他坚信，马化龙是甘肃回民的最高首领，只要他能让这个狡猾的回民知道，他左宗棠根本无意于离开甘肃，而是执意要拿下金积堡，那么马化龙就会自动命令回民部队离开陕西，到甘肃来增援他。苏占彪部从固原向预旺堡的迅速推进，被包围在金积堡不远处吴忠的左军所做的顽强抵抗，以及刘端冕为了恢复金积堡地区到黄河之间交通的进军，肯定已经使马化龙意识到，他需要自己的部队在甘肃，而不是在陕西。不过，他意识到这一点时，已经为时太晚。
只有这种假设，才能合理地解释马化龙为什么要在1870年春季命令回民军迅速地撤出陕西。但是，当他们回到甘肃时，已经失去了凝聚力，对马化龙派不上大用场了。训练有素、纪律严明的部队能够在经历几次如此急切而毫无战果的行动之后，仍然保持一定程度的效率，但松散组织起来的部队是无法办到的。回民军没能调动左宗棠，而是调动了他们自己。可以合理地推测，左宗棠在2月下旬对局势的评估完全应验了。他对回民军的了解，比回民军对自身的了解更为透彻。
在那种局面下，没有什么比失去刘松山更令左宗棠痛苦。那是一位身经百战的将领，从曾国藩最初的湘军中崛起。他享年不到39岁，但他在战场上几乎不断地驰骋了17个年头。据说在太平军进入湖南时，刘松山与河南南阳的一个女孩订婚了，但他忙于征战，没有时间举办婚礼。1868年，镇压捻军以后不久，左宗棠给他放假，让他去河南成亲。刘松山只跟新娘一起共度两周时光，就奉命立刻前往山西指挥作战，开始向陕北进军。他并非书生出身，事实上几乎是个文盲，但他是具有独特能力的军事指挥员。他的征战生涯及于湖南、湖北、安徽、江西、广东、福建、河南、山西、直隶、陕西与甘肃，他获得了广东提督的官衔。左宗棠个人非常喜欢他，他指挥的北路征战令左宗棠完全满意。左宗棠在自己的部队中，对他的倚赖超过任何一位将领。《年谱》作者说，当刘松山去世的噩耗传来，老战士们无不落泪。
填补北路军司令空缺的问题必须立即解决。左宗棠举荐刘松山的侄儿刘锦棠出任此职。此人与他的叔叔一起经历过大多数征战。刘锦棠的级别比不上北路军中的几名将领，为了弥补这个缺陷，左宗棠请求皇帝任命他为名义上的北京文官。京官能够压过各省同级别的官员一头，而文官在任何地方都能压过同级别的武官。这个请求得到了批准，刘锦棠成为金积堡地区左军的司令官。
这个任命还有另一层考虑。刘松山的部队是由湖南人组成的，而与他协作的其他将领，指挥着从其他省份派来的部队。湘军的一个特性是不听外省将领的指挥，他们在这方面的感受必须加以考虑。刘锦棠虽然算不上一名严格意义上的学者，但他年轻时读过书。后来的事实表明，他的军事指挥才干比他出色的叔叔更胜一筹。左宗棠从军官中挑选司令官时很少犯错，也许从未出过纰漏。这是他最大的优点之一。
从3月到4月，刘锦棠完全控制了金积堡的局面，部队突出了包围，扩大了战场。其中一个重要的原因是，金积堡的许多回民部队那时还在陕西。马化龙于4月底向刘锦棠请求安抚，他说春耕时节将过，他的部众必须种庄稼了。左宗棠接到报告，指示说：马化龙必须首先交出所有的武器和马匹。马化龙拒绝了这个条件，于是事情拖延下来。5月初，金运昌领着援兵从陕北来跟刘锦棠会师。刘锦棠如虎添翼，战局由防御明显转入进攻。马化龙又玩老把戏，试图截断绥德运道。可是左宗棠现在已经完全控制了这条线路，回民军未能得手。
在6月和7月，刘锦棠步步推进，重新夺取了他叔叔曾在去年夺取后来又被回民军夺回的许多村堡。在东面，经过激战，他夺取了马八条寨、马七寨和胡家堡。金运昌在北面推进到距离金积堡城墙大约1英里以内的地方。
8月份，左宗棠将雷正绾、黄鼎和徐文秀指挥的3路兵力从南边调往金积堡，封锁了通向金积堡的所有道路。他派出一支劲旅前往峡口驻守，这个要隘能保持平凉到金积堡之间的畅通。金积堡周边一个又一个坚固的村堡被左军夺占，在金积堡四面作战的部队已经连接起来，形成了对马化龙堡垒的完整包围圈。
