1月
1月1日中英签订《试办禁烟章程》，为期十年。
1月3日学部奏报，日本文部省允于十五年内官立高等学校每年接收一百名中国学生，经费中国自理。
1月7日浙江海宁农民要求减漕，捣毁教堂、学堂及警察、邮政、厘金、铁路等局。
1月13日清廷派甘肃提督姜桂题统兵驰赴浙江，办理剿抚事宜。
1月13日张之洞奏准改津镇铁路为津浦铁路，与英、德两国公司订立借款合同，自行建修。
1月13日外务部与英、德两国公司改订借款合同，款额五百万镑，建筑津浦铁路。
1月16日清廷颁布大清报律。规定发行报刊均须事先呈报官府，出版前规定时限，交由巡警官署或地方官署检查。该律由宪政编查馆在《日本新闻条例》的基础上制订，是中国第一部新闻法。
1月20日山西商务局与福公司议定以银两百七十五万两作赎款，将山西各属矿权全部收回。
1月21日徐世昌、唐绍仪致电外务部，反对日本于安东鸭绿江上修桥。
1月23日宪政编查馆及学部奏定《游学毕业生廷试录用章程》。规定凡在外国高等以上各学堂毕业生，经学部考验合格，奉旨赏给进士、举人出身后，每年在保和殿举行廷试一次，并按廷试等第分别授以实官。
1月27日总税务司赫德因病请假，清廷赏尚书衔，以副总税务司裴式楷代理，赏布政使衔。
2月
2月2日《新朔望》创刊，为半月刊，宗旨是“改良社会，增进学识，代表舆论”。
2月2日清廷授醇亲王载沣为军机大臣。
2月3日清廷免上年顺、直各属被灾地方本年春赋地丁钱粮。
2月5日日本商船“二辰丸”号未持有任何护照，公然闯入中国领海。
2月10日董福祥卒于甘肃宁灵。
2月12日清廷命农工商部详细考察各国棉花种类、种植成法，并优定奖励种植章程，提倡改良。
2月12日前山西巡抚胡聘之、候补道贾景仁、已革知府刘鹗为盗卖晋矿案被清廷分别革职，永不叙用。
2月17日清廷定银行通行则例及储蓄银行则例。
2月20日《汉报》被封。
2月21日江浙官军剿太湖枭匪，毙匪首夏竹林。
2月23日浙江寓沪学会召开六千人大会，号召努力集股保路，“勿稍疏懈”。
2月25日清廷以龙济光署广西提督。
2月25日徐自华、吴芝瑛、陈去病等于杭州西泠桥畔葬祭秋瑾，成立秋社。
2月27日清廷以张勋为云南提督。
2月统辖汉阳铁厂、大冶铁矿和萍乡煤矿的汉冶萍煤铁厂矿公司成立。
3月
3月1日各国公使反对新定矿律，要求缓行。
3月1日修订法律大臣沈家本奏准修订现行刑律，以立推行新律基础。
3月2日基督教各公会发起成立国民除烟会。致电英国议院，要求责令上海工部局迅速实行禁烟。
3月3日“政闻社”宴请上海学界。
3月5日上海公共租界有轨电车通车。
3月6日外务部、邮传部与中英公司订立《沪杭甬铁路借款合同》，款额296一百五十万镑，建路工程及一切管理之权，全归中国国家。
3月6日清廷调湖广总督赵尔巽为四川总督，四川总督陈夔龙为湖广总督，予川滇边务大臣赵尔丰尚书衔，任驻藏大臣，仍兼川滇边务大臣。
3月9日清廷谕命赵尔丰、赵尔巽配合经营西藏，所需经费，由川省随时接济。后因西藏上层僧侣反对，赵尔丰未能赴藏。
3月11日宪政编查馆奏定《结社集会律》。
3月12日清廷命法部、大理院及各省，凡案件均须随到随讯，秉公定断，按限清结。
3月12日外务部奏准撤销前总理衙门所定传教士与督、抚、司、道、厅、州、县等官按品秩来往规定，嗣后地方官与传教士往来，只以礼相待即可。
3月15日清廷施行矿律。
3月15日广州“二辰丸”事件激起国人抵制日货运动。
3月18日杨士琦考察南洋商务归来，奏称南洋菲律宾有华侨近四万人，越南有华侨二十余万，暹罗(今泰国)有华侨三百万，爪哇(今属印尼)有华侨六七十万，汶岛有粤籍矿工五万余，新加坡有华侨十二万人，槟榔屿有华侨二十余万人，大小霹雳(马来西亚)有华工二十万人，皆促其互相联络，组成商会。
3月19日清廷以周树模署黑龙江巡抚，朱家宝为吉林巡抚。
3月19日外务部与英国政府商定洋药进口递减办法五条：英允诺每年自印度输华鸦片减少1/10，试行三年，限满视中国栽种及吸食实行减少，再行递减；中国派员往印度监督；香港所熬烟膏禁入内地；各口岸租界禁设烟馆及吸烟处所，并不得售卖烟具；禁运吗啡及吗啡针。
3月21日因日使要求，外务部电命两江总督端方禁止排抵日货。
