政变之后，为了集中精力剿杀农民起义，奕訢推行一套“外敦信睦，隐示羁縻”的方针，以图趋利避害，实现中外和好、相安无事的局面。
同治元年二月初，在湖南省出现地主阶级知识分子张贴的合省公檄，痛诋法国教堂的种种罪恶。檄文传入江西，被迅速翻印，贴遍大街小巷。很快，两省各地群众发动暴动，捕杀传教士，砸毁教堂、学堂、育婴堂及教民房屋。这就是湘赣豪绅们掀起的驱逐洋教运动。
早在1844年，美国通过《黄埔条约》获得了在中国通商口岸建立教堂的权力，根据“片面最惠国待遇”条款，其他西方国家也同样享有此特权。法国接着通过《黄埔条约》，进一步迫使清政府开始放弃对天主教的禁令。至1846年，法国获得了在各通商口岸自由传教的权利，基督教随之也获得了同样的权利。外国传教士纷纷在中国建立教堂、学堂、办报纸，有的甚至进入中国的官僚阶层和参与军事指挥活动。在那以后，由于中西文化在碰撞过程中的冲突，以及确实有一些传教士借传教之名做一些扰民侵民的事情，传教士与中国本土居民的冲突时有发生。奕訢也屡有耳闻，只是这次湘赣豪绅们掀起的驱洋教运动闹得比以往都大，法国公使对此已经提出严重交涉，因此不得不想出一个有效的对策来。
从奕訢内心真实感情出发，打击一下这些“洋教士”的嚣张气焰又何尝不可，然而，当前朝廷内外交困，北有俄国虎视眈眈，内有“发捻”兴风作浪，贪得无厌的英法联军刚刚退去。理智告诉奕訢，当下局势，应以“灭发捻为先，治俄次之，治英又次之”。现在首要任务是剿灭洪水猛兽般的农民起义大军，目前他必须将绅民们的反洋教运动进行疏导，先致力于与西方国家修好，待平定各地之后再图抗外。这就是著名的“按照条约，不使稍有侵越，外敦信睦，而隐示羁縻”的外交政策和路线。
历史进入近代以前，世界上没有一个国家像中国那样，有着广袤的土地，令其他国家艳羡的财富，绵延数千年的文化。这些均让每一个首次踏入这片富庶土地的外国人震惊，当意大利人马可波罗依依不舍地离开之后，他向全世界传达了这样一个关于中国的信息：这是一个遍地是黄金的国家！而这个庞大帝国的统治者们也一直以为，寰宇之中，惟我独尊，其他皆为向我臣服和“朝贡”的蛮夷之国。尤其是晚清以来，大清王朝闭关锁国、盲目排外，沉迷于自己天朝上国的美梦中。殊不知世界的格局已经发生了天翻地覆的变化，被自己视为“蛮夷”的英、法、美等国早已跑到了世界的前列，并正策划着如何并吞这个历史上的大帝国！直到两次鸦片战争被打得遍体鳞伤，才有林则徐、魏源等胸怀强烈救国之志的开明人士开始“开眼看世界”，放下原有天朝大国至尊的观念，客观地去认识世界。
奕訢显然比他们更进一步，议和之后，自幼受到传统“天朝上国”思想影响的奕訢，迅速改变了对外国侵略者的态度，由以前的拒斥转而为合作。他当然没有忘记曾被侵略者凌辱的经历，但是，已经集军政、内外大权于一身的他，为了国家大计，他不得不暂时忘却往日的国仇家恨、是非恩怨。
这次教案发生后没几天，一辆西洋轿车便停在了总理衙门前，从车上走下几名法国人。他们是法国驻京公使，受其政府指使前来质问中国当局教堂被毁、教民被斩和传教士被捕杀的处理一事的。奕訢很客气地将他们迎进总理衙门大厅内。法国公使一改往日的亲善风格，先是很不客气地批评指责清政府方面没有信守条约内容，保护法国教民和教堂，接着提出赔偿要求。
从大局考虑，奕訢虽然在骨子里不认同西方宗教，但还是答应了法方的要求。同时奏请皇上发布了一道上谕，指示地方当局：
“各地方官仰体朝廷不得已之苦衷，妥为驾驭，弗令滋生事端。”
地方绅民能同仇敌忾，反对教会的侵扰行为，这何尝不是民族正气的宝贵体现呢？群众的这种排外心理，在抗击外来侵略的过程中是非常需要的。政府这时也应该加以保护，不能凉了他们的心呀！所以上谕中又有指示：
“妥筹办理，既不可使洋人有所借口，亦不可稍失士民之心。务令中外相安，不生他变，方为妥善。”
时任江西巡抚的沈葆桢明了奕訢暗含的处理反洋教运动的方针：用疏导瓦解而非镇压的方法平息群众此时的激愤，落脚点仍为保护传教、维持当前中外关系。不几日，一份“调查报告”递到了总理衙门奕訢手中，查办结果，“莫能查出何人所撰（檄文）”。这样也就对反洋教事件的煽动者和参加者均不予追究，对法国教会方面赔偿一些财物了事。
就在湘赣教案发生前的这年元月（1862年1月），前方清军与太平军激战正酣之时，葡萄牙趁火打劫，来京与总理衙门谈判，要求取得英美法俄等国通过天津条约获得的同等权利。法国公使也搀和于其中，支持葡萄牙的权利要求。奕訢只得派总理衙门大臣恒祺为中方代表谈判，签订条约。结果令人惊愕，葡萄牙公使回国后，因他们的重大外交成果而大受政府嘉奖；中方因不懂国际法，匆匆签订条约，被套进了葡萄牙人设置的曲解澳门地位的陷阱之中，为后来有关澳门问题的纠纷即中国丧失对澳门的主权埋下了伏笔。
