而在织田信长的家臣太田牛一的著作《信长公记》中，对这一事件有着详细的记载：明智光秀团团包围本能寺，听到异动的信长派近侍森兰丸前去打探，结果得知“好像是惟任日向守（明智光秀）大人发动了反叛”。信长远望敌军打出水色桔梗家纹的旗帜，叹道：“也是没有办法的了（是非に及ばず）。”便唤侍从取弓出外迎敌，然而敌军人多势众，信长也在乱军中负伤，侍卫忙唤信长逃脱。信长见此说道：“此地内外皆为敌兵所占，我等逃脱定然不成！”最后回到寺内，唤侍卫取鼓，人生最后绝唱：“人生五十年，与天地相较，宛如梦幻，一度得生者，岂有不灭乎？”（人间五十年下天のうちをくらぶれば梦幻の如くなり一度生を得て灭せぬ者のあるべきか。）唱罢命森兰丸在寺中放火，自杀身死。而大火又因本能寺储存的大量火药更进一步助长了火势，随后本能寺彻底焚毁，信长的尸体也随之下落不明。
接到明智谋反的消息，身旁也只有数百人的织田信忠认为“谋这等大逆的贼党，必已把守了各个重要路口，一旦途中遭遇就不妙了，还是不要作徒劳的移动”，遂否决了近臣逃到安土城兴兵讨伐明智光秀的建议，匆忙逃离妙觉寺，和当时京都的行政长官村井贞胜一起逃到诚仁亲王居住的二条御所，明智光秀在诚仁亲王离开二条御所后便开始发起进攻，奋战了两个多小时后的信忠和五弟织田胜长最后因寡不敌众而被迫自杀。信忠当年26岁。
谜团重重的本能寺之变
为什么明智光秀会背叛织田信长，发动本能寺之变？关于明智光秀起兵的动机，存在着多种猜测。例如江户时期以来一直到昭和时期的小说所广泛采用的光秀怨恨说，德川家康因嫡男与其妻筑山殿被杀而策动明智光秀谋反的家康黑幕说，长宗我部元亲通过妻兄斋藤利三怂恿明智光秀叛变的长宗我部黑幕说等。而在近年通过考证与研究，本能寺之变的原因，不是任何一方单方面的计划，而是一个多层面策划的结果。
1582年4月25日，信长在灭亡武田家之后，朝廷派遣劝修寺晴丰与织田家京都奉行村井贞胜提出希望织田信长从太政大臣、关白和征夷大将军中选择担任其中一个职位的想法，并请村井为信长转达，让朝廷可以做好准备。1582年5月4日，劝修寺晴丰向信长表达天皇希望信长接任征夷大将军一职，开设幕府。而已知此事的信长却刻意避而不见，并派森兰丸前去表达保留此事的态度。这史称“三职推任事件”。
而之前信长在1578年辞去右大臣事件、天正改元事件、正亲町天皇让位事件等双方的政治冲突，再加上信长火烧比睿山、屠杀伊贺忍者等一系列对天皇朝廷的旁敲侧击的激化下，朝廷认为拒绝开设幕府的信长完全有可能以他的“异”来推翻原有的天皇制度。这是天皇朝廷绝对不能容忍的，因而联合支持并忠于天皇朝廷的明智光秀和其他憎恨信长的势力一同发动了本能寺之变。而在此之中，怎能没有对信长恨之入骨的伊贺忍者？……
光秀、朝廷、市、伊贺联手
信长因为他的“另类”，在本能寺之变前，发动了无数次针对朝廷的压制与对异己的抹杀。特别是火烧比睿山和“天正伊贺之乱”，除了得罪了天皇朝廷之外，彻底地得罪了为数众多的渡来人。之前曾经不止一次地提到过，忍者从身怀绝技的渡来人到称霸一方的家族式豪强一族的历史演变。而除去一部分演变成忍者的身怀绝艺的渡来人之外，很大一部分渡来人以身怀各种技术游民的形态分布到了日本全国。其中又有一部分人逐渐发迹，成为了武将官僚，甚至大名。日本传统对于天皇朝廷的膜拜，再加上渡来人对于信长的恨，本能寺之变就在这种多层面的影响下，应运而生了。
