，更可看出许多相似之处。如果说科学与玄学论战是中国近代资产阶级学术思想内部的争论，主旨是要从科学主义的潮流中争得“纯粹哲学”的地位，那么，30年代，当马克思主义哲学闯入哲学领域，并对以往的“纯粹的哲学”进行空前规模批判时，中国现代哲学也同样面临着生存和发展问题，对西方哲学十分推崇的张东荪，再次“挺身而出”，起而非难和攻击，维护所谓“纯粹的哲学”，也就再自然不过了。
从认识论入手，尝试建立“新哲学”
中国现代哲学，是在大规模介绍与吸收西方哲学的基础上逐步建立和发展起来的。其最明显的特征就是：一面大规模介绍，一面消化吸收，尝试建立中国新的哲学体系。所以，西方哲学的介绍与中国新哲学体系的建立，是同步的。这个特点，在张东荪的身上体现的较为明显。
张东荪的哲学思想是在介绍西方哲学基础上，综合西方各派哲学形成的。其哲学研究大致分三个阶段：（一）1929年前，他广泛涉猎西方哲学，对古希腊哲学到欧美近现代资产阶级哲学流派进行广泛介绍，通过参加“科玄论战”，对一些哲学问题潜心研究，初步建构了其“新哲学”体系；（二）1929~1937年，他一面完善、修改其哲学体系的核心——认识论，提出“多元认识论”，一面继续介绍西方哲学，重点是介绍西方的道德论和价值论，拓宽哲学研究领域，撰著《道德哲学》、《现代伦理学》、《价值哲学》，形成了较系统的道德哲学体系；（三）1937年后，他侧重于以知识社会学为出发点讨论知识与文化问题，著述《知识与文化》、《思想与社会》及《理性与民主》，建立了独立的知识论体系。
张东荪建构的哲学体系，有两个明显的特点。首先，从思想内容上看，具有鲜明的综合折中性。它是综合西方哲学特别是近代资产阶级哲学的产物。张东荪曾广泛研读过西方哲学，“于西洋哲学之各家学说，几无不窥，”“他不曾到过欧美，然而他读的西洋典籍，据我所知，都比任何一个留学生都多。”郭湛波当时曾指出：“张先生治学，综合各派，不主一家，如柏拉图、亚理斯多德、中古之唯名论与唯实论，近古之经验论与理性论，现代之新实在论及创化论……无不兼收并包”。张东荪也曾宣称：“我的思想来源总括言之是怀特海一流的实在论，与康德的先验哲学，以及路易斯与席勒一流的唯用主义。”其次，从结构上看，张东荪一反那种从本体论或宇宙观出发建立哲学体系的传统，沿着康德的方向以认识论为哲学体系的起点。他于1929年出版的《新哲学论丛》的第一篇论文《一个雏形的哲学》，就是按照这一逻辑思路建构的。以认识论为哲学体系的起点和核心，由认识论引出了“架构”论和“层创进化”论的宇宙观，又由此宇宙观引出“主智的、创造的”人生观，构成了张东荪哲学体系的基本框架。
可见，张东荪的哲学体系是以综合折中西方哲学特别是康德主义、层创进化论、柏格森主义和实用主义等哲学为基本内容，以认识论为重点，先认识论再宇宙观后人生观为结构形式的理论体系。
张东荪早年留学日本时，专攻哲学，因此有着较深厚的哲学功底和哲学素养，受到过较好的哲学思维的训练。民国建立后，他的主要兴趣和精力在政治方面，但并没有停止对哲学问题的思考和对世界哲学思想发展的关注。1917年，他将重心转移到文化领域后，立即便翻译了柏格森的《创化论》，并在《时事新报》上连载，接着又翻译了《物质与记忆》，1922年由尚志学会出版。即使在五四新文化运动中，甚至社会主义论战正激烈时，他也花费较大精力从事哲学研究。