一切从“剿发捻”出发，为此，维持现有的“和局”，牺牲一点国家利益是不要紧的。这是处理反洋教事件和对葡条约谈判中表现出来的奕訢的内外策略。但“借师助剿”之策将“狼”引入室，结果狼的胃口越来越大。
英、法、美、葡等国几年内均从中国获得了令人惊异的权利和财富，欧洲其他二流国家以为中国好欺负，也跃跃欲试，想乘机从中国捞一把。
同治二年（1863年）春天，一个风和日丽的日子，普鲁士新任驻华公使李福斯满怀希望地来到北京，企图取得与英、法等国一样常驻北京的权利。奕訢不予理睬，态度很冷淡。李福斯只得于六月底悻悻离京。六年之后的丹麦和荷兰也曾因不满长期滞留天津不能驻京的现状，公然撞进北京。对他们，奕訢痛快地指责他国背约。直到英美公使从中斡旋，称丹麦公使是作为宾客应他们邀请而来京的，事情才得以收场。
这样，自同治元年（1862年）以慈禧——奕訢为首的统治集团决定“借师助剿”以来，清政府上下坚持走奕訢所推行的“外敦信睦，隐示羁縻”的外交路线，利用列强所支持和援助的先进的军火武器、派遣前来训练部队的外国教官和冲锋陷阵的外国官兵，最终击败了太平军，了结了困扰清廷14年的心头大患。
击败太平军后，清政府立即要求葡萄牙公使前来总理衙门，商讨撤销给予葡萄牙的与四大国同等的外交特权。其实，直到这时，奕訢等人对国家、民族的利益还没有清楚的认识。
同治年间，清政府与西方各国订立了诸多条约。奕訢主持对外关系期间，第一个与清政府缔约的国家是普鲁士。1861初，普鲁士人来华，要求获得与英、法、美等在《天津条约》中大体相当的权益，谈判进行了几个月，奕訢等人仅将争执的焦点放在老问题“公使驻京”上，却失去了国家、民族利益中关系甚大的片面最惠国待遇、领事裁判权和协定关税等项。普鲁士利用了中国官僚大臣对国际知识的懵懂，不费一兵一卒就取得了英法国家通过第二次鸦片战争才“收获”的果实。
中国痛丧对澳门的主权是另一个活生生的例子。
同治元年，乘中国内乱之机，葡萄牙特使、澳门总督来到中国，七月双方签订了中葡《和好贸易条约》。条约第二款规定：
“从前大清国与大西洋国（指葡萄牙）来往交涉……一切旧章自应革除，永远不得别有异议。”——这就是说，以往清政府与葡萄牙所达成的一切协议，均已无效。其实，此前，除了澳门问题外，双方并没有签订什么实质性的协议，此项内容无非是要抹煞以前规定的清政府对澳门的主权。
“大清国大皇帝任凭仍设立官员驻扎澳门，管理通商贸易事务，并稽查遵守章程。但此等官员……其职任事权得以自由之处，均与法、英、美诸国领事等官，驻扎澳门、香港等处官员，办理自己公务，悬挂本国旗号无异。”——这句话实际上是承认了澳门属于葡萄牙，因为此项内容已将清政府驻扎澳门的官员，置于外国领事官的地位。
葡方还在条约中文文本中添加有这么一句：“大西洋国大君主现即谕令澳门官员实心出力帮同防备该处……”，“帮同”一词，看似承认澳门的主权属于中国，但英、葡文本则没有。中文文本与葡、英文本不一致，必然导致双方关于澳门主权的争端。而条约又规定，争端发生后的“剖断”权交由其他与清朝缔约的列强。这在当时的国际环境下，吃亏的必然是中国。
圈套就这样设定了。同治三年，问题被发现。发现这个问题的是当时头脑还算敏锐、对国际法相对有较多认识的前江苏巡抚、头品顶带通商大臣薛焕，此时已调任总理衙门大臣。于是总理衙门立即提出修改条约，尤其是其中关于清政府派驻的澳门官员被视为“领事官”的内容，葡萄牙拒绝接受。最终，条约因未批准和互换而不能产生效力。同治七年，奕訢根据总税务司赫德的建议，打算用100万两白银赎回葡萄牙在澳门的建设成果，因故也未能实现。光绪十三年（1887年），双方签订《和好通商条约》，中国最终丧失对澳门的主权。
中国人在整个澳门事件的交涉过程中，显得是那么地被动和懦弱！清朝官员无知盲目达到惊人的地步！与前人相比，奕訢等人虽然对国家知识、国际环境、国际法的认识是有长足的进步，但是与国际社会相比，差距还是非常大的。
在奕訢主持总理衙门期间，从19世纪60年代开始，大清王朝先后与英、法、俄、美、德、丹、荷、比、意及奥匈帝国等，建立了外交关系和商务关系。并于同治五年（1866年）同治七年（1868年），两次派出大清出国考察团；又于光绪二年（1876年），派出第一位驻外使节郭嵩焘。尽管奕訢在办理外交事务时，显得有些幼稚笨拙，有着种种不尽人意之处，但无论如何，他开创了中国近代外交，并对中国近代外交事业作出了不可磨灭的贡献。