明智光秀的前半生一直是个谜。有的说他是若狭小浜的锻刀师冬广的次子，有的说他最早住在美浓明智，叫御门重兵卫。其实，他的出身就有可能是渡来人，而且不是美浓的名族土岐氏一族，完全就是美浓明智人。
概括地说，光秀极可能出自渡来人之中的秦氏。据说本能寺之变后，光秀一族的明智左马介光春等人投靠长宗我部元亲，逃到土佐。而且，继承光秀妹妹血脉的春日局也曾在土佐待过一段时间。长宗我部元亲的先祖是信浓的秦能俊，平安末期来到土佐的长冈郡宗部乡，从地名得姓长宗我部。
但是，如果把光秀是秦氏一族这件事公诸于众的话，有人就感到麻烦了，恐怕就是本能寺之变的幕后主谋或是同犯。因为他和光秀的连接点就在于他们同是秦氏一族。因此光秀的前半生被刻意抹杀，相反，后半生从出仕足利义昭到本能寺之变，再到山崎合战之间的经历被大肆宣扬。
不管怎么样，在本能寺事变之前，明智光秀与朝廷、特别是吉田兼见有过频繁会面，这是事实。
而信长在出征中国前，受朝廷、公家之邀，带着少数随从进京，住在本能寺。
光秀得知此事，突袭本能寺。
如果信长一直待在安土城，从一开始就不会有这次暗杀计划。一切都始于将信长引到京都。如果信长拒绝进京，那光秀的13000大军离开丹波龟山城后，就将沿西国街道一路向备中高松城挺进。
信长的上京，是在极密中进行的。所以信长才会掉以轻心，连一个探子也不派，没有发现光秀军改变方向这种难以置信的事。
信长的放松警卫，进京住在本能寺，正好达到了目的。暗杀的日期已定，一切筹划都是高度机密。就连把信长引诱到京都的近卫前久，从他事后的行动看来，他并不知道暗杀计划。以至于前久得知本能寺之变大吃一惊，才恍然大悟自己被利用了，于是削发为僧，号龙山，14日出逃躲到嵯峨。风传他因信长暴毙受到刺激，也有人说在山崎合战后他被秀吉、织田信孝怀疑，为逃避处刑，后来逃往远江浜松，寻求家康的庇护。
朝廷秘密实施暗杀计划的首脑恐怕是吉田兼见。他是吉田神社的神主，和光秀很亲密，时刻向光秀传递信长的情报。当朝廷确知信长离开安土前往京都，就把暗杀定在6月2日凌晨。在京都——安土、京都——龟山间递送情报的，大概就是经过“天正伊贺之乱”，对织田信长恨之入骨的伊贺忍者！同时，与朝廷、朝臣们交好的堺市会合众的富商兼茶人今井宗久、津田宗及，以及和他们有关的连歌师里村绍巴、里村昌叱等人也开始行动，明里暗里协助明智光秀。
有着与光秀共谋嫌疑的渡来人——丰臣秀吉忍者出身
如果本能寺之变的幕后主使是朝廷和公卿，那在武将里有没有光秀的同谋呢？
最大的嫌疑犯应该是丰臣秀吉。而丰臣秀吉本身，就是渡来人出身。秀吉被大多数人排除在疑犯名单外的最大根据是他有坚不可摧的不在场证明——本能寺之变发生时，秀吉正在备中高松。但是，不在现场并不意味着他在整个暗杀阴谋中是清白的。首先令人怀疑的是，秀吉采取的迅捷行动，给人感觉似乎他预先知道事件的原委。
对于丰臣秀吉，人们普遍最熟悉的，正是他是农民的儿子。据说他是尾张国爱知郡中村农民的儿子。父亲弥右卫门以前在信长之父织田信秀手下任铁炮足轻，作战中留下了伤，后来身体残疾，解甲归田，死于天文十二年。
