业已完成使命的司马迁，急着要向汉武帝汇报，他来到洛阳。这里应是汉武帝这次活动必然要经过的地点，太室（嵩）山就在洛阳东南方。司马迁到达洛阳的时候，没有赶上汉武帝的封禅队伍，却意外地发现他的父亲太史令司马谈被留在洛阳没有随队东去，而且眼看着即将死去。关于这件事，司马迁是这样记载的：“是岁，天子始建汉家之封。而太史公（指司马谈）留滞周南（洛阳），不得与从事，故发愤且卒。”
可见司马谈是被活活气死的，不是生病死的。那么，为什么呢？我们一开始谈封禅和汉武帝的求神仙，为的就是要有充分的背景来了解司马谈为何而死，而司马谈的死，之所以要费那么大工夫去了解，则是因为他的死对司马迁的一生有着莫大的影响。
首先，我们先看看司马谈和封禅的关系。司马谈所担任的太史令，在三公九卿的划分中，是属于太常，太常主管宗庙礼仪，其属官除了太史以外，还有太乐、太宰、太卜、太医等。这时的太史令，与后来的史官并不完全一样，而与汉以前的史官较为接近。它与天文、宗教是合而为一的，《后汉书·百官志》记载它的职责为：“掌天时星历，凡岁将终，奏新年历，凡国祭祀丧娶之事，掌奏良日，及时节禁忌，国有瑞应，掌记之。”可见封禅这种祭典的筹划及进行，是太史令职责所在，也是太常所领导的“单位”理所当然的主要业务。
在研拟封禅礼仪的过程中，用现代的话说，主办或执行单位应该是太常领导的“单位”。但因为没有人弄得清楚封禅是怎么回事，于是由最重礼仪的儒生参与协办。另外，汉武帝宠信的方士们，起初也等于是与儒生一样的协办人员。在这几种关系中，太常的立场会是如何？很显然，除了一部分在当时已被普遍接受的阴阳家观念以外，太常与方士是难以相合的，尤其是方士的求神仙谬论及无根据的怪说，太常不会与他们苟同才对。相反地，太常与儒生之间却较有可能志同道合，因为他们掌管宗庙祭祀，他们敬重的就是天、就是祖宗。既然敬重祖宗，他们就会与儒生一样尊重传统的、祖宗留下来的规矩。因此，这一场礼仪的争论，太常势必和儒生站在一边，与方士们对抗，而司马谈的立场与太常是一致的。
司马迁记述汉武帝尽罢诸儒而不用的时候，提到有位博士徐偃，曾经对汉武帝说：“关于礼仪的执行，太常和儒生们其实不如鲁国人士做得好。”于是有位叫周霸的鲁国儒生，就被请来协助筹备事宜。结果，当汉武帝不耐烦地决定罢黜诸儒不用的时候，徐偃与周霸也都被罢黜了。这一段记载一方面可以看出太常与儒生是执行礼仪的设计人；另一方面也可以知道，汉武帝虽然气极罢了儒生，改由方士规划，但并没有气到连太常也不用的地步，因为再怎么样他们是公认的礼典执行人，而方士所谓的规划也不过是加上一些求神仙的东西，以配合他们主张的封禅意义而已，很多基本的仪节还是要太常及他的下属官员执行的。
我们看后来实际举行的封禅大典，对泰山采取的是郊祠泰一的礼仪，禅梁父则采取的是祭后土的礼仪，这些礼仪都是原来就有的。只是在泰山的祭台下有所谓“玉牒书”，很神秘。司马迁说不知写些什么，论性质应属祭祀所用的祷词之类的东西，而祭祀祷词一般都是公开的，有人怀疑那就是方士安排的登仙祷词。
由此我们可以推断，当封禅队伍从长安出发时，司马谈仍然以太常底下掌管祭祀的承办人身份随队而行，这时他还是个执行礼仪的主要角色之一。快要到第一站中岳太室山的时候，在洛阳必定发生了一次严重的意见冲突，使他被“滞留”在洛阳失去参加封禅大典的机会。
究竟是什么冲突？从时间和地理位置的因素上来看，大队人马很快就要到太室山了，也就是马上要进入执行的初级阶段，他们一定在洛阳对包含太室山以后行程的诸细节有所探讨和做出最后的决定。在那种讨论的场合，司马谈自会站在本身立场极力发言。他们讨论的应是礼仪的问题，而礼仪如何安排当然要受礼仪所含的意义的影响。
关于封禅的意义，相信全天下除了汉武帝和方士以外，应当不会有人在心里认为那是为了求神仙。因为报天意义的封禅，可以让每个人肯定自己的时代及幸福，而求神仙不过是个人的私欲而已。无论怎么说，司马谈不可能与方士一般见识，并且会以史官传统的执著，对变了质的封禅的安排发出忍无可忍的表白。这种表白也许是被汉武帝直接听到的，也许间接听到的，但在那个“方士环绕，求仙第一”的时候，司马谈必定难逃被认为碍事而罢黜不用的命运。于是，他被留在洛阳。他气得倒在床上，拉着司马迁的手哭着说：“今天子接千岁之统，封泰山。而余不得从行，是命也夫！命也夫！”
