20世纪初的美国，各界呈现一片欣欣向荣。洛克菲勒的属下机构更为他赚进成千上万的利润，连子孙辈也用不尽的财富。在那种情况下，洛克菲勒的烦恼便是如何用钱，他无法像别人一样随便捐献便能获得心安，他一定是有计划、有规律地捐献，使捐款不但要花在有意义的事上，还希望看到成果。他坚持捐款的四大原则：一、主要把钱捐给组织完整的机构。
二、以抛砖引玉的办法捐款，引来更多的善心和款项。
三、捐款是要协助并培养受益人的一技之长，使之日后能自立，而不因此养成依赖的习惯。
四、主要受益的机构在停止接受捐款之后仍能维持各种助人的活动，而不要捐款一停，机构也即刻停止行善。
洛克菲勒虽然捐献时要求下属把握以上四大原则，但他本人并非博学多闻，往往有钱也不知应捐向何处，只好求助儿子及助手凯特等人。正好年轻能干的小洛克菲勒见识广博、头脑聪颖，往往能引导他父亲走向新领域。例如，鼓励他捐助科学方面的发明、教育方面的振兴和人才的训练等。精力旺盛的凯特会去发掘人才，又知道如何将理想付于现实。
两个年轻人不停地建议、策划，然后交与经验丰富、饱经世故的洛克菲勒做最后的裁夺。他们三人合力把赚来的钱，有计划地用在慈善事业上，建立日后多人受益的四大慈善机构：1901年建立“洛克菲勒医学研究中心”，1903年成立“普及教育委员会”，1922年成立“洛克菲勒基金会”，1918年成立“萝拉·史贝尔曼·洛克菲勒纪念委员会”，这四个慈善机构前后捐了四亿四千多万美元。
首先，先让我们来看看“洛克菲勒研究中心”成立的过程。在1879年，凯特返家度假之际，认识一位在医学院求学的年轻朋友，这位年轻人不但让凯特知道许多医学常识和医学界的情况，并借与他一些医学院的课本。凯特在他的感染及书本的影响之下，认为当时美国的医学界太过落后，赶不上其他欧洲先进国家。随即异想天开地向洛克菲勒建议设立一所医学研究中心，以提高美国医学界的水准，甚至于可以造福世人。凯特一不做二不休的个性，使他在提议之后就展开工作，请来律师默菲与他一起筹备。
起先，当他们向医学界人士提起这项计划时，反应很冷淡。等到小洛克菲勒向他家庭医生小儿科权威的郝特博士谈起之后，才扭转了全局。郝特博士又带来三位友人：赫得医生、普顿医生及皮格斯医生共商大计。
1901年年初时，小洛克菲勒对这四位医生说：“如果我们家族每年能捐两万美元，连续捐十年，你们看能做些什么来振兴美国的医学界？”他们四人于是去请教当时医学界领袖魏尔克医生，并邀请任教于哈佛的史密斯医生及任教于宾州大学的费莱斯诺医生共同研究。这七个平均年龄只有三四十岁的年轻人终于于1901年年底成立了研究中心，魏尔克医生任主任，普顿任副主任，郝特做秘书，赫得管财政。资金是两万美元一年，连续资助二十年，研究的范围由魏尔克指示。中心仍遵照洛克菲勒一贯的主旨，先进行小规模地研究，再慢慢扩大范围。洛克菲勒不肯把他的名字放在董事会上，只是鼓励这些研究人员全心全意为美国医学界求进步。
研究中心起初进行得并不理想，因为这批富有雄心的医生不限制研究的范围与项目，让中心的医生各人探讨各人的问题，结果不但不能创新反而显得散漫，终于引来许多旁观者的批评，认为美国大概无法进行如此高深的医学研究。
研究中心的人员仔细调查原因后认为：一则固然是研究的目标不明显，二则因为中心的资金太少，人手不够齐全。所以他们又上呈洛克菲勒，要求扩大范围，增加资金。洛克菲勒看了建议书后允诺再添一百万美元改组。于是选出魏尔克医生与费莱斯诺医生担任研究部门的首脑。费氏曾就读于约翰·霍普金斯大学，后来游学欧洲，学问广博，返美后任教于宾夕法尼亚大学，是个细心、对科学有着狂热研究兴趣的人。
1904年，新改组的研究中心成立，由费氏带领许多知名的美国医生共同研究。到1906年，洛克菲勒在东河的六十六街又置下一幢大楼，正式成为研究中心的办公室。当时中心内分为病理学、生理学、药剂学及生物学四大部门，每位名医都担任一项重要的、有心得的研究。洛克菲勒仍不断地资助各方面的需要。
