植根于“仁为天地万物之源”的本体视域和形上思辨，循着不生不灭是“仁之体”的思维方式和价值旨趣，谭嗣同探究了人与世界的同一性问题。在此过程中，生理学、解剖学、脑科学等自然科学知识使谭嗣同声称心即心脏，并不能知，而坚信知“必出于脑”；以太说、元素说和佛教的不生不灭等观念则促使他宣称万物随生随灭，无法捕捉。鉴于感官的有限和面对外物瞬息万变时的捉襟见肘，他放弃感觉器官而寻求新的认识途径。在否定人可以通过眼、耳、鼻、舌、身五种感觉器官认识世界的前提下，谭嗣同凭借佛教的“一多相容”“三世一时”洞彻真理，“转业识而成智慧”成为最后归宿。至此，他的认识哲学既包括由自然科学的实证方法而来的经验论、反映论，又包括由佛教而来的玄想、顿悟，由此构成了一道独特景观。
认识的目的决定了认识的宗旨和内容，认识的器官则决定了认识的方法和途径，二者共同决定认识的结果和旨归。对于认识的目的问题，谭嗣同将通晓天文、地理和人体视为认识的首要目的，与古代“穷天理”相去霄壤。对于认识的器官问题，他更是一面反驳“心之官则思”的说法，一面证明只有人脑才是真正的认识和思维器官。
一、“大抵全体竟是一副绝精巧之机器”
若想进行认识，先要明确认识的目的问题，这关系到认识宗旨和目标的确立，故而不可小觑。谭嗣同的认识哲学从明确认识对象开始，正是在关于认识对象的思考中树立了明确的认识目标和初衷。在这方面，谭嗣同对西方传入的生理学（他称之为“全体学”）以及与生理学密切相关的解剖学（“剖验之术”）等各种知识充满好奇，青睐有加。对于其中的原因，他解释说：“人在世界上，有几件事不可不知：一曰天，二曰地。……更有切要者，则为全体学。在天地间不知天地，已为可耻；若并自己之身体不知，不更可笑乎？然全体学又极难讲。何则？无图以供指点也，无蜡人以为模样也。骨节如何承接，血脉如何周流，脑筋如何散布，肌肉皮肤如何层叠束固，则皆不能言矣。试仅即脏腑言之，亦只能言其部位功用，不能将其形状曲曲传出。部位功用，中国医书亦言之最详，然必不如西国所言之确而可信者，则以彼有剖验之术可凭也。”【223】在谭嗣同看来，天文学、地理学和生理学是人必须精通的学问——生理学与天文学、地理学一样是不可或缺的，天文、地理和人身都是人的认识对象，认识的目的就是明晓三者的奥秘。在这个前提下，谭嗣同进一步强调，相比于天文、地理而言，人更应该认识自己的身体——从这个意义上说，生理学比天文学和地理学更为“切要”，因为生理学是关于人的生理结构和生理机能的。对于每一个人而言，如果说不知天文、地理“已为可耻”的话，那么，不知“自己之身体”不仅仅是可耻，并且尤为可笑。这既彰显了生理学首屈一指的地位，也使认识人之身体成为认识的首要对象和任务。至于生理学的内容，即凭借生理学要达到何种认识目的，他的回答是：了解构成人体的骨节、血脉、脑筋、肌肉和皮肤等方方面面，既包括人体的生理结构，又包括人体的生理机能。
值得注意的是，谭嗣同号召人了解、深谙生理学，同时坦言人体构成复杂，人之生理极难讲解。在这个前提下，他特意强调，就对人体部分功能的讲解来说，中国医书“言之最详”，然而，中国人对人体之解释却不如西方之言“确而可信”。西方人对人体的讲述、解释之所以确切而可信，得益于解剖学等实证研究；解剖学将对人之生理的研究奠基于实验基础之上，拥有事实依据，并且清晰、准确。有鉴于此，若想要明晓人体的构成和机能，就要了解西学。这解释了谭嗣同对生理学、解剖学等各种与人体密切相关的学科兴趣盎然的原因，也从一个侧面表明他是利用西方自然科学来讲述、探究人之身体以及认识器官的。
