左宗棠于1864年11月26日离开杭州，前往福建。他在先前进入浙江的道路上慢慢南行，沿途停靠严州、兰溪、金华、龙游、衢州和其他城镇。两年多来，他曾沿着钱塘江两岸从江西边界逐步作战前行，直至杭州。这条路从地图上看起来并不长，但它还是略长于从华盛顿到理士满的那条路——同样是在那些岁月里，它是美国人密切关注的对象。
左宗棠一路上频频停下，与他遇见的寥寥无几的乡下人交谈。他看到这些人的痛苦惨状，深为焦虑不安，他发现乡下的情况比城镇更糟。曾经人丁兴旺的农村，现在荒无人烟。“不闻鸡犬之声”，他写道。这在中文里是荒芜的同义词。他对该省遍地盗抢的局面非常恼火，这种情况在不小的程度上要归咎于他手下的官员。他坚信，只要官员善待百姓，为他们提供良好的行政管理，就不会有盗抢和动乱。我们没有理由说左宗棠的部队在浙江没有犯下暴行，但发生这种扰民行为时他很少在场。可以有把握地说，比较同时期的其他官军而言，他的部队对百姓的侵害是较轻的。在全部征战的过程中，他让士兵们免费协助百姓在城镇中抢修建筑设施，还常常帮助农夫们整修倾圮的住所和损坏的灌溉渠。他充分认识到军人的首要功能是打仗，但他又坚持要求士兵们在征战的间隙里做一些必要的工作。他的部队很少得到休息。
浙江遭受的破坏在著名德国旅行家拜伦·冯·利希霍芬的信函中有过充分的描述。他在1871年穿过该省，这是在太平军被逐出浙江大约7年之后。他写道：
这里的山谷之间尽管土壤丰饶，却是一片荒芜。远处一片小树林下，一个房屋的群落若隐若现，房子都刷成了白色，显得颇为庄严。走近一看，才知道是一片废墟。山谷曾经是最有说服力的财富见证者，但它们本身现在也已荒废。不时会看到一所房屋孤零零地矗在那里，里面住着一些难民，他们的贫穷与他们生活在其上的富饶土地形成强烈的反差。这就是13年前发生的太平天国农民运动带来的结果。通向县城的道路现在成了羊肠小道，许多地方被高达15英尺的杂草完全覆盖，或者长满了无法钻越的灌木。山谷里从前人丁兴旺，那么多那么大的村庄就是明证，而那些用砖石砌成的两层楼房所具有的优美造型，说明这里的居民曾经拥有的不仅仅是舒适和财富。山谷中的田野，以及山边种稻的梯田，都覆盖着疯长的野草，显然没有其他植物能在这些贫瘠的田地上繁衍。大片的老桑树林有一半因为缺乏护理而衰朽，说明了过去的居民所从事的一个主要产业；在其他地方，到处都是老栗树的密林。
这些地方生灵涂炭，财产刁耗，很难想象还有比这更可怕的破坏。然而这还只是这个国家中遭遇相同命运的广大地区中很小的一部分……
左宗棠于1864年12月14日抵达福建北部的蒲城。太平军占据了整个闽南，由侍王和康王指挥。侍王驻扎漳州，把部队部署在闽南各地。康王驻扎赣闽边界，大致控制着闽西南。太平军总兵力约有20万人。此外他们还招纳了福建的所有匪帮。盗抢之风已在福建蔓延多年，他们的人数与太平军相等，也是不无可能的。风传侍王在漳州能买到一大批外国武器。他手上的外国武器已经不少，再加上新的购置，左宗棠有理由担心这个对手会比在浙江时更为强大。
左宗棠把大营设在延平。刘典率领一支由湖南人和江西人组成的劲旅从边界朝东南方向进入福建。那些由海路过来的部队要去增援福州、泉州和厦门。江苏派出8000人的海战部队协助沿海的作战，因为左宗棠非常担心太平军入海，前往台湾，或者成为海盗。这些海军前往厦门附近的海澄和漳浦。他从延平派出一支部队，穿过闽中南下。
刘典揭开了这次战役的序幕，他的部队突入福建，逼迫康王撤向海边，速度比左宗棠料想的要快。左宗棠担心太平军的二王联手，决心在海滨建立一个基地，会使局势恶化。所以刘典的攻势暂时延缓下来，左宗棠集中精力控制海滨。厦门和泉州的部队朝漳州方面突进。漳浦已被一小股太平军占领，从海上发起的攻击把他们赶了出去。左军在漳浦站住脚以后，一支部队从此港北上漳州。
左宗棠在延平待了4个月，他留在此地如此之久，无疑是为了做好充分的准备，防止太平军突入闽北。1865年4月11日，泉州开出的部队击败了赤岭太平军，斩杀4000人。左宗棠增调更多的部队前往海城和漳浦，对漳州的侍王施加更大的压力。
5月9日，左宗棠抵达福州，但他未在省会久留，几天后就起程赶赴前线。5月15日的攻击夺下了漳州，据报有1万名太平军被歼。侍王的部队在漳州丢失后似乎已经瓦解，残部跑去与康王会合。侍王成了孤家寡人，几乎是孑然一身地在闽南流浪了几个月。
太平军在广东的平和与大埔集结。5月19日和21日，他们在平和吃了败仗，余部逃向大埔。5月23日，左宗棠的海战部队夺得云霄，太平军已完全隔绝于福建海滨。左宗棠于1865年5月30日在漳州扎下大营。
太平军现在分布于大埔以西闽粤边界的两侧。在整个6月份和7月份的一些日子里，左宗棠稳固了他在沿海的阵脚，做好了下一步作战的准备。闽南蜿蜒崎岖的山路使部队行军非常困难，夏季更是难上加难。