金积堡西北面有第二道城墙，保护着该城的商业区东关。刘锦棠于9月12日攻破了这道城墙，一战而占领该区。左军烧毁了东关，破坏了大约3000个商店和贸易设施。左军开始在距城墙约800码处开挖环城壕沟。据说壕沟宽30英尺，深20英尺，向沟内注水，使回民军无法从城内突围。壕沟于9月26日挖成，说明左军的劳动量得到了巧妙的运用。
在其他战线上，左宗棠完全收拾了局面。渭河流域的部队已经西进，于6月份占领了洮河边的狄道重镇。左宗棠命令该部巩固在狄道的地位，不要试图继续西进。在中部，他肃清了西达安定和会宁的乡村。他的战线大致对应于狄道－安定－会宁－海城－中卫一线。他似乎放弃了跨越陕北的交通线，把兵力集中在平凉至金积堡一线。他在这条路线上驻扎了30个营，以维护道路畅通。凡是能省下来的人，都被派到金积堡，在北线作战结束时，他在金积堡周边拥有71个营。这时他的部队规模已缩小了很多，金积堡前的部队可能没有大超2.5万人。他开始越来越多地使用甘肃清军，任命湖南将领周开锡为司令官。这些部队曾在秦岭山脉以南的甘肃境内作战，有些部队协助攻占了狄道。甘肃的绿营部队通常拥有5万多人，但现在肯定已经大大减少，可能剩下一半。
许多陕甘回民投降接受安抚，给左宗棠带来了一些麻烦。他必须照顾这些人，又吃不准他们会不会再次起事。他曾试行将他们隔离的做法，由于这个时期在甘肃不难找到荒废的土地，他在村庄里安置回民取得了相当大的成功。那里没有别人，只有回民和一支小驻军。他就这个问题所写的奏折颇为有趣。他写道：
再，办回之道，与办发逆、捻逆不同。发逆剃发，捻逆抛弃马械，即与平民无殊。故战胜受抚，给以免死牌票，资遣归家，如其措置得宜，便可相安无事。其无家可归及悍鸷不驯者，或暂羁之营中，钤以军令，编管既密，久亦相忘。解散之策行，则贼势孤；安插之地多，则贼群涣。此办发逆、捻逆必由之道也。
回则不然。其与汉民积仇既深，婚姻不同，气类各别，彼此相见，辄起杀机，断难孚洽。又种族攸分，状貌亦异，杂一回民于稠众中，令土人遍识，必能认别，百不一爽。回民中岂绝无稍知顺逆、亟思自拔来归者？然久处贼巢，既苦头目之侵陵迫胁，甫离巢穴，又畏汉民之报复寻仇。当生死莫卜之时，靡不依违其间，以求苟免。此解散之难也。以陕回人数计之，从前无事时，散处各州县地方丁口，奚啻数十万。现计除西安城中土著两三万外，余则尽族西行，陕西别无花门遗种。即合金积、河、狄、西宁、凉州等处现剩陕回计之，丁口亦不过数万。其死于兵戈、疾疫、饥饿者盖十之九，实回族千数百年未有之浩劫。区区遗种，既无归陕之望；就甘地安插，而甘民痛定思痛，又不免他族逼处之虞。此安插之难也。
迭奉谕旨：“不论汉回，只论良莠。”仁育义正之怀，昭然若揭。回民亦具人心，岂独毫不知感？无如仇衅四结，每苦无处求生，莫知祸之所届。臣维解散安抚，实办回不可少之着。因于经历屯垦之余，划出荒绝地亩稍成片段者，以处求抚之陕回。现在平凉大岔沟等处，收抚陕回老弱妇女及务农丁壮约数千人，均给以赈粮、牲畜、籽种，课其耕作，与赈抚各属灾黎，招辑屯垦，一律办理，以广皇仁。
回民军扫荡陕西一事，给左宗棠招来了来自全国高官的一浪批评。当对金积堡的围攻进展到1870年秋季时，北京开始认为左宗棠一事无成。10月上旬，他接到一份上谕：
陕甘回匪滋事以来，朝廷轸念西陲，大伸挞伐，特命左宗棠为钦差大臣，督兵剿贼，厚集兵力，宽予限期，计每岁拨用饷银不下八百余万两，该大臣于行军、筹饷事宜有所陈奏，无不立见施行，倚畀不谓不重。乃自抵甘以后，虽据迭报胜仗，总未能痛扫贼氛，致金积堡一隅之地，至今日久未下，逆首稽诛，军务安有了期！竭东南数省脂膏，以供西征军实。似此年复一年，费此巨帑，岂能日久支持？该大臣扪心自问，其何以对朝廷？