3月22日清廷再次严谕禁烟，命民政部、度支部迅即会订稽核鸦片章程，严定考成。
3月23日清廷命考察宪政大臣达寿回京供职，以出使日本国大臣李家驹改充考察宪政大臣，另派外务部右丞胡惟德充出使日本大臣。
3月27日黄兴率革命军发动钦州起义，转战四十余日，屡败清军，终因297弹尽援绝，被迫解散。
3月29日清廷命京外各厂暂行停铸铜元。
4月
4月1日沪宁铁路竣工通车。
4月4日考察商务大臣农工商部侍郎杨士琦奏请与暹罗订约通使，并于西贡、河内、爪哇添设领事。
4月5日中俄重订《黑龙江铁路公司伐木合同》。
4月5日广州妇女以“二辰丸”案举行国耻纪念会。
4月7日清廷派恭亲王溥伟、协办大学士鹿传霖协办资政院事务。
4月7日清廷派景星、丁振铎充办理禁烟大臣，命定章程，严纠素染嗜好各员。
4月7日清廷命度支部按年筹拨款银五六十万两，以济西藏之需，并命四川总督赵尔巽随时接济。
4月8日株萍铁路收归国有。
4月10日御史黄瑞麒奏请于京师官设女子师范学堂，并命各省于省城、府城各设女子师范学堂一所。寻由学部议行。
4月13日总税务司英国人赫德因病卸职。
4月15日清廷调王人文为四川布政使。
4月17日考察宪政大臣于式枚再次上奏，称：宪法自在中国，不需求之外洋。
4月20日清廷授候选郎中杨度为候补四品京堂，令在宪政编查馆行走。
4月20日查办西藏事件大臣张荫棠在印度与英代表订立《中英修订藏印通商章程》。
4月20日纵贯台湾岛铁路正式通车，全线四百零五公里。
4月23日中国无政府主义鼻祖张继进驻法国“鹰山共产村”。
4月24日汉口大风成灾。
4月28日农工商部奏准筹办京师自来水公司。
4月30日同盟会黄明堂等于云南河口发动起义，与清军相持二十余日后，率六百余人撤至越南，被法国殖民当局缴械遣散。
4月廓尔喀(298今尼泊尔)使十六人来京朝贡，觐见光绪帝。寻由理藩部带领再次觐见，并瞻观颐和园。
5月
5月6日清廷准陆军部设立陆军警察队稽查军纪。此为中国最早的宪兵。
5月8日清廷颁布《违警律》。此律先由民政部起草，后由宪政编查馆核改。
5月8日日代理驻华大使阿部守太郎为广东排斥日货事再向外务部抗议。
5月8日直隶总督杨士骧委周学熙为滦州煤矿公司总经理。
5月9日清廷拨银五十万两济云南军饷。
5月14日外务部会办大臣那桐与日使林权助订立《中日合办鸭绿江右岸采木公司章程》。
5月14日奉天度支使张锡銮与日领事冈部三郎订立《中日鸭绿江采木公司事务章程》。
5月19日日代理驻华大使阿部守太郎照会外务部，英、日合办铜官山矿务。
5月22日徐世昌电京：日人在辽源设立机关，各处测绘，勾结蒙旗。
5月22日京张铁路居庸关八达岭山洞开通。
5月24日清廷命各省速将应裁守巡各道裁撤，增设巡警道。
5月25日美国会通过退还庚子赔款案。
5月27日上海《神州日报》刊登清廷缉拿革命党人赏格；两广总督张人俊、云贵总督锡良等亦分别布告悬赏令，通缉黄兴等人。
5月28日清廷自开云南昆明为商埠。
5月28日创办十年的上海永年人寿保险公司召开年会，会长麦格来格报本年投保银数达9193845两。
5月30日驻藏大臣联豫奏于西藏设陆军小学堂，速成一年毕业，调四川武备、将弁学堂毕业生为教习。其学生除选营兵二十余人外，另选汉属之达木三十九族十人，藏族十人，廓尔喀(尼泊尔)亦求送入四人。清廷允准。
6月
6月1日巴塘、理塘改土归流。
6月1日滇越铁路法国官兵若干人被云南官军击毙。2996月1日英国公使为英、日合办铜官山矿事再次照会外务部。
6月6日以光绪帝病，军机处电各省督抚，命精选名医，迅速来京。
6月6日粤省绅商派代表至京呈递国会请愿书。
6月11日东三省总督徐世昌等奏请拟办瑷珲垦务，因黑龙江江北各屯悉被俄占，将南归之民按人数在江右地方安置。
6月12日云南籍官员吴炯等奏称，滇越铁路关系云南大局，请废与法国人之约，收回自办。
6月14日法国公使为滇越铁路法国官兵被害事向外务部提出五款要求。
6月15日御史赵炳麟奏请统一财权，整理国政。
6月17日邮传部定将电报收归官办，由官出资将商股买收。
6月23日度支部奏请以盐斤加价抵补因禁烟而减药税(鸦片税)之法。
6月24日日本在图们江强设渡船。
6月25日清廷命邮传部查看各省铁路公司情形。
