前面谈到过，清朝的政治格局一向有两个特点：一是满重汉轻，二是内重外轻。还在乾隆末年，这种格局所导致的清朝政府缺乏弹性，难以应付地方突发事件的弱点，已经在川、楚白莲教起义中暴露无遗。随着满人整体政治素质的下降，这种政治格局的弱点就更加突出。为了应付局面，在乾隆之后，为了利用汉人士大夫的力量，汉人官僚和士绅的地位已经有所提高，但从总体上看，清朝政治的这一格局，还没能有根本性的扭转。
根本性的转机来自于清朝崩盘的威胁。1851年起源于广西的太平天国农民起义，冲出广西后以暴风骤雨之势，席卷大半个中国。就当时而言，清朝政府崩溃的势头，比当年元朝政府还要来得快，如果不是起义农民领袖贪恋长江中下游地区的繁华，起义军内部又因争权夺利而出现内讧，很可能在很短的时间内，满人又会像当年的蒙古人一样，被赶回关外。
当然，太平天国没有全力北伐的失误，给了清朝政府一点喘息的机会，也给了汉人士绅选择的机会。本来，像这种王朝末世，地方上的士绅最关心的应该是自己家族和地方的利益，未见得会倾力效忠政府，加上太平天国以推翻异族统治相号召，理应对于汉族知识分子更有吸引力才是。可是，太平天国起义，恰是以西方基督教的某些思想因素，糅杂了中国乡土意识拼凑成的拜上帝教为组织核心的。虽然在太平天国领导人洪秀全、杨秀清、冯云山一千人头脑里，西方基督教的思想没有多少，但他们创造的拜上帝教，却以强烈的反传统面目出现，兵锋所及，扫荡着一切中国固有的雅俗文化，儒释道概莫能外，至少从形式上，传统的三教都受到了巨大冲击。而且，在农民式的禁欲主义指导下，太平天国实行打破家庭，分男营女营的政策，对中国社会产生了颠覆性冲击。从某种意义上说，确实有“铲孔孟，覆伦常”的意味。虽然洪秀全等人事实上并不可能真的抛弃儒家伦理，甚至对伦理和礼教的讲究比士大夫还要厉害，但他们起义的外在表现，却的确对士大夫们赖以生存的意识和观念造成了难以接受的冲击。
对于中国士大夫而言，以儒家伦理为核心的文化是他们赖以存在的基石，虽然读书人都称皇帝为圣上，但实际上他们心目中的圣人只有一个，那就是孔子，孔子的确是中国意识形态意义上的教主。而以男女为中心的社会伦理网络，则是士大夫在农村社会生存的基本前提。如果以毁灭这两个命根子为代价，换取对一个政治势力的归附，对士大夫来说无论如何都是不可能的，即使归附，也是在武力胁迫下不得已的结果。这样的话，就不难理解，为什么曾国藩、胡林翼、左宗棠、李鸿章为代表一大批汉族士大夫，会毅然选择全力帮助清朝政府。这些人（包括大批在野的士绅）的选择，的确出于“卫道”的动机，不过更重要的是维护他们自己的命根子。在中国历史上，没有任何一场农民起义没有士绅的参与而能成气候的，太平天国当然也不例外。而尽管太平天国对读书人很优待，甚至自己开科取士，但始终没有什么像样的士大夫投身这个运动，少数几个进去的也很快就退出了。
汉族士大夫对太平天国的抵制和反抗，救了奄奄一息的清朝政府的命，也彻底改变了清朝延续200多年的政治格局。当清朝的政府军八旗和绿营根本不中用的时候，满人的王朝不得不将扑灭太平天国的希望寄托在还比较有战斗力的湘淮军头上。湘淮军实际上是曾、左、李这些汉人士大夫，为了自身命运，以及拯救清朝而建立的私人军队。这种私人军队从编制到训练跟八旗和绿营都有本质的不同，而且还及时地引进了西方的兵器和组织因素，因此最终替清朝政府扑灭了以太平天国为代表的遍地农民起义烽火。在这灭火过程中，原来士大夫的实学和理学都派上了用场。
太平天国之后，一大群以军功起家的汉族士大夫顺理成章地变成了封疆大吏。他们跟以往的督抚不一样，不仅自己手里有只听自己招呼的军队，而且通过在战争中形成的厘金制度，收取大量厘金，壮大了地方财政的腰包。厘金是在镇压太平天国过程中形成的一种特殊商税制度，据说是江南才子钱江的主意。所谓厘金就是对商品值百抽一，不仅施之行商，也施之坐商。厘金制度实行后，基本解决了像湘淮军这种原来没有国家编制的军队的开支问题。厘金制虽然是一种不好的商税制度，但是，毕竟解决了传统体制下长期没有解决的建立商业征税体制的问题。由于厘金没有固定的税额，不在户部控制的范围，所以成为地方督抚自己的财源。有兵有财之后，这些强势的督抚，对管辖地方的官员也有了更多的支配权。各省的司道官员，完全变成了督抚的属员，而府州县官则更是在督抚的掌控之下。虽然不能随意任命，但可以随意弹劾。可以说，太平天国之后的督抚，在兵、财和人事几方面，都有了从前想都不敢想的权力，原来内重外轻的局面倒了过来，变成了外重内轻。在历史上，人们称之为督抚专权的时代。
到19世纪70年代末，清朝政府的总收入，中央和地方总计为6000余万两白银，而厘金则达到1800万两，占30%左右。由此可见地方财政的分量。（［美］费正清编：《剑桥中国晚清史》，554页，北京，中国社会科学出版社，1985。）
太平天国之后的局面，清朝自己称为“中兴”，所谓的中兴名臣们，也是专权的督抚。中兴的最大标志，是中国开始了“自强运动”，即所谓的洋务运动。洋务运动是一场地方导向的现代化运动。这些专权的督抚是运动的主导者。洋务运动的三部曲，军事现代化、军火工业现代化和工商业现代化，都是在曾、左、李为代表的地方督抚主持下进行的。在这些督抚控制的区域，一个个颇具规模的现代化企业破土而出，揭开了中国学习西方的第一篇章。虽然这些新兴的事业一开始都是衙门化模式，全然没有市场意识，而且也没有像日本那样，很快从官办走向商办，只走到官督商办的半途就停滞了，但毕竟是中国人自主接受西化的第一步，现代化成就虽然比起近邻日本来不算好，但在整个世界范围看，比较其他接受西化的民族和国度，还算不错。督抚们大力推动洋务运动，固然有富国强兵的初衷，却也不乏对自身权势的考虑。实际上，谁兴办起洋务事业，谁就可以争取到中央更多的财政支持，甚至截留关税也不会受到惩罚。所兴办的事业在某种程度上也成了兴办者自己的事业，往往能够极大地壮大自己的势力。左宗棠之于福州船政和福建海军，李鸿章之于北洋海军都是如此。由于兴办洋务，督抚可以设置更多的机构，大大小小的各种局和处出现了，这些机构不在朝廷编制之内，机构的兴废，官员的添设，完全操纵在督抚手里，地方督抚的行政权力因此得到了进一步扩张。
洋务事业极大地扩展了这些中兴名臣的权力，在晚清的绝大多数时间里，作为地方官员的督抚，对清朝的国防、外交等事务拥有很大的发言权，有时甚至主导相关政策的走向。最典型的莫过于李鸿章长期以直隶总督兼北洋大臣的身份，实际主管清朝的外交几十年，以至于他基本上不驻保定的直隶总督府，而多在天津的北洋大臣府邸，也好就近操控。