自1908年至1910年，中心再度改组，由简单的小研究中心扩展成为现代化的大型研究所，所以不得不将研究部门及财务部门分开。由洛克菲勒、凯特及律师默菲等人成立董事会管理财务及行政方面的事情，而让研究中心所雇用的科学家及医生们专心从事研究工作，不必再顾及俗事杂务。洛克菲勒事事替中心的研究人员设想，自己很少涉足其中，总是安慰他们要放手去做，不计成果。费氏曾转述洛克菲勒对中心研究人员所说的话：“不要怕做不好，不要急着要结果。我们了解你们，我们确信你们有一天会带来成果的。即使今日无法找到圆满的答案，来日你们的接棒人也会成功的。我们要把眼光放远，这是个长远的计划，总有一天你们的愿望会实现的。”
研究中心不断地扩大，在1908年，增设有60个病床的病房及九个病床的隔离房。他们只收正被研究中心研究的病人，免费为他们医治，由库尔医生主持这个部门。此外，1914年又增设动物病理学部门，纽西有一座780亩的广场，专门从事动物的研究，由史密斯医生主持。1931年，再成立植物病要害部门。以上两部门日后均迁到纽约，到了1950年，该中心在纽约共有11座大楼，颇为壮观。
在没有压力，却有充足经费的情况下，没过几年，研究中心就有所发明以贡献社会。费莱斯瑟医生发明了医治传染性脑膜炎的血浆。他发现猴子也会传染该病，起先，他尝试用在为人身上培养的血浆注射在猴子身上，果然医好了猴子。于是，他大量制造该种血浆，不但医好无数美国国内感染此病的孩子，还把血浆寄往世界各地，使全世界的孩子们都受益，终于达到洛克菲勒及工作人员当初的心愿。此外还有许多其他的成功例子，如卡瑞尔医生因首创心脏开刀的手术而为自己及中心赢得诺贝尔奖；劳斯医生发现有些癌症是由病毒引起；还有数个中心的医生合力研究婴儿瘫痪病症，也得到诺贝尔奖，为该中心争取荣誉。这种例子在该中心真是不胜枚举。
成功的原因是众人热诚的工作和主任费莱斯诺医生所建立的良好合作制度。研究中心随着时间的延长而扩大，分设了许多部门，虽然各部门研究的方向不一，但费莱斯诺主任总是想尽办法使各部门人员在一起交换意见及成果，将纯研究性的科学用于现实，以达到救人救世的宏愿。在主任及同仁的努力之下，研究中心的成就大家有目共睹。
在20世纪初，洛克菲勒在芝加哥创立大学之后，更加关心后代的教育。他终于在1903年组织了“普及教育委员会”，专门协助南方地区的黑人及贫苦的白人求学向上。
刚开始时，洛克菲勒仅与兄弟儿子及助手凯特计划成立某种机构来赞助南方黑人教育，却又不知从何着手。小洛克菲勒即刻结交对南方教育已有贡献的两个富商加利及奥登为友，参加了一次关心南方教育人士所组织的南方之游。他除实地考察之外，还讨论了许多建设性的提议。结论是成立“普及教育委员会”，请包尔登为主任委员，由洛克菲勒捐出一百万美元，于十年之内改进一般教育，受益人将不受种族、信仰及性别的限制。
委员对此会的期望很大，希望该会能有权拥有无限制的资金，并能参与全国各地的各类教育活动。小洛克菲勒的岳父阿尔因奇，是当时参议院的红人，运用他的关系，国会很快地批准了该会成立，并授予一切请准的权利，委员会于1903年1月12日正式成立。洛克菲勒家族前前后后至少捐出一亿五千万美元。
推动这个委员会的人仍是具有冲劲且性急的凯特先生，他对委员会的关怀不下于当初他对芝大的热心。他仍担任相同的职责，负责发起、建议各项新的想法，而默默推行、改良发展的却是另一位博学、风雅、知人、识人的博却克先生。他们两人相辅相成，共同为委员会工作，为美国的南方教育尽力。
起初，委员会仅想到用资金去改善落后及贫穷地区的学校，后来因效果不够理想，即领悟到应该协助当地人士自己来改进教育制度。委员会想出一个办法：他们拨出经费让当地专攻中学教育的教授来计划自己子弟的教育方针，哪儿是适合办学校的最佳地点；哪儿是村民聚集开会的好地方；如何开导乡民；又如何捐得更多经费。这种办法意义深远。一方面，只有常住人士才了解民情及真正的需要；另一方面，由自己人出来研究执行，不会养成当地人依赖或自卑的心理。