在谭嗣同的视界中，认识的对象是外部世界，认识、领悟由天地人物组成的对象便是认识的目的所在。这一认识目的决定了他的认识哲学的具体对象和内容包括三大类：一曰天文，二曰地理，三曰人体。人体即生理学，具体指人体解剖学等与人之生理、身体有关的知识。借助生理学可了解人体的生理结构和生理机能。谭嗣同强调生理学对于人更为“切要”，故而在天文学、地理学和生理学之中尤为突出生理学。
生理学让谭嗣同了解、体悟了人之身体的生理结构和生理机能，更让他从中领悟到了人体的绝妙和精巧。他曾经断言：“大抵全体竟是一副绝精巧之机器。各司其职，缺一不可，与天地之大机器相似。”【224】谭嗣同从人体之精妙中深有所悟，体悟出人生的价值和意义，情不自禁地发出了由衷的感叹：“独是天必造此一种全体之精巧机器，果何为也哉？原是要使人顶天立地，做出一番事业来，所谓赞天地之化育与天地参也。诸君当知此堂堂七尺之躯，不是与人当奴仆、当牛马的。……今欲人人皆明此理，皆破除畛域，出而任事，又非学会不可。故今日救亡保命，至急不可缓之上策，无过于学会者。吾愿各府州县，就所有之书院概改为学堂、学会，一面造就人材，一面联合众力，官民上下，通为一气，相维相系，协心会谋，则内患其可以泯矣，人人之全体其可以安矣。”【225】由此可见，人体的结构和功能使谭嗣同在啧啧称奇之余，感叹人体是一架绝妙精巧的机器，这架机器的各个器官各司其职，相互协调，由此构成了一个与天地这架大机器相似的有机系统。人体的结构和功能表明了人之存在的尊严和作为，预示着人体拥有无限的潜能和力量。他由此体悟到，人不应该碌碌无为，更不应该任人宰割，而是应该自强不息，大有作为。人唯有如此，才不辜负这副“与天地之大机器相似”的身躯。沿着这个思路，谭嗣同进一步展开丰富联想和自由发挥，将对人体的感悟扩展、贯彻到变法维新的实践之中。为此，他提出了一套具体的办法和措施，如呼吁人们“破除畛域”，本着平等原则救亡图存（“出而任事”）；通过改书院为学堂、学会等办法造就人才；发挥学会的作用，以学会来联合众力；等等。谭嗣同设想，通过这些办法，在官民上下的相互维系、协调合作中，既可以解亡国之忧患，又可以使个人的才能得以施展，参天地之化育。
二、“心司红血、紫血之出纳”
西方自然科学的东渐时间较早，社会科学传入的时间较晚，哲学的系统输入则更晚。在谭嗣同建构哲学体系的年代，所能利用的西学主要是自然科学。谭嗣同热衷于西方自然科学，对当时传入的与心、脑密切相关的解剖学、生理学更是兴趣盎然，成为率先对脑进行哲学论证的戊戌启蒙思想家。各种自然科学知识和学说使他开阔了眼界，也引发了哲学观念和思维方式的转变。随着对以心、脑为代表的人之生理结构和生理机能的了解，谭嗣同开始重新思考认识的器官问题。
