军队入城首要任务就是安民，尚让沿途一直在作宣传工作，告诉大家，黄巢军队是为百姓着想的，目的是推翻腐败的唐王朝。黄巢大军从春明门进入长安，但他没有进入长安宫殿居住，而是暂时居住在田令孜的府邸。并且大开施舍之门，见到穷苦的长安百姓，就给予资助。但是好景不长，农民军没有禁住长安繁华的诱惑，纷纷走上街头，开始祸害百姓。黄巢军队洗劫了这个当时世界上最富裕的城市，东市、西市这样的繁华集市自然是抢劫的首选，这些人不仅抢，抢完之后还把市场付之一炬。农民还把这种行径命名为“淘物”。不仅如此，长安的百姓也遭受了地狱般的虐待，杀人满街，家家流血如泉沸，农民军尤其痛恨唐朝官吏和皇室宗亲，凡是被捉住的，都被当场杀死。
黄巢也不能完全控制自己的部下，没有制止这些浩劫般的行为。这样一来，黄巢的军队与盗贼也没什么区别了，与民秋毫无犯的旗号看来是打不下去了。
“名不正，则言不顺”，黄巢急于为自己正名，这样也好号令臣下，掩盖过失。880年十二月十二日，黄巢入主太清宫，次日，于含元殿，即大明宫正殿，即皇帝位。历史记载当时的情形是，黄巢“求衮冕不得，绘弋绨为之；无金石乐，击大鼓数百，列长剑大刀为卫。”衮冕其实是衮衣和冕，是古代皇帝的礼服和帽子，一般是皇帝在朝廷重大典礼时或者是朝会时穿着的“制服”，而“弋绨”则是一种粗厚光滑的丝织品制成的衣服，当然与皇帝的制服相差很多了。
而且黄巢当时即位没有乐队，只好“击战鼓数百以代金石之乐”。黄巢的即位大典可以说是因陋就简，连即位礼仪所需要的龙袍龙冠都没来得及准备，可见黄巢多么着急称帝了！黄巢即位，大赦天下，国号大齐，改元金统。
黄巢也建立了一套属于自己的政权体系。封其妻曹氏为皇后；尚让为太尉、中书令，赵璋为侍中，崔、杨希古并同平章事，这四人都居宰相之职；郑汉璋御史中丞，李俦、黄谔、尚儒为尚书，方特谏议大夫，皮日休、沈云翔、裴渥翰林学士，孟楷、盖洪尚书左右仆射兼军容使，费传古枢密使，张直方检校左仆射，马祥右散骑常侍，王京兆尹，许建、米实、刘瑭、朱温、张全、彭攒、李逵等为诸将军游弈使。
在大齐政权机构中，除了崔外，其他都是旧农民军将领。崔原来是唐前浙东观察使，曾为黄巢求天平节度使一职。后被唐廷免职，留在长安，结果被农民军抓住。黄巢本来想让唐朝的旧宰相们出任大齐宰相，因为那些旧宰相们德高望重，而且都是当时的名士，这样黄巢会更有面子，从而赚取人心。结果，旧宰相逃的逃，藏的藏，剩下的只有这个崔。黄巢无奈，只好临时逼迫崔为相。
黄巢下令，原来唐朝的官吏只要到赵璋那里报名的，就可官复原职。但是来报名的一个都没有，黄巢大怒，下令搜查长安城。军兵闻风而动，真是“满城尽带黄金甲”，黄巢的军队穿宅过院，翻箱倒柜，甚至顺手牵羊，劫掠百姓。那些被抓到的唐朝高官一律处以极刑。全城弥漫着恐怖的肃杀气氛。黄巢靠强力夺取长安等地，也想着靠强力建立一个王朝，大齐政权就这样诞生了，有了皇帝、皇后，有了文臣武将，虽然是东拼西凑来的班底，没有达到黄巢想象的那样，但基本上也是一个比较像样的政权了。
农民军自878年三月渡江南下，至880年十二月打下长安建立大齐政权，一共经历了两年零十个月，在这将近三年的时间里，黄巢率部东征西讨，历尽艰险来到长安，在长安的这段时期也是农民军发展极盛的时期，但是长安城在黄巢军的占领下日显凋敝，生机不再。有一句俗语：“黄巢杀人八百万——劫数难逃”。如此残暴的统治，怎么能长久维持呢。
长安城再次陷落中和元年（881年）正月，僖宗到达成都后，建立流亡政府。这是唐朝历史上第三次皇驾远迁了，也是最长的一次，但是，在蜀地建立流亡政府也并非一劳永逸之举。由于田令孜擅权，赏罚不公，唐军内部又出现矛盾，田令孜将宝贵的金帛全部赏给随驾的神策军，根本没有照顾蜀地将士的情绪，结果四川地方军队所得极少，西川黄头军军使郭琪看此情形，立刻质问田令孜。
田令孜暗中假借皇帝名义赐郭琪毒酒。郭琪立刻率领部队发动叛乱。