渐渐地，委员会觉得上述办法仍不够完美，应该先改善南方各地落后的经济，一旦生活水准提高，教学才能达到效果。当初南方的经济状况贫困得令人难以想象，爱荷华州的农夫一年平均收入一千美元，而南方的农夫仅得一百五十美元的收入。于是，委员会决议先训练成年的农夫，增加农产、改善生活，吃饱穿暖之后再谈教育。随即与南方农业专家奈蒲博士研究改进方针。奈蒲博士认为人的基本原则是使受益人自立而不养成依赖的习惯，所以非常赞成委员会的设想，并协助其实现。
正好，当时奈蒲博士在农业部工作，便将整个计划书上呈农业部，得到了农业部的支持与合作。委员会派遣专家与有经验的农夫在自家示范耕种方法以指导本村的其他乡民，农业部并不参与实际工作，只是从旁辅导并派遣专家指点。这种计划很有效果，再加上洛克菲勒在经费上不断地资助，不但使南方获得利益，更推及至其他各地。除了德州之外，尚有路易斯安那州、阿肯色州、密西西比州、阿拉巴马州、维吉尼亚州、佐治亚州及北部的缅因州和新罕布什尔州，都得到委员会的援助。
根据农业部的资料及统计，当时南部产棉花的各州，在此计划的协助之下，农作物增产许多，可以自给自足，确实改善了农民的生活。直到1911年，奈蒲博士逝世，委员会对于南方农业示范的工作才渐渐减少，由农业部接过去，开始着重负责农村的教育。至此，这是“教育普及委员会”第一个成功的阶段。
第二阶段着重于改造高等教育。有冲劲的凯特在办芝加哥大学到组织委员会之间，接触到许多美国的高等学院。他认为当时的学院分散，水准低落，应该彻底改造。于是鼓励洛克菲勒家族再拿钱出来援助此项活动。洛克菲勒斟酌之后答应支持他，又捐出了成千上万的资金，以改良美国的高等教育。他们的方针有三：一是改进美国的大专院校。二是提高美国医学院的水准。三是发掘教育界其他需要协助的地方。
委员会在非常谨慎的原则下资助这些院校，他们到各校考察，如果学校行政稳定，有发展的潜力，则大力援助。他们仍采用抛砖引玉的方法，希望因为洛克菲勒的捐献而招来更多的款项。委员会显然不是马虎行事，他们多半按时查账，一方面可以了解学校的开支；一方面可以知道行政人员的管理方式，往往因此会发现管理不当。除了资助校方的用度，委员会又建议改进教具生活，提高教职员的薪酬，因而间接提高了师资素质。
再下一步就是提高医学院的水准。委员会计划设立有示范性质的高等医学院，这种医学院必须有自己的医院、诊所、检验部门等。洛克菲勒父子自然又首肯，前后拿出两千多万美元支持这项计划。委员会不但加强了已成立的约翰·霍普金斯、耶鲁、圣路易斯的华盛顿医学院，还远在芝加哥大学、哥伦比亚大学、罗吉斯大学及爱荷华大学设立医学院。这实在是一个有魄力、有理想的善举，但这仍招来许多批评。有些教育工作者认为委员会带来太大的压力，他们要参与行政工作（如查账、学校方针等），常导致校方不便。于是，1920年委员会改变方针，不再频频过问校方行政工作，而仅在捐献基金时表明款项运用的方向及原则，其余让校方本身去应用，而不参与任何的意见。从此，学术界对洛克菲勒的捐献就不再有任何批评。
此外，又戏剧性地成立了“洛克菲勒卫生医务所”。1908年，罗斯福总统在位时，美国南方人民的生活依然非常清苦，且大部分人患有钩虫病。一日，就职于委员会的佩奇先生参加访问南方考察团时，亲眼看到病患的苦痛，询问之下发现该症并非无药可医，只是南方黑人过分贫困，无钱医治。所以，佩奇先生一返回北方即呈报委员会，请求洛克菲勒再开善门。洛克菲勒父子听取报告之后，随即慷慨解囊，捐出一百万美元成立“洛克菲勒卫生所”，专门改善南方黑人的卫生环境医治患有钩虫病的人。在卫生所的协助之下，钩虫终于渐渐消减，该病一旦消失，卫生所也就逐渐合并于洛克菲勒其他的机构之内。
洛克菲勒在退休以后，对南方、对美国的贫苦大众，尤其是黑人确实有其不可磨灭的贡献。