在凭借生理学、解剖学知识揭示人之生理结构和生理机能的过程中，谭嗣同既获得了有关心脏的实证研究，又借此推翻了在中国流行几千年的心是思维器官的观点。具体地说，他借助生理学、解剖学对人的心脏的探究，用实证的方式揭示、证明了心脏的位置、功能和机制。对此，谭嗣同如是说：“古人谓肝左肺右，心居中央，此说实误。心虽居中，而心尖略斜向左。肺则左右各一大块，每块分六叶，左右共十二叶。肺中大小管极多，酷肖树木枝干，其为用有三：一主呼吸，二主变血，三主声音。肝则在右边肺下，其用亦主变血。凡新生之血，必经肝家一过，方由淡红色变成红色，而有甜味；有甜味乃能养人。故西人或称肝为造糖公司。”【226】这段话出自谭嗣同在南学会的演讲，刊发在1898年4月23日的《湘报》上，题目为《论全体学》。这次为第八讲，是接着前面的内容讲的。一目了然，他是在利用生理学论证人的生理结构和生理机能时讲心的，也就是在生理学的框架内讲心的。正因为在生理学的视域内讲心，所以，谭嗣同不是将心与眼、耳、鼻、舌、身等感觉器官联系在一起，而是将心与肝、肺等生理器官联系在一起。在生理学的视界中，心等同于作为生理器官的心脏。因此，他不是将心界定为认识器官，而是界定为一种生理器官，也就是心脏。有一个细节尤为值得注意，中国古人认为，心居于中央。意味深长的是，谭嗣同一面肯定心“居中央”，一面用一个“虽”字对这一点进行了转折，强调心虽然位置上居中，但是心尖却“略斜向左”。他之所以格外关注这一点，秘密在于：心“略斜向左”与心居中央之间的这一微小差别具有象征意义，“略斜向左”的科学依据宣布了心的“非正统地位”，这为谭嗣同对心之地位的祛魅提供了“科学依据”。
接下来，谭嗣同具体揭示了心的作用和功能，指出作为一种生理器官，心的功能是“变血”。在提出心的功能是“变血”的基础上，他进一步解释了心“变血”的生理机制和过程，增加了这一“事实”的可信度。正是在这个意义上，谭嗣同说道：“心之所以变血，因血压周身，而后化红色为紫色，养气之功用已竭，血中含足炭气。如不将炭气放出，其毒立刻足以杀人，赖由回血管仍回至心中，由心入肺，有呼吸以吐故纳新；俟再经心中，即复为红色，毒去而可以养人矣。故心之时时跃动，皆为上下四房红紫血出入之故，信足为生命之本矣。”【227】由此可见，他对心的功能是“变血”言之凿凿，通过对心之功能的解释证实了心之“变血”功能，并由此得出了心脏“足为生命之本”的结论。与此同时，谭嗣同强调，就人体的“变血”而言，并非由心这一个生理器官独立完成，而是由心与肺、肝三个器官共同完成。这意味着心“徒主变血之事”的过程中，需要肺、肝一起参与。他的这个发现表明，心并没有独立的作用和功能，与心并非居于绝对的中心位置对于否认心的主导地位和作用具有异曲同工之妙。更为重要的是，肺的三大作用之一就是“主变血”，肝“亦主变血”。肝在“主变血”方面，与心相比毫不逊色。肺更是拥有多种功能——与心只是“变血”“司血”不同，肺在与心一样“主变血”的同时，还主呼吸和声音。而心只是“主变血”一事，仅承担“司血”一职。这用谭嗣同的话说便是，“所谓心者，亦徒主变血之事而已”。总之，经过谭嗣同的这番证明，如果说肝与心不分轩轾的话，那么，肺的多重功能和作用则足以让心相形见绌，心的优越性也随之荡然无存。