左宗棠对这份上谕的回奏颇为克制，显然上谕中的措辞很深地伤害了他的自尊。他以较长的篇幅阐述金积堡的问题，试图表明那绝非一个无足轻重的地方。他说，自从乾隆时代以来，回民一直在逐步增强金积堡的力量，他们以坚固的防御封锁了通往该城的所有通道，金积堡四周村堡林立，沟渠环绕，壁垒森严，所以进兵必得缓慢。从灵州到金积堡一线有400多座村堡。金积堡的城墙非常坚固，水面接近地表，挖掘地道是不可能的。除了用手头上有限的大炮轰击以外，没有别的办法摧垮城墙。回民军抵抗顽强，火力强大，他的部队伤亡惨重，许多最优秀的军官在阵亡之列。捷报确实不少，他特别要说明的是，他没有报告过未曾实际进行的战斗，也没有报告过未曾实际取得的战果。皇帝对已经取得的进展大失所望，令他非常惭愧，但他已经尽力，而部队的作为，也达到了环境所容许的最大限度。
整个12月份，对金积堡的炮轰据说还在继续，不过火力不可能很大。左宗棠有几门克虏伯大炮，可是弹药供应有限，而此时的炮兵似乎也不大专业。尽管如此，他对这些大炮在夺取该城中的作用寄予厚望。为了预防甘肃其他地区的回民军来增援马化龙，刘锦棠和金积堡前的其他将领另挖了一圈壕沟，把他们的阵地团团围住。壕沟宽30英尺，深20英尺，引水注满。刘锦棠终于在靠近东墙的地方修筑起一座炮台，高度可以俯瞰金积堡的外墙。他于1871年1月1日把克虏伯炮架到了炮台上。从这个位置他能把猛烈的火力倾泻到回民军头上，终于摧毁了他们的防线。
金积堡内已有几千人饿死，人们靠吃人肉为生。1月6日，马化龙只带一名随从来到刘锦棠大营对面的宽沟旁，求见刘锦棠。他被领到这位汉人将领跟前，匍匐在地，请求把金积堡的抵抗都算在他一个人头上，让他的手下得到赦免。刘锦棠召来所有将领，召开军事会议。几名将领主张立即处死马化龙。不过，他们最后通过决议，应该先将此事报告左宗棠。马化龙被拘押在刘松山的大营内，由重兵看守，但其他待遇从优。
与此同时，左军停止了对马化龙降军的攻击。刘锦棠进入金积堡，满目凄凉景象。壮丁只剩下大约1000人。居民都放弃住宅住进了掩体，许多人饿得走不动了。男人被看押起来，妇女儿童被送到濠外，给予食物。金积堡这个堡垒，顽强抵抗左宗棠长达1年半之久，并且由此而大大有损他的威望，现在走到了相当悲惨的结局。［5］
这里没有像甘肃战役稍后阶段那样发生屠杀。左宗棠无疑急于结束战争。他一直认为马化龙是回民领袖，他现在肯定期望全甘肃的回民投降。他命令刘锦棠让马化龙写信给各位回民领袖劝降。马化龙写了几封信，但效果并不显著。总共有大约1.9万名陕西回民被送往平凉地区，来自甘肃其他地区的8000名回民被迁移到平凉，1.2万名金积堡回民被迁移到固原地区。回民交出了4门大铁炮，4门大铜炮，28门小炮，20门轻臼炮，293杆抬枪，180支外国来复枪，1030支短枪，以及2418件刀矛。刘锦棠对废墟进行初步搜查，找到200多支外国来复枪，进一步搜查，又找到1000多支。一下子搜出这么多外国造的武器，令左军怀疑某个国家在秘密地支助回民军。不过，《年谱》没有指出怀疑的国家是哪一个。
马化龙被严密审讯了好几天，要他交代外国武器的问题。但他拒绝说明从何处得来。也许这些武器是若干年来在通过蒙古进行的贸易活动中积累起来的，并不具有特定的政治意义。如果按照利希霍芬的说法，回民军从左军手中夺取了大量外国武器，那么此事就很容易得到解释。不过，如果是他们夺取的武器，左军应该不难识别。也许左军认出来了，但在官方报告中最好对此只字不提。1871年3月2日，马化龙及其12名家属被处以磔刑，大约80名级别较低的回民军首领被处以斩首。
整个甘肃东部现在都处于左军控制之下。左宗棠的战线几乎缩小了一半，但甘肃还远未平定。在宁夏－金积堡地区必须留军驻守，但作战部队的主力可以调往别处了。攻克金积堡动用了71个营，部队损失惨重。《年谱》作者没有报告减员总数，但在谈到长沙人在湘军中所起的作用时，他列举了23名营官和哨长的名字，他们都是在金积堡前阵亡的军人。长沙府所属的各个县份，只为甘肃北部的湘军提供了部分兵员，而这个地区的左军还有并非湖南人的部队。这个证据，加上北路军司令官刘松山阵亡的事实，足以表明这是一场死伤累累的血战。
注释：
［1］《利希霍芬信札》（Richithofen’s Letters），第105页。
［2］《年谱》，第5卷，第4页。
［3］《年谱》，第5卷，第8－9页。
［4］《年谱》，第5卷，第2