1921年发表了《论精神分析》（《民铎》2卷5期）和《柏格森哲学与罗素的批评——个批评的研究》，批评罗素对柏格森的批评，进一步介绍非理性主义思潮；1922年，他在《东方杂志》上发表《新实在论的论理主义》，次年又发表《新实在论的研究》，对当时英美哲学界的主潮新实在论进行介绍；1923年，他发表了《批导的实在论》、《相对论的哲学和新论理主义》、《唯用论在现代哲学上的真正地位》等文，对现代西方哲学新论进行较深入的介绍。在科学与人生观论战前夕，张东荪已经对介绍和研究西方哲学产生了浓厚的兴趣，并且开始有所心得。1923年1月，他在《东方杂志》上发表《这是甲》，4月在《教育杂志》上发表姊妹篇《知识之性质》。张东荪开始在博采西方各派哲学之长的基础上，以唯用论为基础，对认识论问题进行研究，提出了自己的哲学“愚见”：“理想与生活是合一的；认识与价值是合一的。”他将此见解称为“唯用的合理论”。
值得注意的是，在此文中，张东荪公开揭示了自己对于哲学的态度，即所谓“纯粹哲学的态度”：“即是主张应该有一个纯粹哲学。”所谓纯粹哲学，就是研究哲学有两个条件，一是绝对不杂有丝毫的宗教动机与伦理动机；二是不把哲学完全降服于科学。他申明：科学与哲学在性质上是不同的，“哲学不是科学的总合”，“不是拿科学聚积拼合即可以成立的。所以哲学的材料即是科学，但哲学总体却不是科学的总合。”他在哲学方面的努力方向，就是力图建立这样的“纯粹哲学”。他说：“即我们应当不杂宗教的与伦理的臭味又不专依靠科学以努力建立一个纯粹哲学。”这便是张东荪参加“科学与玄学”论战、并着力说明科学与哲学性质的原因所在。
参加科学与玄学论战，加浓了张东荪的哲学兴趣。此后不久，他便辞去了《时事新报》主笔，先后任中国公学、国立政治大学和光华大学哲学教授，倾其主要精力从事西方哲学的输入和对哲学问题的研究工作。1924年后，他先后在《东方杂志》上发表《康德杂谈》、《科学与哲学》、《出世思想与西洋哲学》、《初学哲学之一参考》、《由自利的我到自制的我》、《兽性问题》、《名相与条理棗唯理派思想之来历及其分析》、《新创化论》等很有影响的、介绍西方哲学的文章，除了对柏格森的唯意志论、英美的唯用论、相对论的哲学、新实在论、批导的实在论等进行介绍外，还对康德哲学、穆耿的新创化论，以及西方的理性主义思潮进行介绍和分析。
1927年后，张东荪有见于“报纸完全变为他人的喉舌不能说自己的话了”，乃彻底脱离报界而转入哲学领域。1927年4月，张东荪与瞿菊农在北京创办中国第一个哲学研究的专业刊物——《哲学评论》，为中国哲学界进行哲学研究提供了必要的研究和争鸣的园地，极大地推动了中国现代哲学研究的开展和深入。他先后在该刊上发表了《因果律与数理》、《全体主义与进化》（译文）、《休谟哲学与近代思潮》、《快乐论：其历史及其分析》、《严肃主义：其历史及其批评》、《将来之哲学》等有分量的论文，为介绍西方哲学作出了巨大贡献。对此，贺麟在《当代中国哲学》中对他作了很高的评价：“他以上海时事新报的名主笔，转而研究哲学。他首先译出柏格森的《创化论》和《物质与记忆》二巨著。后来又译了《柏拉图五大对话》。他又根据阅读数十种西洋伦理学名著的结果，著成了一厚册道德哲学，这书内容相当充实，其性质有似关于西洋伦理思想的读书报告。此外他还撰了不少的论文，介绍西洋现代哲学。对于实用主义，新实在论，批评的实在论，层创论，新唯心论等等，他都以清楚流利的文字各有所介绍。他搜集起来，成为一巨册，叫做《新哲学论丛》。中间有一篇讲述柏拉图的‘理性’的文字，表示他对于柏拉图以及新实在论的共相说，研究的结晶，而且也能见出他的批评与融会能力。那或许要算是民国十八民前后，谈西洋哲学最有价值的一篇文字。”郭湛波也说：“中国近五十年思想史之第二阶段，一方是中国旧思想之破坏，一方是西洋哲学思想之输入；输入西洋哲学，方面最广，影响最大，那就算张东荪先生了。”这些评价是比较公允的。