现代医学研究证明，心、肺、肝在人的生命活动中各司其职：心泵血，是人生命的起搏器。肺净化血液，排出二氧化碳，增加氧气。肝在人的胚胎时期具有造血功能，在人成年后不再造血。胚胎成长至五个月时，造血主要是由骨髓完成的，骨髓存在于人的长骨之中。谭嗣同对心以及肺、肝的解释既接近科学，又否定了心的神秘性和神圣性。综合考察他的上述说法可以发现，一方面，谭嗣同的观点依托刚刚传入的西方近代生理学、解剖学知识展开论述，具有一定的科学依据。另一方面，谭嗣同的说法不乏玄想成分，甚至存在有悖科学之处。例如，他对肺的描述是，“左右各一大块，每块分六叶，左右共十二叶”。现代医学研究则显示，左肺2叶，右肺3叶，共5叶。一目了然，肺的真实状况与谭嗣同所讲的左右各6叶、共12叶之间相差悬殊。再如，谭嗣同认定肝最主要的作用是“变血”，生理学研究则证明，肝有合成与储存养料、分泌胆汁、解毒、防御等多项功能和作用。谭嗣同对于人之生理器官的认识误差与缺乏对自然科学的全面了解固然有关，也与加入了中学的要素有关。在中国的文化语境和学科划分中，肝是中医学名词，“肝藏血”的观念由来已久，可谓定论。根据藏象、经络学说，肝具有储藏血液和调节血量的功能。《黄帝内经·素问·五藏生成》云：“人卧血归于肝。”唐代王冰注曰：“人动则血运于诸经，人静则血归于肝藏。”这些中医观念与谭嗣同认定肝“变血”极为相似。对于他来说，细节并不重要，重要的是通过对心、肺和肝的解释，将心还原为作为人之生理器官的心脏。因此，无论对心以及肺、肝的描述和解释细节如何，都不妨碍谭嗣同论证的言之凿凿和结论的明确坚定，那就是：心“主变血”，是生理器官而非认识器官；即便是生理器官，心也没有特殊功能或任何优势，在与肺一样“变血”的过程中只是“司血”之“出纳”而已。这用谭嗣同本人的话说便是：“心司红血、紫血之出纳”。
三、“思特在脑”
西方近代的解剖学、生理学知识让谭嗣同重新认识、审视心，也促使他深入思考、认识脑。正是通过运用生理学、解剖学等各种西方自然科学的研究成果，谭嗣同在否定“心主思”的基础上，进而声称“思特在脑”。他断言：“中国言心主思，西国则谓心不能思，而思特在脑。脑分大小。大脑主悟，小脑主记及视听之属。脑气筋布满四肢百体，则主四肢百体之知觉运动。所谓心者，亦徒主变血之事而已。夫中西论心，不同如此，愚谓其理实亦相通。思固专在脑，而脑之所以能思者，全赖心能变血以养脑，是心与脑交相为用也。故思字从囟，从心。脑之主思，古人盖已知之矣。”【228】可见，与对心的认识一样，谭嗣同是借助从西方传入的生理学、解剖学等新学科说明、揭示脑的，并且得出了脑是认识和思维器官的结论。诚然，他肯定人之思维与心有关，并且肯定西方人认定思在脑与中国人认定思在心道理相通。通读上文可知，那是就心“主变血”，脑之所以能够思维，离不开心之供血而言的，与中国古代哲学肯定心是思维器官是两码事。不仅如此，谭嗣同从训诂学的角度指出“思字从囟，从心”，以此证明中国古人已经明白思离不开脑的道理。他在这里的表述从表面上看似乎调和了中国与西方一个主心、一个主脑的分歧，从实质上看则是利用生理学、解剖学重申了心“主变血”而思在脑的观点，并让自己的这个观点由于解剖学、生理学的介入成为“事实”。正因为如此，肯定人之思维离不开心并不妨碍谭嗣同确信“思固专在脑”。不仅如此，“思固专在脑”的一个“专”字明白无误地表明，只有脑才是认识和思维的器官，所有的视听言动、认识、思维都只是人脑的功能，不需要其他器官——无论是人之悟性还是知性，从视听到言动，皆主于脑。正是在明确否定心是认识、思维器官的前提下，谭嗣同声称知“必出于脑”。