天文十二年正是铁炮传到种子岛那年，如果说在那之前弥右卫门就当过铁炮足轻，年代上有出入。据说在铁炮传来前，有一种叫石火矢的原始铁炮。石火矢是一种筒状火器，传入日本的时间不明，但室町时代已应用于实战中。实际上，葡萄牙船把铁炮带到种子岛之后一年，日本就成功研制出了铁炮；两三年后铁炮制造技术普及到了全国。这足以证明当时的锻造技术高超，有足够的基础。而这些锻造技术，自然源自于忍者的源头——渡来人。
信长很重视铁炮，例如人们熟悉的长筱合战。天正三年，信长组建了日本最早的铁炮队，这背后不免有他父亲的影响。信秀时代极可能拥有使用石火矢的部队。
另外，传说弥右卫门是因幡的忍者。我们知道，战国时代，武将雇用很多忍者伪装成山民，搜集情报、搞偷袭战，在后方制造混乱，弥右卫门说不定也是其中一人。
或许有了弥右卫门的关系，秀吉手下聚集了很多伪装为山民的忍者。“中国大返し”秀吉之所以能取得奇迹般的成功，与秀吉部队的主力有一大部分是山民军团是分不开的。
为什么说丰臣秀吉有嫌疑呢？
还是因为秀吉的渡来人出身。之前已经提到，信长闯入比睿山日吉大社，把号称一百零八社的天台护法社全烧了。比睿山日吉山王社是全国日吉神社的总本社，祭祀大山咋神。古时，比睿山周遭居住了许多秦氏族人，很可能也参与了创建。
日吉大社的中心是西本宫，请的是大和国大三轮的大己贵神，与山岳崇拜深有渊源。猴子被认为是神的使者，秀吉幼名日吉丸，外号猴子，和日吉大社的关系非同寻常。
而且秀吉后来确实于天正十四年（1586年）修建了西本宫正殿。天正十四年是秀吉当上关白，设五奉行的第二年。这一年初和家康签订了和议，正是称霸天下的时候，就首先着手修建日吉大社本宫。
信长烧毁日吉大社，被安上“佛敌”的头衔后，信奉山岳信仰的渡来人中工匠与忍者们是不是暗中向秀吉进言谋杀信长呢？在信长手下步步高升的秀吉，同时也肩负着这些渡来人乡亲的嘱托。
所以，虽然秀吉深受信长宠信，但和家康一样，也不能排除在嫌疑犯之外。
影响战国进程的忍者
“中国大返し”——这一堪称奇迹的大撤兵直接导致秀吉最后夺取天下。在他成功的背后，离不开毛利氏的外交僧安国寺惠琼。
惠琼曾预言信长将来会“爬得高，跌得重”。他是安艺国银山城主武田氏的遗族，武田氏灭亡后四处流浪，最后入了临济宗东福寺。后来，博学善辩的惠琼回到安艺安国寺。秀吉水攻高松城时获知本能寺事变，欲和毛利军谈和，惠琼作为使者从中斡旋。
惠琼为何进了与妙心寺派关系深厚的东福寺，这不得而知。当时的僧侣不仅给战国大名传递情报，还在对立的大名之间充当中介。惠琼所在的东福寺属于临济宗，明智光秀缘出妙心寺派，亦属临济宗，两人之间很可能有密切关系。而且，天正元年（1573年），毛利辉元为足利义昭和信长调停时，惠琼也为之奔走，会见了信长的使者秀吉、朝山日乘，所以和秀吉是老相识。
惠琼、光秀、秀吉——这三人在暗中有一条通道连接。另外，也许是偶然吧，惠琼和光秀、秀吉一样，前半生都在各地流浪，充满了谜团。“中国大返し”时，惠琼代表毛利方出席，迅速推进和谈。秀吉也因此得以放心地大撤军，所以“中国大返し”有一半“功劳”要归功于惠琼。3年后征讨四国时，惠琼和秀吉益发交好，在伊予获得23000石的领地，此后又增至6万石，不仅为毛利氏，也为秀吉开展外交。
关原合战时，惠琼参加了西军。西军落败后逃亡，在京都六条附近被捕，和石田三成、小西行长等人一起被斩首。惠琼在本能寺事变后作为秀吉的手下开始发达，但在他前半生各地流浪的过程中，可能也和光秀、秀吉一样，被纳入了某个组织。