1928年4月，张东荪在《东方杂志》上发表《宇宙观与人生观——我所献议的一种》。对于写作此文的目的，他解释说：“我久想作一篇人生观，藉人生问题说明我所见的宇宙；而无奈我自知学识还是不够，所以迟迟未敢下笔。今天姑放胆来说，却有二因：第一，是因为近来西洋哲学上新起了一派，名曰层创的进化论（emergent volution），其说颇给我不少助力。第二，是因为我要藉此来整理我自己的思想。”这篇文章是张东荪多年对哲学问题思索和研究的结晶，也是他在介绍和领会西方哲学基础上建构新哲学体系的初步尝试，基本上形成了所谓“新哲学”体系的雏形。1929年8月，张东荪集其十余年对于西方哲学介绍和研究过程中所著的论文而编成《新哲学论丛》，由商务印书馆出版。张东荪在该书的《自序》上介绍说：“近十余年间更不断地翻阅哲学新著。每有所阅，辄取其要点述成一篇。积而久之，居然亦有好多篇。”张东荪将其加以拼合与删改，汇编为13篇，其中第一篇《一个雏形的哲学》，由前作《这是甲》、《知识之本质》和《宇宙观与人生观》改编而成，“此三种曾大加删正，决非原文旧观”，集中概述了张东荪的“新哲学”体系的内容。“本书总算是著者近数年来的成绩”，是张东荪融合西方各家哲学，尤其是新康德主义、新实在论、新创化论、柏格森主义等派学说，自成一种包括宇宙观、认识论和人生观的“新哲学”体系。
从1928年起，张东荪先后为上海世界书局出版的“ABC丛书”写了《人生观ABC》（1929年1月出版）、《哲学ABC》（1929年初出版）、《精神分析ABC》（1929年5月出版）和《西洋哲学ABC》四书。《人生观ABC》主要以层创进化论的宇宙观为根据评论各种人生观，阐述自己对人生问题的看法，对《新哲学论丛》中所提出的“主智”的人生观作了进一步发挥；《哲学ABC》的前三章主要对哲学作一般的介绍和阐述，最后一部分进一步阐明了自己在《新哲学论丛》中提出的“架构论”和“层创进化”的宇宙观。
张东荪的宇宙论主要包括两层内容:一是说明宇宙没有本质、没有实体，而只是由各种关系组成的层层套合的总架构（即“架构主义”）；二是说明宇宙作为这样一个架构又由简到繁，而复杂至某种程度便因缔结的样式不同而突然创生新种类，从而从物进到生命再进到心灵，如此逐层进化，即所谓“层创进化”（即“层创进化”论）。张东荪这种宇宙观，主要是“采取Morgan lexander一流之突创的泛架构论”。摩根(即张东荪译为穆耿)和亚历山大(张东荪译为亚里桑逗)，在哲学上都主张一种被张东荪称为“新进化论”或“层创进化论”的宇宙观，即认为宇宙的发展是一个逐层突创出新种类的过程，而新种类的出现又只是由于关系或结构的变化。张东荪继承并修正了摩根、亚历山大的层创进化论而形成自己的架构论与层创进化论的宇宙观。张东荪的宇宙观主要内容为：
第一，宇宙只是空架的结构。张东荪认为，包罗万象的整个宇宙从无机物到生物、心理现象、无一具有实质，都只是由种种关系组成的空架的结构，整个宇宙在总体上是“无数结构的总称”，“只是空架的结构。”“我们的这个宇宙乃是无数架构互相套合互相交织而成的一个总架构”。