为了明确知“必出于脑”，坚定地将人脑说成是人的认识、思维器官，他借助生理学、解剖学等实证科学详细地剖析了脑的构造和功能，对脑的具体分工做出解释和说明。上述引文显示，谭嗣同从作用、功能的角度将人脑分为大脑、小脑和神经三个区域，以此突出人脑不同区域的不同作用和功能。其中，大脑主悟性，小脑主记忆和视听，神经（英文nerve，严复音译为“涅伏”，谭嗣同称之为“脑气”或“脑气筋”）作为脑的一部分，分布于人的周身，主管人之视听言动。这样一来，他便将人之思维、感觉、言语、动作等都归结为脑的作用，彻底切断了心与知行的直接联系。
在作为其代表作和后期思想著作的《仁学》中，谭嗣同借助解剖学等知识，对人脑进行了更为细致的生理剖析和实证描述，形象地揭示了人脑的结构、颜色、质地、形状、分布以及作用机制和生理功能。例如，对于人脑的颜色、质地和形状，他形象而生动地写道：“剖脑而察之，其色灰败，其质脂，其形洼隆不平，如核桃仁。”【229】再如，对于人脑的结构，谭嗣同更为细致地把人脑分为六个部分。对此，他这样写道：“其别有六：曰大脑，曰小脑，曰脑蒂，曰脑桥，曰脊脑，其分布于四肢及周身之皮肤曰脑气筋。”【230】可以看到，谭嗣同在这里延续了把人周身的神经网络视为人脑之组成部分的观点，并且沿着这一思路明确说明了人脑的结构和分布。依据他的剖析，与其他有形之物一样，人脑有形质，是由各个不同的部分组成的。人脑的各个部分之间存在着差别，不同区域具有明确的功能和分工。正如“大脑明而小脑半昧也”【231】一样，大脑、小脑各自主管不同的领域。由此可见，由于赋予人脑以形质的属性，加之生理学、解剖学的实证考察，尽管谭嗣同肯定人脑至灵，将人之思维、语言和动作皆归功于人脑，然而，他并没有把人脑说成是玄而又玄、不可捉摸的神秘之物。
尚须进一步澄清的是，谭嗣同对人脑的阐释虽然是借助生理学、解剖学等自然科学展开的，但是，从初衷上说，他并不是从生理学、解剖学的角度立论的，而是从哲学的角度立论的。这使谭嗣同对脑的解释和论证以凭借自然科学进行实证描述始，以思辨演绎进行大胆想象、过度诠释终。对于这一点，他将脑说成是“以太之用之至灵”在人体上的表征，并且申明“脑即电”等等都是明证。谭嗣同写道：
以太之用之至灵而可征者，于人身为脑。……于虚空则为电，而电不止寄于虚空。盖无物不弥纶贯澈。脑其一端，电之有形质者也。脑为有形质之电，是电必为无形质之脑。人知脑气筋通五官百骸为一身，即当知电气通天地万物人我为一身也。是故发一念，诚不诚，十手十目严之；出一言，善不善，千里之外应之。莫显乎微，容色可征意思；莫见乎隐，幽独即是大廷。我之心力，能感人使与我同念，故自观念之所由始，即知所对者品诣之高卑。彼己本来不隔，肺肝所以如见。学者又当认明电气即脑，无往非电，即无往非我，妄有彼我之辨，时乃不仁。虽然，电与脑犹以太之表著于一端者也；至于以太，尤不容有差别，而电与脑之名亦不立。若夫仁，试即以太中提出一身而验之：有物骤而与吾身相切，吾知为触；重焉，吾知为痒为痛。孰知之？脑知之。所切固手足之末，非脑也，脑何由知之？夫固言脑即电矣，则脑气筋之周布即电线之四达，大脑、小脑之盘结即电线之总汇。一有所切，电线即传信于脑，而知为触、为痒、为痛。其机极灵，其行极速。惟病麻木痿痹，则不知之，由电线已摧坏，不复能传信至脑，虽一身如异域然，故医家谓麻木痿痹为不仁。不仁则一身如异域，是仁必异域如一身。异域如一身，犹不敢必尽仁之量，况本为一身哉！一身如异域，此至奇不恒有，人莫不怪之。独至无形之脑气筋如以太者，通天地万物人我为一身，而妄分彼此，妄见畛域，但求利己，不恤其他，疾痛生死，忽不加喜戚于心，反从而忌之、蚀之、龁之、屠杀之，而人不以为怪，不更怪乎！反而观之，可识仁体。【232】