通过惠琼的奔走，和谈成立后，秀吉立刻像早已准备好似的果敢大撤兵，然后向尼崎进发。此时，光秀军不知为何，也来到了尼崎。这段情形，在秀吉写给堺市代官松井友闲的书信中这样表达：“明智出兵来此，正是天赐良机，我欲与众人共讨之。夜半已至兵库（神户市）。”
光秀为什么要出兵尼崎呢？其原委是这样的：有一个神秘人物施药院某8日从姬路出发，10日晚到淀市，给光秀带来了秀吉七日回到姬路，正计划发动战争，替信长报仇的消息。光秀得到这个情报，明白眼前的首要敌人是秀吉，一心一意考虑迎击秀吉的对策。
这个施药院某究竟是什么人物尚不详，不过他的作用是谍报员。正是他的情报，使光秀军和秀吉军在山崎打了起来。
在秀吉看来，这个施药院某把光秀军引到山崎，实在是天赐良机。如果不是在号称为信长报仇的山崎合战中获胜，秀吉绝不可能爬上信长第一后继人的位置。
难道施药院某是秀吉派出的忍者吗？答案是肯定的。丰臣秀吉，本身就是善于使用忍者的大名。这一点从诸多的忍者文学就能看出端倪。秀吉的甲贺与家康的伊贺，始终都是永恒的话题。正是这个谜一般的施药院某，让光秀听信了他的情报，把部队调到了尼崎。而随后，就和所有忍者任务完成后一样，此人消失得无影无踪，最终也是下落不明。
谜一般的施药院某，就在这不经意之间，改变了本能寺之变后的势力状况。而除了施药院某之外，还有一位改变未来战国历史进程的忍者，那就是德川家的名忍——服部半藏正成。正是他策划并协助德川家康度过了“平生第一艰难之事”——伊贺越。
伊贺越——德川家康的第一艰难，忍者军团的经典任务
本能寺之变发生时，离信长距离最近的正是德川家康。
我们先来看看事件发生前家康的行动。
5月15日，家康和穴山梅雪一起前往安土。穴山梅雪是武田信玄的外甥，也是胜赖的妹夫。信长、家康联军展开甲斐攻略时，梅雪偷偷救出了充当人质的妻儿，与家康勾结，背叛武田家。他是灭武田的幕后功臣，家康带着他去安土城，也是论功行赏。
家康和梅雪，5月19日在安土的总见寺观赏了梅若大夫的能剧，21日在信长的推荐下进京游览。而后，29日去堺市，接受了松井友闲的款待。正在这一天，信长进京，投宿于本能寺。
6月1日，家康在界市分别接受了今井宗久、津田宗及、松井友闲的奉茶，当晚住在堺市的地方官友闲家。
6月2日，本能寺之变发生当天的一早，家康匆匆离开了堺市。本愿寺显如的右笔文书宇野主水，在天正八年三月显如撤离石山本愿寺后，和他同行，移居纪伊的鹭森。而这个宇野主水，对家康在界市的行动非常熟悉，并将这一信息详细记录在他的《鹭森日记》中。
日记上记录有，家康来到堺市后，显如立刻赠送酒肴3种共5担。显如，上面已经提到，这个率领本愿寺教众与信长对抗11年的人物，他接受撤离大阪这一条件，和信长讲和后，住在离杂贺不远的纪州鹭森。他为什么要接近家康呢？
而且，宇野主水为何要如此详细记述家康在堺市的行动，这也很耐人寻味。根据日记，6月2日事变当天早上家康的行动是这样的：
“二日晨，德川殿上洛。知悉主上二十九日由安土上京，故火急上洛。”
就是说，家康21早得知本能寺事变，匆忙上京，要面见信长。这可以解释为信长的同盟者家康担心他的安危。不过，这是否是家康惺惺作态呢？
然而，家康并没有去京都，他去京都的路上得知了信长的死讯。家康在获知事件后，立即回到冈崎改道伊贺，并打算越过伊贺乘船渡海，由最短距离回三河，史称“伊贺越”。