此时的僖宗皇帝只知道与宦官们闭门自保，哪里还考虑外臣的死活。当时，不少朝廷官员逃离长安后纷纷来蜀地投奔僖宗，但得知此事都纷纷扼腕，走的走，逃的逃。僖宗也到了众叛亲离的地步。随后，单单是蜀地境内，就有阡能叛乱、黔州叛乱等等数次叛乱。虽然这些叛乱都先后被剿灭，但是朝廷的力量也在剿灭叛乱的过程中，越来越弱。
僖宗的日子也是越来越难，成都不比长安，虽然以前也作过帝都，但比长安城可是逊色许多。僖宗日思夜想回长安，好像在长安才有做皇帝的感觉。
但是现在长安有了新主人，想回去谈何容易。僖宗二月就任命凤翔节度使郑畋为宰相兼京城四面诸军行营都统。
郑畋是坚决与农民军为敌的死硬派，僖宗从长安出逃后，关中各地还有唐军数万人，只是没有形成一股集中的势力，于是郑畋派人到处联络，目的是想把这些军队有效地组织起来，对抗黄巢，因为当时僖宗皇帝手里基本上没有什么军队了，他现在只能依靠地方势力，甚至是藩镇势力，“于是诏泾原节度使程宗楚为诸军行营副都统，前朔方节度使唐弘夫为行营司马”，共同讨伐黄巢。
应该承认，地方节度使的力量是非常巨大的，他们在藩镇经营多年，兵强马壮，只要能够调动起来，力量十倍于黄巢。当时唐僖宗李儇逃入成都，消息比较闭塞，各个藩镇以为朝廷已经没什么希望了，收到郑畋檄文后，争相发兵关中地区，都想到时候捞它一把。是年三月，长安城四面诸军行营都统郑畋打败尚让所率农民军，“乘胜入京师”。中和元年四月，唐各路大军逼近长安，黄巢率领大齐主力部队采取诱官兵入城的战术，主动放弃长安，伺机反扑。数十万农民军就此退出了长安，散布在灞上和南郊山野，长安成了一座空城。
面对黄巢的“空城计”，那些唐军是根本不怕的。唐行营副都统程宗楚率部先自延秋门进入长安，唐弘夫紧随其后进入，跟着王处存率五千兵马深夜入城。唐军来到长安后，长安百姓应该说是非常高兴的，史书记载“坊市民喜，争欢呼出迎官军，或以瓦砾击贼，或拾箭以供官军”，可见黄巢在长安的人缘有多糟糕了。程宗楚等人恐怕其他将领抢了他的功劳，私自传令其所部将士闯入府第民舍，大肆抢掠金银凌辱妇女，“竞掠货财子女，市少年亦冒作，肆为剽”。他们怕抢乱了伤到自己人，就下令唐军士头系白色头巾作为标志，但长安城里的那些市井流氓也学着戴起了白头巾，混同官军趁火打劫，长安城里火光冲天，哭嚎遍地，一片混乱。
黄巢此时在长安城东灞上扎营，得知官军乱作一团，且互相联系中断，当机决定引兵反攻长安城。大齐主力部队分头从长安各个城门冲入城中，又一场惨烈的战斗开始了。唐军此时正在忙着因哄抢东西而争吵，哪里会想到黄巢军队从天而降！这回可是让黄巢打了个正着，唐军猝不及防，又没有战斗队形，身上还背着抢来的财物，重负难行，武器都不知道扔在哪里了，以至于“死者十之八九”，程宗楚、唐弘夫先后被农民军杀死，王处存收集残兵败将，狼狈逃窜。长安城头重新立起大齐的旗帜。城外的各路唐军，遭此挫败，溃不成军。这次胜利，又大长了农民军的声威，黄巢军士气大振。
黄巢回到长安后，因恼恨长安百姓曾经帮助唐军，“怒民迎王师”，纵兵进行报复，屠杀长安百姓“纵击杀八万人”，称之为“洗城”，长安城横尸遍地，血流成河。长安城又一次在血与火的煎熬中挣扎，恐怖的气氛布满城中各个角落。黄巢再次占领长安后，并没有继续扩大战果，彻底消灭唐军残余势力，行动范围非常有限，因此势力范围仅限于长安周边，布防工程也很吃力。黄巢的按兵不动给了唐王朝宝贵的喘息机会。
唐军再次休整，计划着对黄巢及长安发动新一轮的进攻。中和二年（882年）四月，各路唐军浩浩荡荡逼近长安城。
九月，朱温投降王重荣。至于投降的原因，史书记载：“温数困，又度巢势蹙且败，而孟楷方专国，温丐师，楷沮不报，即斩贼大将马恭，降重荣。”
朱温是黄巢的得力战将，他认为黄巢已经是秋后的蚂蚱，没几天活了，而且黄巢集团内部也是相当腐败，孟楷专权，因此出于自身的考虑投降唐军，被赐名“朱全忠”。这个朱温就是后梁皇帝。