7月份，太平军冲出大埔，坚定地向江西挺进。刘典从汀洲南下，在武平击败敌军，将他们赶出江西。7月30日，太平军抵达广东镇平。广东省政府动员了若干部队抵御太平军，但并非在左宗棠的指挥下。《年谱》中没有谈到广东清军的行动。左宗棠决心在镇平包围敌军，将之摧毁。他在8月份赶调部队，企图包围镇平。
太平军驻扎镇平时，侍王终于找到了自己人。据说他与康王起了激烈的争执，大约1天后在睡眠中被康王的某个亲信刺死。［2］侍王是忠王的表弟，忠王曾经统领江苏的太平军，而侍王则曾是浙江太平军的首领，也是左宗棠在浙江作战时的主要对手。
左宗棠对镇平的围攻没有成功。9月份他取得了一些局部的胜利，但在9月27日，太平军对他的部队拼死猛攻，突围而出，这导致太平军在战斗中又损失1万人。他们向南逃窜，左军紧咬不放，追了6天。10月3日，太平军在兴宁停下，再次对左军发起猛烈的攻击。然而，太平军发现，广东人对他们根本不欢迎。百姓恨他们，宁愿毁掉粮食，也不让太平军得到。兴宁之战后，他们转向北进，一直走到江西边界上的长宁。左军在这里将之击败，他们被迫南下广东的连平。自从8月1日以来，左宗棠一直不让太平军进入福建，左军事实上是在左宗棠的总督辖区之外作战。
11月份，朝廷任命左宗棠为广东、江西、福建3省军队的最高统帅。他接到新的任命时，正驻扎在闽西南的永平。太平军显然也感到了连平人的敌视，再次向海滨突进。这也是他们最后一次企图冲到海边。左宗棠赶到平和，集结部队拦头阻截。太平军于1866年1月10日占领嘉应，继续向汕头以北的潮州推进。左宗棠派兵增援潮州，堵截敌军。太平军在潮州吃了败仗，返回嘉应。他们的处境已经完全绝望。他们处于心怀敌意的居民当中，而且被无情的敌军所追逐。
左宗棠很快就准备好了给敌军以最后的打击。他于1月15日迁到大埔，派刘典前往嘉应。刘典于18日击败敌军，开始逼近嘉应。26日，他包围这座城市，发起猛攻。刘典被击退了，但康王在此战中阵亡。左宗棠集结所有的兵力，于2月6日亲自来到嘉应城下。梅江在嘉应急转向北，州城座落在梅江北岸弯道的顶点。城市附近，河谷中山峰陡立，西边一片峭壁，无法攀登。这个地方适合于给太平军致命一击，而左宗棠的兵力足以完成这个任务。
1866年2月7日，他从3面对嘉应发起攻击。太平军拼死自卫，还是丢失了城墙，被逼进狭窄的平地。左宗棠早已料到这一点，下令火速缩小包围圈，把敌军逼到悬崖之下。太平军企图突围，但左宗棠部署了纵深兵力，不论他们冲向何方，都被死死堵住。《年谱》说，1.6万名太平军被杀，另有6万人放下武器投降。降军中有734名军官，被左军当场处死，其余的都被释放。没有一人在逃。在左宗棠亲身参与的战役中，这是一场最重大的胜利。太平军的其他余部退回了广西，在那里组织盗抢，持续了几年，但嘉应之战是最后的一次大战，太平天国运动就此消亡。
对于这次大规模农民运动及其派生的影响，从中外文献中都找不到彻底而公正的研究。可以用于这项研究的中文资料是海量的，令外国人望而却步，不愿通过费力的筛选而去进行全面的、批判性的研究。至于中国人，他们或许迟早会从事这样的研究，而且事实上已经朝此方向迈出了很大的步子。
历史上的群众运动很少像太平天国这样牵扯到如此众多的人口，就这场运动的各个阶段进行评述，具有非常重大的意义。但是，它和其他所有大规模的运动一样，无法仅在唯物观念的基础上得到充分的评述。外国人撰写的早期评述，很自然地聚焦于外国人在镇压这场运动中的参与，特别是戈登将军指挥的“常胜军”所起的作用。于是一种印象广为流播：太平天国运动实际上是被外国人镇压下去的。然而我们不能忘记，这场运动延续了大约15年之久，大家想一想，一支仅仅存在了4年的武装，其规模从来没有超过6000人，作战区域从来没有超过距离上海300里多一点的范围，怎么可能成为镇压这场运动的决定性因素呢？
中国人在整个这场战争中都没有充分利用海港作为军事基地，这令人想到一种可能性：朝廷指望并依靠外国人保卫主要海港免遭太平军攻击。中国政府在这方面似乎的确对外国势力有所依赖，特别是在上海，而且他们没有失望。不过，直到太平天国时期为止，中国人的这种态度主要是因为他们还没有意识到海洋是国家事务中的一个强有力的因素。太平天国比清廷更缺乏对海洋价值的意识。中国没有海洋精神，制海权的重要性刚刚开始在中央帝国启蒙。在从前所有的农民运动中，农民军一到海上就立刻完蛋。如果海滨没有外国人，朝廷作战的模式似乎不会有什么本质的区别。至少直到上个世纪为止，历史上制海权对西方的影响比对东方要强大得多。
我用很大的篇幅来讲述镇压太平天国的作战，并非为了说明是左宗棠赢得了这场战争。尽管他对帝国的事业做出了显著贡献，但打赢这场战争的并不是他。在过去70年里，中国人判定赢得这场战争的是曾国藩。从已经取得的研究成果来