他到临死仍强调封禅是“接千岁之统”的报天大典，连续的“命也夫、命也夫”表示他完全接受当时普遍认定的封禅观念，而以不能参加为一大恨事！更令他气愤的恐怕是他怀着史官的使命感，眼看着封禅被神仙化，却无力拦阻。俸禄仅六百石的太史令能做什么呢？他想起了那支威力无比的史笔，还有他未完成的写史计划，他把一切希望都寄托在儿子司马迁的身上，他用他生命仅存的一点力气说出了临终遗言。这段遗嘱非常重要，先将全文照录如下：“余先，周室之太史也。自上世尝显功名于虞夏，典天官事，后世中衰，绝于予乎？汝复为太史，则续吾祖矣！今天子接千岁之统，封泰山。而余不得从行，是命也夫！命也夫！余死，汝必为太史。为太史，无忘吾所欲论著矣！且夫孝始于事亲，中于事君，终于立身，扬名于后世，以显父母，此孝之大者。夫天下称诵周公，言其能论歌文武之德，宣周邵之风，达太王王季之思虑，及公刘，以尊后稷也。幽厉之后，王道缺，礼乐衰，孔子修旧起废，论诗书、作春秋，则学者至今则之。自获鳞以来，四百有余岁，而诸侯相兼，放绝。今汉兴，海内一统，明主贤君忠臣死义之士，余为太史而弗论载，废天下之史文，余甚惧焉，汝其念哉！”
我们来分析司马谈对司马迁说这些遗言的意思：首先，他说太史为司马氏的祖业，在他以前曾经中衰好几代了，他唯恐自己一死，又要中断，所以希望司马迁能够接棒。然后他很肯定地认为他死后，司马迁必定会被任命为太史，接替他的职位。既然如此，他提出自己最大的期望，希望司马迁能够在太史任期内继续完成他想做而已经没有机会做的“论著”计划。提出这个期望后，以下的话等于是对这个期望的强调和解释。他先引用孝经的话，表示司马迁若能够完成他的期望并且能扬名于后世，为父母争气，站在他个人立场，等于是司马迁已对他尽了孝。而站在文化的立场，他的眼光可就远了。他说周公之所以伟大，是因为他能记载以前的周朝祖宗的德风，能够让《尚书》及《诗经》在后世广为流传。在周幽王、周厉王以后则是靠孔子把几乎要衰亡的文化历史加以整理流传下来了。孔子所作《春秋》，从其记事的最后一年（鲁哀公十四年之西狩获麟）到他们的时代，中间不但同样经历乱局，而且已经由乱世到了太平盛世，更应该有人继承孔子把文化事业加以延续。因此，从这个观点看，他交代司马迁要从事的工作，是延续文化的大事，是希望他做第二个孔子。
司马谈所欲论著的，或许在平日就已经对司马迁说过，司马迁可能已经有了相当的了解，也可能已经实际参与了这件事情（例如东南大游历就很可能是帮助他父亲搜集写史材料）。但在这种生离死别的时刻，垂危的父亲，激愤并哭泣地拉着儿子的手交代临终之事，那就不是普通的“交付办理”而已，而是一句一字，句句震撼他的心胸，字字刻骨铭心！
在那个大时代里，以司马迁的才华，又有幸赶上新制度而荣登晋身台阶的郎官的职务，并获得汉武帝信任奉使西南，他对前途的视角必定不会窄，也不会小。父亲的遗命，虽不敢说已经把他的视角固定在某一个方向上，但无疑地，已经在他心里埋下了一颗坚实的种子。这颗种子除了包藏着文化的使命以外，不容忽视的，还蕴含他父亲的激愤以及这份激愤背后，在权势摆弄下所产生的愤懑不平之心。
三十六岁的司马迁听了父亲的遗命后，俯首流涕地说：“小子不敏，请悉论先人所次旧闻，弗敢阙。”他答应了。于是，这颗种子成为日后他遭逢一生中最大的灾难而自认为形同苟活的时候，唯一能够燃亮他生命火焰的火种。
《史记·封禅书》最后是这样写的：“余从巡祭天地诸神名山川而封禅焉。入寿宫侍祠神语、究观方士祠官之意，于是退而论次（论定次第），自古以来用事于鬼神者，具见其表里，后有君子，得以览焉！”
这段评语是说，司马迁是在实际参与汉武帝的巡游祭祀及封禅大典后，亲眼见到汉武帝信奉的寿宫神君，看到附巫者以身体传神语的实况，终于看透了那些主其事的方士、祠官的真实面目因而才“具见其表里”的。这个“具见其表里”正说明了司马迁写《史记·封禅书》的旨趣，是冷眼旁观那一幕幕各怀鬼胎的鬼神闹剧。那些方士、祠官表面上是在祭祀鬼神，心里面实际上是逢迎汉武帝的心意，以求取自己的功名利禄；而汉武帝表面上是因为符合受命、功至、德洽、日有暇给四大条件，以至于应天人的殷切希望，而进行封禅大典，实际上则在妄意封禅可以长生不死。如此这般的表与里的尖锐对照，正可为他父亲的“气愤”而死给予最佳的解释，也为汉武帝的“内心多欲而外饰以仁义”增加一项说明。
不过，显然司马迁对当时天下人普遍接受的报天意义的封禅，并没有产生根本的怀疑。他只是因“莫知其仪礼”不知如何进行典礼才困惑罢了。
