与许多国家的神话一样，日本神话也是由创世说开始的。远古时宇宙初生，浑沌不清。不知过了多少载，清者上升为天，浊者沉落为地，天地于斯始分。众神高高在上，居住的天上界称为“高天原”；与此相对，凡人居住的世界被称为“苇原中国”；而地下世界则是黄泉国。垂直三层的神话世界是日本神话体系的构想基矗
天地形成之初，高天原上诞生了三尊天神：天之御中主神、高御产巢日神、神产巢日神。“天之御中主神”是天上界的最高主宰，代表着宇宙的根本，其名字的意义就是支配天庭中心，表示世界神圣的中心在天上。“高御产巢日神”则掌管万物生育，而“神产巢日神”负责掌管幽冥界，与高御产巢日神共同代表宇宙的生成力，此两神相对即为阴阳两仪。
当其时，下界的大地尚未成熟凝固，一片汪洋之上漂浮着一片幼稚的国土。这个国土没有根，如同浮在水面上的油脂，只能象水母那样在海面上漂浮不定。浮游中，国土逐渐萌生了一个像苇芽一样的东西，它生命力极强，生长迅速，最后化成神，叫做“美苇芽彦知神”（意为由芦苇芽生的俊美之神），代表着大地和海洋尚未分离时的生命中心。之后又诞生了一尊神，叫做“天之常立神”（意思是永远的天庭之神），其职责是以强力永久支撑着天界。
以上五尊神合称为“五别天神”，是日本神话体系中的最高神，也是第一代神。这五位神明皆为独身，无性别，而且隐形不现。“他们”的出现，代表着世界就此创造。