这段文字借助电比附、诠释脑的神奇和精妙，具体论证了脑对于人之感觉、认识的主导作用：第一，将脑与电相提并论。脑有形状、颜色和结构，便是“有形质之电”；电没有这些属性，便是“无形质之脑”。脑与电之间尽管存在有无形质之别，二者的沟通作用却别无二致。第二，电通过架设电线、联通电网，可以遍布宇宙，从而将天地万物连为一体，以至于“无物不弥纶贯澈”；人脑之大脑、小脑和遍布周身之“脑气筋”便是盘根错节的电网，可以相互感应，“异域如一身”。第三，“脑即电”表明脑具有感通、感应的功能，证明了心力的伟大——正如脑使人的各个器官连为一体、牵一发而动全身一样，作为以太之用在人身上的体现，脑“至灵而可征”。我发一念、出一言，由于脑的作用，他人在千里之外可以如拍电报一般感应之。经过这番论证，谭嗣同力图让人相信，凭借脑、以太的作用，可以泯灭彼此人我之别，“通天地万物人我为一身”。这便是仁之境界。至此，可以清楚地看到谭嗣同之所以肯定脑是“以太之用之至灵”的表征和“脑即电”，最终目的是让人“识仁体”。由此，可以反观他所讲的知“必出于脑”在仁学中的地位和作用。这就是说，谭嗣同是从哲学的角度界定、诠释人脑的，对于脑的诠释成为仁学的一部分。在谭嗣同的仁学中，生理学、解剖学只是哲学论证的工具而已。就对脑的界定而言，生理学、解剖学等自然科学知识只是为他提供了论证的素材、证据，而这些并不是目的，让自然科学为自己的哲学提供辩护才是目的所在。正因为如此，谭嗣同对人脑的解释并没有止于自然科学提供的实证描述和研究成果，而是在此基础上将脑纳入仁学体系之中，从哲学高度，借助电进一步对脑予以诠释，最终将脑之作用界定为以太之用。出于这一致思方向和价值意趣，他对人脑的神奇和精妙赞叹不已，以至于将脑与电相提并论，用以论证人与人由于仁的感通而破除人我，臻于“洞澈彼此，一尘不隔”的境界。
综合考察谭嗣同的哲学可以发现，他对脑的界定奠基于自然科学之上，最终却偏离了实证解剖，热衷于形上诠释：第一，鉴于人脑的大脑、小脑之分，谭嗣同强调，大脑主悟，并由对大脑的推崇而将脑对外物的反映引向神秘。他断言：“吾大脑之所在，藏识之所在也。其前有圆洼焉，吾意以为镜，天地万物毕现影于中焉。继又以天地万物为镜，吾现影于中焉。两镜相涵，互为容纳，光影重重，非内非外。”【233】这表明，大脑的作用就是进行思维，人的一切心理、情感和意识都出于大脑。在这个前提下，谭嗣同秉承华严宗的“一多相容”对大脑的反映、思维过程借题发挥，最终将大脑的认识作用和功能引入神秘之境。第二，在推崇大脑的同时，他极力贬低小脑的作用，并在小脑主视听的前提下，由贬损小脑而贬低视听等感觉，由此轻视甚至排斥由眼、耳、鼻、舌、身等感觉器官所获得的感性认识。第三，在将神经归为脑之一部分的前提下，谭嗣同对神经遍布周身，通络四肢、五官、百骸的作用津津乐道，并由此向往神秘的感通、感应，最终走向玄学。
